genome.fa.s8338.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2210178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174868--174933	34	1.9	34	87	0	96	24	24	15	36	1.93
175012--175341	84	3.9	84	84	2	383	33	25	19	22	1.97
176437--176563	18	6.6	18	67	22	64	28	1	2	67	1.12
176427--176526	38	2.7	35	79	17	114	32	1	2	65	1.11
176568--176609	13	3.2	13	86	3	57	11	7	0	80	0.88
176540--176621	23	3.4	22	73	18	65	18	6	1	74	1.09
180176--180602	210	2.0	214	97	1	817	30	14	21	33	1.93
181030--181222	40	4.8	40	83	8	223	38	26	14	20	1.91
181074--181222	20	7.4	20	80	10	153	40	24	15	18	1.90
181074--181241	40	4.2	38	87	6	169	40	24	14	20	1.90
181107--181241	60	2.2	60	83	7	159	40	24	14	20	1.89
181030--181241	80	2.6	79	80	5	248	38	25	14	21	1.91
181149--181267	19	6.1	19	80	10	105	38	22	12	26	1.90
182073--182106	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
182229--182282	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
182453--182484	3	11.3	3	87	12	50	62	0	37	0	0.95
182453--182482	8	3.6	8	95	4	51	63	0	36	0	0.95
184523--184563	18	2.3	18	86	0	55	53	24	2	19	1.57
184883--185013	20	7.2	20	64	20	81	17	22	22	38	1.93
184883--185013	54	2.4	54	93	5	237	17	22	22	38	1.93
185087--185134	25	1.9	25	91	0	78	27	10	18	43	1.82
185514--185566	24	2.2	24	82	0	61	35	3	15	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186511--186551	18	2.3	18	91	0	64	53	26	2	17	1.56
186875--186924	20	2.5	20	80	0	73	26	26	20	28	1.99
187078--187127	14	3.7	14	76	7	59	60	18	0	22	1.37
187024--187168	67	2.2	64	91	3	227	51	17	0	30	1.50
188542--188619	21	3.8	20	77	14	77	24	17	32	25	1.97
189047--189107	21	2.9	21	87	0	86	37	39	11	11	1.78
190810--190860	20	2.6	19	78	9	57	50	17	13	17	1.77
190896--190929	14	2.4	14	85	0	50	8	14	26	50	1.72
190860--190914	20	2.8	20	100	0	110	9	20	21	49	1.76
190916--190955	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
195766--195834	20	3.5	20	84	4	77	37	18	8	34	1.82
197944--198001	20	2.8	20	75	12	55	25	3	1	68	1.14
202603--202687	34	2.5	34	94	0	143	16	24	23	35	1.95
202709--202761	22	2.4	22	96	0	97	35	16	33	13	1.88
202792--202835	23	1.9	23	100	0	88	9	25	40	25	1.84
202789--202842	23	2.4	22	84	9	81	11	24	42	22	1.85
203294--203652	172	2.1	173	90	1	560	39	4	18	37	1.71
205912--206544	14	45.6	14	71	14	313	50	5	3	40	1.43
205922--206544	8	83.6	8	64	22	137	50	5	3	40	1.43
205940--206394	37	12.7	37	80	13	513	50	5	3	40	1.44
206034--206554	237	2.2	235	92	4	899	50	5	3	40	1.42
206055--206496	37	12.1	37	86	9	345	50	5	3	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206456--206530	27	2.9	27	90	9	113	49	4	4	42	1.40
214410--214567	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
214534--214727	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
214534--214727	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
215108--215175	33	2.1	33	88	0	100	10	23	17	48	1.78
215257--215366	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
215250--215366	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
215317--215373	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
215309--215389	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
215385--215482	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
215407--215496	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
215390--215504	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
217202--217767	93	6.1	93	98	0	1098	22	12	19	45	1.83
217811--217939	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
217847--217939	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
217811--217939	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
217935--218069	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
217957--218013	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
217940--218032	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
219989--220026	14	2.7	14	95	0	67	36	0	21	42	1.53
220129--220263	19	7.6	19	76	17	148	44	17	22	15	1.86
220129--220263	53	2.6	53	92	2	220	44	17	22	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220253--220401	33	4.3	33	72	18	142	13	24	18	44	1.85
220272--220401	19	7.3	19	79	17	163	13	23	17	45	1.84
220253--220401	52	2.8	52	98	1	289	13	24	18	44	1.85
220460--220557	19	5.4	19	82	13	134	45	16	22	15	1.84
220460--220576	53	2.2	53	96	1	218	44	17	23	14	1.85
222891--222915	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
223090--223136	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
223820--224069	20	12.5	20	86	1	268	20	17	24	37	1.93
224056--224138	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
224036--224134	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
225600--225663	21	3.0	21	95	0	110	17	23	17	42	1.89
225665--225715	20	2.5	20	100	0	102	39	19	21	19	1.93
225915--225976	22	2.8	22	87	0	88	29	37	11	22	1.89
226306--226483	20	9.6	19	77	14	106	13	17	23	45	1.84
226307--226483	53	3.2	53	80	5	192	13	16	23	45	1.83
226340--226480	20	7.4	20	82	9	143	14	17	24	43	1.86
228355--228433	20	4.0	20	89	0	122	41	22	18	16	1.90
228418--228461	14	3.1	14	80	0	52	50	22	15	11	1.76
228378--228506	68	1.9	68	87	3	188	44	23	17	15	1.86
228559--228741	96	1.9	94	86	2	258	19	20	21	38	1.93
228522--228752	116	2.0	116	91	1	374	19	20	20	38	1.94
228553--228761	20	10.6	20	82	6	212	19	21	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230740--230775	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
230901--230987	14	5.5	14	71	24	66	44	19	24	11	1.83
230881--231009	33	3.8	33	94	2	213	44	20	23	12	1.85
230914--231014	19	5.8	19	70	23	96	46	18	22	11	1.82
231019--231159	20	7.8	20	69	21	105	11	23	18	46	1.81
231024--231172	33	4.3	34	86	12	221	11	24	18	45	1.82
231021--231164	73	2.0	73	97	0	270	11	25	18	45	1.81
231119--231172	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
231164--231218	20	2.8	19	80	17	67	21	18	23	36	1.95
233631--233684	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
233631--233698	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
234526--234579	20	2.7	20	100	0	108	25	18	25	29	1.98
234588--234709	20	6.1	20	93	1	192	21	18	19	40	1.91
234706--234751	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
237571--237623	13	4.2	13	73	24	51	5	7	24	62	1.44
238390--238429	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
238598--238649	19	2.7	19	96	0	95	30	32	17	19	1.95
238615--238759	65	2.2	65	83	7	170	31	24	16	27	1.96
238690--238805	45	2.5	46	88	4	171	29	24	15	31	1.95
246132--246175	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
246914--246953	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
247123--247329	65	3.2	63	83	7	229	30	24	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247170--247333	65	2.5	65	86	1	231	30	26	15	27	1.96
248039--248087	20	2.5	19	83	6	62	53	2	0	44	1.12
250382--250443	30	2.1	30	96	0	115	33	24	3	38	1.71
254457--254496	14	3.0	13	82	7	53	10	2	2	85	0.80
254452--254495	21	2.1	21	86	0	61	13	2	2	81	0.88
254509--254538	11	2.7	11	94	0	51	30	0	0	70	0.88
257872--257916	18	2.5	18	85	7	56	31	4	0	64	1.13
259365--259420	3	17.3	3	85	10	51	30	0	0	69	0.89
259365--259422	27	2.2	26	88	8	91	29	0	0	70	0.87
259470--259555	33	2.6	33	88	5	129	40	17	12	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12