genome.fa.s8338.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2210178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1784--1813	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
8716--8851	65	2.1	64	89	4	202	29	18	24	27	1.98
11974--12037	11	5.8	11	78	7	67	10	10	23	54	1.67
11973--12037	22	3.0	22	86	0	85	10	10	23	55	1.65
12251--12291	12	3.4	12	89	0	64	48	19	12	19	1.80
12242--12297	24	2.3	24	85	8	78	42	16	17	23	1.88
14118--14175	21	2.9	19	85	9	89	43	5	1	50	1.35
14499--14536	19	2.1	18	85	14	51	39	5	2	52	1.38
14914--14940	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
15905--15936	16	2.0	16	93	0	55	37	21	18	21	1.94
18189--18215	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
25089--25133	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
25379--25431	18	2.9	18	91	0	88	20	20	32	26	1.98
26918--26960	23	1.9	22	85	4	59	46	13	0	39	1.44
36520--36550	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
36550--36575	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
39696--39756	28	2.2	28	85	2	79	57	1	3	37	1.25
44882--45046	82	2.0	82	95	2	296	25	15	26	32	1.95
50498--50549	20	2.5	20	81	3	68	26	30	19	23	1.98
50827--50911	35	2.5	35	84	1	100	41	20	1	37	1.60
50880--50922	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
51045--51078	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51531--51771	127	1.9	129	90	1	387	36	14	14	34	1.86
52932--52976	22	2.1	21	91	4	72	53	2	2	42	1.25
57330--57374	15	2.9	15	80	3	54	51	2	4	42	1.34
64003--64084	20	3.9	21	78	9	78	14	24	36	24	1.93
73947--74678	215	3.4	216	91	1	1179	50	7	12	29	1.68
74764--74891	2	62.0	2	69	17	75	45	3	5	46	1.42
74771--74882	42	2.7	42	93	5	185	44	3	6	45	1.46
74978--75058	10	7.8	10	71	21	60	46	2	2	48	1.28
74929--75012	39	2.1	39	82	8	98	45	7	7	40	1.59
74954--75051	41	2.3	43	81	6	103	46	5	5	42	1.47
75062--75163	22	4.5	23	88	4	138	45	0	5	48	1.33
75245--75369	20	6.0	20	71	17	85	48	10	4	36	1.56
75280--75369	22	4.2	22	77	11	96	46	10	5	37	1.61
75364--75413	24	2.1	24	85	7	66	38	8	10	44	1.68
75446--75501	27	2.1	27	93	0	94	39	8	3	48	1.52
75505--75667	18	8.7	18	67	19	66	41	9	9	40	1.69
75496--75756	53	4.8	53	70	18	180	40	9	8	41	1.69
75540--75667	42	3.1	42	81	8	174	41	10	8	39	1.70
75550--75703	38	4.1	37	77	16	147	41	11	7	40	1.68
75689--75759	18	4.0	18	67	22	51	39	9	8	42	1.69
75732--75779	24	2.0	24	84	8	62	37	8	10	43	1.69
75523--75797	86	3.3	84	75	13	280	40	9	8	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75783--75885	20	5.2	20	73	15	72	40	7	2	48	1.47
75812--75871	27	2.2	27	93	0	102	38	8	3	50	1.49
75854--75895	9	4.4	9	78	21	50	45	7	2	45	1.44
75854--75922	34	2.0	36	88	5	106	44	7	4	43	1.51
75952--76199	18	14.4	18	70	16	123	45	6	5	42	1.52
75917--76289	170	2.1	173	80	10	413	44	8	6	40	1.59
76101--76336	53	4.4	51	80	13	194	44	8	7	39	1.62
76037--76199	71	2.3	70	88	3	211	46	6	6	41	1.55
75983--76231	18	14.6	18	71	16	181	44	6	6	41	1.56
76210--76312	25	3.8	25	72	19	82	43	9	8	37	1.69
76183--76336	58	2.7	58	90	4	237	43	9	7	38	1.67
76116--76336	111	2.0	110	83	8	279	43	8	7	40	1.64
76293--76369	28	2.6	30	84	10	95	46	9	5	38	1.58
76771--77004	113	2.1	113	90	4	368	30	28	5	35	1.81
77113--77175	29	2.1	29	82	2	81	44	42	3	9	1.52
77113--77186	29	2.5	29	77	2	76	44	41	4	9	1.55
77423--77641	64	3.5	62	88	4	309	30	12	18	39	1.87
77423--77614	64	3.0	64	92	2	318	29	12	16	41	1.85
78785--78819	17	2.1	17	100	0	70	25	17	17	40	1.90
78789--78826	17	2.4	16	86	8	51	26	21	10	42	1.85
80836--80860	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
83093--83449	189	1.9	189	95	0	651	24	23	24	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85515--85562	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
85564--85606	21	2.0	21	90	0	68	20	11	27	39	1.88
88366--88401	16	2.2	17	90	5	56	47	0	2	50	1.15
88851--88895	20	2.2	20	84	0	54	44	2	2	51	1.26
89155--89237	33	2.5	33	98	0	157	38	0	0	61	0.96
96056--96095	21	1.9	21	94	0	71	37	20	12	30	1.89
96056--96101	21	2.2	21	88	3	67	41	17	15	26	1.88
96057--96121	20	3.2	20	78	10	62	41	16	12	29	1.85
96201--96477	140	2.0	138	97	1	518	34	12	13	39	1.82
101561--101616	21	2.9	19	80	12	69	26	10	14	48	1.76
102021--102072	21	2.5	20	82	17	79	32	17	23	26	1.96
102467--102513	19	2.5	18	86	6	58	31	14	4	48	1.63
102478--102534	18	2.9	19	82	12	71	33	10	8	47	1.69
107238--107319	39	2.1	39	97	0	155	53	9	26	9	1.65
110307--110350	2	21.5	2	95	4	79	50	0	2	47	1.13
110581--110620	21	1.9	21	89	0	62	47	22	2	27	1.64
111488--111534	23	2.0	23	88	8	69	57	14	14	12	1.66
113360--113387	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
113834--113867	16	2.1	16	88	0	50	52	0	0	47	1.00
113830--113870	14	2.7	16	81	7	50	46	0	0	53	1.00
115050--115087	19	2.0	19	94	0	67	23	0	2	73	0.95
115047--115097	19	3.1	16	76	17	50	23	0	1	74	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117562--117657	30	3.2	30	98	0	183	33	4	6	56	1.44
117572--117674	30	3.4	30	90	2	109	36	5	4	52	1.47
126066--126107	20	2.1	20	100	0	84	38	19	23	19	1.93
128467--128511	20	2.2	20	84	7	56	28	0	31	40	1.57
128622--128695	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
133571--133615	20	2.2	20	84	7	56	28	0	31	40	1.57
133712--133739	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
139072--139108	13	2.8	13	91	0	56	10	18	13	56	1.66
140085--140144	32	1.9	31	82	3	75	45	6	3	45	1.46
140177--140205	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
143609--143637	14	2.1	14	100	0	58	27	6	20	44	1.77
152777--152896	31	3.9	31	76	4	116	15	28	27	28	1.96
154424--154465	22	1.9	22	85	9	59	42	38	11	7	1.69
155206--155257	14	3.9	14	80	5	54	44	23	3	28	1.71
155206--155269	26	2.4	28	84	5	87	43	25	3	28	1.69
156164--156213	23	2.1	24	85	3	66	20	12	20	48	1.80
156171--156213	12	3.7	12	75	6	52	18	9	20	51	1.74
156174--156225	24	2.2	23	89	3	77	17	11	23	48	1.79
156236--156280	22	2.0	22	83	8	56	15	8	17	57	1.63
156250--156280	11	2.8	11	100	0	62	16	6	19	58	1.59
162893--162946	22	2.5	22	96	0	99	61	9	11	18	1.55
167131--167190	26	2.3	26	94	2	104	35	26	11	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169033--169136	40	2.6	40	80	13	133	30	1	2	64	1.19
169033--169150	40	3.0	39	80	16	122	28	2	2	66	1.18
169011--169155	46	3.3	43	75	17	131	28	2	2	66	1.19
169065--169306	4	58.8	4	66	19	54	22	5	1	70	1.16
172371--172408	13	3.0	13	84	7	51	78	2	13	5	1.02
172359--172408	25	1.9	27	88	8	77	76	4	16	4	1.10
173478--173593	33	3.6	32	82	7	121	27	13	23	35	1.93
173485--173579	33	2.9	32	87	4	129	28	12	22	36	1.90
174728--174799	36	2.0	36	100	0	144	25	22	13	38	1.91
174839--174920	34	2.3	36	85	6	105	26	17	15	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12