genome.fa.s8374.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008374.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111131_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1731758

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1105 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775883--775979	3	32.3	3	95	0	176	64	0	0	35	0.93
776382--776415	17	2.1	17	88	5	52	70	0	5	23	1.09
777092--777130	20	1.9	21	89	5	62	56	10	10	23	1.63
781216--781240	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
784470--784524	19	3.2	17	80	14	69	41	0	1	56	1.10
784472--784584	18	6.5	16	68	22	52	44	1	1	52	1.22
784566--784610	23	2.0	23	95	0	81	51	0	0	48	1.00
784561--784636	38	2.0	38	84	5	100	50	1	2	46	1.24
784960--785018	24	2.4	26	78	13	72	50	10	0	38	1.36
785473--785512	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
785538--785576	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
785473--785702	64	3.5	65	78	9	195	30	26	16	26	1.96
785654--785702	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
791503--791582	24	3.5	22	78	14	92	22	26	23	27	2.00
794077--794116	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
794142--794180	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
794077--794241	64	2.5	65	85	6	201	33	26	15	24	1.95
794077--794277	64	3.1	63	80	7	181	32	25	14	26	1.95
796690--796729	14	2.9	14	92	3	64	22	45	0	32	1.53
796883--796921	15	2.6	15	83	0	51	12	25	2	58	1.47
797133--797166	10	3.4	10	91	0	50	82	0	14	2	0.79
800645--800684	14	2.9	14	88	3	55	27	40	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800647--800684	13	2.8	14	88	4	51	28	42	0	28	1.56
802907--802978	34	2.2	32	83	9	85	50	0	0	50	1.00
805843--805890	22	2.2	22	96	0	87	41	4	10	43	1.58
806353--806379	14	1.9	14	100	0	54	11	14	14	59	1.62
807251--807588	55	6.2	55	90	3	452	29	21	21	28	1.98
807251--807588	109	3.1	109	87	3	468	29	21	21	28	1.98
807266--807588	164	2.0	164	89	3	499	29	21	20	28	1.98
807995--808038	22	2.0	23	86	4	63	27	27	11	34	1.91
812926--813041	22	5.3	22	88	1	153	18	20	30	31	1.96
812925--813044	44	2.7	43	87	6	170	17	20	29	32	1.96
819921--820041	22	5.6	22	71	13	90	19	17	29	33	1.95
819997--820059	18	3.3	18	71	16	63	19	20	33	26	1.96
819918--820060	40	3.5	40	79	9	169	20	17	29	32	1.96
823498--823702	55	3.7	55	90	1	304	27	18	21	31	1.97
830404--830443	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
831335--831395	30	2.0	30	96	0	113	40	8	16	34	1.78
833207--833262	22	2.5	22	91	0	85	26	21	17	33	1.96
833313--833375	22	3.0	21	82	11	76	28	30	11	30	1.91
833272--833449	94	1.9	94	82	6	227	30	22	14	32	1.94
845019--845096	13	6.0	13	80	0	84	33	19	19	28	1.96
845227--845269	20	2.2	20	95	0	77	25	11	30	32	1.91
845234--845278	20	2.2	20	92	0	72	24	15	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851358--851407	19	2.6	19	100	0	100	40	4	20	36	1.71
852540--852579	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
857903--857959	29	2.0	29	92	0	96	14	35	28	22	1.93
858018--858130	29	3.9	29	91	0	163	15	35	28	21	1.93
858149--858201	23	2.3	23	83	9	72	13	33	24	28	1.93
858181--858246	19	3.2	20	82	10	80	13	31	28	25	1.94
858196--858264	10	6.7	10	75	18	54	13	28	31	26	1.93
858304--858361	29	2.0	29	86	0	80	24	27	34	13	1.93
859157--859183	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58
859902--859947	13	3.6	13	75	16	51	50	6	0	43	1.28
859885--859953	25	2.9	25	68	21	58	46	5	0	47	1.26
863911--864016	18	6.1	17	74	5	104	40	13	11	34	1.80
863913--864013	35	2.9	35	89	0	148	41	11	11	34	1.79
864087--864115	11	2.6	11	100	0	58	55	0	6	37	1.27
866355--866400	25	1.9	24	83	16	60	47	8	6	36	1.60
866421--866450	15	1.9	16	93	6	53	40	20	3	36	1.69
867722--867761	20	2.0	20	100	0	80	15	35	20	30	1.93
867796--867848	19	2.7	20	85	8	72	37	3	5	52	1.43
867862--867890	14	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
869902--869947	16	2.8	17	90	9	62	50	13	0	36	1.41
869913--869947	16	2.2	16	100	0	70	51	14	0	34	1.42
870511--870590	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872403--872443	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
873375--873425	20	2.5	20	90	3	75	45	7	1	45	1.44
882754--882915	56	2.9	56	99	0	315	30	17	6	45	1.74
883592--883623	16	2.0	16	100	0	64	12	6	37	43	1.68
883632--883807	32	5.6	32	73	11	139	25	10	24	39	1.87
883662--883807	32	4.6	31	75	6	141	27	8	24	39	1.85
883614--883807	63	3.1	63	88	5	223	24	10	25	39	1.87
883687--883736	15	3.2	15	72	10	55	28	12	24	36	1.91
884021--884066	15	3.0	16	81	9	51	15	13	21	50	1.78
885338--885442	37	2.8	37	89	0	165	33	4	24	37	1.77
889569--889629	31	1.9	32	87	9	90	72	1	6	19	1.16
889636--889739	23	4.6	21	73	14	66	75	1	6	16	1.11
889674--889748	23	3.5	19	69	22	51	77	0	4	18	0.92
889664--889721	27	2.2	26	84	3	71	79	0	5	15	0.90
889651--889784	34	4.1	31	75	19	96	72	1	4	21	1.11
889681--889777	36	2.8	36	83	10	105	74	1	3	21	1.02
889674--889777	34	3.2	34	81	14	105	75	0	2	21	1.00
889681--889835	40	4.0	40	77	16	121	69	1	3	26	1.12
889708--889835	40	3.2	39	76	17	129	65	1	2	30	1.14
889688--889795	34	3.2	34	82	10	116	70	0	3	25	1.10
889704--889832	34	3.6	33	77	17	102	67	1	2	28	1.12
890389--890498	37	3.0	37	93	0	184	32	15	11	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891051--891257	84	2.5	84	87	1	281	24	18	28	28	1.98
891358--892011	110	6.0	110	93	1	1086	23	19	23	33	1.97
891358--892011	218	3.0	219	92	1	1084	23	19	23	33	1.97
891358--892011	328	2.0	326	93	0	1128	23	19	23	33	1.97
892246--892337	31	2.9	32	85	4	132	32	21	15	30	1.94
893345--893410	15	4.3	15	74	16	55	3	9	4	83	0.89
893345--893433	12	6.9	12	74	16	63	2	13	3	80	0.93
893345--893419	38	2.0	38	86	5	107	2	10	4	82	0.90
893345--893433	26	3.4	26	81	9	83	2	13	3	80	0.93
893350--893422	19	3.9	18	81	16	69	2	10	4	82	0.91
893402--893439	14	2.6	15	83	4	51	0	18	5	76	0.97
896370--896396	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
899632--899785	82	1.9	82	82	5	195	11	20	8	59	1.58
901017--901061	19	2.4	18	80	16	56	75	0	2	22	0.91
901126--901204	41	1.9	41	82	5	97	72	1	5	21	1.11
901098--901283	33	5.5	32	74	16	119	70	1	2	25	1.09
901153--901282	35	3.6	33	74	23	104	66	2	1	30	1.13
901139--901261	41	3.1	40	80	15	123	66	1	1	30	1.10
901188--901285	41	2.4	43	77	16	109	68	3	0	28	1.05
901240--901292	22	2.2	25	83	9	67	67	1	1	28	1.11
901803--901912	37	3.0	37	91	2	168	31	16	11	40	1.85
904423--904527	29	3.5	30	81	10	117	36	24	28	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904422--904467	20	2.3	20	96	0	83	34	23	30	10	1.89
904422--904527	20	5.3	20	72	13	67	35	24	29	10	1.89
904442--904534	30	3.1	30	84	1	116	35	24	27	11	1.91
905419--905449	7	4.6	7	92	8	55	61	0	0	38	0.96
905420--905448	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
907499--907671	65	2.7	64	91	3	269	38	13	20	28	1.90
908084--908169	34	2.5	34	100	0	172	19	20	24	34	1.96
908677--908751	33	2.3	33	81	2	89	33	24	16	26	1.95
909803--909873	28	2.6	28	76	22	71	0	14	7	78	0.94
912731--912761	7	4.6	7	92	8	55	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10