genome.fa.s8259.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110912_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4195--4246	23	2.3	23	96	0	95	26	25	26	21	1.99
7967--8010	8	5.4	8	82	15	54	84	11	4	0	0.77
8936--8988	22	2.4	22	96	0	97	37	13	20	28	1.90
19702--19753	23	2.3	23	96	0	95	26	25	26	21	1.99
21308--21349	22	1.9	23	85	9	61	42	4	11	40	1.63
23489--23531	8	5.0	8	78	15	50	83	11	4	0	0.78
23489--23554	18	3.6	18	84	12	64	80	12	3	4	0.98
23490--23534	21	2.2	21	84	4	56	86	8	4	0	0.69
23489--23564	18	4.2	17	75	17	55	77	11	3	6	1.09
25993--26034	22	1.9	23	85	9	61	42	4	11	40	1.63
27994--28031	20	1.9	20	88	0	58	23	18	31	26	1.97
28829--28953	62	2.0	62	90	3	198	20	16	22	41	1.90
28829--28940	31	3.6	31	90	0	170	18	16	22	41	1.90
32024--32091	23	3.0	23	82	8	93	17	25	26	30	1.97
38709--38748	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
43464--43491	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54839--54933	48	2.0	47	87	4	138	35	11	13	38	1.81
59466--59536	20	3.6	20	80	1	90	45	22	18	14	1.85
59619--59649	11	2.8	11	100	0	62	74	16	9	0	1.07
59883--59944	22	2.8	22	87	0	88	19	12	38	29	1.89
60127--60177	20	2.5	20	96	0	93	21	19	21	37	1.95
60174--60219	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60267--60317	19	2.7	19	93	0	84	23	19	25	31	1.98
62297--62359	23	2.7	24	76	18	62	68	3	3	25	1.19
62354--62623	37	7.5	34	82	8	227	40	8	5	45	1.57
62386--62617	73	3.2	73	89	4	321	43	8	4	43	1.55
62386--62626	37	6.7	35	84	7	277	42	7	4	44	1.55
65203--65504	99	3.0	100	85	3	412	33	18	14	33	1.91
70934--71196	37	7.3	36	82	7	250	41	7	4	45	1.54
70929--71196	74	3.7	73	83	5	312	42	7	4	45	1.53
76686--76723	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
84773--84812	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
86777--86866	45	2.0	46	88	2	137	27	16	25	30	1.97
87296--87345	18	2.8	18	96	0	91	18	28	32	22	1.97
90869--90906	20	1.9	20	100	0	76	34	21	21	23	1.97
91388--91433	2	23.0	2	100	0	92	0	0	50	50	1.00
91692--91759	18	3.8	18	94	0	118	17	26	32	23	1.97
95993--96036	23	1.9	23	95	0	79	22	22	27	27	1.99
98027--98063	19	2.0	18	94	5	65	2	16	32	48	1.60
98874--98937	19	3.2	20	72	14	53	43	1	1	53	1.19
98883--98932	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
98850--98936	31	2.8	30	79	10	95	41	1	3	54	1.25
99659--99726	31	2.2	31	84	7	84	52	2	1	42	1.25
102441--102492	20	2.6	21	78	9	63	28	15	32	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107097--107174	30	2.6	30	84	10	88	30	11	7	50	1.67
108395--108704	103	2.9	104	79	8	333	43	12	10	32	1.77
108650--108713	29	2.2	29	94	0	110	45	12	10	31	1.77
108695--109116	109	3.9	105	75	8	248	38	10	10	40	1.75
108751--109116	109	3.4	107	77	7	357	37	10	10	41	1.74
118234--118373	32	4.3	33	77	1	113	28	22	19	29	1.98
118230--118417	64	2.9	64	76	2	180	28	20	21	29	1.98
119604--119641	18	2.1	18	85	9	51	44	26	0	28	1.54
119597--119712	39	2.9	39	83	3	135	43	24	3	29	1.70
127158--127408	7	32.6	8	77	19	168	9	17	0	73	1.08
127166--127309	31	4.9	30	73	23	137	11	15	0	72	1.11
127158--127408	38	6.3	39	75	17	189	9	17	0	73	1.08
127143--127327	87	2.1	86	82	11	245	11	15	0	72	1.12
127145--127413	74	3.7	73	80	15	226	9	17	0	72	1.10
127311--127383	8	9.4	8	78	15	64	1	20	0	78	0.83
127154--127394	95	2.5	94	81	14	241	9	17	0	73	1.08
137063--137233	45	3.8	45	94	0	288	36	21	13	28	1.91
139867--139946	42	1.9	42	94	0	142	5	25	15	55	1.60
149277--149566	131	2.3	131	85	9	402	33	19	17	30	1.95
150657--151186	280	1.9	280	86	1	749	34	15	14	35	1.87
151829--151965	41	3.4	39	75	4	121	33	16	19	29	1.94
151829--151929	40	2.5	41	81	1	105	33	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152112--152359	83	3.0	83	79	4	250	34	16	14	34	1.89
152401--152495	46	2.1	46	97	0	181	36	21	12	29	1.90
153470--153580	39	2.9	39	90	1	170	42	28	3	25	1.72
156143--156279	60	2.3	61	80	2	152	42	5	19	32	1.73
156661--156689	12	2.3	13	94	5	51	62	6	3	27	1.37
161868--161918	26	1.9	27	84	4	68	50	1	1	45	1.24
161868--162694	340	2.5	337	93	2	1392	44	5	7	43	1.53
169355--169405	24	2.1	24	88	0	75	13	9	17	58	1.61
169358--169405	14	3.7	14	71	21	50	12	10	18	58	1.62
172901--172925	6	4.2	6	100	0	50	68	16	0	16	1.22
174730--174773	19	2.5	17	82	10	54	43	9	6	40	1.63
177365--177425	25	2.5	24	91	2	95	47	8	6	37	1.59
180806--180851	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
181073--181132	31	2.0	30	87	9	86	36	25	1	36	1.66
182088--182122	10	3.4	10	88	4	52	68	0	28	2	1.04
187694--187749	23	2.4	23	93	0	94	28	23	26	21	1.99
187965--188025	31	2.0	31	84	9	81	36	21	3	39	1.70
189027--189053	10	2.7	10	100	0	54	70	0	29	0	0.88
194050--194093	18	2.4	18	84	0	61	65	2	22	9	1.32
201931--202018	34	2.7	32	83	3	95	34	2	1	62	1.15
206441--206479	20	2.0	20	89	0	60	20	12	17	48	1.80
207683--207785	12	8.0	12	78	15	100	79	5	14	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207683--207785	14	8.0	13	81	11	115	79	5	14	0	0.91
207683--207785	26	4.0	26	87	10	142	79	5	14	0	0.91
207690--207788	40	2.5	40	87	7	134	80	5	14	0	0.87
207683--207786	25	4.0	25	84	9	104	79	5	14	0	0.90
208921--209402	76	6.4	75	80	8	329	30	17	12	39	1.86
208981--209404	76	5.6	76	83	6	515	30	17	11	40	1.85
208981--209400	226	1.8	229	84	6	577	31	17	11	40	1.85
208981--209404	150	2.8	151	84	6	554	30	17	11	40	1.85
209378--209450	35	2.1	36	86	2	103	24	21	13	39	1.90
209378--209652	101	2.7	101	87	1	383	28	19	12	38	1.89
209465--209551	36	2.4	35	79	7	93	27	19	11	41	1.86
209566--209687	36	3.4	36	87	0	172	25	21	14	38	1.92
209465--210091	137	4.6	135	76	15	594	28	18	14	38	1.90
209630--209818	65	2.9	64	88	4	263	29	17	14	38	1.89
209703--209837	36	3.9	36	67	21	101	26	17	15	40	1.90
209703--210046	101	3.4	100	86	1	472	28	18	14	38	1.90
209783--209854	36	2.0	36	88	0	108	26	19	15	38	1.91
209609--209919	166	1.9	166	92	1	525	29	17	14	38	1.89
209969--210374	36	11.4	36	75	7	344	24	21	15	38	1.91
209957--210321	182	2.0	183	85	1	500	26	20	14	38	1.92
211703--211727	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
213268--213389	36	3.5	36	84	3	151	42	25	2	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223876--223900	8	3.1	8	100	0	50	52	0	36	12	1.39
224715--224826	53	2.1	53	84	0	143	27	17	17	36	1.93
233298--233347	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
234481--234510	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
238300--238329	12	2.5	12	88	0	51	80	0	0	20	0.72
238813--238862	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
242002--242163	53	3.1	53	89	1	227	27	15	18	38	1.91
242941--243031	31	3.0	30	79	7	103	37	20	14	27	1.92
243079--243121	22	2.0	22	90	0	68	25	23	9	41	1.84
243161--243192	16	2.0	17	88	11	50	43	18	6	31	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11