genome.fa.s8303.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008303.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196166

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699699--699743	23	2.0	23	82	8	56	26	26	20	26	1.99
700609--700658	5	9.8	5	84	4	64	20	6	0	74	1.03
710241--710479	103	2.3	101	80	7	257	36	14	12	36	1.84
710821--711231	122	3.4	121	78	6	382	35	23	12	27	1.92
712368--712424	29	2.0	29	86	6	80	24	19	5	50	1.68
712634--712676	16	2.7	16	81	0	50	32	25	9	32	1.88
713497--713547	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
717121--717179	29	2.0	29	93	0	100	45	8	5	40	1.56
723236--723286	20	2.3	21	80	16	59	52	0	9	37	1.34
723237--723275	17	2.4	16	86	4	51	53	0	7	38	1.30
723246--723285	20	2.0	21	90	5	64	55	0	7	37	1.29
724906--725016	39	2.8	40	74	14	115	46	3	16	33	1.64
730901--730957	13	3.9	15	76	19	66	47	0	0	52	1.00
730900--730945	20	2.2	22	88	7	69	47	0	0	52	1.00
730897--730954	19	3.1	19	76	14	66	48	0	0	51	1.00
730982--731558	83	7.0	83	80	0	618	30	18	16	33	1.94
735302--735346	2	22.5	2	95	0	81	53	0	0	46	1.00
735542--735617	24	3.2	24	83	3	73	43	21	13	22	1.86
735559--735674	24	4.8	24	86	6	155	38	19	15	25	1.91
735986--736055	34	2.1	32	86	5	95	22	31	14	31	1.94
736338--736379	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
736464--736549	19	4.5	19	91	0	127	37	12	9	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736614--736673	29	2.0	31	90	6	97	41	18	6	33	1.76
737545--737597	26	2.0	26	85	0	70	26	20	16	35	1.94
739013--739047	8	4.5	8	89	7	54	25	25	34	14	1.94
739008--739047	15	2.6	15	92	4	62	27	25	30	17	1.97
740384--740440	19	2.9	19	66	5	51	61	7	3	28	1.39
749118--749168	22	2.3	23	77	19	54	19	5	5	68	1.31
750666--750739	39	2.0	37	84	7	96	48	8	16	27	1.74
759688--759716	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
765245--765275	15	2.1	15	100	0	62	41	6	25	25	1.79
766288--766328	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
766328--766361	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
768372--768476	54	1.9	56	94	3	187	34	10	3	51	1.54
768371--768459	29	3.2	29	66	26	75	32	12	3	51	1.56
768813--768839	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
769128--769180	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
769170--769315	20	7.3	20	96	0	274	39	19	19	21	1.93
769170--769340	60	2.8	60	84	13	228	37	21	19	21	1.95
769517--769582	22	3.0	22	86	0	96	25	37	13	22	1.91
769911--769961	20	2.6	20	81	3	68	11	17	23	47	1.81
771912--772016	20	5.2	20	95	0	174	38	23	20	18	1.93
772059--772127	20	3.5	20	91	0	111	18	20	24	36	1.95
772059--772137	20	4.0	20	83	3	70	18	18	22	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774101--774136	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
774242--774315	33	2.2	34	87	2	105	41	20	22	14	1.89
774366--774451	33	2.5	33	88	3	118	15	23	16	45	1.85
774434--774522	20	4.4	20	91	2	144	16	22	25	34	1.95
774510--774536	14	1.9	14	100	0	54	7	22	29	40	1.81
777850--777916	20	3.3	20	91	0	107	23	19	25	31	1.98
777903--777996	20	4.7	20	82	2	125	20	21	21	37	1.95
777931--778018	41	2.1	41	82	0	104	26	19	20	34	1.96
777891--778037	61	2.4	60	79	9	172	25	19	23	32	1.97
779405--779459	20	2.7	20	83	8	67	9	21	27	41	1.83
782109--782156	22	2.1	24	84	7	64	56	0	0	43	0.99
782704--782775	23	3.2	22	77	16	60	45	1	0	52	1.09
782704--782811	8	14.2	8	69	17	61	49	0	0	49	1.13
782736--782787	22	2.3	22	86	3	68	46	1	0	51	1.12
782725--782809	32	2.7	32	82	14	104	47	1	1	50	1.16
782772--782822	23	2.2	23	100	0	102	50	0	3	45	1.20
782899--782967	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
782862--782947	27	3.1	27	71	18	70	47	1	2	48	1.22
782934--783006	23	3.1	23	82	5	76	52	2	0	45	1.15
782950--783015	35	1.9	35	84	9	91	53	3	0	43	1.16
782958--783147	91	2.2	88	78	11	203	51	2	0	46	1.17
783312--783346	14	2.5	14	90	0	52	37	14	8	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783356--783414	14	4.1	14	80	4	73	37	20	5	37	1.75
783342--783380	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
783354--783412	29	2.0	29	93	0	100	33	20	6	38	1.79
784368--784431	21	3.0	21	81	4	83	28	21	25	25	1.99
788024--788076	18	2.9	18	85	0	70	26	30	20	22	1.98
788333--788374	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
791600--791662	29	2.1	30	82	8	76	52	6	3	38	1.43
793161--793214	25	2.2	25	89	0	81	40	14	16	27	1.88
802554--802584	15	2.0	16	93	6	55	70	3	0	25	1.02
805238--805283	11	4.3	11	78	15	51	78	6	4	10	1.08
805229--805275	21	2.3	21	85	7	71	82	4	2	10	0.88
806745--806789	15	2.6	17	80	20	58	75	2	2	20	1.01
807433--807596	76	2.2	76	86	3	224	55	10	2	31	1.48
811929--811961	16	2.1	16	88	11	50	18	6	0	75	1.00
817251--817306	12	4.8	12	91	6	89	39	23	0	37	1.55
825601--825729	7	18.4	7	75	3	64	44	29	1	24	1.63
825599--825725	21	5.8	21	71	16	80	47	27	1	23	1.61
825638--825704	28	2.4	28	80	5	82	46	28	2	22	1.66
825601--825726	35	3.6	35	74	8	103	46	28	1	23	1.62
827588--827621	11	3.1	11	82	0	50	29	17	23	29	1.97
827588--827639	24	2.3	23	90	6	79	28	15	23	32	1.95
828296--828348	16	3.3	16	100	0	106	45	13	18	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832532--832617	42	2.0	42	88	0	127	26	16	16	40	1.89
832569--832819	51	4.9	51	90	0	378	23	14	15	45	1.84
834464--834507	4	11.0	4	85	9	63	72	2	0	25	0.96
835851--836046	95	2.1	95	95	0	347	42	16	14	26	1.87
839897--839924	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
841612--841641	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
841641--841667	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
847773--847841	23	3.0	23	89	0	102	26	26	27	20	1.99
848054--848123	30	2.3	30	87	0	104	38	21	1	38	1.62
860538--860582	24	1.9	24	90	4	74	73	2	6	17	1.15
860611--860692	6	12.7	6	75	14	58	79	0	2	18	0.84
860698--860784	2	45.0	2	81	6	90	54	2	0	43	1.13
861005--861061	21	2.7	21	94	0	96	5	22	15	56	1.60
861922--861998	39	2.0	38	87	2	109	24	6	24	44	1.77
861996--862229	36	6.6	36	76	13	200	39	12	20	27	1.88
862030--862216	102	1.8	102	84	6	254	39	11	20	29	1.87
862296--862482	37	5.3	37	70	16	137	40	13	18	27	1.88
862267--862506	102	2.4	102	90	0	372	37	12	17	31	1.88
862415--862642	87	2.6	87	91	0	357	36	13	19	30	1.90
862584--862687	37	2.8	37	85	1	138	39	13	22	25	1.90
862893--863030	63	2.2	63	82	1	159	26	16	25	31	1.97
863063--863144	40	2.0	40	92	0	137	18	19	34	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863590--863701	32	3.5	32	84	6	138	36	20	12	30	1.90
864634--864771	69	2.0	69	88	0	204	24	14	21	39	1.91
864845--864880	13	2.8	13	91	8	56	5	13	2	77	1.05
864843--864897	28	2.0	27	86	10	76	7	12	3	76	1.12
864844--864891	15	3.4	14	80	13	55	4	14	4	77	1.08
867960--868010	26	1.9	27	84	11	70	70	1	7	19	1.21
868032--868102	9	7.3	9	73	14	52	76	1	4	18	1.03
868033--868112	13	6.2	13	71	9	65	77	1	3	17	0.98
868036--868224	50	3.9	49	77	15	164	68	1	2	28	1.10
868101--868226	43	3.0	43	84	10	154	64	0	1	33	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7