genome.fa.s8424.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008424.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111207_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4198033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6729--6779	22	2.3	22	89	0	75	27	17	23	31	1.97
8530--8556	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
9458--9530	22	3.4	21	77	7	76	36	13	0	49	1.43
9626--9671	24	1.9	24	86	8	67	50	0	10	39	1.38
9970--10033	24	2.5	26	80	12	71	40	0	12	46	1.42
9979--10048	20	3.4	21	73	15	65	40	1	14	44	1.54
10068--10108	6	6.8	6	94	0	64	46	14	0	39	1.45
10613--10691	23	3.4	23	83	8	88	51	2	8	36	1.47
9520--10725	587	2.1	582	82	9	1477	48	5	11	35	1.62
10556--11146	2	302.0	2	65	23	129	47	3	4	43	1.42
10996--11328	59	5.9	56	72	18	155	37	7	2	53	1.41
11005--11296	81	3.3	87	71	21	216	35	7	2	54	1.41
10994--11200	49	4.4	49	71	20	140	36	6	2	54	1.40
11149--11294	22	6.7	22	75	16	101	34	6	2	55	1.41
11121--11296	30	6.2	28	73	20	136	35	7	2	54	1.43
11448--11535	28	3.4	25	72	15	72	44	5	1	48	1.33
11485--11532	20	2.3	20	85	3	60	45	6	0	47	1.27
11633--11760	47	2.7	49	73	18	124	48	2	2	46	1.27
11656--11779	9	13.7	9	68	16	51	46	1	3	48	1.28
11634--11793	71	2.2	72	79	12	175	46	1	3	48	1.31
11633--11760	2	65.0	2	71	17	90	48	2	2	46	1.27
13325--13620	80	3.7	80	91	1	443	30	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18197--18240	17	2.7	17	82	6	56	47	11	6	34	1.66
19336--19434	33	3.0	33	91	1	155	45	16	7	31	1.74
21856--21894	19	2.0	20	90	5	62	43	20	15	20	1.88
25520--25594	23	3.3	23	88	5	116	28	6	16	49	1.70
25891--25928	19	2.0	19	89	0	58	31	0	13	55	1.38
25890--26020	43	3.3	42	65	24	111	31	0	11	56	1.40
25849--26068	76	3.0	72	83	8	262	30	1	10	57	1.42
26751--26791	19	2.2	19	86	8	57	19	7	0	73	1.07
32225--32283	5	11.8	5	72	13	50	15	6	1	76	1.07
32233--32283	11	4.8	11	80	7	61	15	7	1	74	1.13
32233--32283	16	3.2	16	77	2	50	15	7	1	74	1.13
32219--32273	21	2.9	18	84	12	74	14	9	3	72	1.23
32233--32282	21	2.4	21	86	0	73	16	8	2	74	1.15
32225--32285	11	5.5	11	75	11	52	16	6	1	75	1.09
33980--34017	19	2.0	19	89	0	58	31	0	13	55	1.38
33979--34109	43	3.3	42	65	24	102	30	0	11	57	1.39
33938--34164	76	3.1	72	82	8	240	29	1	11	56	1.45
33974--34164	76	2.6	75	87	5	255	29	1	12	57	1.43
34831--34874	24	1.9	24	86	9	65	22	2	0	75	0.92
37329--37419	29	3.1	28	80	3	92	38	1	13	47	1.50
45191--45242	23	2.3	23	80	6	72	21	40	21	17	1.91
45620--45669	26	2.0	26	84	11	68	52	4	6	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47542--47582	20	2.0	20	100	0	82	43	14	4	36	1.67
51711--51740	14	2.1	14	93	0	51	40	16	26	16	1.90
55771--55834	22	2.7	24	79	13	62	64	1	9	25	1.33
61761--61821	25	2.5	25	85	15	76	68	4	11	14	1.35
62094--62141	22	2.2	22	92	0	78	22	31	22	22	1.99
64553--64593	21	1.9	22	85	5	57	51	12	7	29	1.66
66852--66904	21	2.5	21	81	0	61	20	20	15	43	1.88
68703--68759	21	2.6	22	81	15	66	68	5	10	15	1.36
68729--68776	23	2.0	24	84	8	62	64	6	14	14	1.47
68848--68900	24	2.4	22	77	22	58	58	13	5	22	1.56
73349--73389	21	1.9	22	85	5	57	51	12	7	29	1.66
90345--90406	23	2.7	23	79	0	79	40	40	17	1	1.60
90747--90779	14	2.3	15	89	5	50	75	6	15	3	1.11
93848--93941	27	3.5	27	88	0	125	21	5	25	47	1.71
94716--94756	19	2.2	19	90	0	64	19	29	24	26	1.98
94771--94814	19	2.3	18	85	11	61	29	15	20	34	1.94
98149--98237	46	2.0	46	84	2	117	30	17	22	29	1.97
101408--101448	21	1.9	22	85	5	57	43	12	12	31	1.79
104743--104781	20	2.0	20	84	0	51	23	17	12	46	1.83
104891--104930	21	1.9	21	85	10	55	40	10	0	50	1.36
106821--106869	26	1.9	25	91	4	80	32	18	22	26	1.97
106886--106923	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108906--108976	31	2.3	31	97	0	133	16	36	2	43	1.63
117133--117473	137	2.5	137	79	6	359	44	12	12	31	1.79
117360--117589	117	2.0	117	89	0	352	41	11	12	34	1.79
117223--117717	255	1.9	254	85	5	678	43	11	12	32	1.78
124182--124218	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
130009--130042	4	9.0	4	87	12	54	73	0	0	26	0.83
130009--130042	7	4.5	8	96	3	54	73	0	0	26	0.83
131935--132144	61	3.5	58	75	14	210	28	15	18	37	1.92
131935--132194	122	2.1	122	89	1	396	28	14	19	37	1.91
131935--132181	61	4.0	61	72	8	189	27	15	18	38	1.91
134179--134323	11	12.6	11	66	19	59	4	22	0	72	1.06
134188--134263	25	3.1	25	76	19	79	3	22	0	73	0.99
134203--134267	21	3.5	19	74	17	64	3	21	0	75	0.94
134222--134285	15	4.5	13	74	18	56	4	18	0	76	0.95
134177--134257	24	3.5	24	72	21	75	3	20	1	74	1.05
134274--134322	19	2.6	19	87	3	73	2	26	0	71	0.97
134277--134317	15	2.7	16	85	11	59	2	29	0	68	1.03
134222--134326	17	6.7	15	68	18	61	3	22	0	73	0.99
139007--139154	45	3.3	45	94	0	251	21	22	12	43	1.85
139613--139662	17	2.8	17	76	8	55	30	22	14	34	1.93
139534--139714	91	2.0	90	86	7	251	26	20	12	40	1.88
139541--139732	90	2.1	91	82	8	223	26	22	11	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140231--140303	8	10.0	8	73	16	52	63	0	0	36	0.95
142150--142199	22	2.2	22	82	10	57	64	2	12	22	1.37
147089--147131	21	2.0	21	82	8	52	60	0	4	34	1.17
154253--154437	91	2.0	91	100	0	370	45	5	24	24	1.74
154551--154596	18	2.5	19	83	13	60	76	0	10	13	1.03
187883--187939	18	3.2	18	92	2	98	33	14	22	29	1.93
188170--188214	22	2.1	22	84	12	58	46	4	20	28	1.69
191199--191323	45	2.6	48	83	13	166	42	6	0	51	1.27
191244--191320	22	3.5	22	73	3	82	42	5	0	51	1.24
191232--191326	45	2.1	45	96	0	172	41	8	0	50	1.33
191323--191372	18	2.7	19	84	6	66	42	12	0	46	1.41
193994--194038	18	2.4	18	88	3	63	31	0	4	64	1.13
194926--195326	194	2.1	192	83	3	493	37	12	12	38	1.80
194956--195408	194	2.3	192	80	5	484	37	13	11	37	1.81
196630--196678	22	2.2	22	96	0	89	51	0	38	10	1.36
207283--207334	20	2.6	20	80	14	54	61	3	13	21	1.48
212086--212126	21	2.0	21	100	0	82	19	19	17	43	1.88
212893--212976	21	4.0	21	80	0	105	20	39	25	15	1.91
214236--214283	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
214306--214338	15	2.1	17	88	11	52	57	0	9	33	1.30
215671--215773	41	2.5	42	85	4	147	20	38	26	14	1.91
215671--215773	21	5.0	21	82	4	138	20	38	26	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216490--216543	20	2.7	19	80	8	63	14	14	22	48	1.81
218511--218553	4	10.8	4	79	0	50	27	2	4	65	1.25
218702--218778	21	3.7	21	70	13	59	22	40	15	22	1.91
218692--218812	42	2.9	42	75	4	118	22	38	16	23	1.93
220219--220255	14	2.6	14	95	0	65	29	2	18	48	1.62
220219--220272	28	1.9	28	84	0	72	31	1	18	48	1.59
220169--220321	80	1.9	79	94	2	272	29	1	17	50	1.57
220377--220452	20	3.8	20	87	3	100	44	21	18	15	1.86
223084--223137	24	2.2	24	90	0	81	40	16	16	25	1.89
223262--223295	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16