genome.fa.s8374.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008374.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111131_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1731758

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1105 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245322--245417	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
245325--245417	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
245344--245478	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
245406--245499	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
246229--246279	20	2.5	20	93	0	84	35	21	21	21	1.96
246309--246381	14	4.5	15	74	22	60	13	20	19	46	1.83
246305--246371	18	3.8	19	83	16	92	13	22	17	46	1.83
246487--246523	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
248968--249034	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
249023--249080	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
249007--249085	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
249092--249187	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
249114--249171	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
249097--249187	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
249172--249226	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
249280--249317	18	2.1	19	90	5	60	73	23	2	0	0.95
249705--249749	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
251068--251105	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
251369--251412	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
251600--251693	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
251620--251755	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
251580--251694	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251683--251775	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
251683--251778	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
253170--253417	130	1.9	130	94	0	433	36	15	12	35	1.86
253344--253390	23	2.1	21	84	7	58	34	17	17	31	1.92
253184--253448	130	2.0	129	82	4	318	39	13	13	33	1.84
253744--253806	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
253881--253914	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
255014--255053	20	2.0	21	95	5	73	35	5	10	50	1.58
255860--255903	22	2.0	23	86	4	63	11	18	6	63	1.48
262627--262707	29	2.9	28	71	12	69	51	9	1	37	1.43
263129--263163	17	2.1	17	100	0	70	48	11	0	40	1.39
266902--267316	147	2.8	147	82	3	469	37	21	13	27	1.92
267268--267344	32	2.4	32	82	4	84	32	24	9	33	1.87
273374--273412	20	2.0	20	85	9	55	53	0	5	41	1.23
278268--278338	21	3.3	21	66	21	56	18	4	8	69	1.31
282525--282576	20	2.6	20	90	0	86	17	26	23	32	1.96
285909--285948	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
290245--290345	51	2.0	50	98	1	193	35	17	14	31	1.91
290826--290876	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
290826--291163	20	16.6	20	81	8	164	37	20	23	18	1.94
290951--291157	40	5.1	40	87	3	225	33	18	27	20	1.96
290951--291157	83	2.5	80	80	4	225	33	18	27	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290930--291153	103	2.2	103	87	0	313	33	18	27	20	1.96
290951--291146	60	3.2	60	84	4	221	33	19	28	19	1.96
291150--291192	19	2.2	20	87	4	61	55	16	16	11	1.68
291269--291354	6	14.5	6	98	1	165	32	51	16	0	1.45
292007--292086	6	13.5	6	91	8	121	0	17	51	31	1.46
292007--292086	35	2.2	36	89	10	121	0	17	51	31	1.46
292159--292202	20	2.2	20	87	0	61	11	15	15	56	1.66
292189--292360	20	8.4	20	79	7	132	19	25	19	36	1.94
292199--292320	63	2.0	62	88	1	181	18	26	18	36	1.94
292204--292340	43	3.4	40	81	7	114	20	26	18	34	1.96
293954--294072	42	2.8	42	93	0	202	19	18	16	45	1.86
294262--294359	22	4.3	22	75	20	85	44	2	1	52	1.19
294331--294428	28	3.6	28	73	25	86	42	0	1	56	1.06
294295--294388	22	4.2	22	73	18	72	40	2	1	56	1.18
294349--294394	18	2.6	18	86	3	58	34	0	0	65	0.93
294278--294376	49	2.0	48	88	11	148	43	2	1	53	1.19
294262--294431	49	3.4	53	73	18	134	42	1	1	54	1.15
294746--294784	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
294758--294803	15	3.1	15	81	6	67	30	19	8	41	1.82
294783--294823	20	2.0	20	85	0	55	29	26	9	34	1.88
294769--294835	35	1.9	34	90	3	107	31	26	7	34	1.84
295924--296081	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296049--296277	20	11.4	20	83	5	248	36	25	17	19	1.94
296968--297014	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
299361--299558	33	5.7	34	73	18	158	45	18	22	13	1.84
299375--299597	19	12.7	19	75	21	227	44	17	22	14	1.85
299375--299597	52	4.2	53	94	3	389	44	17	22	14	1.85
299428--299591	33	4.8	33	73	18	156	45	17	23	13	1.84
299606--299726	19	6.8	19	77	18	145	13	23	16	47	1.82
299645--299699	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
299626--299718	33	2.8	33	100	0	186	12	22	18	46	1.83
299817--299854	14	2.6	15	87	8	60	47	21	0	31	1.51
301845--301901	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
301753--301887	50	2.5	55	83	9	154	45	24	18	11	1.82
301828--301918	33	2.8	33	90	3	141	45	21	20	12	1.84
301753--301923	19	9.6	19	76	14	141	45	23	19	11	1.83
301935--301961	14	1.9	14	100	0	54	7	14	29	48	1.71
301919--302013	33	2.9	33	89	6	147	8	15	26	49	1.73
301919--302047	19	7.3	19	76	17	125	9	15	27	48	1.75
302092--302741	93	7.1	93	97	1	1231	45	19	12	22	1.83
302092--302741	184	3.5	186	97	2	1231	45	19	12	22	1.83
302092--302741	276	2.4	277	97	1	1234	45	19	12	22	1.83
304433--304529	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
304431--304495	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304480--304536	14	3.7	14	72	20	51	43	21	24	10	1.83
304431--304552	33	3.5	33	87	10	147	45	18	24	11	1.82
304569--304625	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
304553--304633	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
304609--304686	41	1.9	41	94	0	138	12	24	16	46	1.82
304610--304685	21	3.7	21	80	3	100	11	23	17	47	1.80
304765--304835	33	2.2	33	89	0	106	49	16	22	11	1.78
305211--305403	20	9.6	20	81	5	201	19	18	25	36	1.95
308285--308342	2	28.5	2	96	3	107	50	0	1	48	1.11
313165--313342	29	6.1	29	76	13	170	38	4	22	34	1.75
313166--313341	59	3.0	58	76	12	182	38	4	22	34	1.75
314244--314367	63	2.0	63	82	9	155	18	26	27	27	1.98
314244--314324	31	2.6	31	78	2	90	16	27	29	27	1.97
320630--320795	28	6.0	27	80	10	167	34	6	25	33	1.81
320639--320796	83	1.9	83	83	10	207	35	5	25	33	1.78
320631--320817	28	6.6	28	77	10	134	34	5	24	34	1.80
321701--321784	31	2.7	31	79	3	89	15	29	29	25	1.96
321701--321823	62	2.0	63	80	7	144	17	26	28	26	1.98
323321--323354	3	11.3	3	93	0	59	70	0	0	29	0.87
332074--332189	21	5.5	21	94	0	196	30	12	31	25	1.93
334845--334905	28	2.2	27	81	16	72	50	0	0	49	1.00
335402--335440	14	2.8	14	77	14	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335402--335442	15	2.9	15	76	23	52	63	0	0	36	0.95
335765--335839	35	2.1	36	80	11	93	46	0	1	52	1.09
335787--335831	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13
335765--335843	34	2.3	35	82	10	92	45	0	2	51	1.14
335788--335856	23	3.0	23	82	6	68	46	0	2	50	1.16
335994--336063	32	2.2	32	82	10	81	50	0	5	44	1.26
343596--343632	18	2.1	18	90	5	58	16	8	13	62	1.54
348509--348810	151	2.0	151	100	0	604	27	23	17	31	1.97
353035--353117	3	27.7	3	95	0	148	36	0	0	63	0.94
366243--366287	18	2.6	17	89	6	65	31	6	8	53	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10