genome.fa.s8375.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008375.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1210889

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
687--711	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2985--3258	19	15.4	19	81	15	354	47	18	20	14	1.83
2985--3280	71	4.2	74	82	13	314	46	18	20	14	1.83
3013--3280	109	2.5	104	90	6	446	46	17	21	14	1.83
2985--3296	161	2.0	157	91	5	502	46	18	20	15	1.84
3013--3280	52	5.0	52	90	4	437	46	17	21	14	1.83
3287--3388	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
3493--3529	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
5479--5535	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
5460--5552	33	2.8	33	93	0	159	47	20	20	11	1.81
5423--5557	19	7.6	19	76	16	119	45	22	19	11	1.83
5553--5681	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
5553--5644	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
5725--6193	91	5.1	93	96	2	876	46	18	13	22	1.83
5725--6193	183	2.6	184	97	1	888	46	18	13	22	1.83
7894--7983	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
7886--8000	33	3.5	33	93	0	203	46	20	23	9	1.80
7893--8005	19	6.8	18	70	23	79	44	22	23	9	1.82
8017--8071	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
8001--8071	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
8012--8093	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
8024--8112	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8192--8262	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
8443--8497	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
8645--8813	60	2.8	60	84	0	239	20	19	26	33	1.96
8643--8797	20	7.7	20	84	4	213	21	20	25	32	1.97
8850--8901	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
15578--15668	27	3.7	27	67	24	74	38	2	1	58	1.18
15591--15638	19	2.6	18	80	9	60	37	4	0	58	1.18
15578--15675	46	2.2	45	90	1	151	38	2	1	58	1.17
15597--15703	40	2.7	38	80	11	101	38	2	2	56	1.29
15599--15696	45	2.2	46	83	1	117	40	3	1	55	1.22
15726--15789	29	2.2	29	86	8	87	56	0	3	40	1.15
15814--15846	16	2.1	16	88	11	50	45	0	0	54	0.99
15918--15980	33	1.9	33	86	0	90	39	7	3	49	1.48
16211--16243	6	5.7	6	96	3	59	51	0	12	36	1.39
17137--17211	31	2.4	31	95	0	132	53	24	1	21	1.54
17639--17706	26	2.6	26	83	6	75	38	4	0	57	1.19
17779--17830	24	2.1	24	85	7	68	61	3	0	34	1.14
17784--17842	24	2.4	24	82	5	64	67	3	0	28	1.06
34519--34556	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
34902--34927	11	2.4	11	100	0	52	57	7	26	7	1.54
45006--45055	23	2.2	23	88	0	73	42	10	6	42	1.63
46872--46967	43	2.2	43	84	0	120	32	9	20	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47337--47374	11	3.4	11	85	7	58	42	31	10	15	1.81
64543--64571	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
67588--67644	13	4.8	11	75	23	53	75	3	19	1	1.04
67605--67654	13	3.7	14	78	7	59	76	4	18	2	1.04
67604--67655	27	2.0	27	92	3	88	75	3	17	3	1.11
68704--68810	32	3.4	31	82	6	124	26	12	23	38	1.90
69465--69726	106	2.5	106	93	2	429	32	24	19	24	1.98
70042--70115	38	1.9	38	86	0	103	28	20	13	37	1.90
70131--70216	36	2.4	36	86	0	109	26	20	11	40	1.87
69877--70270	103	3.9	102	87	1	504	30	18	11	39	1.87
70348--70406	15	3.2	20	68	26	65	18	18	16	45	1.85
70297--70416	36	3.4	36	77	9	129	21	22	15	40	1.91
70490--70731	84	2.9	84	82	1	279	29	24	21	24	1.99
72511--72539	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
72587--72635	2	25.5	2	91	8	84	48	0	0	51	1.00
78071--78295	112	2.0	112	93	6	393	29	18	6	44	1.75
78503--78538	17	2.1	17	89	0	54	25	16	0	58	1.38
80062--80142	42	1.9	42	89	0	126	27	20	17	34	1.95
80990--81032	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
81509--81606	33	3.1	33	88	5	139	37	24	13	24	1.91
86194--86292	33	3.1	33	85	2	121	40	23	11	25	1.87
89434--89475	21	2.0	21	85	4	57	40	21	14	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89464--89502	20	2.0	20	89	0	60	38	10	17	33	1.84
90492--90551	20	2.9	21	78	11	70	36	18	20	25	1.94
90500--90551	21	2.5	20	78	3	59	36	19	17	26	1.94
92608--92653	20	2.2	22	88	7	69	34	0	23	41	1.55
93178--93215	19	2.0	19	89	0	58	42	0	10	47	1.38
93818--93965	47	3.1	47	84	0	188	28	14	20	37	1.91
94816--94845	16	1.9	15	93	6	51	23	10	0	66	1.21
95217--95241	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
95791--95857	34	1.9	35	82	8	84	58	5	10	25	1.54
97816--97847	16	2.0	16	93	0	55	46	0	6	46	1.27
102603--102648	23	2.0	23	100	0	92	47	8	26	17	1.76
104871--104934	19	3.4	19	95	0	101	40	15	26	17	1.89
106397--106434	19	2.0	19	94	0	67	26	28	15	28	1.96
107283--107346	19	3.4	19	95	0	101	40	15	26	17	1.89
108809--108846	19	2.0	19	94	0	67	26	28	15	28	1.96
112419--112498	3	26.7	3	97	0	151	33	1	0	65	1.01
118841--119403	67	8.5	67	85	4	736	27	16	14	41	1.88
118959--119208	30	7.4	37	62	22	118	26	16	14	41	1.88
120910--120956	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
128217--128246	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
128446--128485	2	20.5	2	89	5	64	0	47	2	50	1.14
133285--133607	55	5.9	55	86	7	399	31	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134966--135016	13	3.9	13	84	7	68	5	17	1	74	1.11
134967--135050	12	6.9	13	78	10	72	8	20	1	70	1.20
134986--135035	11	4.3	12	85	7	50	8	20	0	72	1.10
134997--135053	23	2.5	22	83	13	62	10	21	0	68	1.19
135026--135093	16	4.2	16	80	14	70	7	20	0	72	1.09
135041--135093	14	3.6	14	82	17	63	5	20	0	73	1.03
136667--136702	15	2.4	15	100	0	72	25	13	5	55	1.60
139323--139378	25	2.2	25	100	0	112	26	17	25	30	1.97
144806--144909	45	2.3	46	93	3	174	40	20	8	30	1.82
151065--151130	22	3.0	22	78	10	62	59	16	7	16	1.59
151131--151207	24	3.2	24	64	29	65	45	15	15	23	1.84
151115--151234	47	2.6	47	94	0	213	45	15	15	23	1.85
151214--151293	23	3.4	23	75	3	79	42	16	17	23	1.88
151155--151303	47	3.1	47	80	2	127	46	16	15	21	1.84
152920--152956	17	2.3	17	86	9	51	40	0	2	56	1.13
155368--155512	70	2.1	70	97	0	272	30	17	11	41	1.84
159352--159419	31	2.2	31	89	5	102	25	27	13	33	1.93
161346--161420	31	2.4	31	86	0	96	32	12	30	25	1.92
161497--161529	17	1.9	17	100	0	66	36	3	0	60	1.12
161497--161537	17	2.6	16	88	7	57	41	2	0	56	1.13
164337--164590	66	3.9	63	78	10	233	31	1	40	25	1.67
164315--164590	65	4.3	65	80	6	289	31	1	40	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173474--173509	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
185948--185977	13	2.3	13	94	0	51	60	3	0	36	1.14
186616--186650	18	2.0	18	88	5	54	65	5	5	22	1.36
191517--191545	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
191487--191535	26	1.9	25	84	12	64	12	10	2	75	1.13
192704--192762	5	11.8	5	85	7	66	86	3	10	0	0.68
192704--192757	14	3.7	14	87	7	72	87	3	9	0	0.67
192702--192765	1	64.0	1	74	0	56	87	3	9	0	0.64
192702--192765	20	3.3	19	89	6	92	87	3	9	0	0.64
192704--192762	15	3.9	15	91	4	84	86	3	10	0	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7