genome.fa.s8214.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008214.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2117680

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622300--622367	18	3.8	18	84	9	68	75	0	19	5	1.01
622275--622361	16	5.4	15	77	9	75	77	1	17	4	1.01
622331--622372	16	2.7	16	85	10	52	80	0	11	7	0.88
623724--624090	51	6.9	55	85	3	336	28	15	26	28	1.96
634376--634432	27	2.2	24	81	9	69	31	1	0	66	1.02
634377--634432	28	2.2	24	84	12	67	30	1	0	67	1.01
635143--635187	18	2.5	18	85	0	63	22	20	15	42	1.89
635458--635604	74	2.0	73	98	1	285	26	27	8	38	1.84
656720--656810	44	2.1	44	100	0	182	16	24	16	42	1.88
660247--660291	20	2.2	20	84	7	56	17	22	0	60	1.37
660267--660344	40	2.0	40	89	0	120	30	25	1	42	1.63
663806--663882	23	3.3	23	87	0	91	31	22	23	23	1.99
663795--663886	23	4.0	23	82	0	76	31	22	22	22	1.98
664638--664676	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
667810--667857	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
668236--668287	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
668246--668308	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
668710--668834	39	3.2	39	96	1	225	17	13	20	48	1.80
669092--669128	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
669377--669427	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
669695--669746	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
669705--669767	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670134--670196	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
669456--670295	429	2.0	431	98	0	1614	39	12	8	39	1.73
672505--672547	20	2.4	17	79	20	59	18	16	9	55	1.67
672510--672556	20	2.3	20	96	0	85	17	17	8	57	1.63
672678--672723	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
674057--674100	20	2.3	19	80	4	52	34	0	34	31	1.58
674247--674300	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
676977--677016	12	3.5	12	80	19	50	62	0	2	35	1.09
677098--677130	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
678960--679011	23	2.2	24	82	3	61	55	0	1	42	1.10
680825--680911	36	2.5	36	86	3	124	35	13	14	35	1.86
685173--685217	22	2.0	23	91	8	74	44	11	8	35	1.71
685835--685921	36	2.5	36	84	3	106	36	14	13	34	1.86
687592--687637	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
688066--688149	8	9.9	9	69	24	58	53	1	1	44	1.16
688066--688138	19	4.3	17	69	22	55	53	1	0	45	1.09
688077--688226	29	5.5	28	70	22	97	47	0	1	50	1.14
688050--688178	51	2.6	48	79	12	145	48	0	0	49	1.12
688197--688234	11	3.5	11	82	10	51	47	0	0	52	1.00
688229--688273	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
688615--688656	14	2.9	15	78	7	59	30	14	7	47	1.71
699325--699358	15	2.3	15	89	0	50	52	5	0	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702155--702196	20	2.1	20	86	8	59	30	7	7	54	1.54
707709--707748	16	2.5	17	88	11	59	27	10	0	62	1.27
709144--709191	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
711294--711477	30	6.2	30	76	7	160	17	14	8	59	1.59
711296--711480	60	3.1	59	80	3	190	18	12	8	60	1.58
720277--720325	25	2.0	25	87	0	71	34	18	26	20	1.95
720776--720819	15	2.9	15	86	6	54	70	9	18	2	1.24
720792--720829	20	1.9	20	88	0	58	76	7	15	0	1.01
720796--720866	12	5.6	12	72	22	56	78	8	9	2	1.05
724135--724259	62	2.0	62	92	3	207	20	19	22	38	1.94
724135--724244	31	3.5	31	98	0	211	18	20	21	40	1.92
728335--728459	31	4.0	31	93	2	207	19	18	23	39	1.93
731373--731447	31	2.4	29	81	14	80	28	17	13	41	1.87
731668--731851	40	4.4	41	69	11	131	25	34	17	21	1.96
731519--731986	131	3.6	129	83	4	546	26	32	17	23	1.97
731923--732036	43	2.8	41	77	9	124	21	31	20	26	1.98
732489--732522	13	2.6	13	95	0	59	11	26	23	38	1.89
733816--733878	29	2.2	28	80	8	72	17	14	4	63	1.47
734265--734307	5	8.2	5	87	7	59	18	4	2	74	1.10
735459--735501	18	2.3	19	80	8	52	55	16	0	27	1.41
738349--738406	29	2.1	28	87	6	82	58	5	1	34	1.30
739140--739193	21	2.6	21	96	0	99	14	12	31	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741003--741035	12	2.8	12	100	0	66	0	18	9	72	1.10
741363--741405	17	2.5	17	88	3	59	81	11	2	4	0.93
741385--741413	12	2.3	13	94	5	51	75	17	6	0	1.01
747146--747272	50	2.5	50	98	0	245	17	17	28	37	1.92
751985--752062	39	2.0	39	82	5	95	37	3	10	48	1.55
752257--752310	25	2.1	25	82	3	63	64	0	1	33	1.04
752864--752910	23	2.0	23	84	8	60	34	4	0	61	1.15
755374--755400	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
763816--763871	20	2.8	20	78	13	71	44	0	28	26	1.54
764079--764114	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
764278--764329	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
764413--764470	7	8.3	7	76	0	53	50	29	0	20	1.49
764419--764470	14	3.7	14	76	0	59	50	28	0	21	1.49
764413--764470	21	2.8	21	82	15	75	50	29	0	20	1.49
764839--764883	23	1.9	24	90	4	74	48	6	2	42	1.41
764956--765034	7	11.4	7	74	8	72	48	30	0	21	1.51
764963--765021	21	2.8	20	87	7	91	49	27	0	23	1.51
765034--765073	16	2.5	16	88	8	55	37	7	12	42	1.71
765288--765339	23	2.3	23	83	3	61	30	3	17	48	1.65
765264--765341	34	2.2	35	82	8	88	32	3	17	46	1.67
765779--765913	22	6.1	22	78	14	111	54	2	7	35	1.41
765787--765956	8	23.6	7	71	22	88	54	1	8	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765778--765932	65	2.4	65	85	11	210	55	1	7	34	1.40
765847--765955	36	3.0	36	85	8	141	53	2	7	36	1.43
765831--765941	22	5.1	22	78	14	108	54	2	7	36	1.42
765920--765964	16	3.1	16	75	21	53	51	0	6	42	1.28
765953--766023	21	3.6	21	69	19	62	42	2	0	54	1.14
765825--765986	73	2.2	73	80	12	176	53	2	5	38	1.38
765954--766016	18	3.3	19	75	8	65	44	3	0	52	1.17
775994--776533	82	6.7	82	70	13	247	38	9	18	34	1.82
782789--782822	18	1.9	17	88	5	50	14	23	32	29	1.94
787342--787377	18	2.0	18	88	0	54	27	27	22	22	1.99
802330--802361	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
803088--803142	27	2.1	27	82	3	67	29	21	7	41	1.80
805155--805205	22	2.3	22	83	6	59	47	5	3	43	1.46
806395--806786	189	2.1	183	90	5	601	42	3	8	45	1.49
807086--807116	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
808542--808572	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
809206--809240	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
812948--812982	5	6.8	5	87	6	52	34	0	0	65	0.93
812938--812991	15	3.5	15	76	11	56	33	0	0	66	0.92
816401--816440	19	2.1	19	85	0	53	60	5	2	32	1.32
816582--816617	3	12.0	3	93	0	63	33	30	0	36	1.58
816952--817019	21	3.2	21	78	0	64	26	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818806--818867	24	2.6	24	85	10	90	14	12	17	54	1.70
818817--818847	14	2.2	14	94	0	53	9	12	22	54	1.67
819225--819351	63	2.0	63	98	0	245	40	12	19	26	1.87
819659--819725	16	4.3	16	92	3	102	10	10	19	59	1.58
819657--819717	32	1.9	32	96	0	113	8	13	22	55	1.64
819787--819819	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
837431--837537	36	3.0	36	97	0	196	28	22	21	28	1.99
841204--841422	121	1.8	122	85	5	309	43	8	9	37	1.68
847323--847361	20	1.9	21	94	5	71	53	0	0	46	1.00
847923--847983	25	2.6	22	72	18	61	36	11	6	45	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11