genome.fa.s8214.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008214.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2117680

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8419--8472	21	2.5	21	77	11	56	59	0	12	27	1.34
8424--8472	14	3.5	15	75	13	50	59	0	14	26	1.36
8883--9002	60	2.0	59	83	8	152	33	16	17	32	1.93
14911--14937	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
16682--16731	25	2.0	25	84	7	66	46	14	8	32	1.73
20765--20810	23	2.0	23	100	0	92	30	13	26	30	1.93
21124--21199	31	2.5	31	89	4	111	18	23	27	30	1.98
22113--22148	12	2.8	12	91	8	54	58	0	0	41	0.98
22542--22599	7	8.4	7	77	11	57	46	29	1	22	1.62
22547--22605	14	4.3	14	74	20	61	47	27	1	23	1.61
23167--23197	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23819--23890	29	2.4	29	90	4	117	38	26	19	15	1.91
24411--24485	37	2.0	37	81	2	87	37	1	10	50	1.46
24676--24742	34	2.0	34	86	13	95	41	1	14	41	1.55
24787--24870	14	6.0	14	73	8	73	21	0	27	51	1.48
24768--24835	21	3.2	21	87	2	91	19	0	27	52	1.46
24768--24876	28	4.1	28	85	9	124	20	0	27	52	1.47
24789--24883	14	6.8	13	74	17	61	20	0	28	51	1.47
24920--24999	21	3.8	22	70	9	60	53	25	1	20	1.52
24932--25005	28	2.6	28	77	8	87	54	24	1	20	1.53
25052--25153	7	14.7	7	72	2	53	24	0	27	48	1.52
25053--25155	21	5.0	21	72	4	75	25	0	26	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180--25243	21	3.0	22	84	13	89	51	25	0	23	1.48
25474--25528	8	7.1	8	77	8	51	56	20	1	21	1.51
25467--25526	30	2.0	30	86	0	84	55	21	1	21	1.53
26121--26191	29	2.4	30	90	7	117	14	21	26	38	1.91
26133--26192	29	2.1	29	100	0	120	13	20	28	38	1.90
26473--26538	29	2.3	29	92	5	107	27	31	27	13	1.94
26716--26781	29	2.3	29	97	0	123	24	33	28	13	1.93
26384--26870	243	2.0	243	97	0	920	31	26	18	24	1.97
35067--35115	19	2.6	19	96	0	89	34	26	30	8	1.86
38652--38810	64	2.5	64	84	4	187	35	20	16	27	1.94
39465--39558	31	3.0	31	92	3	154	17	19	25	38	1.92
40399--40476	37	2.1	37	82	0	93	42	24	10	23	1.85
42422--42490	35	2.0	35	94	2	122	49	17	4	28	1.66
44611--44648	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
50768--50812	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
51434--51471	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
64933--65033	31	3.2	31	82	13	143	30	17	16	34	1.93
64930--65085	63	2.5	64	87	5	212	30	17	18	33	1.95
72821--72870	25	2.0	25	84	7	66	46	14	8	32	1.73
76913--76958	23	2.0	23	100	0	92	30	13	26	30	1.93
77273--77348	31	2.5	31	89	4	111	18	23	27	30	1.98
78265--78298	12	2.7	13	86	9	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78693--78750	7	8.4	7	77	11	57	46	29	1	22	1.62
78698--78756	14	4.3	14	74	20	61	47	27	1	23	1.61
79956--80027	29	2.4	29	90	4	117	38	26	19	15	1.91
80756--80838	44	1.9	43	85	7	114	43	1	9	45	1.44
80812--80878	34	2.0	34	86	13	95	41	1	14	41	1.55
80923--81006	14	6.0	14	73	8	73	21	0	27	51	1.48
80904--80971	21	3.2	21	87	2	91	19	0	27	52	1.46
80904--81012	28	4.1	28	85	9	124	20	0	27	52	1.47
80925--81019	14	6.8	13	74	17	61	20	0	28	51	1.47
81056--81134	21	3.8	22	70	12	60	53	25	1	20	1.53
81048--81174	14	9.2	14	70	9	82	48	25	1	23	1.60
81116--81174	21	2.8	21	68	0	55	47	25	1	25	1.61
81187--81288	7	14.7	7	72	2	53	24	0	27	48	1.52
81188--81290	21	5.0	21	72	4	75	25	0	26	48	1.51
81315--81378	21	3.0	22	84	13	89	51	25	0	23	1.48
81608--81662	8	7.1	8	77	8	51	56	20	1	21	1.51
81601--81660	30	2.0	30	86	0	84	55	21	1	21	1.53
82250--82320	29	2.4	30	90	7	117	14	21	26	38	1.91
82262--82321	29	2.1	29	100	0	120	13	20	28	38	1.90
82596--82666	29	2.4	29	93	4	117	23	32	28	15	1.95
82844--82909	29	2.3	29	97	0	123	24	33	28	13	1.93
82512--82998	243	2.0	243	97	0	911	31	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90788--90825	19	2.0	20	94	5	69	7	76	10	5	1.15
92062--92098	19	1.9	19	100	0	74	35	27	32	5	1.79
96412--96505	31	3.0	31	90	3	145	18	17	24	40	1.91
99387--99416	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
103021--103090	36	2.0	34	88	5	104	47	14	7	31	1.71
108955--108996	13	3.2	13	96	0	75	42	0	23	33	1.55
109551--109705	31	5.0	31	76	14	149	28	18	20	32	1.96
109548--109705	63	2.5	64	86	5	216	29	18	19	32	1.96
120397--120486	46	2.0	45	88	2	135	47	22	8	21	1.78
121958--122003	23	2.0	23	100	0	92	30	13	26	30	1.93
122318--122393	31	2.5	31	89	4	111	19	25	26	28	1.99
123738--123788	14	3.7	14	73	5	50	47	29	1	21	1.62
124355--124385	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
125552--125648	37	2.6	37	76	16	94	41	1	9	48	1.42
125646--125692	21	2.2	22	88	3	69	21	0	27	51	1.48
125834--125914	34	2.3	38	83	14	102	39	1	14	44	1.54
125959--126027	14	5.0	14	79	13	63	23	0	23	53	1.46
125961--126028	21	3.3	19	77	20	66	22	0	25	52	1.47
126003--126034	14	2.3	14	94	0	55	21	0	21	56	1.43
126068--126210	7	20.6	7	69	4	56	48	25	2	23	1.61
126223--126338	7	16.7	7	72	1	63	24	0	27	48	1.51
126221--126342	21	5.9	21	74	3	77	24	0	27	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126252--126311	28	2.1	28	84	0	75	25	0	23	51	1.48
126364--126427	21	3.1	20	80	6	74	50	26	1	21	1.58
126431--126517	35	2.5	36	78	14	101	47	11	1	40	1.47
126640--126664	7	3.6	7	100	0	50	48	40	0	12	1.40
126646--126689	22	2.0	22	90	0	70	52	27	0	20	1.47
126694--126766	38	2.0	38	82	12	91	46	13	0	39	1.44
126722--126814	44	2.1	45	82	8	109	52	10	0	36	1.36
126936--126987	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
127328--127400	29	2.4	29	90	4	119	13	21	27	36	1.92
127680--127745	29	2.3	29	94	0	114	24	31	28	15	1.95
127922--127987	29	2.3	29	91	0	105	27	33	25	13	1.94
127591--128076	242	2.0	243	95	1	877	31	26	18	24	1.97
142987--143115	46	2.8	46	92	5	215	33	0	37	29	1.58
142986--143137	48	3.2	47	89	4	227	32	0	36	30	1.63
143236--143268	17	1.9	17	88	11	50	30	3	54	12	1.52
148565--148688	46	2.6	46	84	6	140	45	21	12	20	1.83
159932--159980	20	2.5	19	77	6	53	77	2	10	10	1.07
159935--159980	19	2.4	19	81	3	56	78	2	8	10	1.05
160822--160893	35	2.1	35	91	0	117	30	20	9	38	1.85
161351--161781	109	4.0	109	95	0	772	20	18	27	33	1.96
170318--170350	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
170467--170497	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170489--170532	23	2.0	23	90	4	72	68	0	6	25	1.14
170497--170546	23	2.2	22	83	16	59	70	0	8	22	1.13
171009--171080	35	2.1	35	91	0	117	27	20	12	38	1.89
179984--180046	27	2.3	27	97	0	117	20	11	15	52	1.73
181234--181483	138	1.8	138	82	5	326	43	13	12	30	1.81
180958--181670	338	2.1	329	89	2	1075	42	13	14	30	1.83
181372--181831	200	2.3	199	83	4	588	41	14	13	30	1.84
181855--182017	87	1.9	87	92	0	272	35	14	8	41	1.77
181939--181983	23	2.0	23	95	0	81	42	20	4	33	1.72
183578--183650	36	2.0	36	89	5	112	23	15	34	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11