genome.fa.s8303.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008303.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196166

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227452--227525	21	3.6	20	76	7	58	28	18	24	28	1.98
228414--228438	5	5.0	5	100	0	50	60	40	0	0	0.97
231018--231055	18	2.1	19	90	5	60	34	15	13	36	1.87
236044--236132	32	2.9	30	86	3	88	33	19	20	26	1.96
236054--236163	32	3.5	31	81	3	123	36	18	20	25	1.94
236922--236955	18	2.0	16	88	11	50	44	11	0	44	1.40
239160--239209	18	2.8	18	84	9	66	32	10	16	42	1.81
241835--241868	14	2.3	15	90	10	52	26	20	0	52	1.46
244192--244821	314	2.0	314	95	0	1143	33	20	12	33	1.91
250795--250836	22	1.9	22	95	0	75	50	7	0	42	1.30
252084--252130	21	2.2	21	88	0	76	19	29	17	34	1.94
252091--252136	21	2.2	21	84	0	56	21	30	19	28	1.98
253012--253065	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
253251--253285	14	2.5	14	90	0	52	57	22	14	5	1.59
255594--255774	33	5.3	33	78	9	200	44	19	22	14	1.86
255622--255648	14	1.9	14	100	0	54	44	22	18	14	1.86
255607--255778	19	9.7	19	68	20	95	44	19	21	14	1.86
255594--255774	73	2.6	67	77	13	204	44	19	22	14	1.86
255567--255776	106	2.0	106	84	3	280	42	20	21	15	1.89
255784--255863	33	2.4	33	89	0	124	11	20	21	47	1.80
255805--255863	19	3.4	19	68	22	65	13	20	18	47	1.82
255970--256006	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257354--257414	21	3.0	20	73	7	59	21	19	36	22	1.95
257393--257472	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
259305--259360	20	2.8	20	84	10	87	39	21	25	14	1.91
259358--259405	19	2.5	19	96	0	87	47	22	16	12	1.80
259325--259441	52	2.2	52	89	1	171	44	22	21	11	1.84
259296--259436	19	7.8	19	70	19	79	46	20	21	12	1.83
259437--259517	33	2.5	33	89	0	117	12	20	19	46	1.82
259494--259572	20	3.9	21	85	5	85	12	18	16	51	1.75
259502--259572	20	3.5	19	84	5	88	12	16	18	52	1.75
260129--260240	20	5.6	20	86	2	152	22	21	18	37	1.94
260127--260240	41	2.8	40	86	2	165	23	21	18	36	1.95
260126--260255	61	2.1	61	82	2	163	26	20	18	34	1.95
260237--260282	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
268541--268581	20	2.0	20	100	0	82	34	14	14	36	1.87
270622--270682	23	2.7	23	78	0	77	27	24	26	21	1.99
270905--270964	31	2.0	30	83	9	77	36	23	3	36	1.71
277536--277744	104	2.0	104	99	0	409	24	23	22	29	1.99
279089--279197	19	5.4	19	77	13	92	33	27	3	35	1.75
280641--280671	16	1.9	16	100	0	62	45	0	12	41	1.42
280954--281009	30	1.9	29	85	7	78	35	7	14	42	1.73
282547--282607	30	2.1	29	96	3	113	13	32	36	18	1.89
282647--282717	17	4.4	16	82	7	90	21	9	52	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282657--282723	16	4.2	16	81	7	82	20	7	56	14	1.62
282647--282717	33	2.2	32	92	2	115	21	9	52	16	1.73
282655--282718	15	4.1	15	82	9	83	20	7	54	17	1.67
282688--282808	60	2.1	58	96	3	224	19	7	52	20	1.69
282748--282778	15	2.1	15	100	0	62	19	6	54	19	1.65
283240--283283	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
283260--283322	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
283918--283956	14	2.8	14	80	0	51	33	20	12	33	1.91
284115--284173	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
286969--287017	22	2.4	19	80	12	53	44	2	4	48	1.33
287030--287235	26	8.4	26	81	11	199	43	2	10	43	1.53
287153--287196	14	3.3	14	75	12	56	43	2	11	43	1.53
286976--287352	120	3.2	120	89	7	567	42	2	9	45	1.49
287164--287247	35	2.4	34	84	6	96	46	3	8	41	1.51
287309--287343	10	3.4	11	88	11	56	37	0	5	57	1.23
287330--287370	13	3.1	14	82	6	50	46	2	4	46	1.37
287577--287609	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
289739--289769	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
289744--289790	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
289950--290038	43	2.0	48	84	10	125	48	11	0	40	1.39
289971--290107	41	3.3	39	74	13	89	48	10	0	39	1.44
290244--290288	17	2.7	17	96	3	83	0	40	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290291--290336	23	2.0	23	100	0	92	8	39	4	47	1.54
290349--290400	25	2.1	25	96	0	95	28	34	9	26	1.88
290589--290666	29	2.7	30	90	6	124	21	30	30	16	1.96
290701--290923	35	6.0	35	78	12	248	19	21	32	26	1.97
290707--290940	117	2.0	117	99	0	459	19	23	30	26	1.98
290918--290949	12	2.7	12	100	0	64	15	37	18	28	1.92
290947--291005	29	2.0	29	83	6	75	16	32	32	18	1.94
299800--299851	20	2.6	20	93	0	95	25	9	9	55	1.62
300585--300668	26	3.3	26	81	1	89	32	8	20	39	1.82
300973--301009	15	2.5	15	100	0	74	27	24	29	18	1.98
313970--314029	21	2.8	21	89	2	84	58	13	20	8	1.60
314483--314553	26	2.5	27	84	13	81	19	5	5	69	1.30
314511--314555	4	10.8	4	82	17	56	20	2	2	75	1.01
314480--314556	9	8.7	9	71	13	61	19	5	5	70	1.26
314511--314582	30	2.5	30	82	10	89	16	5	2	75	1.12
316095--316161	33	2.0	33	94	0	116	40	23	17	17	1.91
320807--320847	21	1.9	21	90	5	64	7	24	43	24	1.79
320807--320882	21	3.5	23	77	10	63	13	22	42	22	1.88
322222--322269	21	2.3	21	100	0	96	35	14	16	33	1.89
328279--328632	183	1.9	183	94	0	627	28	20	20	31	1.97
329758--330014	72	3.5	71	80	9	270	28	15	14	41	1.86
329813--329927	36	3.2	36	67	9	99	32	13	10	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330020--330069	21	2.4	21	93	0	82	26	24	10	40	1.86
330142--330228	37	2.4	37	84	1	104	25	19	17	37	1.93
330179--330349	65	2.6	65	83	4	202	29	20	11	38	1.87
330102--330302	102	2.0	104	92	2	343	32	17	13	36	1.89
330244--330726	102	4.8	99	79	7	410	30	18	12	39	1.87
330425--330497	37	2.0	37	86	0	101	26	21	13	38	1.91
329999--330579	269	2.2	263	90	5	952	29	19	12	39	1.88
330513--330595	36	2.3	36	87	0	112	24	19	14	42	1.88
330585--330647	30	2.1	30	82	11	76	33	11	11	44	1.75
330710--330793	35	2.5	35	92	3	136	41	16	9	32	1.81
330801--330954	84	1.8	84	87	0	227	29	27	20	22	1.98
332215--332291	10	7.8	10	75	16	54	15	5	1	77	1.00
333640--333670	10	3.1	10	100	0	62	48	19	12	19	1.81
333830--333876	25	1.9	24	83	12	60	46	2	4	46	1.34
334534--334639	39	2.7	39	85	8	153	35	16	2	45	1.62
334534--334655	39	3.2	38	82	11	110	36	13	2	47	1.57
335593--335618	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
335637--335684	17	2.7	18	77	9	53	52	6	0	41	1.27
337205--337295	40	2.3	40	84	0	119	31	20	9	37	1.86
337167--337314	20	7.5	20	72	16	85	28	21	10	39	1.86
337280--337313	18	1.9	18	88	5	52	26	17	8	47	1.77
337472--337514	22	1.9	23	85	4	61	37	13	2	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340548--340594	6	7.8	6	80	0	58	57	23	2	17	1.50
340548--340601	18	3.0	18	97	0	99	55	25	1	16	1.51
340812--340886	29	2.6	29	93	0	123	26	14	26	32	1.95
340934--340978	20	2.2	20	88	0	63	17	17	26	37	1.93
341027--341062	16	2.2	16	90	0	54	66	13	0	19	1.24
342448--342544	21	4.6	21	81	3	115	23	16	38	21	1.93
342448--342543	42	2.3	42	90	3	149	22	16	38	21	1.93
342814--342867	21	2.6	21	84	0	72	33	27	18	20	1.96
342832--342912	42	2.0	41	82	2	99	35	27	12	24	1.91
342848--342923	21	3.6	21	72	12	57	34	31	10	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7