genome.fa.s8375.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008375.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1210889

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195021--195465	100	4.5	100	89	3	639	40	19	12	28	1.88
197885--197910	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
206287--206361	35	2.1	35	97	0	141	45	18	1	34	1.58
206357--206432	34	2.2	35	88	4	118	35	0	22	42	1.54
207098--207263	88	1.9	87	92	1	278	43	7	5	42	1.56
207603--207633	15	2.0	16	93	6	55	38	6	0	54	1.26
208488--208545	30	2.0	30	86	3	82	41	6	20	31	1.79
215050--215107	6	9.7	6	86	0	80	56	31	12	0	1.35
221282--221314	15	2.1	16	88	5	50	48	0	3	48	1.17
221741--221786	19	2.6	18	87	12	69	43	2	0	54	1.12
221719--221806	40	2.1	43	87	8	128	42	3	2	52	1.31
221778--221831	26	2.1	26	96	0	99	33	0	1	64	1.04
221741--221844	16	6.3	16	75	11	68	41	1	0	55	1.17
221809--221844	17	2.2	16	90	5	54	44	2	0	52	1.15
223085--223126	14	3.0	14	85	0	66	16	19	9	54	1.69
227011--227329	160	2.0	159	98	1	613	31	11	28	28	1.92
232764--232802	20	2.0	20	100	0	78	17	30	35	15	1.91
233944--234032	20	4.5	20	91	1	144	21	21	10	47	1.80
236677--236708	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
237738--239439	157	11.0	157	94	3	3044	40	15	12	32	1.84
246269--246306	15	2.6	14	84	15	51	55	2	0	42	1.14
246269--246306	7	5.3	7	82	17	51	55	2	0	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246424--246519	11	8.2	11	68	15	50	40	8	3	47	1.49
246428--246519	24	3.8	24	82	5	114	41	8	3	46	1.51
246586--246627	15	2.9	15	96	3	77	61	7	0	30	1.22
247525--247915	195	2.0	193	97	2	748	30	15	18	35	1.92
252505--252644	21	6.8	20	73	5	100	37	21	17	23	1.94
252527--252638	41	2.7	41	89	6	165	38	19	16	25	1.93
252446--252663	20	10.8	20	69	10	95	38	24	16	20	1.93
252611--252804	20	9.6	20	80	5	203	36	25	18	19	1.94
252631--252804	60	2.9	60	82	0	231	35	26	18	19	1.95
253177--253247	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
253327--253431	20	5.6	19	70	19	78	44	19	25	10	1.82
253326--253402	40	1.9	41	91	2	129	44	16	27	11	1.83
253435--253519	19	5.1	18	68	25	69	9	24	22	43	1.82
253457--253513	14	3.7	14	79	20	69	8	26	24	40	1.84
253438--253521	33	2.5	33	92	0	150	9	25	21	44	1.82
255207--255585	184	2.1	183	94	3	690	22	12	18	46	1.83
255207--255583	93	4.1	93	95	3	692	22	12	18	46	1.83
255627--255754	19	7.3	19	75	18	125	46	28	16	8	1.76
255681--255739	14	3.9	14	78	20	64	47	28	16	6	1.72
255661--255754	33	2.9	33	93	1	154	46	28	17	7	1.74
255750--255884	19	7.6	19	73	16	119	11	18	23	46	1.81
255772--255828	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255755--255847	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
257788--257822	14	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
257928--258027	19	5.5	19	84	12	147	45	17	23	15	1.85
257928--258044	53	2.2	53	95	1	209	43	17	24	14	1.86
258034--258200	19	9.6	19	75	20	168	14	23	17	43	1.87
258034--258200	52	3.2	52	96	1	300	14	23	17	43	1.87
258040--258200	33	4.7	33	73	17	150	14	22	18	44	1.85
258259--258355	19	5.4	19	82	15	134	45	17	22	14	1.85
258259--258374	51	2.2	53	96	3	218	43	18	24	13	1.86
260850--260896	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
261567--261808	20	12.1	20	86	1	261	20	18	24	37	1.94
261795--261877	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
261775--261873	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
262205--262247	16	2.6	17	81	7	61	69	0	2	27	1.00
263557--263652	48	2.0	48	100	0	192	31	27	16	25	1.97
265234--265264	16	1.9	16	93	0	53	38	0	16	45	1.47
265292--265336	20	2.2	21	84	11	58	37	4	13	44	1.64
265472--265526	16	3.4	15	81	16	65	50	9	0	40	1.34
265475--265526	18	3.0	18	84	15	74	51	9	0	38	1.35
265467--265553	34	2.8	30	77	13	84	52	6	3	36	1.45
265936--266092	46	3.4	46	82	7	167	54	11	0	34	1.37
266011--266069	28	2.1	27	93	3	100	59	11	0	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266046--266094	21	2.3	21	89	3	80	55	16	0	28	1.42
266042--266097	21	2.6	21	78	16	69	57	14	0	28	1.38
266135--266168	17	1.9	18	88	5	52	55	2	0	41	1.15
266195--266246	19	2.7	20	82	5	63	0	42	0	57	0.98
266444--266536	40	2.3	40	83	1	116	11	19	32	36	1.88
267362--267474	60	1.9	60	83	3	147	38	14	15	32	1.87
269496--269539	23	2.0	22	82	8	54	43	0	20	36	1.52
270093--270152	23	2.7	23	84	5	79	18	21	30	30	1.97
274733--274770	16	2.4	16	86	8	51	36	7	18	36	1.80
274906--274975	30	2.4	30	81	11	90	28	17	17	37	1.92
275186--275210	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
276616--276756	70	2.0	70	100	0	282	36	20	24	18	1.94
280245--280282	16	2.4	16	86	8	51	36	7	18	36	1.80
280414--280490	29	2.6	29	76	10	68	28	16	18	36	1.93
281239--281273	18	1.9	18	88	0	52	34	0	25	40	1.56
282439--282483	23	2.0	23	86	4	65	42	0	20	37	1.52
283288--283320	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
283275--283320	15	3.3	15	85	11	62	47	0	0	52	1.00
283318--283352	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
287271--287402	54	2.5	54	78	12	130	41	3	19	35	1.67
290021--290078	24	2.5	24	85	2	82	27	22	17	32	1.96
296474--296533	23	2.6	23	81	0	66	18	28	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298371--298592	58	3.9	59	79	9	235	41	4	17	36	1.70
298369--298579	115	1.8	116	84	5	293	41	4	17	36	1.69
298672--298743	23	3.1	23	72	7	65	23	15	26	34	1.94
298665--298740	24	3.2	24	75	3	66	23	18	23	34	1.96
298731--298793	24	2.7	24	82	2	83	23	22	22	31	1.98
300523--300595	32	2.3	32	82	0	83	35	15	15	34	1.88
301555--301665	20	5.6	20	93	0	177	28	23	12	35	1.91
301555--301665	40	2.8	40	95	0	195	28	23	12	35	1.91
304942--305055	48	2.4	48	81	7	126	41	8	18	31	1.81
321070--321166	49	2.0	49	95	2	178	44	5	6	44	1.51
321924--322031	2	54.0	2	74	14	71	37	2	0	58	1.19
321939--322034	38	2.5	38	81	9	124	34	3	1	61	1.19
322027--322091	18	3.7	18	72	14	55	15	6	1	76	1.05
322035--322130	46	2.1	45	81	9	106	15	9	2	72	1.19
322465--322526	31	2.0	31	96	3	117	25	12	17	43	1.85
322744--322837	31	2.9	32	85	4	127	31	11	19	37	1.88
324996--325137	71	2.0	73	95	4	261	34	10	9	45	1.72
329291--330117	180	4.6	180	85	5	1079	42	13	16	28	1.85
329401--330116	363	2.0	356	91	2	1155	41	13	16	27	1.87
332416--332482	33	2.0	33	94	0	116	29	0	44	25	1.54
334226--334274	19	2.6	19	93	0	80	34	2	10	53	1.47
334721--336057	200	6.8	201	88	5	1968	36	13	15	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334721--336057	398	3.4	399	87	5	1953	36	13	15	33	1.87
335537--336058	193	2.7	193	89	3	766	36	13	15	34	1.86
340232--341617	199	7.0	198	87	2	1853	39	14	16	30	1.88
340233--341592	394	3.4	396	90	2	1991	39	14	16	29	1.88
343194--343257	19	3.4	19	97	0	119	31	7	10	50	1.66
344268--344303	15	2.4	15	100	0	72	25	22	30	22	1.99
346007--346531	200	2.6	199	86	3	698	40	14	15	29	1.87
346526--346688	87	1.9	87	92	0	272	33	14	12	39	1.84
346610--346654	23	2.0	23	86	8	65	42	17	6	33	1.76
348864--348947	25	3.2	25	73	15	87	53	7	3	35	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7