genome.fa.s8424.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008424.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111207_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4198033

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  10  of  16  ( 1819 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328256--2328288	17	1.9	17	93	0	57	18	3	6	72	1.18
2344205--2345199	132	7.5	132	74	5	622	32	18	17	31	1.95
2344176--2345075	264	3.4	262	77	5	818	32	18	17	31	1.94
2351371--2351425	24	2.3	24	100	0	110	36	14	21	27	1.93
2366502--2366540	10	3.8	10	82	3	51	87	0	12	0	0.55
2366499--2366552	21	2.5	21	85	8	74	81	0	14	3	0.82
2368143--2368801	114	5.8	113	91	2	909	38	12	18	31	1.87
2368147--2369015	230	3.8	226	84	7	961	38	12	17	30	1.87
2368147--2369015	114	7.7	114	86	6	904	38	12	17	30	1.87
2368160--2369080	344	2.7	338	79	9	823	38	12	17	30	1.87
2369233--2369301	3	24.0	3	82	8	90	30	0	1	68	0.99
2376446--2376472	14	1.9	14	100	0	54	44	18	0	37	1.50
2376687--2376717	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
2390224--2390252	8	3.6	8	100	0	58	27	0	0	72	0.85
2390825--2390881	21	2.7	21	100	0	114	24	33	22	19	1.97
2391225--2391254	15	1.9	16	93	6	53	56	13	6	23	1.60
2391315--2391547	46	5.1	46	92	0	378	33	21	7	37	1.82
2394853--2395073	3	71.3	3	68	21	84	34	3	3	58	1.31
2394882--2394950	10	6.8	10	72	24	56	40	2	1	55	1.24
2394860--2394933	32	2.3	31	84	9	94	37	5	0	56	1.22
2398655--2398699	25	2.0	22	83	16	56	48	17	0	33	1.48
2398985--2399059	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412019--2412066	25	1.9	25	86	0	69	79	6	14	0	0.92
2413617--2414308	318	2.2	314	80	7	779	32	24	20	23	1.98
2414147--2414807	124	5.3	122	67	17	395	33	24	18	24	1.97
2414080--2414996	252	3.6	252	90	0	1359	33	23	18	24	1.97
2416736--2416797	18	3.4	17	77	18	54	22	4	1	70	1.14
2418867--2418935	32	2.1	33	82	12	81	44	23	13	18	1.84
2419892--2419925	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2423446--2423503	30	2.0	30	83	16	77	36	5	6	51	1.51
2428557--2428663	24	4.5	24	88	4	144	25	14	19	40	1.90
2428555--2428680	24	5.2	24	83	7	139	25	12	19	42	1.87
2433267--2433384	48	2.4	48	87	4	175	24	14	19	41	1.89
2433270--2433384	24	4.8	24	86	4	151	24	14	19	41	1.89
2435747--2435773	8	3.4	8	100	0	54	0	11	25	62	1.28
2436694--2436864	85	2.0	85	85	2	227	33	12	15	39	1.84
2439938--2440120	36	5.1	36	86	0	258	27	18	15	38	1.91
2440225--2440441	61	3.6	61	87	2	285	33	17	17	31	1.93
2441889--2442030	76	1.9	76	85	2	196	21	19	17	42	1.90
2445523--2446111	54	11.1	54	87	4	788	31	13	17	37	1.89
2445603--2446005	204	2.0	204	93	1	691	31	13	17	37	1.88
2445549--2446058	258	2.0	258	93	0	878	31	13	16	38	1.88
2446938--2447027	19	4.7	19	100	0	180	31	31	16	21	1.95
2446994--2447136	65	2.2	63	85	8	191	32	23	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451105--2451174	32	2.2	33	92	2	115	38	15	11	34	1.84
2451498--2451529	16	1.9	17	93	6	57	15	9	0	75	1.05
2451516--2451556	12	3.3	12	86	10	57	7	7	2	82	0.91
2451509--2451576	21	3.2	20	76	12	64	5	11	2	79	1.02
2451516--2451565	24	2.1	24	85	7	66	6	10	4	80	1.02
2451721--2452369	258	2.5	256	82	4	781	37	14	13	33	1.86
2453654--2453717	2	32.0	2	87	6	85	46	1	0	51	1.10
2460021--2460053	16	2.1	16	100	0	66	39	30	12	18	1.87
2460516--2460550	15	2.2	16	90	5	54	45	20	8	25	1.79
2467542--2467593	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2482905--2483082	90	2.0	90	90	0	284	36	11	7	44	1.69
2489768--2489847	30	2.7	29	80	3	88	36	6	7	50	1.56
2489777--2489882	29	3.6	29	79	11	90	40	5	5	48	1.50
2489860--2489929	28	2.4	28	85	7	86	44	7	2	45	1.46
2490001--2490699	353	2.0	351	96	0	1281	26	12	18	43	1.85
2495099--2495148	22	2.3	22	79	6	57	24	24	28	24	2.00
2497255--2497365	48	2.3	48	84	0	132	50	16	9	23	1.74
2497264--2497344	24	3.4	24	80	0	90	48	18	11	22	1.79
2506450--2506489	21	1.9	21	89	0	62	30	30	17	22	1.97
2506515--2506553	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2506450--2506652	64	3.1	63	79	7	176	31	26	16	26	1.96
2509166--2509269	50	2.1	50	85	7	142	35	0	11	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509584--2509643	29	2.1	29	96	0	111	36	5	15	43	1.68
2511602--2511937	43	7.8	42	69	20	144	51	4	15	28	1.63
2511602--2511933	87	3.9	85	76	9	280	51	4	15	28	1.64
2511771--2511941	86	2.0	86	80	6	195	54	5	12	27	1.60
2515012--2515156	73	2.0	73	86	0	200	36	19	9	34	1.84
2516205--2516367	63	2.5	63	80	13	179	42	7	5	43	1.57
2519770--2519935	63	2.5	66	75	15	173	45	7	3	43	1.50
2522663--2522702	21	2.0	20	85	5	53	47	0	5	47	1.24
2525873--2525935	18	3.4	18	82	10	74	19	17	9	53	1.70
2527736--2527768	13	2.5	13	100	0	66	36	18	9	36	1.82
2527749--2527908	85	1.9	85	81	5	198	28	22	18	30	1.97
2532417--2532441	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
2532832--2532901	21	3.2	21	64	15	52	28	20	8	42	1.81
2532920--2532989	21	3.2	21	64	28	56	28	24	8	38	1.85
2532766--2533063	44	6.8	44	94	1	517	31	22	6	39	1.79
2533079--2533702	59	10.6	59	76	8	502	29	22	10	37	1.88
2533079--2533703	118	5.3	118	81	5	599	29	22	10	37	1.88
2533234--2533703	177	2.7	176	83	5	556	29	22	10	37	1.88
2537133--2537167	16	2.2	16	100	0	70	34	5	37	22	1.78
2540866--2540941	23	3.5	20	72	18	62	80	0	15	3	0.86
2540864--2540899	17	2.1	17	89	5	54	80	0	16	2	0.83
2540865--2540941	9	8.4	9	69	22	54	79	0	16	3	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540865--2540943	7	11.3	7	73	11	56	78	0	17	3	0.90
2540892--2540951	14	4.5	14	84	16	83	75	0	20	5	0.99
2540873--2540951	25	3.2	24	81	15	76	78	0	17	3	0.90
2540866--2540941	11	7.0	10	74	14	62	80	0	15	3	0.86
2542385--2542419	15	2.2	16	90	5	54	80	0	11	8	0.92
2542382--2542452	25	2.9	24	79	10	72	77	0	12	9	0.99
2543769--2544206	132	3.3	133	81	5	496	31	20	18	29	1.96
2544379--2544444	22	3.2	19	75	23	55	30	1	1	66	1.10
2544394--2544448	14	3.9	14	71	21	51	29	1	1	67	1.11
2548220--2548267	21	2.3	21	92	0	78	25	10	47	16	1.78
2552990--2553040	19	2.7	18	77	22	52	15	9	1	72	1.19
2557681--2557728	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
2558331--2559323	182	5.5	182	91	2	1538	27	15	13	43	1.84
2559182--2559543	112	3.3	111	93	1	591	25	16	13	44	1.84
2560059--2560194	42	3.2	42	77	11	143	55	5	12	27	1.58
2560165--2560226	32	1.9	32	87	6	90	56	6	8	29	1.53
2561620--2561659	19	2.2	19	86	4	55	52	12	0	35	1.39
2564870--2564980	3	38.7	3	68	12	63	35	6	3	54	1.43
2564870--2564961	22	4.5	21	73	17	70	35	5	3	55	1.39
2565108--2565273	3	55.0	3	68	12	54	31	5	7	55	1.51
2576575--2576628	17	3.3	17	74	10	67	33	11	14	40	1.82
2578516--2578590	16	4.4	16	73	15	62	76	1	17	5	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578518--2578589	28	2.5	29	80	17	87	77	1	15	5	1.01
2582429--2582728	101	2.9	101	80	4	287	37	18	18	26	1.93
2584879--2585068	103	1.8	103	88	0	290	28	28	18	24	1.98
2593363--2593458	39	2.5	39	98	0	183	47	11	19	20	1.80
2593647--2593714	22	3.1	21	82	14	68	32	5	4	57	1.43
2593658--2593745	5	16.4	5	70	13	52	37	4	3	54	1.38
2593658--2593692	17	1.9	17	88	11	52	37	2	2	57	1.29
2595002--2595034	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2597527--2597578	27	1.9	27	84	7	70	63	1	1	32	1.16
2598551--2598611	29	2.1	29	82	11	72	57	3	14	24	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16