genome.fa.s8375.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008375.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111132_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1210889

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 744 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738701--738781	24	3.6	23	75	14	87	27	22	27	23	1.99
744573--744735	64	2.5	62	80	8	186	29	15	26	28	1.96
744746--744785	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
745576--745604	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
746267--746321	26	2.1	26	89	0	83	50	21	7	20	1.71
749292--749470	51	3.5	51	85	3	243	26	24	16	32	1.96
749443--750193	54	13.9	54	91	0	1171	18	25	19	36	1.94
750581--750694	37	3.1	37	82	7	135	27	16	21	35	1.95
750589--750694	36	2.9	37	81	8	128	27	17	19	34	1.95
755339--755489	72	2.1	72	92	0	248	23	25	13	37	1.91
756157--756264	55	2.0	55	96	0	198	23	24	9	43	1.82
774759--774792	17	1.9	18	94	5	61	58	11	14	14	1.63
776268--776345	35	2.2	35	82	8	104	41	17	1	39	1.58
776340--776415	36	2.1	35	90	2	116	30	1	23	44	1.62
798577--798617	21	2.0	21	85	0	55	46	2	0	51	1.14
799411--799445	17	1.9	18	88	11	54	77	0	0	22	0.78
800074--800141	33	2.2	32	86	7	95	41	0	0	58	0.98
800153--800186	16	2.1	17	88	5	52	20	0	8	70	1.13
800288--800341	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
801875--801922	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
802520--802596	34	2.4	34	85	10	101	57	3	3	35	1.36
802495--802596	29	3.4	29	79	14	84	53	4	3	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802496--802596	34	3.2	31	80	15	100	54	4	3	36	1.41
802991--803468	128	3.7	128	95	0	850	33	21	24	20	1.97
802991--803468	255	1.9	255	95	0	868	33	21	24	20	1.97
807402--807587	93	2.0	93	100	0	372	37	21	18	22	1.94
820132--820169	15	2.5	15	100	0	76	18	7	23	50	1.73
821982--822074	18	5.0	19	90	2	127	47	10	23	18	1.80
832438--832493	27	2.0	26	83	13	67	51	5	0	42	1.24
845072--845105	14	2.4	14	90	9	52	38	11	17	32	1.86
845170--845221	19	2.7	19	96	0	95	26	3	26	42	1.73
851121--851160	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
854966--855045	30	2.7	31	84	11	105	42	6	15	36	1.72
854966--855045	15	5.4	16	77	14	82	42	6	15	36	1.72
855214--855270	28	2.0	29	86	3	80	49	0	3	47	1.18
855348--855430	26	3.2	24	75	21	71	57	1	0	40	1.06
855378--855432	21	2.8	20	84	15	62	63	0	0	36	0.95
855402--855474	22	3.4	21	78	12	67	52	2	1	43	1.24
855467--855566	25	3.9	26	70	11	73	48	1	1	50	1.14
855478--855554	40	1.9	41	81	7	95	48	0	1	50	1.09
856162--856324	82	2.0	81	98	1	317	23	8	25	42	1.82
859153--859177	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
862042--862085	14	3.1	14	76	0	52	20	0	29	50	1.49
862329--862368	14	2.9	14	80	0	53	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862327--862373	14	3.4	14	74	11	51	23	0	27	48	1.51
862432--862461	7	4.3	7	91	0	51	46	30	0	23	1.52
862444--862528	36	2.4	36	97	0	161	40	20	3	36	1.69
865655--865757	43	2.4	43	88	0	152	28	16	23	32	1.96
865655--865770	43	2.7	43	86	2	135	29	18	22	29	1.98
865749--865859	43	2.6	44	84	9	135	30	17	19	32	1.95
865744--865861	42	2.8	41	81	8	139	31	16	19	32	1.94
866197--866236	21	1.9	21	84	0	53	0	40	12	47	1.41
871805--871953	41	3.6	42	69	13	121	32	19	19	28	1.96
871823--871953	41	3.2	41	71	14	142	35	20	16	27	1.94
871805--871982	83	2.1	83	100	0	356	31	19	19	30	1.96
876129--876180	20	2.6	20	100	0	104	30	30	26	11	1.92
884696--884740	21	2.2	20	88	7	65	24	35	22	17	1.95
884706--884748	21	2.0	21	90	0	68	25	41	16	16	1.88
894550--895035	5	97.6	5	99	0	958	20	0	19	59	1.37
895152--895229	2	40.5	2	83	16	103	50	2	0	47	1.15
895162--895230	25	2.8	25	85	12	97	52	1	0	46	1.09
897939--898025	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
902284--902341	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
902353--902390	4	9.8	4	94	5	69	26	0	0	73	0.83
906870--907191	161	2.0	161	100	0	644	29	17	24	27	1.97
918647--918723	32	2.4	32	86	6	102	37	0	1	61	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918863--918916	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
920498--920570	21	3.5	21	85	7	103	19	34	26	20	1.96
921093--921190	34	2.9	34	87	0	133	55	3	4	37	1.35
921590--922212	128	4.9	128	93	2	1042	33	19	24	22	1.97
926191--926225	18	1.9	18	100	0	70	20	5	34	40	1.76
928097--928141	21	2.1	21	95	0	81	42	8	40	8	1.67
930097--930139	21	2.0	21	100	0	86	13	0	46	39	1.44
933374--933415	22	1.9	22	90	0	66	26	23	30	19	1.98
937580--937634	16	3.3	17	80	12	60	69	7	0	23	1.14
940086--940114	13	2.2	13	100	0	58	31	6	24	37	1.82
942942--943000	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
943858--943994	54	2.5	54	98	0	265	42	11	13	32	1.80
949258--949440	70	2.6	70	89	0	287	54	18	9	16	1.69
953150--953472	161	2.0	162	99	0	639	47	18	11	22	1.81
961853--961919	25	2.6	25	92	2	98	13	10	31	44	1.77
961863--961919	25	2.3	25	100	0	114	12	12	33	42	1.80
973503--973556	21	2.9	19	77	17	60	75	5	16	1	1.07
973502--973633	25	4.9	27	68	19	80	75	4	17	2	1.07
974267--974329	28	2.2	28	91	0	99	39	33	6	20	1.78
975737--975837	42	2.4	42	80	1	114	23	21	22	31	1.98
975998--976100	42	2.5	42	77	13	99	25	23	19	32	1.98
975652--976170	263	2.0	263	91	1	835	28	19	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976982--977020	20	1.9	21	89	5	62	41	7	12	38	1.72
983449--983511	28	2.2	28	85	0	81	17	6	44	31	1.74
984116--984305	47	4.0	47	93	2	319	29	19	21	29	1.98
984418--984514	42	2.3	42	80	1	115	30	22	25	20	1.98
984437--984518	42	2.0	42	87	0	119	31	21	24	21	1.98
987860--987884	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
988305--988383	22	3.6	22	75	5	88	22	25	25	26	2.00
993622--993730	45	2.4	47	89	6	161	32	18	21	28	1.96
994061--994667	249	2.4	249	95	0	1079	36	17	15	30	1.91
995773--995892	50	2.4	51	85	2	161	22	24	18	35	1.96
997413--997487	9	8.8	9	78	17	72	5	13	0	81	0.86
997413--997487	22	3.8	20	85	11	93	5	13	0	81	0.86
997409--997486	31	2.6	30	84	13	106	5	12	0	82	0.83
1000007--1000056	14	3.6	14	81	7	57	52	10	16	22	1.73
1002314--1002415	45	2.2	45	85	1	141	56	11	4	26	1.55
1003377--1003421	24	1.9	23	86	4	63	60	2	8	28	1.39
1004165--1004261	28	3.5	28	92	0	158	15	12	45	26	1.82
1007051--1007101	20	2.5	20	90	0	75	50	9	15	23	1.73
1007065--1007107	20	2.3	19	92	8	70	58	9	13	18	1.62
1007257--1007289	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
1010242--1010292	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
1015022--1015102	42	2.0	42	83	11	105	45	11	8	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019962--1019994	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
1020273--1020324	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
1020313--1020446	20	6.7	20	85	5	126	30	26	17	25	1.98
1020310--1020426	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
1020966--1021013	19	2.5	20	82	3	71	47	22	16	12	1.80
1021029--1021116	33	2.6	33	94	1	149	12	27	21	38	1.89
1021084--1021141	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
1023286--1023436	21	7.2	21	62	8	56	22	36	19	21	1.95
1023244--1023436	42	4.6	42	78	3	176	22	34	18	23	1.96
1023231--1023423	84	2.3	84	90	1	307	21	35	18	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7