genome.fa.s8259.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008259.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110912_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2373650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109801--2110092	42	7.0	42	93	3	491	19	23	25	31	1.98
2109801--2110131	84	3.9	84	92	3	524	18	24	25	32	1.97
2109801--2110131	126	2.6	126	89	5	490	18	24	25	32	1.97
2116002--2116038	11	3.6	11	89	10	53	18	21	27	32	1.97
2116090--2116167	29	2.6	30	83	2	95	20	6	25	47	1.74
2116126--2116205	40	2.0	40	87	2	117	27	3	22	46	1.69
2116166--2116226	29	2.2	29	85	8	83	31	6	19	42	1.77
2117186--2117393	42	5.0	41	88	4	308	19	25	25	30	1.98
2117191--2117393	84	2.4	84	94	1	345	19	25	24	31	1.98
2118751--2118844	40	2.3	40	81	13	97	35	25	12	26	1.92
2118752--2119090	166	2.1	164	88	2	491	32	20	16	30	1.95
2119632--2119698	19	3.5	19	97	0	125	32	19	23	23	1.97
2123843--2123888	15	2.9	16	81	12	60	69	0	8	21	1.15
2123851--2123905	19	3.2	17	82	10	51	70	0	9	20	1.13
2124037--2124081	23	2.0	23	86	8	65	75	0	4	20	0.97
2124041--2124088	15	3.0	16	82	11	62	72	0	4	22	1.01
2124067--2124120	23	2.3	23	77	3	63	59	3	5	31	1.38
2124169--2124194	12	2.2	12	100	0	52	65	0	15	19	1.27
2124187--2124241	12	4.2	13	77	22	53	63	1	0	34	1.05
2124196--2124254	24	2.4	25	80	13	68	61	5	0	33	1.18
2125963--2126217	109	2.4	108	86	3	370	23	19	24	32	1.97
2137732--2137785	15	3.4	15	76	20	56	72	0	7	20	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137908--2137971	13	4.9	12	77	21	58	76	0	3	20	0.92
2137909--2137970	27	2.5	24	82	15	72	75	0	3	20	0.94
2138152--2138206	15	3.6	15	79	11	58	70	5	5	18	1.26
2138168--2138203	16	2.2	16	95	0	63	69	5	5	19	1.29
2139290--2139342	22	2.5	22	75	3	63	49	1	1	47	1.23
2140796--2140848	7	7.7	7	74	4	54	35	18	22	22	1.95
2140816--2140841	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
2142000--2142574	287	2.0	285	84	2	740	46	6	14	32	1.69
2142581--2142611	14	2.2	14	100	0	62	29	51	19	0	1.47
2142583--2142614	4	8.5	4	86	13	50	28	50	21	0	1.49
2142577--2142614	18	2.1	18	95	0	67	31	50	18	0	1.47
2142710--2142760	21	2.4	21	83	3	66	49	3	5	41	1.45
2149787--2149847	22	2.8	22	89	0	95	47	18	11	22	1.80
2153514--2153621	46	2.3	46	92	3	173	32	29	17	20	1.96
2153558--2153593	18	2.0	18	94	0	63	22	30	22	25	1.99
2153576--2153642	28	2.4	28	89	0	98	34	26	16	22	1.95
2153583--2153649	28	2.4	27	85	9	89	35	29	16	17	1.92
2154179--2154228	25	2.0	25	92	0	82	24	20	12	44	1.85
2157355--2157390	14	2.6	14	86	0	54	41	16	0	41	1.48
2157633--2157765	46	2.9	46	94	0	230	30	29	20	20	1.97
2157677--2157758	18	5.0	18	70	27	74	26	31	20	20	1.98
2158261--2158310	25	2.0	25	88	0	73	26	20	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159586--2159623	20	1.9	19	89	5	58	44	18	13	23	1.85
2160137--2160574	55	8.0	55	91	0	680	36	10	18	34	1.86
2162677--2162791	52	2.2	52	93	0	203	20	17	17	45	1.86
2173345--2173473	64	2.0	65	98	1	251	38	10	21	29	1.86
2174735--2174778	23	1.9	23	95	0	79	22	20	27	29	1.99
2174735--2174793	23	2.7	22	84	5	75	20	18	27	33	1.96
2176675--2176893	53	4.1	52	83	6	246	27	17	19	35	1.94
2178175--2178243	18	3.6	18	76	16	66	37	13	23	26	1.91
2178139--2178318	93	1.9	92	82	5	220	38	14	21	25	1.91
2178653--2178730	34	2.3	34	88	0	111	47	12	20	19	1.82
2178752--2179057	26	13.2	25	63	22	105	41	11	23	23	1.87
2178863--2178986	20	5.6	20	68	20	77	41	11	24	22	1.86
2178688--2179090	46	8.8	46	87	0	529	42	11	22	23	1.86
2184697--2184737	22	1.9	21	85	5	55	36	12	21	29	1.90
2185235--2185766	46	11.6	46	91	0	778	42	14	22	21	1.88
2187613--2188887	81	15.8	81	86	1	1693	36	11	21	30	1.88
2187613--2188887	161	7.9	162	86	1	1731	36	11	21	30	1.88
2194082--2194360	81	3.4	81	87	0	378	37	12	18	31	1.88
2194303--2194417	54	2.1	54	91	0	185	39	11	19	30	1.86
2194222--2194474	135	1.9	135	91	0	416	37	11	20	30	1.89
2194357--2195171	161	5.1	162	89	2	1167	37	11	21	30	1.89
2194357--2195171	81	10.1	81	88	2	1156	37	11	21	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195979--2196028	23	2.2	23	85	0	64	20	18	26	36	1.95
2200693--2200731	15	2.8	14	88	11	62	43	5	15	35	1.69
2200594--2200765	75	2.3	77	79	7	190	39	6	19	33	1.79
2200675--2200727	15	3.5	15	82	15	65	35	7	18	37	1.80
2200621--2200787	75	2.2	74	81	6	176	38	7	19	34	1.80
2200863--2200936	23	3.2	22	73	7	67	16	22	22	37	1.93
2201065--2201161	12	8.3	12	76	6	65	42	0	24	32	1.55
2201064--2201154	24	3.8	24	86	2	121	40	0	24	35	1.55
2201064--2201151	6	14.7	6	84	0	104	40	0	23	35	1.55
2203783--2203856	32	2.3	32	78	0	94	17	31	27	24	1.97
2203903--2203947	24	2.0	22	83	16	56	37	15	6	40	1.74
2205851--2205888	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2207975--2208028	24	2.2	24	93	0	99	50	22	16	11	1.77
2217830--2217879	22	2.5	19	78	12	55	58	0	0	42	0.98
2218810--2218834	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2226152--2226244	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
2226152--2226244	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
2226233--2226346	20	5.7	20	84	2	120	33	24	16	25	1.96
2226230--2226346	61	1.9	61	87	0	171	35	23	16	24	1.95
2226862--2226917	19	2.9	19	86	2	85	48	23	17	10	1.79
2226929--2227011	18	4.4	19	91	5	134	10	19	21	48	1.79
2226947--2227022	38	2.0	39	84	7	102	9	19	26	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226998--2227066	33	2.1	33	91	0	111	11	23	26	39	1.88
2230508--2230544	14	2.6	14	91	0	65	29	0	24	45	1.53
2232964--2232988	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2233161--2233212	23	2.3	23	89	0	77	40	21	17	21	1.91
2234286--2234436	19	8.6	19	82	14	184	13	21	18	45	1.84
2234305--2234419	33	3.2	35	85	12	155	14	20	17	47	1.82
2234286--2234403	52	2.3	50	94	2	209	13	21	17	47	1.82
2236391--2236456	19	3.5	19	82	0	87	36	24	24	15	1.93
2236429--2236505	30	2.5	31	91	6	120	45	24	19	10	1.81
2236447--2236493	17	3.0	16	80	20	55	46	25	17	10	1.79
2236446--2236500	13	3.8	13	76	19	56	45	27	18	9	1.79
2236512--2236574	18	3.7	18	75	18	71	12	20	22	44	1.85
2236558--2236603	20	2.3	20	81	3	58	17	23	19	39	1.92
2238280--2238317	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
2238578--2238620	22	2.0	22	95	0	77	18	16	44	20	1.87
2238825--2238902	41	1.9	41	89	0	120	23	15	23	38	1.92
2238786--2238899	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
2238888--2238983	20	4.7	21	77	5	106	16	23	17	41	1.89
2238868--2238983	41	2.8	41	92	2	153	18	22	18	39	1.92
2239815--2239865	27	1.9	26	88	4	75	68	0	13	17	1.21
2241074--2241920	276	3.1	276	85	2	1074	42	14	13	29	1.84
2241074--2241923	138	6.1	138	83	4	944	42	14	13	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243006--2243068	27	2.3	27	88	0	90	41	15	12	30	1.85
2244658--2244781	6	21.0	6	70	18	91	5	15	0	78	0.98
2244635--2244709	38	2.0	37	81	2	87	5	18	0	76	0.98
2244659--2244781	35	3.6	35	81	14	109	5	15	0	78	0.99
2244644--2244780	9	14.8	9	69	18	68	6	14	0	78	0.99
2244682--2244791	58	1.9	58	80	10	127	8	15	0	75	1.08
2245143--2245301	44	3.6	44	80	1	149	33	17	18	30	1.94
2245188--2245331	44	3.3	44	87	1	182	31	18	19	30	1.95
2245219--2245331	44	2.6	44	92	0	190	30	18	20	30	1.96
2245708--2246736	258	4.0	257	79	7	985	35	15	14	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11