genome.fa.s8303.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008303.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196166

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3738--3767	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
4187--4260	35	2.1	35	92	5	123	41	14	10	32	1.81
5899--5974	38	2.0	38	97	2	145	28	7	40	22	1.82
10303--10423	60	2.0	60	85	0	161	44	18	9	28	1.80
10836--10956	57	2.1	57	98	1	235	42	9	6	41	1.64
11923--11983	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
12664--12824	88	1.8	88	87	2	243	33	13	19	33	1.90
15722--15750	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
17468--17597	49	2.7	49	93	2	217	52	16	6	25	1.66
19307--19364	22	2.8	20	82	12	73	34	15	20	29	1.94
19321--19399	22	3.7	21	86	5	106	36	13	20	29	1.91
19723--19880	55	2.9	55	94	0	271	36	11	16	36	1.85
20177--20264	46	1.9	46	85	0	122	46	10	17	26	1.79
26151--26273	53	2.3	54	90	2	185	27	6	24	41	1.79
37356--37433	30	2.5	31	93	2	131	14	12	7	65	1.46
37632--39123	735	2.0	741	94	3	2626	32	17	16	34	1.92
39283--39387	31	3.5	31	79	6	108	40	10	3	44	1.57
44572--44619	4	11.5	4	86	4	60	68	2	0	29	1.01
47609--47658	24	2.1	24	84	0	64	16	18	20	46	1.85
54488--54558	36	1.9	37	83	8	92	52	4	1	42	1.29
57713--57754	22	1.9	22	90	0	66	26	4	0	69	1.08
57967--58003	20	1.9	19	89	10	58	18	21	10	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58814--58884	33	2.1	33	82	7	81	33	26	28	11	1.91
58953--59045	24	4.0	23	81	8	98	39	20	15	24	1.91
72652--72681	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
73556--73652	37	2.6	37	88	0	149	29	13	16	40	1.87
76938--77006	26	2.8	24	80	8	68	75	0	8	15	1.04
76988--77013	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
77316--77353	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
77891--77995	37	2.8	37	88	0	156	29	15	15	40	1.88
80292--80350	3	19.3	3	82	3	73	62	0	3	33	1.12
82388--82435	22	2.2	22	92	0	78	43	12	16	27	1.84
92511--92633	43	2.9	43	83	0	147	33	28	18	19	1.96
97593--97828	27	8.7	27	87	0	301	27	21	37	13	1.92
98426--98465	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
100273--100328	15	3.6	15	74	9	58	42	10	12	33	1.77
100276--100326	17	3.1	17	72	11	52	43	9	9	37	1.71
100724--100778	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
100764--100862	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
100857--100896	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
104931--107696	256	10.8	256	92	1	4127	40	23	11	24	1.88
104931--107692	513	5.4	512	91	1	4145	40	23	11	24	1.88
104931--107696	769	3.6	765	90	2	4120	40	23	11	24	1.88
114550--114618	23	3.0	23	89	0	102	26	26	26	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114634--114846	103	2.1	103	93	0	372	35	23	14	26	1.93
116212--116271	20	2.9	21	90	7	95	18	26	25	30	1.98
125240--125341	29	3.5	29	67	16	75	35	12	15	36	1.86
125253--125377	60	2.1	60	81	3	144	37	14	12	36	1.83
137437--137461	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
140371--140739	20	18.5	20	84	4	440	34	26	18	20	1.95
141422--141468	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
143942--144246	19	17.4	19	79	17	358	46	18	20	14	1.83
144009--144246	70	3.4	70	85	11	360	46	17	21	14	1.83
143974--144246	51	5.2	51	91	6	349	46	17	21	14	1.83
143942--144283	141	2.5	141	89	6	504	45	18	21	14	1.85
144274--144375	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
144480--144516	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
146486--146542	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
146467--146559	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
146430--146564	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
146560--146688	19	7.3	19	73	17	116	9	17	27	45	1.78
146560--146651	33	2.8	33	91	3	141	8	18	27	45	1.78
146732--147296	93	6.1	93	98	0	1107	46	18	12	22	1.83
146732--147296	185	3.0	186	99	0	1107	46	18	12	22	1.83
146732--147296	278	2.0	278	98	0	1105	46	18	12	22	1.83
149001--149090	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148993--149107	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
149000--149112	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
149124--149178	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
149108--149178	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
149119--149200	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
149131--149219	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
149298--149367	33	2.1	33	91	0	113	47	18	22	11	1.81
149549--149602	22	2.5	21	78	3	63	20	16	38	24	1.92
149747--149939	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
149747--149939	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
149995--150046	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
153556--153626	22	3.5	21	78	16	69	29	15	26	28	1.96
153502--153721	95	2.3	95	82	4	239	30	14	26	29	1.95
154126--154481	45	7.9	45	82	3	333	41	10	18	29	1.84
154126--154470	90	3.8	90	81	4	392	41	10	18	29	1.84
154126--154470	135	2.6	134	82	4	399	41	10	18	29	1.84
156014--156086	33	2.2	33	90	2	119	47	4	8	39	1.52
157296--157352	19	3.0	18	82	10	69	28	1	5	64	1.25
158288--158415	60	2.1	60	82	2	159	33	11	14	40	1.82
164701--164789	2	45.0	2	93	6	155	49	0	1	49	1.08
164868--164906	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
164988--165032	21	2.1	22	84	12	58	22	8	2	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169824--169940	38	3.4	33	83	11	137	42	37	9	10	1.71
169832--169933	33	2.8	38	82	15	153	43	37	7	11	1.71
169923--170005	32	2.6	33	83	9	109	38	24	8	28	1.84
171948--171985	18	2.1	18	85	9	51	68	7	0	23	1.16
173438--173473	16	2.2	16	100	0	72	22	8	16	52	1.70
173896--173939	20	2.2	20	87	0	61	36	15	20	27	1.93
176749--176855	21	5.5	20	63	17	64	24	23	27	25	2.00
176741--176876	38	3.6	38	91	0	236	25	22	27	25	1.99
176770--176872	17	5.6	17	65	17	62	22	21	29	27	1.99
190938--193284	3	801.0	3	80	8	2529	60	0	38	0	1.04
193325--193396	3	24.7	3	94	5	130	68	0	31	0	0.90
193229--193436	111	1.9	111	96	2	391	50	8	30	10	1.66
194902--194949	23	2.1	23	100	0	96	33	18	8	39	1.81
195852--195899	19	2.5	19	76	10	53	25	4	12	58	1.52
198844--198896	26	2.0	26	100	0	106	28	26	15	30	1.96
218593--218633	21	2.0	21	90	0	64	17	26	17	39	1.91
218630--218816	20	9.3	20	87	2	232	36	18	20	24	1.95
218630--218816	60	3.1	60	88	2	259	36	18	20	24	1.95
219678--219731	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
222143--222236	20	4.7	21	85	5	124	35	23	21	20	1.96
222241--222328	19	4.8	19	76	16	96	47	18	19	14	1.82
222208--222328	53	2.3	52	85	2	161	44	19	21	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222337--222400	33	1.9	34	93	3	112	14	21	20	43	1.87
222339--222421	33	2.5	33	86	2	103	15	20	18	45	1.85
222534--222570	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
223923--224030	42	2.6	42	77	5	112	23	17	37	21	1.94
224523--224687	20	8.9	20	77	17	151	40	21	19	18	1.91
224574--224667	34	2.8	33	81	3	107	42	22	19	15	1.89
224574--224654	33	2.4	33	83	2	90	43	22	19	14	1.88
224738--224857	20	6.3	20	83	13	155	20	19	20	40	1.92
226735--226821	20	4.4	20	83	1	86	44	21	17	16	1.86
226834--226889	20	2.8	20	88	0	85	21	19	23	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7