genome.fa.s8211.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008211.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110833_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2208279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842860--842900	18	2.3	18	87	8	57	58	17	19	4	1.56
846053--846090	6	6.7	6	93	6	62	31	52	15	0	1.43
846748--846801	21	2.6	21	93	0	90	24	22	24	29	1.99
853183--853255	21	3.5	21	87	7	103	19	32	27	20	1.97
853776--853873	34	2.9	34	89	0	142	55	4	4	36	1.38
854273--854770	128	3.9	128	92	1	824	33	19	24	23	1.97
854841--854881	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
860841--860924	21	4.1	21	84	6	109	34	4	16	44	1.69
860950--861037	40	2.2	41	82	7	112	44	4	5	45	1.48
861246--861290	15	3.1	15	81	15	58	42	0	0	57	0.98
861251--861288	13	2.8	13	92	8	58	44	0	0	55	0.99
861322--861419	48	2.0	50	84	4	128	52	10	5	32	1.57
861408--861466	21	2.8	22	82	10	79	54	22	0	23	1.45
861855--861949	48	2.0	49	89	2	147	51	6	7	34	1.55
861860--861963	48	2.1	49	85	7	140	51	8	6	32	1.59
861959--862017	14	4.2	14	69	16	50	52	27	0	20	1.47
861946--862017	21	3.5	20	76	3	63	52	26	0	20	1.47
862297--862333	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
862408--862478	14	5.1	14	77	3	63	49	26	0	23	1.51
862643--862689	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
862641--862690	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
862962--863044	16	5.2	16	91	4	116	44	13	22	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868836--868976	64	2.2	65	85	1	185	29	17	24	29	1.97
868855--869014	65	2.5	65	86	1	214	28	15	25	31	1.95
875373--875412	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
877339--877502	65	2.5	64	87	1	238	28	15	26	30	1.96
877453--877499	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
877343--877549	65	3.2	62	79	14	206	27	16	25	30	1.96
877718--877757	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
877807--877929	31	4.0	30	72	14	106	39	12	9	38	1.76
878257--878295	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
879092--879159	25	2.7	25	82	8	77	32	27	8	30	1.87
879248--879307	12	5.0	12	91	0	93	10	20	48	21	1.78
879319--879389	37	1.9	37	88	0	106	47	1	1	49	1.18
879449--879530	35	2.3	36	85	2	112	17	41	13	28	1.87
880600--880757	60	2.6	60	84	6	196	36	19	3	40	1.70
880884--881000	60	2.0	59	85	8	157	37	4	23	35	1.74
882627--882671	21	2.1	22	87	4	65	44	0	0	55	0.99
882641--882707	29	2.3	29	85	12	84	58	1	0	40	1.07
886451--886500	26	1.9	26	83	0	64	32	0	4	64	1.12
887486--887529	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
888097--888201	30	3.5	30	98	0	201	42	16	6	34	1.74
889301--889345	19	2.3	20	84	3	56	46	0	2	51	1.13
898227--898293	20	3.3	20	74	15	75	41	25	11	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898206--898311	40	2.6	41	79	8	119	40	22	15	21	1.90
898287--898327	21	2.0	21	95	0	73	46	12	19	21	1.82
898685--898816	20	6.5	20	90	4	194	19	18	15	46	1.84
898685--898816	61	2.2	61	89	5	196	19	18	15	46	1.84
898686--898832	61	2.4	60	82	4	170	21	18	17	42	1.89
902867--902901	7	4.9	7	89	3	52	45	0	0	54	0.99
903294--903324	11	2.7	12	95	5	55	61	0	0	38	0.96
906057--906265	107	1.9	109	84	3	253	42	8	17	32	1.78
906791--906848	27	2.2	27	87	6	84	53	1	1	43	1.21
910476--910540	34	1.9	34	81	6	78	46	6	3	44	1.44
911400--911488	36	2.4	38	75	21	98	49	4	0	46	1.22
911401--911484	35	2.6	31	72	26	75	46	4	0	48	1.23
913282--913320	15	2.7	15	84	15	55	46	2	0	51	1.14
913372--913431	21	2.8	21	78	12	68	28	1	3	66	1.17
913373--913461	14	6.0	14	71	17	72	31	1	3	64	1.17
914856--914925	15	5.0	14	75	17	65	30	1	2	65	1.15
914870--914925	21	2.6	22	77	5	60	28	1	1	67	1.10
916662--916701	21	1.9	21	84	0	53	30	7	5	57	1.48
917904--917941	3	13.3	3	88	5	53	28	2	0	68	1.03
917972--918019	24	2.0	24	95	0	87	39	16	0	43	1.48
920497--920541	13	3.3	13	84	6	54	24	0	2	73	0.95
923482--923519	3	13.0	3	86	5	51	28	2	0	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923550--923597	24	2.0	24	95	0	87	39	16	0	43	1.48
928638--929065	214	2.0	211	97	2	804	24	17	25	32	1.97
933359--933392	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
934586--934633	25	1.9	25	95	0	87	27	10	8	54	1.63
936430--936473	21	2.0	23	86	8	65	47	9	2	40	1.48
936490--936551	14	4.4	14	75	15	56	29	3	20	46	1.66
936490--936572	21	4.0	21	75	6	69	26	2	22	48	1.63
936486--936583	28	3.6	28	75	15	80	26	2	24	46	1.63
936746--936786	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
938215--938294	29	2.8	29	96	0	142	38	13	15	32	1.86
945598--945634	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
945785--945859	38	2.0	37	84	5	98	49	4	0	46	1.20
949292--949374	41	1.9	41	83	11	103	67	3	9	19	1.34
949790--949864	32	2.3	32	97	0	141	37	34	5	22	1.77
951218--951272	28	2.0	28	92	0	92	23	23	29	23	1.99
951223--951279	28	2.0	28	86	0	78	21	26	28	24	1.99
951764--951807	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
954450--954510	6	10.2	6	96	0	95	29	49	16	4	1.66
954508--954556	5	9.8	5	93	0	62	16	36	40	6	1.73
960384--960486	6	17.2	6	97	0	197	33	49	16	0	1.52
960484--960552	5	13.8	5	95	0	102	17	37	40	4	1.69
975793--975845	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977524--977582	30	1.9	31	86	10	86	45	5	6	42	1.52
977813--977838	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
979222--979260	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
985249--985296	19	2.4	20	83	16	64	58	6	0	35	1.23
991268--991579	111	2.9	104	79	12	314	30	23	15	29	1.96
991268--991581	51	5.9	51	79	12	294	30	23	15	29	1.96
991583--991654	37	2.0	36	91	2	117	20	20	20	37	1.95
992913--993007	9	11.3	9	66	20	55	4	21	1	73	1.06
992957--993016	15	3.9	15	82	12	70	6	23	0	70	1.11
992967--993060	30	3.1	29	76	13	93	8	17	0	74	1.05
993023--993053	9	3.6	9	91	8	55	12	9	0	77	0.99
992964--993046	16	5.6	14	72	21	55	9	16	0	73	1.08
992967--993060	15	6.2	15	72	19	54	8	17	0	74	1.05
999502--999592	45	2.0	46	89	4	139	37	21	12	28	1.90
1001235--1001280	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
1022249--1022302	20	2.6	21	85	5	74	38	18	18	24	1.93
1024324--1024352	10	2.7	11	94	5	51	75	0	13	10	1.04
1026138--1026192	26	2.1	27	82	3	67	50	21	12	14	1.76
1029175--1029214	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
1034954--1035027	39	1.9	38	83	2	94	52	6	14	25	1.66
1040094--1040364	42	6.6	42	84	3	302	2	47	9	39	1.51
1040094--1040364	63	4.4	61	89	1	339	2	47	9	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1040082--1040364	21	13.9	21	79	5	269	2	47	9	40	1.49
1040387--1040436	21	2.4	21	86	0	64	4	34	18	44	1.68
1041765--1041795	16	1.9	16	93	0	53	25	6	25	41	1.79
1046392--1046450	21	2.8	21	84	7	75	18	25	22	33	1.96
1048634--1048672	16	2.4	16	91	0	60	41	33	15	10	1.81
1050264--1050297	17	2.1	16	89	10	52	55	0	0	44	0.99
1055283--1055314	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1063000--1063102	39	2.6	39	79	14	131	43	0	19	35	1.58
1064454--1064482	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1064949--1064975	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10