genome.fa.s8259.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110912_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1319138--1319317	61	3.0	60	78	10	161	16	12	8	62	1.53
1319252--1319329	30	2.6	28	78	11	75	15	14	10	60	1.59
1328306--1328371	19	3.3	20	72	18	57	68	0	4	27	1.09
1328342--1328378	16	2.4	15	86	4	56	70	0	0	29	0.88
1329029--1329232	75	2.7	75	86	5	263	55	12	1	29	1.48
1331005--1331052	20	2.4	20	86	6	62	72	0	4	22	1.01
1331005--1331052	5	9.6	5	77	8	53	72	0	4	22	1.01
1331061--1331105	11	4.1	11	86	8	65	82	2	2	13	0.86
1331067--1331113	16	2.8	17	83	3	51	78	4	6	10	1.06
1336087--1336131	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
1343980--1344107	43	3.0	43	80	8	136	22	2	20	54	1.56
1346228--1346272	18	2.4	19	88	3	65	64	4	2	28	1.25
1348005--1348054	18	2.7	19	81	6	57	46	2	12	40	1.52
1348057--1348133	22	3.5	22	75	7	75	51	0	5	42	1.24
1348061--1348132	20	3.3	20	70	20	56	51	0	5	43	1.25
1348071--1348145	23	3.3	23	72	10	82	49	0	9	41	1.35
1348051--1348170	45	2.8	45	86	7	151	50	0	8	41	1.33
1348254--1348293	16	2.5	17	80	19	50	32	2	0	65	1.06
1349306--1349355	18	2.7	19	84	6	66	42	12	0	46	1.41
1353088--1353181	49	1.9	49	91	0	152	45	14	3	36	1.61
1366353--1366457	37	2.8	37	86	0	147	40	14	15	29	1.86
1367256--1367325	22	3.3	21	75	16	65	32	4	0	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367377--1367429	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
1367722--1367806	24	3.6	23	73	17	75	16	5	1	76	1.04
1367728--1367769	17	2.4	18	84	4	50	7	7	2	83	0.89
1367722--1367795	11	6.2	12	69	13	55	16	4	1	78	0.97
1370812--1370866	16	3.5	15	81	16	67	80	7	12	0	0.91
1371694--1371756	24	2.8	21	77	13	63	33	11	6	49	1.64
1371920--1371956	18	2.0	19	94	5	67	18	5	32	43	1.73
1372333--1373812	106	14.0	106	88	1	2064	34	24	17	23	1.96
1374544--1374648	37	2.8	37	83	0	138	41	14	15	28	1.86
1375329--1375369	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
1375931--1375994	27	2.4	27	76	19	64	15	7	3	73	1.19
1385303--1385441	38	3.7	38	86	2	183	41	12	4	42	1.62
1385442--1385486	22	2.1	21	87	4	63	44	13	2	40	1.56
1397912--1397982	22	3.3	22	82	7	76	46	30	0	22	1.52
1397947--1397977	14	2.1	15	94	5	55	54	25	0	19	1.44
1398413--1398445	5	6.6	5	100	0	66	39	18	0	42	1.50
1398926--1398988	11	5.9	11	69	14	51	38	3	1	57	1.24
1403854--1403911	19	2.8	21	77	17	68	18	17	36	27	1.94
1404300--1404333	14	2.4	14	90	0	50	52	2	8	35	1.47
1406650--1406729	23	3.6	22	80	14	101	28	18	26	26	1.98
1406631--1406729	23	4.5	22	78	13	98	27	19	28	25	1.98
1415076--1415236	65	2.5	66	85	5	204	33	23	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1415076--1415256	65	2.8	64	80	13	192	32	24	16	27	1.96
1421056--1421134	23	3.5	23	72	8	81	24	24	25	26	2.00
1423879--1423986	45	2.4	46	89	7	168	29	20	18	31	1.96
1425648--1425710	18	3.5	18	91	0	99	28	30	20	20	1.98
1425652--1425718	18	3.8	17	86	9	80	29	29	19	20	1.97
1428141--1428194	15	3.7	15	92	5	92	48	38	12	0	1.42
1428326--1428417	40	2.3	41	84	5	116	35	7	11	44	1.70
1441019--1442002	133	7.5	132	76	9	732	31	18	19	30	1.96
1441334--1441560	114	2.0	113	85	2	303	32	18	18	29	1.95
1441198--1441958	247	3.0	247	81	9	884	31	18	19	30	1.96
1441066--1441826	380	2.0	380	83	2	965	31	18	19	30	1.96
1441449--1441976	267	2.0	267	89	2	810	30	17	20	30	1.96
1442081--1442602	76	6.9	76	76	6	432	38	14	18	28	1.90
1442099--1442602	38	13.3	38	77	6	378	38	14	18	28	1.90
1443792--1443922	42	3.0	44	80	5	149	29	19	12	38	1.88
1444039--1444068	13	2.4	12	89	10	51	56	0	10	33	1.32
1448677--1448720	14	3.1	14	83	3	52	75	0	9	15	1.05
1448681--1448722	15	2.9	15	82	3	50	73	0	9	16	1.08
1448762--1448803	11	3.9	11	90	6	68	69	0	2	28	1.01
1448762--1448803	21	2.0	22	90	4	68	69	0	2	28	1.01
1450044--1450274	121	1.9	119	84	5	304	45	8	8	38	1.65
1450369--1450411	13	3.1	14	83	10	61	69	0	4	25	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450369--1450411	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
1450369--1450433	12	5.2	12	72	20	53	66	1	4	27	1.20
1451718--1451795	3	27.0	3	76	17	58	60	1	0	38	1.05
1451739--1451805	23	3.0	23	80	8	75	67	2	0	29	1.06
1452065--1453492	113	12.6	113	94	1	2120	28	20	15	36	1.92
1454307--1454531	40	4.6	52	70	17	133	24	23	15	37	1.93
1458961--1459003	22	2.0	22	90	0	68	0	18	0	81	0.69
1464551--1464602	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
1464783--1464825	13	3.1	14	83	10	61	69	0	4	25	1.07
1464783--1464825	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
1464783--1464847	12	5.2	12	72	20	53	66	1	4	27	1.20
1466147--1466223	3	27.0	3	78	15	65	61	1	0	37	1.05
1466147--1466219	19	3.7	20	85	7	87	60	1	0	38	1.06
1466168--1466226	19	2.9	21	82	10	77	66	1	0	32	1.02
1466168--1466234	22	3.0	22	79	12	75	67	2	0	29	1.06
1470155--1470191	14	2.5	15	91	4	58	45	2	5	45	1.40
1478953--1479046	21	4.6	20	78	5	89	20	23	19	37	1.94
1478940--1479046	41	2.6	41	81	8	103	20	23	19	36	1.95
1479036--1479129	20	4.7	20	80	2	116	40	18	20	21	1.92
1479036--1479129	41	2.3	41	83	1	118	40	18	20	21	1.92
1479669--1479753	19	4.7	19	73	15	72	45	22	21	10	1.82
1479675--1479740	33	2.0	34	90	3	107	42	22	24	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479779--1479842	20	3.1	21	77	8	69	12	23	15	48	1.79
1481595--1481862	95	3.1	82	82	14	333	21	13	18	47	1.82
1481676--1481884	95	2.2	93	91	2	330	20	12	18	48	1.81
1481522--1481862	178	2.0	171	88	4	511	22	13	18	46	1.83
1481971--1482046	19	4.0	19	86	5	109	50	15	25	9	1.74
1482074--1482165	31	2.9	32	83	4	114	10	18	23	46	1.80
1484109--1484268	33	4.8	33	96	0	284	13	24	17	45	1.84
1484163--1484250	14	5.6	14	70	23	59	12	23	18	45	1.83
1484241--1484295	20	2.8	20	88	2	76	21	20	18	40	1.92
1484262--1484334	20	3.6	20	68	17	51	24	17	23	34	1.96
1486755--1486808	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
1486755--1486822	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
1487667--1487865	41	4.8	41	83	5	233	38	16	22	23	1.93
1487656--1487865	61	3.4	60	82	7	228	37	16	22	24	1.94
1487656--1487865	21	10.2	20	80	10	187	37	16	22	24	1.94
1494394--1495547	5	232.8	5	93	5	1981	19	20	20	39	1.93
1502896--1503007	8	13.4	8	74	15	77	78	0	16	5	0.92
1502892--1503003	19	6.3	18	75	20	85	78	0	16	5	0.92
1502937--1503003	18	3.6	18	84	13	82	79	0	14	5	0.92
1505033--1505487	91	5.0	91	90	0	714	36	16	21	25	1.94
1505973--1506494	213	2.4	215	84	6	645	32	16	18	32	1.93
1506422--1506641	42	5.3	42	77	7	214	27	19	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506422--1506634	84	2.5	84	80	8	236	28	18	18	34	1.95
1506698--1506823	37	3.4	37	77	2	137	40	22	11	25	1.88
1507003--1507042	3	12.7	3	89	10	62	37	0	0	62	0.95
1508832--1508863	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1510564--1510623	26	2.2	26	91	5	93	41	8	3	46	1.50
1513599--1513623	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1515170--1515247	32	2.4	32	95	0	147	34	10	7	47	1.66
1515508--1515938	223	1.9	223	90	0	684	34	6	21	38	1.78
1517859--1517887	14	2.0	15	93	6	51	55	0	27	17	1.42
1519405--1519453	19	2.7	18	81	6	53	34	0	14	51	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11