genome.fa.s8424.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008424.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111207_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4198033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600465--2600512	22	2.3	20	82	7	60	50	0	0	50	1.00
2601923--2601974	22	2.5	21	84	6	70	48	0	0	51	1.00
2601917--2601986	29	2.4	29	77	13	81	47	0	0	52	1.00
2601923--2601984	20	3.0	20	73	17	56	45	0	0	54	0.99
2603132--2603186	28	1.9	29	82	10	69	20	1	25	52	1.56
2603393--2603444	22	2.5	21	84	6	70	48	0	0	51	1.00
2603387--2603456	29	2.4	29	77	13	81	47	0	0	52	1.00
2603393--2603454	20	3.0	20	73	17	56	45	0	0	54	0.99
2608029--2608068	19	2.1	19	90	0	62	35	5	7	52	1.51
2613132--2613235	52	2.0	52	83	3	129	35	1	20	42	1.63
2613358--2613481	43	2.7	45	82	8	146	17	15	33	33	1.91
2613663--2613740	30	2.6	30	82	8	88	46	6	19	28	1.74
2615215--2615298	42	2.0	42	88	0	123	13	27	21	38	1.90
2632003--2632072	18	4.0	17	76	9	70	37	17	8	37	1.80
2635983--2636020	19	2.1	19	85	9	53	15	23	13	47	1.81
2642663--2642709	24	2.0	24	83	8	60	14	10	6	68	1.38
2643331--2643373	18	2.4	18	88	0	59	23	6	0	69	1.12
2643637--2643675	21	1.9	20	89	5	60	43	0	0	56	0.99
2644288--2644326	17	2.3	17	90	0	60	17	10	30	41	1.83
2644294--2644335	17	2.5	17	88	0	57	14	11	30	42	1.81
2645065--2645107	15	2.9	15	80	16	54	55	0	0	44	0.99
2645060--2645106	22	2.1	22	88	4	67	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664213--2664911	134	5.2	133	83	3	832	32	18	18	29	1.95
2664213--2664911	267	2.6	269	85	3	912	32	18	18	29	1.95
2665469--2665576	45	2.4	44	83	6	126	37	15	17	28	1.91
2665490--2665638	45	3.3	45	83	3	140	44	15	15	24	1.85
2665607--2666352	38	18.8	38	74	12	540	37	16	19	26	1.92
2665607--2666352	80	9.4	79	79	8	609	37	16	19	26	1.92
2665646--2666352	118	5.9	118	75	11	482	37	16	19	26	1.93
2665729--2666352	198	3.1	198	82	5	647	37	16	19	25	1.93
2668286--2668367	16	5.3	16	77	18	77	1	23	0	75	0.87
2668322--2668496	23	7.6	22	67	26	64	4	23	0	72	1.04
2668286--2668461	32	5.5	31	74	18	116	3	23	0	73	0.98
2668289--2668374	17	5.3	16	74	18	54	3	23	0	73	0.99
2668340--2668443	52	2.0	53	84	5	140	4	23	0	72	1.04
2668286--2668461	9	20.4	9	66	25	80	3	23	0	73	0.98
2668379--2668486	20	5.4	20	74	19	84	4	21	0	74	1.00
2668378--2668496	57	2.1	57	82	11	140	4	22	0	73	1.01
2673878--2673909	11	2.9	11	95	0	55	78	0	0	21	0.76
2675244--2675277	3	11.0	3	93	6	59	67	0	0	32	0.91
2676495--2676532	18	2.2	18	85	4	51	15	23	10	50	1.75
2678062--2678113	21	2.6	19	76	8	52	61	7	1	28	1.34
2678069--2678122	21	2.5	21	81	3	63	59	11	1	27	1.42
2687261--2687308	22	2.1	23	85	11	64	0	20	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687259--2687309	19	2.7	19	80	11	61	0	21	1	76	0.88
2687881--2687910	15	2.0	15	93	0	51	50	13	20	16	1.78
2690438--2690521	30	2.8	30	84	8	100	42	4	17	34	1.71
2692554--2692731	46	3.9	46	84	2	200	40	7	19	32	1.79
2695521--2695576	19	3.1	18	82	10	62	82	1	14	1	0.84
2695521--2695626	39	2.6	40	80	14	119	79	0	16	3	0.93
2695524--2695627	6	16.7	6	75	16	88	79	0	15	3	0.92
2697499--2697571	30	2.4	30	81	4	76	41	6	15	36	1.73
2699644--2699743	44	2.3	40	100	0	128	40	9	21	30	1.84
2699630--2699853	46	5.0	45	90	1	308	40	7	20	32	1.80
2699630--2699853	90	2.5	89	85	3	306	40	7	20	32	1.80
2702552--2702590	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
2704754--2704788	17	2.0	18	94	5	63	34	5	0	60	1.21
2704822--2704848	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2717449--2717774	54	6.0	54	85	1	438	38	16	11	33	1.85
2717452--2717773	162	2.0	162	89	0	491	38	16	10	33	1.84
2721618--2721642	11	2.3	11	100	0	50	16	36	8	40	1.77
2724270--2724311	19	2.2	19	86	0	57	28	30	0	40	1.57
2734750--2734924	90	2.0	89	86	3	244	45	7	9	37	1.65
2756153--2756273	59	2.1	59	93	0	206	34	22	17	25	1.95
2773735--2773774	20	2.1	19	85	4	53	30	17	12	40	1.86
2781646--2781691	23	2.0	23	100	0	92	39	21	4	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783026--2783083	31	1.9	30	82	10	73	39	22	6	31	1.80
2785893--2786344	45	10.0	45	88	0	636	38	11	19	30	1.87
2792914--2793339	45	9.4	45	89	2	597	37	10	21	30	1.87
2798975--2799187	39	5.4	39	80	4	223	43	15	5	36	1.69
2798973--2799187	78	2.7	78	84	6	283	43	14	5	36	1.68
2799155--2799401	58	4.1	58	73	14	175	42	15	5	36	1.71
2799480--2799715	45	5.2	44	80	8	244	38	18	10	31	1.85
2799480--2799695	90	2.4	90	87	6	305	37	18	11	33	1.86
2800034--2800061	14	2.0	14	100	0	56	28	35	14	21	1.92
2805532--2805585	22	2.6	20	80	11	63	27	16	29	25	1.97
2805460--2805684	95	2.4	95	86	1	290	35	16	24	24	1.94
2805999--2806447	59	7.6	59	89	2	600	32	12	19	35	1.89
2806819--2806937	44	2.6	45	84	2	150	46	6	21	25	1.76
2807715--2807758	22	1.9	22	86	9	61	34	2	11	52	1.50
2809018--2809075	30	1.9	30	89	0	89	39	8	15	36	1.78
2809018--2809085	30	2.3	30	84	5	84	41	11	16	30	1.84
2811627--2811669	15	2.8	16	80	16	54	55	4	6	32	1.47
2812490--2812661	90	1.9	88	87	4	247	41	6	22	29	1.80
2812490--2812661	44	3.9	45	87	4	251	41	6	22	29	1.80
2815924--2816031	49	2.2	49	81	3	128	29	14	22	33	1.94
2816037--2816169	44	2.9	44	78	8	124	24	12	24	37	1.91
2818371--2818408	20	2.0	20	85	10	53	31	2	21	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2854849--2854939	45	2.0	45	97	0	173	28	19	10	40	1.86
2857220--2857497	138	2.0	139	99	0	549	34	16	8	40	1.79
2859067--2859196	64	2.0	64	100	0	260	29	16	20	33	1.95
2863810--2863839	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2868270--2868313	23	1.9	23	85	0	61	15	11	11	61	1.57
2870386--2870452	32	2.1	32	81	13	75	59	0	23	16	1.37
2870591--2870704	35	3.2	35	86	6	151	30	3	37	28	1.74
2872833--2872958	48	2.8	45	85	8	173	32	22	6	38	1.79
2880642--2880677	17	2.2	16	90	5	54	30	0	5	63	1.17
2880651--2880699	17	2.8	17	82	14	55	38	0	2	59	1.09
2882097--2882129	16	2.1	16	94	0	57	36	15	6	42	1.71
2883175--2883221	22	2.3	22	79	20	57	25	19	6	48	1.72
2886169--2886227	30	2.0	30	86	6	84	37	16	6	38	1.76
2888737--2888768	10	3.3	10	95	4	57	0	37	0	62	0.95
2889738--2889840	14	7.5	13	79	12	100	44	33	0	21	1.52
2889738--2889839	7	14.9	7	81	7	84	45	34	0	20	1.52
2891429--2891467	19	2.0	20	90	10	62	51	0	43	5	1.24
2891651--2891716	31	2.2	31	83	8	82	25	6	18	50	1.70
2891766--2891861	27	3.6	27	94	1	167	23	18	26	31	1.98
2894111--2894136	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2894957--2894997	21	2.0	21	90	9	66	41	29	2	26	1.69
2897964--2897999	3	11.7	3	94	5	63	30	0	2	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904867--2904901	18	1.9	18	100	0	70	51	5	5	37	1.50
2904941--2905018	19	4.0	19	88	6	120	30	11	6	51	1.63
2904941--2905018	40	2.0	40	90	5	124	30	11	6	51	1.63
2910704--2910882	88	2.0	87	84	4	234	36	16	14	32	1.89
2912321--2912350	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2912419--2912493	28	2.7	28	78	17	84	56	4	0	40	1.18
2912421--2912503	28	2.9	30	74	15	75	56	3	0	39	1.17
2913463--2913501	21	1.9	20	89	5	60	46	7	15	30	1.74
2914817--2915193	162	2.3	162	88	2	553	27	18	19	34	1.95
2914797--2915193	54	7.4	54	85	1	492	27	17	20	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16