genome.fa.s8211.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008211.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110833_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2208279

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976425--1976486	31	2.2	28	81	16	74	17	24	29	29	1.97
1978136--1978189	26	2.0	27	92	7	92	37	24	14	24	1.93
1978140--1978198	26	2.3	25	82	11	66	37	20	15	27	1.92
1987661--1987763	54	1.9	54	83	0	134	33	12	17	36	1.88
1987764--1987927	54	3.0	54	87	5	242	35	11	14	37	1.83
1988437--1988465	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
1989875--1990065	60	3.2	60	83	4	215	32	21	4	41	1.74
1989884--1989977	31	3.1	31	67	6	84	32	19	6	41	1.76
1989972--1990065	29	3.2	29	69	11	82	32	20	3	43	1.67
2001379--2001574	36	5.5	36	80	7	215	30	25	25	19	1.98
2014592--2014627	16	2.2	16	100	0	72	47	8	5	38	1.57
2020153--2020235	44	1.9	44	92	2	141	28	37	18	15	1.91
2020855--2020920	21	3.2	21	83	16	84	27	27	28	16	1.97
2021310--2021343	17	1.9	18	88	5	52	41	20	2	35	1.68
2021679--2021948	94	3.0	93	61	24	207	33	18	4	43	1.69
2021623--2022000	175	2.1	178	90	7	608	33	17	3	45	1.66
2022697--2022741	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2023781--2023815	14	2.5	14	95	0	61	45	5	20	28	1.73
2024651--2024689	11	3.3	11	80	19	51	0	20	0	79	0.73
2024652--2024691	14	2.9	14	88	3	64	0	20	0	80	0.72
2024695--2024732	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2030532--2030567	13	2.8	13	86	0	54	0	19	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030571--2030608	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
2034485--2034534	13	3.9	13	78	5	66	54	8	0	38	1.30
2034482--2034534	25	2.1	25	89	0	79	56	7	0	35	1.28
2034489--2034550	25	2.5	25	86	5	81	53	11	0	35	1.37
2045508--2045563	19	2.7	21	75	13	62	51	0	0	48	1.00
2045511--2045578	14	4.9	14	73	10	50	51	0	1	47	1.09
2049971--2050013	20	2.3	19	88	11	63	39	9	2	48	1.48
2051063--2051148	41	2.1	41	93	0	145	30	11	25	32	1.91
2052577--2052624	23	2.1	23	88	3	71	62	4	10	22	1.44
2061330--2061509	90	2.0	90	93	0	306	33	16	27	23	1.95
2062777--2062813	18	2.0	20	84	10	51	18	2	16	62	1.45
2065861--2065928	34	2.0	34	100	0	136	11	11	17	58	1.62
2079813--2079866	20	2.7	20	91	0	90	44	20	16	18	1.87
2080079--2080136	22	2.7	22	81	5	75	18	41	13	25	1.88
2080505--2080562	19	3.3	18	72	22	61	10	18	24	46	1.80
2080515--2080546	14	2.3	14	94	0	55	6	21	21	50	1.71
2080505--2080638	33	3.8	34	77	12	128	12	18	23	45	1.84
2080567--2080615	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
2080583--2080638	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
2080602--2080645	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2082501--2082565	20	3.2	20	93	0	103	38	26	18	16	1.92
2082557--2082632	33	2.3	34	88	2	109	44	18	22	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082599--2082636	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
2082632--2082673	19	2.2	19	91	0	66	11	16	30	40	1.85
2082641--2082677	19	1.9	19	100	0	74	5	16	29	48	1.68
2082661--2082691	14	2.2	14	94	0	53	9	19	22	48	1.78
2082642--2082721	33	2.4	33	85	0	97	11	21	22	45	1.83
2082713--2082781	20	3.5	19	86	7	84	20	21	23	34	1.96
2082768--2082811	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
2083298--2083409	42	2.7	42	80	8	129	23	37	17	21	1.94
2083287--2083394	21	5.1	21	74	4	92	20	37	18	24	1.94
2083297--2083409	21	5.4	21	73	4	84	23	37	17	22	1.94
2084770--2084806	14	2.6	14	95	0	65	32	0	21	45	1.52
2084903--2085169	20	14.1	20	77	10	274	26	19	21	32	1.97
2084905--2085141	93	2.5	94	83	4	291	26	20	21	32	1.98
2085335--2085375	18	2.3	18	86	0	64	17	2	29	51	1.58
2087402--2087439	14	2.9	13	88	11	60	7	18	28	44	1.78
2088315--2088352	17	2.2	17	95	0	67	26	7	36	28	1.84
2088478--2088525	20	2.4	20	86	6	62	27	16	29	27	1.97
2088541--2088587	21	2.2	20	82	10	58	36	17	21	25	1.94
2096568--2096627	31	2.0	30	83	3	75	45	8	0	46	1.33
2097271--2097318	21	2.4	20	86	13	64	54	12	12	20	1.70
2097788--2097821	18	2.0	17	88	11	52	38	17	0	44	1.49
2102551--2102584	18	1.9	17	88	5	50	47	23	2	26	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103034--2103079	24	2.0	22	87	8	65	36	17	26	19	1.94
2104600--2104639	12	3.6	12	83	12	50	45	2	2	50	1.28
2104629--2104968	22	15.5	22	90	0	536	40	0	12	47	1.45
2104993--2105052	31	1.9	31	93	0	102	45	6	3	45	1.46
2110798--2110855	27	2.1	27	96	0	107	20	24	25	29	1.99
2110807--2110864	27	2.1	27	87	0	80	22	29	20	27	1.99
2112898--2112964	34	1.9	34	84	3	89	37	0	8	53	1.32
2114863--2114951	23	3.8	24	77	15	105	29	25	24	20	1.99
2121168--2121206	20	2.0	20	90	10	62	15	30	30	23	1.95
2122929--2122963	11	3.2	11	83	0	52	31	11	25	31	1.91
2122956--2122998	22	2.0	21	86	4	59	18	23	32	25	1.97
2123627--2123652	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2126050--2126088	20	2.0	20	90	10	62	12	30	33	23	1.92
2126655--2126735	43	1.9	41	82	5	99	49	3	13	33	1.60
2129429--2129517	23	3.8	24	73	15	71	34	25	19	20	1.96
2129759--2129820	30	2.1	30	90	0	97	32	22	4	40	1.75
2129877--2129925	25	2.0	25	87	0	71	40	8	12	38	1.72
2137529--2137559	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2139817--2139854	18	2.1	18	100	0	76	15	42	10	31	1.81
2140085--2140150	35	1.9	35	84	9	91	45	7	4	42	1.53
2143094--2143168	38	2.0	37	87	5	107	48	1	4	46	1.29
2144727--2144759	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144865--2144967	20	5.2	20	77	19	94	18	19	28	33	1.95
2144865--2144967	39	2.6	39	93	3	172	18	19	28	33	1.95
2144883--2144957	19	3.9	19	80	16	100	20	18	28	33	1.96
2145095--2145133	20	2.0	20	84	0	51	35	0	5	58	1.20
2147586--2147933	20	17.2	20	76	12	246	39	22	18	19	1.93
2147586--2147933	40	8.6	40	82	9	316	39	22	18	19	1.93
2147586--2147933	121	2.9	121	83	5	400	39	22	18	19	1.93
2148596--2148629	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2148756--2148809	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
2151288--2151329	20	2.1	20	82	8	50	42	23	19	14	1.87
2151288--2151488	33	5.8	33	78	8	177	43	19	21	14	1.87
2151350--2151422	20	3.7	19	80	5	65	42	20	20	16	1.89
2151395--2151475	14	4.9	17	66	25	57	43	18	24	13	1.86
2151292--2151488	73	2.9	66	76	10	187	44	19	21	14	1.87
2151498--2151577	33	2.4	33	91	0	124	12	21	20	46	1.83
2151517--2151577	19	3.5	19	74	21	78	14	22	18	44	1.86
2151684--2151720	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2153065--2153187	42	2.9	41	79	7	113	23	17	36	21	1.95
2153620--2153699	19	4.5	19	75	15	80	46	25	21	7	1.77
2153699--2153742	19	2.3	19	88	0	61	11	11	29	47	1.74
2153733--2153789	14	3.7	14	75	20	60	8	22	21	47	1.78
2153714--2153807	33	2.8	33	91	0	152	8	20	23	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153744--2153831	19	4.8	19	74	16	78	11	20	19	48	1.79
2153895--2154179	94	3.1	93	90	2	428	47	17	11	23	1.81
2155866--2155944	20	4.1	19	83	6	104	45	18	22	12	1.84
2155956--2156027	21	3.5	21	84	3	110	11	22	19	47	1.80
2156566--2156656	20	4.4	20	79	10	94	17	17	27	37	1.92
2157222--2157296	20	3.5	20	72	21	55	61	2	2	33	1.24
2157210--2157297	42	2.1	41	81	12	99	59	2	3	35	1.27
2157210--2157299	44	2.1	42	82	10	103	58	2	3	35	1.27
2163499--2164418	466	2.0	466	98	0	1788	38	15	14	31	1.87
2165397--2165594	102	2.0	101	89	5	310	48	14	12	23	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10