genome.fa.s8374.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008374.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111131_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1731758

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1105 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1356062--1356121	21	2.8	22	89	5	95	60	18	1	20	1.45
1358346--1358435	21	4.3	22	88	5	125	61	18	0	20	1.35
1358346--1358435	10	8.5	11	86	7	125	61	18	0	20	1.35
1358346--1358435	31	2.8	32	88	6	130	61	18	0	20	1.35
1363217--1363254	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
1363342--1363380	20	1.9	19	85	10	51	51	0	0	48	1.00
1366811--1366839	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1367144--1367178	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
1368159--1368248	2	45.5	2	97	2	173	50	0	0	50	1.00
1368336--1368374	20	1.9	19	85	10	51	51	0	0	48	1.00
1376339--1376478	42	3.4	40	68	17	106	30	15	20	34	1.93
1380534--1380837	42	7.2	43	83	3	350	25	23	19	31	1.98
1380534--1380837	85	3.6	85	83	4	337	25	23	19	31	1.98
1386681--1386707	11	2.5	11	100	0	54	29	33	18	18	1.95
1388820--1388865	17	2.9	16	84	12	60	36	4	4	54	1.40
1388830--1388865	17	2.1	17	94	0	63	38	5	2	52	1.39
1388840--1389004	56	3.0	57	90	7	252	41	7	8	43	1.63
1388964--1389019	15	3.7	15	72	18	53	44	5	7	42	1.54
1389017--1389066	18	2.8	18	87	0	73	38	10	6	46	1.62
1388983--1389032	13	3.6	13	76	12	55	42	2	8	48	1.44
1389125--1389263	7	19.9	7	71	19	60	46	3	7	43	1.48
1389149--1389460	18	17.4	18	72	18	103	46	5	5	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389125--1389897	20	39.5	20	66	23	150	45	5	5	43	1.50
1389169--1389244	27	2.7	27	87	8	107	50	2	6	40	1.42
1389149--1389249	2	47.0	2	70	20	62	49	2	5	41	1.42
1389256--1389301	22	2.1	22	88	8	67	43	10	6	39	1.66
1389271--1389342	22	3.5	21	78	16	73	41	8	9	40	1.68
1389280--1389369	39	2.3	39	83	11	105	40	10	8	41	1.70
1389363--1389897	2	266.5	2	65	20	167	46	5	3	44	1.44
1389636--1389718	7	11.6	7	71	17	55	50	2	1	45	1.22
1389583--1389692	53	2.1	53	81	10	127	50	4	0	44	1.28
1389753--1389891	27	5.2	27	76	13	92	41	5	5	47	1.49
1389917--1390735	216	3.9	214	90	4	1234	30	11	8	49	1.69
1389923--1390771	431	2.0	418	87	6	1233	30	11	8	49	1.68
1391009--1391047	16	2.4	16	82	0	51	38	23	20	17	1.93
1393380--1393423	15	2.9	15	89	3	70	13	31	29	25	1.94
1393677--1393702	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
1395781--1395824	14	3.0	14	93	6	70	18	13	13	54	1.71
1396126--1396165	20	2.0	20	85	0	53	7	15	17	60	1.57
1401106--1401199	21	4.5	21	90	5	136	18	34	26	21	1.96
1401711--1401781	28	2.5	28	90	0	106	56	4	1	38	1.28
1401735--1401812	34	2.3	34	86	2	102	56	5	3	34	1.40
1402206--1402683	128	3.7	127	94	3	836	33	21	24	20	1.97
1402764--1402804	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1428045--1428105	24	2.5	24	81	5	79	13	11	21	54	1.70
1429639--1429706	16	4.3	16	83	7	86	13	10	14	61	1.56
1429645--1429707	33	2.0	31	87	6	90	12	11	14	61	1.56
1433581--1433614	17	1.9	17	88	5	50	73	8	2	14	1.19
1435700--1435773	27	2.8	25	73	20	62	66	4	1	28	1.18
1438166--1438218	15	3.5	15	80	7	54	49	0	1	49	1.12
1438193--1438217	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
1438321--1438353	9	3.8	9	88	8	50	54	3	6	36	1.41
1438339--1438393	21	2.7	19	79	20	58	49	1	3	45	1.30
1438347--1438454	32	3.4	31	78	17	114	48	3	1	46	1.30
1438377--1438511	13	10.2	13	72	16	91	47	5	3	42	1.45
1438377--1438511	15	9.0	15	77	13	120	47	5	3	42	1.45
1438533--1438576	20	2.2	20	100	0	88	40	0	4	54	1.21
1438573--1438633	2	31.0	2	83	9	81	47	1	3	47	1.28
1438805--1439013	57	3.7	54	75	18	183	41	8	9	41	1.66
1438845--1439001	20	7.9	20	66	25	68	42	7	7	42	1.62
1438866--1439021	13	11.8	13	68	14	52	42	9	6	41	1.63
1438861--1438901	15	2.6	16	88	7	66	46	7	4	41	1.53
1439003--1439111	57	2.0	51	83	11	130	39	8	8	44	1.64
1439042--1439089	21	2.3	21	88	0	69	41	6	6	45	1.54
1439079--1439127	22	2.1	22	88	7	71	36	2	8	53	1.43
1439100--1439150	15	3.3	15	76	15	59	43	1	3	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1439129--1439221	36	2.6	36	84	0	123	41	5	9	43	1.60
1439409--1439472	6	11.3	6	76	20	59	48	0	1	50	1.10
1439380--1439477	50	1.9	52	85	8	139	50	2	1	46	1.19
1439412--1439466	23	2.4	23	80	14	62	47	0	1	50	1.11
1439372--1439531	79	2.0	82	80	12	181	48	3	1	46	1.28
1443390--1443429	20	2.0	21	90	5	64	17	30	7	45	1.76
1446539--1446571	6	5.5	6	92	0	57	54	0	3	42	1.15
1446748--1446812	4	15.5	4	80	15	53	70	6	0	23	1.09
1446754--1446841	43	2.0	43	82	13	106	68	5	3	22	1.26
1448254--1448581	36	9.0	36	76	15	243	46	7	4	42	1.51
1448254--1448518	76	3.6	75	84	8	300	45	6	4	43	1.49
1449215--1450004	84	9.4	84	82	2	928	24	19	24	31	1.98
1449215--1450004	333	2.4	335	87	1	1122	24	19	24	31	1.98
1450658--1450716	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
1451202--1451429	95	2.6	88	79	10	232	31	21	19	28	1.97
1454002--1454045	19	2.3	19	84	11	54	79	0	9	11	0.93
1454102--1454170	4	16.5	4	81	14	61	71	5	0	23	1.08
1454230--1454270	17	2.3	18	88	12	59	75	0	12	12	1.05
1454414--1454443	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1455643--1455859	41	5.8	38	80	10	196	47	4	3	44	1.41
1455659--1455859	77	2.6	75	84	3	231	46	4	3	45	1.42
1455727--1455861	37	3.6	37	76	16	127	44	6	2	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1456237--1456278	21	2.2	20	87	12	61	11	9	19	59	1.59
1456723--1456778	23	2.4	23	100	0	112	39	3	8	48	1.52
1457312--1457377	32	2.1	32	82	5	80	37	15	22	24	1.92
1458672--1458708	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1459659--1459725	4	17.2	4	84	6	59	38	0	1	59	1.06
1459659--1459725	6	11.5	6	80	12	59	38	0	1	59	1.06
1459659--1459725	10	6.9	10	77	11	59	38	0	1	59	1.06
1459729--1459765	17	2.2	17	100	0	74	18	10	5	64	1.43
1459826--1459858	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1471385--1471583	110	1.8	110	89	0	317	37	23	17	21	1.94
1472358--1472402	23	2.0	23	82	8	56	42	2	2	53	1.25
1473602--1473628	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
1473658--1473812	9	17.1	9	70	11	57	29	3	1	65	1.19
1473620--1473726	53	2.1	52	79	13	114	18	8	0	71	1.16
1473759--1473812	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
1473976--1474058	40	2.1	39	84	6	105	10	8	4	75	1.16
1473975--1474073	12	8.3	11	72	12	63	10	7	4	78	1.06
1476189--1476239	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
1479072--1479137	2	33.5	2	96	3	125	51	0	0	48	1.00
1481283--1481522	116	2.1	116	81	3	277	52	5	11	30	1.60
1481477--1481550	29	2.5	29	84	6	87	51	8	8	32	1.61
1481703--1481740	12	3.4	11	83	16	51	26	52	18	2	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482290--1482338	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
1488358--1488571	107	2.0	107	93	1	367	43	11	8	36	1.71
1488817--1488965	50	3.0	47	84	7	138	21	30	33	14	1.93
1489108--1489150	22	1.9	23	95	4	79	34	0	0	65	0.93
1489138--1489191	24	2.2	24	100	0	108	38	3	0	57	1.17
1492961--1492996	17	2.2	17	90	9	58	25	13	5	55	1.60
1493079--1493144	29	2.3	31	80	15	70	77	4	10	7	1.12
1493123--1493156	16	2.1	16	88	0	50	79	5	2	11	1.02
1493883--1494001	21	5.8	20	80	8	114	36	21	19	21	1.95
1493883--1494020	21	6.7	20	76	12	84	37	23	18	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10