genome.fa.s8338.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2210178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773664--773708	22	2.0	22	95	0	81	11	22	48	17	1.78
773709--773772	19	3.3	19	83	12	69	28	29	26	15	1.96
773735--773793	20	2.9	21	83	14	79	30	23	27	18	1.98
773728--773792	30	2.2	28	86	13	87	29	26	27	16	1.97
780948--780978	7	4.4	7	95	0	53	25	25	29	19	1.99
780975--781015	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
780968--781034	22	3.0	22	95	0	116	8	20	49	20	1.76
781035--781127	9	9.7	9	73	11	60	30	25	25	18	1.98
781035--781128	19	4.8	19	73	13	68	29	25	25	19	1.98
781054--781128	29	2.5	31	82	8	102	29	24	26	20	1.99
782523--782558	14	2.6	14	86	0	54	63	2	8	25	1.36
783453--783529	13	5.8	13	78	4	55	41	14	16	27	1.87
784962--785018	28	2.0	28	100	0	114	57	7	3	31	1.42
786514--786572	6	9.8	6	84	0	64	30	45	15	8	1.75
786578--786611	5	6.8	5	89	0	50	2	38	41	17	1.65
790656--790717	26	2.4	26	100	0	124	8	17	35	38	1.80
792401--792449	6	8.2	6	95	0	80	28	51	18	2	1.58
793325--793391	28	2.4	28	95	2	118	32	16	5	44	1.72
795379--795425	20	2.4	20	89	3	69	29	4	29	36	1.77
795521--795563	20	2.2	20	100	0	86	39	13	16	30	1.87
795521--795571	20	2.5	20	93	0	75	39	15	15	29	1.89
798896--798928	9	3.8	9	88	8	50	18	0	6	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798896--798929	17	2.0	17	94	0	59	20	0	5	73	1.04
805476--805546	37	1.9	37	97	0	133	39	7	16	36	1.76
805966--806018	23	2.1	24	83	13	63	47	0	0	52	1.00
806165--806233	27	2.5	28	83	9	79	47	1	0	50	1.09
806336--806382	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
806344--806387	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
807992--808028	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
819297--819334	16	2.4	16	90	0	58	21	28	15	34	1.94
820744--820852	52	2.1	52	93	3	184	47	6	7	38	1.57
820824--820887	34	1.9	33	84	6	85	39	7	12	40	1.72
820876--820940	32	2.1	31	88	2	94	50	4	6	38	1.48
820895--820964	20	3.3	20	77	14	77	52	1	7	38	1.38
820905--820953	12	3.8	13	81	13	66	55	2	6	36	1.37
820974--821032	7	8.7	7	79	1	50	55	18	0	25	1.42
820975--821032	21	2.9	21	87	5	84	55	18	0	25	1.43
821155--821214	11	4.9	12	74	22	54	55	1	5	38	1.32
821139--821199	28	2.1	28	85	14	79	52	4	4	37	1.45
821154--821221	13	4.9	14	70	20	54	55	1	4	38	1.29
821242--821320	21	3.8	21	76	5	79	50	25	2	21	1.61
821330--821462	26	5.3	24	70	20	87	46	3	3	45	1.38
821510--821534	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
821525--821582	20	2.8	20	87	7	73	50	24	1	24	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821735--821876	71	2.0	71	97	0	266	35	9	8	46	1.67
827036--827304	136	2.0	135	94	2	477	27	23	26	23	2.00
827999--828033	17	2.1	17	100	0	70	37	17	11	34	1.85
831333--831357	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
832021--832084	32	2.0	32	100	0	128	34	18	21	25	1.96
832497--832611	60	1.9	59	81	8	135	36	13	18	31	1.90
833710--833746	17	2.2	17	90	4	58	8	32	2	56	1.43
833738--833769	13	2.3	15	89	10	50	6	12	0	81	0.87
834351--834423	13	5.3	13	68	22	51	19	10	0	69	1.17
834386--834419	17	2.0	17	88	11	52	23	2	0	73	0.97
837124--837214	46	2.0	45	97	2	173	40	19	13	26	1.88
838472--838594	30	4.1	30	94	1	203	21	21	25	30	1.99
839828--840012	94	2.0	93	96	3	345	34	11	25	28	1.91
842884--843006	30	4.1	30	95	1	212	21	21	26	30	1.98
847161--847207	13	3.7	13	80	11	53	10	12	2	74	1.16
849309--849337	8	3.8	8	95	4	51	55	0	0	44	0.99
851573--851619	9	5.4	9	77	7	53	57	0	2	40	1.11
856111--856179	23	3.0	23	78	0	84	31	26	24	17	1.97
858941--858983	18	2.4	18	100	0	86	16	25	6	51	1.69
860689--860753	30	2.2	30	91	0	103	26	32	24	16	1.96
860750--860793	19	2.3	19	96	0	79	29	27	20	22	1.99
861773--861816	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863263--863307	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
865061--865182	20	6.8	19	69	20	84	43	20	23	12	1.86
865110--865165	14	3.6	14	74	21	58	39	25	25	10	1.87
865086--865182	33	2.9	33	95	1	167	41	22	24	11	1.87
865772--865845	20	3.7	20	83	5	87	22	21	16	39	1.92
865843--865898	20	2.7	21	77	5	60	42	16	19	21	1.89
865917--865968	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
865774--865983	41	5.1	40	70	10	113	30	19	18	32	1.95
874033--874106	29	2.5	31	80	10	91	43	6	2	47	1.44
884327--884384	27	2.2	27	93	3	100	22	12	29	36	1.90
884921--885161	118	2.0	119	98	1	468	49	4	17	28	1.67
886350--886450	51	2.0	50	98	1	193	33	14	7	43	1.75
891251--891580	74	4.5	74	87	1	459	39	14	12	33	1.84
891249--891581	149	2.3	146	86	3	463	39	14	12	33	1.84
891660--892130	109	4.3	111	89	5	717	46	12	12	28	1.78
891660--892112	216	2.1	220	90	2	718	47	12	12	28	1.77
892477--892512	17	2.1	17	89	0	54	38	16	8	36	1.79
894310--895531	237	5.1	242	92	5	1944	39	13	7	39	1.73
894310--895531	472	2.6	477	91	5	1946	39	13	7	39	1.73
897713--897761	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
897733--897892	65	2.5	65	85	5	209	26	18	24	30	1.98
904292--904331	21	1.9	21	85	10	55	35	10	0	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906233--906281	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
906253--906462	65	3.2	65	77	11	216	26	18	24	31	1.97
908279--908311	16	2.0	17	88	5	50	39	0	24	36	1.56
908353--908603	82	3.0	83	78	5	215	33	17	17	30	1.94
910039--910109	19	3.7	20	74	14	60	56	4	0	39	1.19
910241--910293	21	2.3	23	87	9	74	67	3	1	26	1.17
917304--917342	16	2.4	16	91	0	60	20	28	17	33	1.96
917460--917507	17	2.8	17	100	0	96	43	0	6	50	1.27
917457--917514	17	3.4	17	92	0	89	43	0	6	50	1.29
918439--918488	4	12.8	4	79	12	59	70	0	2	28	0.99
918446--918512	27	2.5	27	83	9	75	71	0	5	22	1.07
920301--920460	65	2.5	66	86	6	213	19	18	26	35	1.95
920364--920566	106	1.9	107	87	6	304	18	17	26	36	1.93
920472--920688	64	3.4	64	89	3	305	20	18	26	34	1.96
921346--921929	84	7.1	82	78	6	626	23	21	25	30	1.99
921277--921929	164	3.9	165	89	2	950	23	21	24	30	1.99
921270--921965	334	2.1	328	87	2	991	23	21	25	30	1.99
924108--924160	26	2.0	26	82	10	63	64	5	15	15	1.47
925832--925881	4	12.8	4	79	12	59	70	0	2	28	0.99
925835--925904	32	2.2	32	82	10	81	71	0	5	22	1.07
925973--926009	16	2.2	17	90	4	58	72	0	5	21	1.04
926955--926983	12	2.4	12	100	0	58	27	17	44	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929170--929273	13	7.5	13	70	21	50	46	1	7	44	1.43
929146--929250	30	3.4	30	82	11	106	40	3	9	45	1.55
929172--929260	30	2.9	31	82	11	103	44	2	7	44	1.45
929225--929314	13	6.8	13	71	14	60	53	1	6	38	1.35
929203--929353	44	3.6	43	87	8	213	51	1	6	39	1.39
929387--929454	7	9.9	7	71	15	52	41	39	2	16	1.63
929534--929746	33	6.7	30	67	27	102	41	4	7	46	1.54
929623--929748	9	14.4	9	66	24	65	42	3	8	46	1.51
929623--929741	21	5.7	20	70	14	71	42	3	8	46	1.51
929650--929754	33	3.1	34	77	12	119	45	2	6	44	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12