genome.fa.s8424.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008424.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111207_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4198033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2023508--2023532	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
2032439--2032766	111	3.0	111	94	2	558	44	11	7	36	1.68
2032828--2032868	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
2033073--2033179	50	2.1	50	84	3	144	23	28	31	16	1.96
2033089--2033198	50	2.2	50	81	0	130	20	28	33	17	1.95
2033830--2033882	27	2.0	26	85	10	72	45	1	1	50	1.23
2035382--2035459	16	4.9	16	74	12	70	19	7	16	56	1.64
2037003--2037158	55	2.9	54	80	6	154	35	11	17	35	1.86
2037011--2037170	54	2.9	53	77	8	153	34	12	18	34	1.89
2037350--2037482	45	3.0	45	92	0	221	43	12	21	21	1.86
2038293--2038339	18	2.5	20	82	10	62	51	2	0	46	1.13
2039882--2040057	90	1.9	92	91	2	293	46	7	9	36	1.64
2046692--2046866	90	2.0	89	94	1	305	44	6	11	37	1.66
2048591--2048793	45	4.5	45	75	8	171	22	22	15	39	1.91
2055697--2055736	20	2.0	20	85	9	55	32	25	15	27	1.95
2056192--2056220	6	4.8	6	100	0	58	68	31	0	0	0.89
2056925--2056971	5	9.6	5	80	13	53	29	2	0	68	1.02
2056907--2056977	26	2.8	24	79	10	72	25	2	2	69	1.16
2064163--2064228	22	2.8	24	69	21	59	37	4	30	27	1.77
2064313--2064357	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
2071582--2071631	18	2.7	19	84	6	66	46	0	12	42	1.41
2071560--2071669	37	3.0	36	66	10	105	50	0	7	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071646--2071705	23	2.7	22	79	5	75	51	0	5	43	1.23
2071634--2071704	22	3.2	22	80	4	97	52	0	4	43	1.20
2071560--2071718	74	2.1	74	86	5	214	50	0	6	43	1.27
2075411--2075489	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
2079485--2079524	17	2.4	17	83	8	55	7	7	2	82	0.92
2096148--2096285	70	2.0	70	98	0	267	38	14	22	24	1.92
2097423--2097521	42	2.4	42	86	3	128	30	16	24	29	1.96
2098184--2098231	18	2.7	18	83	0	60	20	16	31	31	1.95
2101028--2101140	58	2.0	58	81	8	133	53	13	18	14	1.72
2102034--2102248	73	3.0	73	87	2	272	35	24	13	26	1.92
2102852--2102899	25	2.0	25	88	8	73	47	6	6	39	1.54
2102863--2103233	37	9.9	37	77	11	323	43	4	9	43	1.56
2103218--2103280	32	1.9	34	90	6	103	39	3	11	46	1.55
2103224--2103280	16	3.6	16	84	13	64	38	3	10	47	1.55
2103309--2103346	13	2.8	13	82	17	51	15	0	0	84	0.63
2103315--2103346	7	4.4	7	92	7	55	15	0	0	84	0.63
2110029--2110143	32	3.6	32	83	2	122	33	2	12	52	1.52
2110010--2110158	65	2.3	63	82	7	176	30	2	16	51	1.55
2110069--2110213	32	4.5	32	76	6	105	25	2	20	52	1.57
2145049--2145095	17	2.8	17	77	6	51	48	10	2	38	1.50
2148380--2148678	54	5.5	54	88	1	440	26	18	20	34	1.96
2155090--2155847	54	14.1	54	84	1	910	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158229--2158297	36	1.9	36	100	0	138	28	13	15	42	1.85
2169810--2170138	54	6.1	54	88	1	435	37	20	14	27	1.92
2169810--2170141	162	2.0	162	90	0	511	37	20	14	27	1.92
2176714--2176799	27	3.2	27	65	12	68	37	16	16	30	1.91
2176677--2176964	54	5.3	54	87	4	384	37	19	15	27	1.93
2203892--2205443	772	2.0	773	94	0	2703	35	17	19	27	1.94
2210215--2210252	14	2.7	14	80	11	51	65	5	21	7	1.38
2210272--2210300	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
2211751--2212135	54	7.1	54	86	3	515	29	18	18	33	1.95
2211689--2212137	108	4.2	108	84	3	546	30	18	18	33	1.95
2213960--2213992	13	2.5	13	95	0	57	45	21	0	33	1.52
2229068--2229098	8	3.9	8	91	0	53	0	22	12	64	1.27
2231363--2231782	54	7.8	54	82	5	296	32	17	17	33	1.93
2231414--2231782	108	3.4	108	88	0	560	31	17	17	33	1.93
2231400--2231782	162	2.4	162	88	0	559	32	16	17	33	1.93
2231414--2231784	54	6.9	54	87	0	499	31	17	17	33	1.93
2233794--2233833	15	2.8	14	85	7	53	65	0	5	30	1.14
2233950--2234118	3	58.0	3	67	14	77	55	5	5	32	1.48
2233998--2234069	36	2.0	36	83	5	92	52	4	6	36	1.48
2233986--2234083	26	3.8	26	77	10	87	55	4	6	34	1.44
2237132--2237221	40	2.2	40	96	0	162	17	15	46	20	1.84
2238014--2238073	9	6.8	9	75	12	54	8	16	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237993--2238075	30	3.0	27	81	14	98	7	18	0	74	1.03
2238504--2238730	118	1.9	118	88	1	339	25	19	14	40	1.90
2239083--2239138	29	2.0	28	85	3	76	37	10	16	35	1.83
2243233--2243275	14	2.8	16	89	10	63	30	0	2	67	1.03
2243692--2243982	38	7.8	37	73	19	241	42	4	8	44	1.53
2243684--2243977	75	4.0	75	74	15	240	43	4	7	43	1.53
2243794--2243858	26	2.5	26	92	0	112	44	1	10	43	1.48
2243896--2243988	43	2.2	41	84	5	116	43	4	5	47	1.46
2243939--2244044	52	2.0	53	85	1	142	46	3	5	44	1.45
2243891--2244065	95	1.9	91	83	4	224	46	5	5	42	1.48
2244066--2244120	25	2.2	26	84	9	71	40	3	9	47	1.53
2252334--2252402	22	3.1	22	68	8	59	18	14	4	62	1.48
2254541--2254581	21	1.9	22	90	5	66	48	17	12	21	1.79
2255484--2255779	39	7.8	38	79	12	310	42	3	9	44	1.54
2255577--2255601	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2255646--2255711	31	2.2	31	88	2	98	42	3	12	42	1.57
2255569--2255765	107	1.8	108	85	3	281	42	3	10	43	1.56
2259046--2259104	31	1.9	31	89	0	91	52	5	0	42	1.23
2261186--2261286	45	2.2	45	84	5	123	30	19	20	28	1.97
2266077--2266183	45	2.4	45	85	6	137	29	21	18	29	1.97
2271163--2271372	65	3.2	65	78	11	191	30	22	19	27	1.98
2284234--2284268	2	17.5	2	87	0	52	45	5	0	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284234--2284267	10	3.4	10	95	0	59	44	5	0	50	1.26
2284810--2284853	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79
2285957--2285986	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2291690--2291868	64	2.8	62	78	12	148	26	20	24	29	1.99
2297461--2297516	29	1.9	29	92	0	94	33	28	12	25	1.92
2300917--2300941	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2302583--2303274	346	2.0	346	95	0	1251	35	17	17	29	1.93
2305718--2305788	2	36.0	2	91	8	119	49	0	1	49	1.09
2309827--2309880	21	2.6	21	82	2	65	22	22	18	37	1.95
2309874--2310133	79	3.3	79	90	3	380	30	20	19	30	1.97
2309870--2310133	20	13.2	20	89	3	308	30	20	19	29	1.97
2309941--2310173	81	2.9	81	81	7	228	29	20	18	32	1.96
2310995--2311048	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
2313574--2313663	33	2.7	33	96	0	162	45	18	24	11	1.82
2313550--2313667	19	6.7	18	69	20	72	44	20	23	11	1.85
2313663--2313737	19	4.2	19	77	16	63	13	18	24	44	1.85
2313694--2313738	19	2.4	19	96	0	81	13	20	20	46	1.83
2313703--2313746	19	2.3	19	88	0	61	13	20	20	45	1.85
2313845--2313881	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2315229--2315295	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2315772--2315841	19	3.6	19	92	3	122	45	21	22	10	1.81
2315847--2315948	19	5.3	19	83	3	114	8	17	22	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315838--2315948	58	1.9	57	85	7	152	10	17	22	49	1.77
2316039--2316602	94	6.1	94	92	2	899	47	19	11	21	1.81
2318295--2318399	20	5.7	19	74	15	103	45	19	22	12	1.83
2318403--2318447	19	2.4	19	88	0	63	8	17	24	48	1.75
2318416--2318481	33	2.0	34	87	3	98	10	22	22	43	1.84
2319055--2319229	20	8.6	20	82	2	206	19	19	21	40	1.92
2319057--2319229	41	4.3	40	84	2	211	19	19	21	39	1.92
2319057--2319229	61	2.9	61	90	0	267	19	19	21	39	1.92
2319930--2320010	21	4.0	21	71	9	60	76	2	11	9	1.11
2327153--2327483	45	7.4	45	74	3	236	24	15	16	43	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16