genome.fa.s8338.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2210178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603426--603501	22	3.4	22	80	8	82	15	3	3	76	1.09
603426--603478	22	2.4	23	90	6	83	15	1	3	79	0.96
603428--603561	23	5.7	23	71	18	80	20	4	2	73	1.12
605149--605195	23	2.0	25	83	8	62	51	6	2	40	1.39
606314--606349	17	2.1	18	89	5	56	63	5	0	30	1.17
606780--606815	17	2.1	17	94	0	63	50	11	2	36	1.53
607033--607304	108	2.5	108	80	4	309	37	13	11	37	1.82
607150--607609	226	2.0	226	88	0	688	31	14	14	39	1.86
607700--607724	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
607751--607797	16	2.9	16	93	0	76	29	29	10	29	1.91
608325--608444	31	3.9	31	75	9	111	49	4	3	43	1.38
611124--611199	35	2.2	35	85	0	98	34	0	22	43	1.54
613424--613456	7	4.7	7	96	0	57	57	0	33	9	1.30
620051--620089	18	2.2	18	90	4	62	64	2	2	30	1.21
620139--620167	10	2.9	10	100	0	58	48	0	31	20	1.50
625590--625630	21	1.9	22	90	5	66	24	19	17	39	1.92
626435--626459	10	2.5	10	100	0	50	40	12	32	16	1.84
628129--628182	23	2.2	24	93	6	92	51	3	3	40	1.37
630928--630967	20	2.0	21	90	5	64	12	15	32	40	1.84
634644--634679	18	2.0	18	88	0	54	30	25	36	8	1.85
635646--635718	23	3.2	23	68	24	73	19	6	17	56	1.63
635629--635718	45	2.0	45	97	0	171	20	5	15	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637939--638040	12	8.4	12	91	5	86	62	0	1	35	1.06
638022--638053	15	2.1	15	100	0	64	62	0	12	25	1.30
637949--638028	3	26.7	3	94	0	142	63	0	0	36	0.94
638334--638970	337	1.9	337	92	1	1080	27	20	13	38	1.89
638334--638970	112	5.7	113	96	1	1077	27	20	13	38	1.89
638334--638970	225	2.8	225	93	1	1075	27	20	13	38	1.89
639639--639831	52	3.7	52	99	0	377	37	23	15	23	1.92
639691--640025	182	1.8	182	99	0	661	36	23	14	25	1.93
639873--640013	52	2.7	52	100	0	282	38	24	14	22	1.92
639560--640013	234	1.9	234	98	0	872	36	23	14	25	1.92
640784--640828	18	2.6	17	89	6	65	55	6	6	31	1.52
652475--652523	22	2.1	22	81	7	53	57	2	2	38	1.22
653950--653981	15	2.1	15	100	0	64	62	0	12	25	1.30
653897--653956	3	19.7	3	89	3	93	61	0	0	38	0.96
657867--657919	23	2.2	24	80	12	65	18	5	15	60	1.54
657877--657923	23	2.0	23	92	8	78	19	8	17	55	1.67
658252--658591	174	2.0	170	97	2	635	24	13	29	32	1.94
661038--661081	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
663396--663434	20	1.9	21	89	5	62	46	23	15	15	1.83
663526--664217	183	4.0	164	75	13	524	46	12	13	27	1.80
663686--664372	183	3.7	182	88	4	907	45	12	14	27	1.82
664762--664807	19	2.4	19	92	0	74	43	0	19	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666795--666834	19	2.2	18	90	4	62	55	0	40	5	1.22
668294--668342	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
668688--669274	200	2.9	200	91	2	923	42	14	14	27	1.85
669103--669646	201	3.0	171	85	10	705	43	14	14	27	1.84
668688--670317	772	2.1	779	89	4	2490	43	14	13	28	1.84
669273--670317	201	5.2	201	94	0	1770	43	14	13	28	1.83
669273--670317	401	2.6	402	93	0	1779	43	14	13	28	1.83
671026--671238	87	2.4	87	95	0	381	32	15	11	39	1.84
671197--671270	23	3.2	23	92	0	112	37	14	8	39	1.76
675178--675270	31	2.9	32	78	13	95	26	29	8	35	1.86
675190--675266	32	2.5	31	79	12	86	31	29	7	31	1.86
676429--676478	24	2.1	24	88	7	75	26	2	14	58	1.47
680891--680933	20	2.2	20	91	0	68	25	25	25	23	2.00
704964--704998	17	2.1	16	89	5	52	42	2	2	51	1.31
710779--710902	61	2.0	61	98	0	239	39	24	12	23	1.90
712430--712469	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
713836--713865	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
713864--713958	3	31.7	3	91	0	145	61	0	3	35	1.12
714274--714865	116	5.1	116	95	1	1041	29	20	13	37	1.90
714774--714954	90	2.0	90	87	4	258	32	15	16	36	1.90
714671--715042	203	1.8	203	86	3	543	30	17	14	37	1.90
715750--716049	83	3.6	83	98	0	582	37	24	13	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717203--717273	1	71.0	1	71	0	52	0	14	0	85	0.59
717203--717275	18	3.9	18	85	10	94	0	15	0	84	0.61
717203--717273	21	3.5	21	81	18	105	0	14	0	85	0.59
717202--717273	29	2.5	31	86	8	98	0	15	0	84	0.62
727922--727978	25	2.3	25	81	6	71	59	1	0	38	1.08
728521--728546	12	2.2	12	100	0	52	26	0	0	73	0.84
729947--730033	3	28.7	3	88	2	129	60	0	2	36	1.09
729925--730021	18	6.3	15	76	18	69	56	0	2	41	1.11
736643--737064	210	2.0	212	95	4	766	29	24	16	29	1.97
738424--738466	8	5.4	8	81	10	52	72	0	0	27	0.85
738436--738501	28	2.4	28	82	10	73	69	1	1	27	1.06
743052--743230	62	2.9	62	98	0	340	23	9	17	49	1.75
743803--743865	18	3.6	18	76	21	62	52	30	12	4	1.60
743810--743865	17	3.2	17	75	25	62	53	30	12	3	1.55
743810--743870	19	3.3	19	75	9	72	52	31	13	3	1.56
744322--744425	31	3.4	31	89	4	158	41	10	14	33	1.80
745002--745036	17	2.1	17	100	0	70	22	5	5	65	1.36
745955--745994	19	2.2	19	86	4	55	65	2	0	32	1.06
751656--751703	25	1.9	25	83	8	62	62	0	6	31	1.20
751720--751763	18	2.5	18	81	3	54	50	0	4	45	1.22
752190--752260	29	2.5	26	73	20	63	74	4	8	12	1.19
753695--753753	11	5.4	11	73	13	50	71	3	5	20	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753706--753748	18	2.4	18	88	7	61	67	4	6	20	1.33
753769--753820	27	1.9	27	84	7	70	51	3	1	42	1.31
753780--753858	37	2.1	38	97	2	151	50	6	2	40	1.41
753789--753892	37	2.9	36	81	9	106	50	7	1	40	1.42
753917--754169	36	7.2	34	73	17	105	43	7	5	43	1.55
753867--754272	34	11.5	35	75	16	242	43	7	4	44	1.53
753851--754234	39	10.9	38	73	17	182	43	7	4	44	1.53
754109--754133	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
753953--754234	74	3.8	75	77	12	241	44	6	4	43	1.52
753832--754276	73	6.3	75	75	15	296	43	7	4	43	1.53
754876--755624	84	9.0	84	78	6	722	24	21	25	28	1.99
754876--755624	165	4.5	165	89	2	1106	24	21	25	28	1.99
755630--755666	19	2.0	19	94	5	67	35	16	16	32	1.91
755634--755671	19	2.1	19	90	5	60	39	18	13	28	1.88
758934--758987	21	2.6	21	93	0	90	14	16	40	27	1.88
759032--759078	19	2.4	20	92	3	78	70	8	10	10	1.35
762372--762435	4	16.8	4	75	6	53	73	3	4	18	1.14
762483--762920	37	12.2	37	75	15	288	44	7	4	43	1.54
762630--762834	75	2.7	75	81	9	265	45	6	5	41	1.53
762759--762783	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
762598--762924	149	2.2	146	79	9	324	44	7	5	43	1.53
763996--764378	157	2.4	158	87	5	558	28	21	4	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766668--767376	132	5.4	132	87	1	972	28	16	22	32	1.96
766668--766987	44	7.3	44	66	1	156	29	17	21	31	1.96
766667--767376	264	2.7	264	89	1	1084	29	16	22	32	1.96
767182--767376	44	4.4	44	68	11	139	26	18	23	32	1.97
767499--767671	91	1.9	91	87	0	256	26	21	13	38	1.91
767806--768067	96	2.7	96	91	1	402	30	16	25	26	1.97
768419--768530	36	3.1	36	69	7	109	34	13	22	29	1.92
768417--768562	73	2.0	76	89	4	226	34	11	23	30	1.90
768613--768869	36	7.1	36	85	4	286	40	13	19	26	1.89
773637--773670	7	4.9	7	96	0	59	29	26	26	17	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12