genome.fa.s8259.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110912_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1929045--1929090	22	2.1	21	84	4	56	43	2	6	47	1.41
1946908--1946950	19	2.3	19	87	0	59	53	6	2	37	1.41
1947960--1947986	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
1947986--1948030	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
1949605--1949712	42	2.6	41	83	5	119	23	20	21	35	1.96
1949434--1950111	259	2.6	259	87	3	907	33	12	17	35	1.88
1958340--1958402	33	1.9	33	81	9	76	52	4	14	28	1.62
1958476--1958534	22	2.7	22	86	5	75	27	23	22	27	1.99
1963988--1964074	44	2.0	44	97	0	165	35	22	18	22	1.95
1971982--1972180	84	2.4	84	80	5	228	32	13	16	37	1.87
1971982--1972171	83	2.3	82	82	6	224	32	13	15	37	1.87
1972211--1972352	74	1.9	73	86	1	203	27	14	19	38	1.91
1985638--1985682	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
1987973--1988051	21	3.8	21	89	3	115	22	3	24	49	1.66
1987966--1988056	21	4.3	21	87	2	112	23	3	21	51	1.62
1988228--1988311	44	1.9	44	82	0	105	27	22	19	30	1.98
1990780--1990818	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1993557--1993589	12	2.6	13	85	9	50	75	6	12	6	1.16
1994293--1994345	27	2.0	27	92	0	88	43	3	0	52	1.19
1996155--1996230	2	39.5	2	92	7	131	48	0	0	51	1.00
1998059--1998093	18	1.9	18	100	0	70	60	11	17	11	1.59
1998921--1998954	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999137--1999162	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1999948--2000005	3	20.0	3	83	13	68	36	1	0	62	1.06
1999952--1999999	17	2.6	18	87	9	62	37	2	0	60	1.09
1999948--2000005	20	2.7	21	86	10	82	36	1	0	62	1.06
2000407--2000447	22	1.9	21	85	14	57	70	9	19	0	1.14
2001456--2001501	22	2.1	21	84	4	56	43	2	0	54	1.12
2002619--2002643	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2005399--2005430	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2009099--2009133	17	2.1	17	100	0	70	51	11	11	25	1.71
2009207--2009235	10	2.9	10	100	0	58	20	17	0	62	1.33
2009201--2009248	10	5.1	9	85	12	53	22	18	0	58	1.39
2009201--2009258	18	2.9	19	76	21	57	22	17	0	60	1.36
2012752--2012795	15	2.9	15	90	6	63	75	0	25	0	0.81
2012756--2012785	12	2.5	12	94	0	51	76	0	23	0	0.78
2013118--2013151	16	2.2	16	89	5	52	32	2	5	58	1.37
2014065--2014374	92	3.6	82	89	6	415	24	12	23	38	1.90
2015138--2015918	124	6.6	113	77	12	713	39	14	18	27	1.89
2015474--2016008	124	4.5	122	80	9	569	41	15	18	24	1.89
2015138--2015918	236	3.3	234	89	2	1136	39	14	18	27	1.89
2016173--2016201	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2016200--2016251	3	17.3	3	91	0	86	38	0	0	61	0.96
2018420--2018474	15	3.7	15	73	11	51	52	7	10	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018479--2018517	14	2.7	14	85	14	53	46	0	20	33	1.51
2023112--2023232	61	2.0	60	86	1	170	25	24	25	23	2.00
2024574--2024606	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2033424--2033585	81	2.0	81	98	0	315	30	8	20	40	1.83
2033430--2033554	39	3.1	39	62	18	94	31	7	21	40	1.80
2034299--2034459	32	5.1	32	80	10	190	27	17	19	35	1.94
2034299--2034454	63	2.5	64	87	6	221	27	17	19	35	1.94
2043230--2043276	3	15.7	3	78	8	51	59	0	0	40	0.97
2043473--2043938	126	3.7	126	84	2	546	28	20	20	30	1.98
2044112--2044184	37	1.9	38	83	2	94	38	9	19	32	1.84
2045356--2045413	22	2.7	21	79	12	55	1	15	8	74	1.14
2052028--2052161	60	2.2	61	81	4	155	15	23	36	24	1.94
2052391--2052446	17	3.4	17	73	14	62	42	0	0	57	0.99
2052381--2052448	33	2.2	31	86	7	93	38	0	0	61	0.96
2052359--2052437	27	3.0	27	68	14	67	36	0	1	62	1.04
2052395--2052456	33	1.9	32	90	3	97	43	0	0	56	0.99
2052396--2052477	15	5.3	15	71	15	60	40	0	0	59	0.97
2052423--2052491	29	2.3	31	78	9	72	39	1	2	56	1.23
2054256--2054328	21	3.5	21	88	0	101	19	34	26	20	1.96
2054876--2054918	19	2.3	20	80	15	56	46	4	9	39	1.57
2054876--2054919	18	2.4	19	85	11	56	47	4	9	38	1.56
2055321--2056239	139	6.6	139	90	0	1383	33	24	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061107--2061156	20	2.5	19	87	9	73	54	4	0	42	1.19
2061535--2061559	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2061793--2061846	26	2.1	25	82	3	63	44	29	0	25	1.54
2064147--2064177	16	1.9	16	100	0	62	32	22	25	19	1.97
2069093--2069208	35	3.3	34	84	11	119	32	20	18	28	1.96
2069146--2069224	20	4.2	20	69	21	62	30	21	18	29	1.97
2069146--2069268	55	2.2	55	88	0	174	30	22	17	30	1.96
2069214--2069375	35	4.7	34	76	9	141	31	19	21	27	1.98
2069201--2069375	69	2.5	70	81	6	205	30	20	21	28	1.98
2069852--2069927	3	25.3	3	87	10	111	31	2	0	65	1.06
2071024--2071232	109	1.9	109	79	5	235	20	15	16	46	1.83
2074293--2074515	55	4.0	55	88	1	313	34	13	20	31	1.91
2074308--2074526	109	2.0	110	87	1	314	35	11	19	33	1.88
2074334--2074560	109	2.1	110	82	4	271	35	10	19	34	1.85
2074726--2075184	68	6.8	68	93	0	767	30	14	25	29	1.95
2075135--2075371	81	2.9	81	86	3	309	35	13	23	27	1.93
2075399--2075615	45	4.8	45	86	4	283	47	6	19	25	1.73
2075397--2075615	91	2.4	90	87	3	298	47	6	19	26	1.73
2075452--2075748	91	3.3	90	79	3	274	43	9	20	26	1.82
2075399--2075660	136	1.9	136	81	3	312	45	8	20	25	1.78
2075588--2075755	45	3.7	45	82	2	185	40	11	20	27	1.86
2077997--2078078	41	2.0	41	95	0	146	39	17	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082194--2082231	18	2.2	17	86	13	51	28	10	0	60	1.30
2085317--2085359	21	2.1	21	91	4	70	27	30	20	20	1.98
2091825--2091873	21	2.3	22	96	3	91	8	14	20	57	1.63
2092548--2092653	2	57.0	2	72	20	79	51	6	0	41	1.28
2092550--2092653	11	9.4	11	79	9	113	51	6	0	41	1.28
2092640--2092711	22	3.0	24	82	12	94	45	6	1	45	1.38
2092651--2092808	60	2.6	59	80	11	169	42	10	2	44	1.53
2092714--2092769	23	2.4	24	84	3	78	41	12	3	42	1.60
2092714--2092771	24	2.4	25	80	11	77	41	13	3	41	1.62
2092777--2092870	34	2.6	38	87	11	128	42	7	3	46	1.47
2092777--2092891	34	3.2	34	83	11	126	43	6	3	46	1.47
2092777--2092891	38	3.2	35	82	16	123	43	6	3	46	1.47
2093094--2093146	27	2.0	27	92	0	88	52	5	0	41	1.25
2093094--2093142	15	3.5	15	75	16	59	51	6	0	42	1.27
2094047--2094096	21	2.3	21	86	10	66	40	0	2	58	1.10
2094096--2094188	44	2.1	46	85	4	127	51	8	5	34	1.55
2098102--2098255	75	2.0	76	89	1	238	24	14	16	44	1.86
2101195--2101388	15	13.0	15	97	1	354	48	0	0	51	1.00
2101210--2101443	30	7.5	33	88	8	124	46	0	2	51	1.13
2101387--2101863	80	5.9	79	79	14	360	33	0	14	51	1.42
2101468--2101577	32	3.7	32	73	23	123	36	0	11	51	1.39
2101492--2101542	22	2.3	22	96	3	93	37	0	11	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101545--2101592	22	2.4	18	73	23	51	31	0	14	54	1.41
2101376--2101783	134	3.2	133	86	10	529	34	0	13	51	1.42
2101554--2101624	22	3.1	22	75	16	81	29	0	16	53	1.44
2101468--2101874	192	2.1	193	85	9	611	33	0	14	51	1.42
2101681--2101766	32	2.7	32	98	0	163	34	0	13	51	1.42
2101387--2101783	214	1.9	215	87	3	586	34	0	14	51	1.42
2101826--2101868	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2101433--2101881	112	4.1	111	76	15	473	34	0	14	51	1.44
2108760--2108911	29	5.2	29	73	4	117	31	4	21	42	1.73
2108726--2108895	89	1.9	89	84	2	225	29	5	21	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11