genome.fa.s8374.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008374.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111131_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1731758

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
391--424	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
4200--4354	31	5.0	31	88	6	210	39	21	18	20	1.93
4200--4354	61	2.5	62	90	3	242	39	21	18	20	1.93
5293--5362	19	3.9	19	72	24	71	21	34	28	15	1.94
8377--8532	31	5.0	31	94	1	260	38	23	18	19	1.93
9468--9562	33	2.9	34	92	4	158	22	29	28	20	1.98
39710--39762	25	2.2	25	93	6	92	33	3	3	58	1.34
39832--39895	23	2.7	23	72	13	58	65	7	3	23	1.33
43227--43299	30	2.5	30	91	6	114	38	17	9	34	1.83
55616--55672	25	2.2	25	85	11	80	49	5	0	45	1.24
57413--57483	35	2.0	35	97	0	133	23	19	33	22	1.97
63404--63449	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
63805--63832	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72204--72243	18	2.3	18	86	4	55	50	7	10	32	1.64
73512--73661	40	3.7	41	77	9	114	28	25	16	30	1.97
73555--73621	20	3.3	20	74	15	75	25	25	17	31	1.97
74457--74503	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
76903--76952	19	2.5	20	81	9	59	42	24	18	16	1.89
76925--77022	19	5.7	18	68	24	77	44	19	24	11	1.83
76925--77018	33	2.8	33	96	0	170	44	19	24	11	1.84
77018--77113	19	5.3	19	78	15	80	14	15	22	46	1.82
77219--77255	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78600--78666	21	3.2	21	68	4	55	19	19	35	25	1.95
78600--78718	42	2.8	41	80	9	107	24	16	35	23	1.95
79219--79342	19	7.0	19	75	18	133	46	19	23	10	1.80
79266--79320	14	3.6	14	73	21	56	45	21	23	9	1.80
79219--79341	33	3.5	33	92	6	183	47	18	23	10	1.80
79350--79426	19	3.9	20	86	5	86	7	19	22	50	1.72
79351--79432	39	2.1	39	86	4	112	8	20	19	51	1.73
79351--79432	20	4.2	19	87	4	110	8	20	19	51	1.73
79522--79901	94	4.1	94	95	1	647	47	18	12	21	1.81
81599--81692	20	5.2	20	77	17	98	45	19	24	10	1.81
81625--81715	33	2.8	32	90	6	148	42	23	24	9	1.84
81642--81699	14	3.8	14	71	20	53	41	24	25	8	1.83
81597--81720	51	2.4	51	75	18	130	44	20	25	10	1.83
81721--81788	33	2.1	33	94	0	118	11	23	19	45	1.83
81765--81828	21	3.1	21	82	6	78	12	20	15	51	1.75
81793--81835	20	2.2	20	86	0	59	13	13	20	51	1.76
82381--82464	21	4.0	21	98	0	159	19	22	14	44	1.86
86259--86291	16	2.0	17	94	5	59	42	6	15	36	1.71
93548--93927	14	27.8	14	72	13	265	48	3	5	42	1.41
93548--93927	28	13.9	27	76	10	292	48	3	5	42	1.41
93543--93936	42	9.3	42	80	10	356	48	3	4	43	1.40
99921--100068	21	7.0	21	71	9	102	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100264--100308	15	3.0	15	77	9	56	37	22	4	35	1.74
102234--102354	41	3.0	40	73	12	120	28	14	23	33	1.95
102234--102409	82	2.1	82	84	2	219	29	14	22	33	1.94
112132--112183	23	2.5	21	77	17	54	28	11	5	53	1.60
112878--112999	44	2.8	43	82	4	140	29	23	18	28	1.97
113041--113125	43	2.0	43	83	0	107	35	21	14	29	1.92
115611--116049	218	2.0	220	97	2	832	42	5	7	44	1.57
119238--119276	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
125088--125184	44	2.2	44	83	7	117	25	26	19	27	1.99
127644--127734	45	2.0	46	91	2	148	27	25	19	27	1.99
130753--130782	14	2.1	14	100	0	60	13	0	50	36	1.42
131224--131320	20	4.8	20	87	2	133	41	10	15	32	1.81
131210--131320	40	2.8	40	87	4	145	41	9	15	34	1.78
134905--134976	20	3.7	19	71	10	56	37	2	0	59	1.12
138170--138362	51	3.8	51	90	1	316	22	13	16	47	1.82
138170--138364	101	1.9	101	92	1	327	22	13	16	47	1.82
140865--140911	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
140924--140959	17	2.2	17	95	5	65	38	0	5	55	1.23
140929--140996	16	3.7	18	70	14	50	50	0	4	45	1.22
140944--141016	39	1.9	37	83	5	92	52	1	5	41	1.33
144402--144441	20	2.0	21	90	5	64	50	10	17	22	1.76
148077--148157	20	4.1	19	76	12	65	24	30	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152490--152859	160	2.3	159	85	1	501	47	5	17	30	1.69
156447--156479	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
174651--174751	53	1.9	53	100	0	202	17	24	19	37	1.94
177010--177063	5	11.4	5	77	16	53	35	0	0	64	0.94
177002--177059	24	2.5	24	91	8	93	34	0	0	65	0.93
177002--177068	13	4.5	15	75	21	61	34	0	0	65	0.93
179087--179126	16	2.4	16	88	12	55	10	17	0	72	1.11
181105--181142	15	2.6	15	83	4	51	76	5	18	0	0.97
181161--181187	6	4.5	6	100	0	54	85	14	0	0	0.61
183170--183310	36	3.9	36	82	6	126	29	21	12	36	1.90
183195--183447	36	7.2	36	76	14	224	29	20	12	38	1.89
183362--183426	21	3.4	20	68	24	59	24	21	10	43	1.84
183195--183585	137	2.8	137	89	3	572	27	19	13	39	1.89
183460--183620	37	4.4	36	85	5	225	23	19	15	40	1.90
183452--183620	73	2.3	73	88	4	243	24	18	15	41	1.89
184054--184135	3	27.3	3	85	14	100	30	0	0	69	0.89
184058--184130	20	3.7	19	91	8	112	31	0	0	68	0.90
184054--184135	17	4.4	20	83	13	106	30	0	0	69	0.89
185268--185298	6	5.0	6	92	7	53	32	0	3	64	1.09
196893--196938	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
202448--202496	24	2.0	24	100	0	98	30	12	24	32	1.92
205609--205698	27	3.3	28	77	11	82	36	22	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210743--210770	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
211237--211287	24	2.1	24	82	7	59	41	3	0	54	1.19
211461--211494	16	2.1	16	94	0	59	38	0	0	61	0.96
211459--211492	17	2.0	16	88	11	50	41	0	0	58	0.98
211930--211968	14	2.7	14	84	15	53	35	0	2	61	1.10
211919--211963	14	3.5	13	80	14	58	35	0	0	64	0.94
214297--214519	114	2.0	114	83	1	286	23	26	15	34	1.94
222130--222174	23	2.0	23	90	0	72	42	8	15	33	1.78
222253--222966	199	3.6	197	80	7	752	31	15	13	38	1.87
224547--225110	200	2.8	201	79	7	624	32	14	12	40	1.84
228053--229203	199	5.8	199	82	4	1306	32	15	14	37	1.88
229554--229602	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
231127--231160	17	1.9	18	94	5	61	5	32	0	61	1.20
231332--231366	18	1.9	18	94	0	61	5	34	0	60	1.21
231532--231572	21	2.0	21	85	0	55	29	46	2	21	1.64
231553--231617	33	2.0	33	96	0	121	26	44	1	27	1.63
231758--231791	15	2.3	15	89	0	50	11	58	8	20	1.59
232070--232124	24	2.4	23	80	11	69	47	5	0	47	1.25
234090--234967	183	4.7	182	81	9	988	27	15	14	41	1.87
234679--234730	20	2.6	20	93	0	95	15	21	23	40	1.91
234499--234912	202	2.0	201	89	2	625	26	17	14	41	1.88
236313--236362	19	2.7	20	82	14	63	38	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237855--237891	10	3.6	10	85	7	56	78	0	5	16	0.93
238425--238494	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
240056--240096	18	2.3	18	95	0	73	31	21	4	41	1.74
241932--241999	30	2.3	30	84	2	93	36	22	27	13	1.91
243283--243647	42	8.7	42	91	0	590	20	18	23	37	1.94
243320--243643	21	15.4	20	68	23	163	20	18	23	37	1.94
244508--244787	21	13.2	21	73	15	229	37	22	18	21	1.94
244500--244868	21	17.6	19	70	19	100	36	23	18	21	1.95
244500--244849	42	8.3	42	90	4	492	36	23	18	21	1.95
245325--245417	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10