genome.fa.s8338.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008338.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111059_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2210178

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1983946--1984069	33	3.5	33	86	10	158	12	24	17	45	1.82
1984004--1984068	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
1985766--1986048	93	3.1	93	98	0	550	22	12	19	45	1.83
1986096--1986224	19	7.3	19	76	17	134	47	28	15	8	1.75
1986130--1986224	33	2.9	33	91	0	154	48	28	15	7	1.72
1986150--1986208	14	3.9	14	74	20	55	49	28	15	6	1.70
1986096--1986224	52	2.5	51	74	14	145	47	28	15	8	1.75
1986220--1986392	19	9.6	19	78	12	168	10	19	23	46	1.81
1986242--1986298	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1986220--1986392	33	4.8	38	82	5	168	10	19	23	46	1.81
1988315--1988350	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
1988457--1988554	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
1988457--1988557	52	1.9	53	97	2	195	45	17	22	13	1.84
1988557--1988703	33	4.3	33	71	19	138	13	23	17	45	1.84
1988572--1988756	19	10.4	19	78	18	220	14	21	17	46	1.83
1988591--1988770	86	2.1	84	86	12	242	13	22	18	46	1.83
1988572--1988770	33	5.7	34	75	17	185	13	22	18	46	1.83
1988557--1988756	53	3.8	53	96	2	359	14	22	18	46	1.84
1991248--1991294	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
1991982--1992210	20	11.4	20	87	1	235	20	17	24	36	1.94
1993224--1993253	14	2.1	15	93	6	53	40	16	0	43	1.48
1998502--1998530	14	2.1	14	100	0	58	41	13	6	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999114--1999162	22	2.3	21	76	10	55	30	10	24	34	1.89
2003122--2003210	19	4.5	19	70	12	63	25	15	25	32	1.96
2003275--2003317	19	2.1	21	87	8	63	48	9	0	41	1.35
2009327--2009442	39	3.0	39	91	2	171	42	4	18	35	1.70
2011051--2011077	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2011196--2011245	17	3.3	14	78	13	55	76	0	8	16	1.02
2011188--2011249	15	3.8	16	81	16	74	75	0	8	16	1.02
2011188--2011249	10	6.2	10	75	14	56	75	0	8	16	1.02
2014519--2014565	17	2.9	16	81	12	60	61	0	27	10	1.29
2014519--2014565	8	5.9	8	79	16	53	61	0	27	10	1.29
2015653--2015690	11	3.7	10	83	16	51	18	0	2	78	0.86
2016488--2016515	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2016852--2016900	25	2.0	25	84	8	64	34	6	2	57	1.35
2022155--2022202	25	1.9	25	82	0	60	37	2	0	60	1.09
2023071--2023097	13	2.1	13	100	0	54	29	33	22	14	1.94
2024311--2024348	15	2.4	16	82	4	51	7	7	2	81	0.96
2025388--2025514	41	3.1	42	75	15	140	33	12	19	34	1.90
2026207--2026255	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2026201--2026386	65	2.9	64	80	7	216	26	19	23	29	1.98
2034899--2034947	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
2034919--2035078	65	2.5	65	86	5	209	26	19	23	30	1.98
2037254--2037293	17	2.3	18	87	8	57	60	2	5	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037854--2037919	10	6.2	10	72	11	51	68	1	4	25	1.18
2037853--2037908	17	3.4	16	76	16	51	69	1	5	23	1.18
2037899--2037943	19	2.3	19	80	3	54	57	4	0	37	1.19
2038280--2038352	30	2.4	31	80	11	80	54	9	17	17	1.69
2038501--2038666	75	2.2	76	77	3	174	48	13	11	26	1.76
2039952--2039989	14	2.8	14	88	4	51	68	0	0	31	0.90
2040195--2040738	134	4.1	134	88	1	743	25	18	30	26	1.98
2040809--2041000	64	3.0	64	80	5	224	38	15	20	25	1.92
2041005--2041137	36	3.9	35	70	19	111	43	15	13	27	1.84
2041152--2041309	66	2.4	66	92	5	257	41	10	15	32	1.81
2041742--2041932	70	2.7	70	81	5	190	34	12	20	32	1.90
2041788--2041910	34	3.5	35	82	6	142	34	13	17	33	1.90
2041737--2041932	36	5.5	35	75	10	148	35	12	19	32	1.89
2045017--2045057	19	2.2	18	86	4	55	53	12	14	19	1.72
2047488--2047546	6	10.2	6	80	15	54	66	0	5	28	1.13
2047488--2047539	23	2.3	23	75	15	63	67	0	5	26	1.13
2047517--2047574	19	3.1	19	80	9	57	60	3	0	36	1.14
2047909--2047981	30	2.4	31	80	11	80	54	9	17	17	1.69
2048130--2048295	75	2.2	76	77	3	174	48	13	11	26	1.76
2049568--2049605	3	13.0	3	88	5	60	65	0	0	34	0.93
2056646--2056729	29	2.9	29	85	3	98	22	36	28	11	1.90
2056683--2056764	29	2.8	29	94	0	137	17	39	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057441--2057466	8	3.2	8	100	0	52	42	0	11	46	1.40
2057573--2057612	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
2057829--2057909	22	3.3	22	73	23	81	43	1	13	41	1.52
2057256--2057860	327	1.8	326	81	12	756	39	1	11	47	1.50
2057790--2057915	30	4.4	30	75	22	112	41	1	11	45	1.51
2060237--2060372	59	2.3	59	73	17	138	47	7	5	39	1.54
2060437--2060578	14	11.1	13	67	22	79	42	8	1	47	1.42
2060496--2060541	9	5.2	9	84	5	67	39	8	0	52	1.33
2060505--2060537	17	1.9	17	93	0	57	42	9	0	48	1.35
2060437--2060714	26	11.0	25	76	12	162	43	8	2	45	1.47
2060502--2060552	23	2.2	23	85	0	66	39	7	0	52	1.30
2060422--2060714	52	5.8	49	73	12	211	43	7	2	45	1.47
2060635--2060717	12	6.7	12	76	11	78	40	6	4	48	1.49
2060422--2060750	124	2.6	124	83	7	382	44	9	2	44	1.49
2060635--2060730	26	3.7	26	87	5	122	41	9	4	44	1.56
2063155--2063217	28	2.2	29	91	5	101	55	14	0	30	1.39
2063159--2063224	28	2.4	28	82	10	98	54	13	0	31	1.39
2063194--2063242	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
2064595--2064649	18	2.8	21	91	8	89	27	32	25	14	1.95
2066177--2066289	41	2.7	43	91	2	185	23	21	17	37	1.94
2066177--2066312	43	3.2	41	82	4	155	26	20	16	36	1.94
2069075--2069184	10	10.6	11	69	15	56	48	2	2	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069530--2069885	41	8.9	41	78	7	304	35	18	17	28	1.94
2069591--2069658	33	2.0	34	85	5	93	39	22	13	25	1.90
2069547--2069885	81	4.2	80	80	9	320	34	17	18	29	1.94
2070489--2070552	29	2.2	29	91	0	101	12	34	29	23	1.92
2072401--2072988	223	2.6	226	93	3	1008	46	7	8	37	1.63
2072958--2073002	22	2.0	22	82	0	54	40	6	11	42	1.67
2073020--2073083	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
2073493--2073556	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
2073967--2074029	22	2.8	23	90	2	101	36	4	22	36	1.75
2072788--2075382	475	5.5	480	94	3	4612	41	7	10	40	1.68
2074451--2074506	23	2.4	23	87	0	85	41	5	16	37	1.71
2074918--2074981	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
2076558--2076757	21	9.6	21	72	13	135	35	26	17	21	1.95
2076558--2076770	83	2.6	83	87	2	284	35	25	17	21	1.95
2078829--2078860	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2078876--2079230	37	9.8	36	77	15	299	45	3	4	46	1.41
2078896--2079124	73	3.1	72	88	8	300	45	4	3	45	1.41
2079050--2079186	31	4.2	31	76	17	111	43	2	2	51	1.29
2079090--2079185	29	3.2	29	83	7	122	45	2	2	50	1.25
2079148--2079225	41	1.9	41	91	0	129	44	1	3	50	1.28
2079247--2079290	17	2.8	15	80	12	52	22	0	0	77	0.77
2079247--2079309	26	2.4	25	80	15	65	22	3	0	74	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079247--2079291	15	2.9	15	81	12	54	22	0	0	77	0.76
2080497--2080559	14	4.2	15	76	11	58	15	6	1	76	1.07
2080497--2080598	33	3.1	32	76	13	100	18	5	1	73	1.13
2080506--2080589	35	2.4	34	78	11	80	20	5	1	72	1.12
2080539--2080600	30	2.1	29	85	14	83	20	3	1	74	1.05
2084024--2084286	95	2.7	94	85	5	312	33	16	17	31	1.93
2085373--2086664	84	15.4	83	84	3	1421	31	23	19	25	1.98
2085373--2086664	168	7.7	168	86	1	1626	31	23	19	25	1.98
2087218--2087252	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2087236--2087552	37	8.7	36	79	15	268	44	3	5	45	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12