genome.fa.s8424.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008424.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111207_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4198033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1232638--1232670	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1251331--1251386	3	18.7	3	82	17	64	30	1	0	67	1.01
1251332--1251389	22	2.7	22	82	15	77	31	1	0	67	1.01
1255491--1255544	20	2.7	20	94	0	99	25	24	24	25	2.00
1255554--1255597	20	2.2	20	83	0	52	34	34	15	15	1.90
1265176--1265258	21	3.9	21	81	7	87	20	24	30	25	1.99
1270578--1270622	18	2.5	18	81	0	54	55	2	11	31	1.47
1274363--1274401	18	2.2	17	86	4	51	20	12	30	35	1.90
1275065--1275097	16	2.0	17	88	5	50	39	6	18	36	1.75
1278362--1278766	139	2.9	139	82	6	421	42	14	14	27	1.85
1278815--1278839	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
1281074--1281110	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
1282572--1283093	261	2.0	261	98	0	1008	38	22	13	24	1.91
1283852--1283886	17	2.1	17	100	0	70	51	17	11	20	1.75
1294727--1294762	18	2.0	18	88	0	54	38	11	11	38	1.76
1298848--1298899	23	2.3	23	89	0	77	15	30	1	51	1.54
1307082--1307123	21	2.0	20	86	4	57	38	2	9	50	1.48
1325171--1325235	28	2.3	28	83	0	76	24	23	16	35	1.95
1325186--1325236	14	3.6	14	94	0	84	23	23	17	35	1.95
1325187--1325250	28	2.3	28	83	0	74	25	26	18	29	1.98
1326595--1326635	21	2.0	21	85	0	55	65	4	9	19	1.40
1327076--1327105	16	1.9	16	93	6	53	76	16	0	6	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328966--1329031	6	10.3	6	73	15	53	77	3	3	16	1.02
1328972--1329027	19	2.8	20	82	15	71	76	3	3	16	1.06
1328972--1329029	22	2.9	19	82	12	64	75	3	3	17	1.07
1339161--1339646	91	5.3	90	87	3	652	25	21	14	38	1.92
1339575--1339700	52	2.4	52	85	4	173	25	18	16	39	1.91
1339516--1339789	143	1.9	143	89	1	424	23	21	16	37	1.93
1339430--1339878	234	1.9	234	89	0	691	24	22	16	36	1.94
1339359--1339970	325	1.9	324	89	0	954	23	22	15	38	1.93
1339627--1340028	91	4.4	91	87	0	581	22	23	17	37	1.94
1341976--1342130	17	8.5	17	76	17	109	2	18	1	77	0.98
1342024--1342116	29	3.3	26	76	16	71	2	15	3	79	0.95
1341976--1342130	10	15.6	10	69	12	79	2	18	1	77	0.98
1347027--1347080	28	1.9	28	88	0	81	35	5	18	40	1.74
1347772--1347807	14	2.5	14	90	4	54	16	5	0	77	0.94
1349444--1349483	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1349999--1350336	43	7.9	43	80	4	315	27	15	23	32	1.96
1350024--1350395	128	2.9	126	80	7	297	27	16	23	33	1.96
1356889--1357201	42	7.5	42	86	1	403	27	21	15	36	1.93
1358695--1358951	83	3.1	83	79	4	243	33	19	17	29	1.94
1358695--1358951	82	3.1	82	79	5	250	33	19	17	29	1.94
1370083--1370139	25	2.4	24	86	11	82	19	5	3	71	1.19
1370092--1370137	12	3.8	12	80	13	58	19	4	4	71	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370720--1370764	17	2.6	17	83	10	56	26	6	0	66	1.16
1376038--1376083	20	2.3	20	80	0	56	34	26	4	34	1.76
1381238--1381263	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1381274--1381330	14	4.1	14	80	10	55	36	7	3	52	1.46
1381666--1381719	27	2.0	28	85	10	76	46	0	0	53	1.00
1382119--1382173	25	2.1	27	90	6	87	52	1	0	45	1.11
1382112--1382193	27	2.9	29	74	20	84	52	1	2	43	1.22
1383548--1383912	29	12.8	28	84	8	411	35	1	11	51	1.47
1383549--1383912	57	6.4	57	84	8	438	35	1	11	51	1.47
1384956--1385005	25	2.0	25	88	0	73	28	6	20	46	1.74
1390651--1390760	29	3.8	29	92	0	184	34	0	9	55	1.38
1391225--1391258	11	3.1	11	82	0	50	20	0	32	47	1.51
1391590--1392442	91	9.2	91	76	11	739	24	22	15	38	1.92
1391788--1391826	17	2.3	17	100	0	78	15	20	5	58	1.55
1391694--1391917	108	2.1	108	85	3	308	22	20	12	44	1.85
1391606--1391990	199	1.9	199	85	3	533	24	21	14	40	1.90
1391805--1392442	273	2.3	272	86	2	877	23	22	14	38	1.91
1392439--1392514	39	1.9	39	97	0	143	17	27	14	40	1.88
1400469--1400526	30	1.9	30	89	0	89	27	24	17	31	1.97
1402201--1402304	45	2.3	45	98	1	199	43	4	21	30	1.73
1405073--1405134	30	2.1	30	84	6	81	24	27	20	27	1.99
1409642--1409697	29	1.9	29	82	7	69	23	8	5	62	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1410425--1410484	24	2.6	24	79	12	63	65	1	5	28	1.23
1410456--1410493	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
1411190--1411281	36	2.5	37	82	7	107	31	14	13	41	1.83
1411190--1411290	37	2.8	37	84	6	125	31	14	13	39	1.86
1411215--1411290	36	2.1	36	87	7	109	30	14	14	40	1.86
1411751--1412173	106	4.0	102	82	7	397	22	20	24	32	1.98
1411751--1412271	109	4.9	105	80	6	484	22	19	24	32	1.98
1412865--1413274	36	11.9	36	66	18	129	36	12	21	29	1.90
1412966--1413274	37	8.9	37	68	17	196	36	12	21	28	1.91
1412865--1413239	102	3.7	102	92	0	626	36	12	20	29	1.90
1414134--1414184	22	2.3	22	93	0	84	27	11	25	35	1.91
1414792--1414853	20	3.0	21	79	9	65	1	16	6	75	1.08
1414810--1414862	23	2.4	22	84	6	72	0	15	5	79	0.91
1418188--1418234	21	2.2	21	84	0	58	63	2	6	27	1.30
1418954--1419026	37	2.0	37	89	7	114	28	12	15	43	1.82
1430962--1430993	14	2.3	14	100	0	64	40	0	12	46	1.42
1431287--1431397	55	2.0	55	100	0	222	42	19	9	28	1.82
1442721--1443037	157	2.0	160	98	1	613	36	14	24	23	1.92
1443224--1443279	19	2.8	20	81	5	69	41	12	8	37	1.74
1448894--1448935	23	1.9	23	85	9	61	50	14	0	35	1.43
1449350--1449660	54	5.8	54	92	0	523	32	21	18	27	1.96
1449310--1449660	108	3.2	108	91	0	524	32	20	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1451039--1451069	16	1.9	16	93	0	53	74	3	3	19	1.10
1451318--1451343	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1451360--1451599	126	1.9	126	90	0	381	45	15	16	22	1.85
1451618--1451682	29	2.2	29	86	10	105	50	6	15	27	1.67
1451618--1451690	29	2.5	29	84	4	85	53	5	13	27	1.62
1453088--1453227	55	2.5	54	82	2	172	31	13	23	31	1.93
1453233--1453527	138	2.1	137	76	7	294	27	17	27	27	1.98
1453554--1453811	36	7.7	35	64	22	124	41	12	17	28	1.85
1453558--1453849	67	4.4	67	86	2	385	41	11	18	28	1.86
1453558--1453836	131	2.1	133	86	2	400	41	11	18	28	1.85
1453727--1453836	31	3.4	31	72	11	112	41	10	19	28	1.85
1453829--1453864	15	2.4	15	95	0	63	47	8	22	22	1.77
1458216--1458275	29	2.1	29	90	0	93	45	5	20	30	1.72
1460972--1460997	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1460902--1461287	143	2.6	146	83	8	457	48	14	15	22	1.80
1461127--1461155	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
1461293--1461357	29	2.2	29	86	10	105	50	4	16	27	1.65
1461293--1461365	29	2.5	29	84	4	85	53	4	15	27	1.60
1464120--1464183	24	2.7	24	85	0	83	53	17	12	17	1.73
1466433--1466466	17	2.0	17	88	0	50	41	8	11	38	1.73
1471946--1472211	39	6.8	39	87	3	349	35	15	16	31	1.91
1471946--1472211	117	2.3	117	88	1	392	35	15	16	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1471946--1472275	117	2.8	117	82	3	317	36	14	16	31	1.90
1472180--1472534	78	4.5	77	82	6	396	40	11	15	31	1.84
1472437--1472553	39	3.0	39	74	3	110	41	11	14	33	1.81
1472161--1472534	155	2.4	154	79	9	436	39	12	15	31	1.85
1477253--1477292	21	2.0	21	90	5	64	77	5	0	17	0.94
1479184--1479227	21	2.1	21	82	0	52	20	11	0	68	1.20
1480232--1480267	18	1.9	20	88	11	58	66	0	11	22	1.22
1484783--1484818	18	1.9	20	88	11	58	66	0	11	22	1.22
1502293--1502329	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1510706--1510756	24	2.0	24	85	7	66	41	13	7	37	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16