genome.fa.s8460.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2854393

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  12  of  15  ( 1744 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016339--2016429	32	2.8	32	96	0	164	35	0	10	53	1.36
2016368--2016424	18	3.4	18	72	18	68	35	0	10	54	1.35
2019400--2019430	15	2.1	15	93	0	53	25	19	6	48	1.72
2020717--2020774	29	2.0	29	87	12	84	51	0	0	48	1.00
2025366--2025403	19	2.0	19	94	0	67	31	18	0	50	1.47
2026165--2026205	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
2027875--2027914	18	2.2	18	95	0	71	22	32	22	22	1.98
2028253--2028296	3	14.7	3	80	0	52	34	27	34	4	1.77
2028256--2028299	21	2.1	21	86	0	61	34	25	34	6	1.82
2033551--2033613	21	3.0	21	70	9	65	33	20	23	22	1.97
2035167--2035258	45	2.0	45	83	4	114	27	15	35	21	1.93
2050872--2050931	31	1.9	31	93	0	102	50	10	10	30	1.69
2050871--2050943	31	2.4	31	85	0	101	47	13	8	30	1.72
2053493--2053525	16	2.1	16	100	0	66	21	6	18	54	1.64
2053776--2053831	20	2.8	20	97	0	103	32	16	21	30	1.95
2055508--2055560	2	29.5	2	77	21	55	56	0	0	43	0.99
2055491--2055537	18	2.6	18	77	12	51	53	4	2	40	1.32
2055508--2055563	14	3.8	16	84	15	84	57	0	0	42	0.99
2063262--2063359	38	2.6	37	85	6	133	25	27	20	26	1.99
2066732--2066762	3	10.7	3	93	6	55	70	0	29	0	0.87
2068406--2068477	35	2.1	35	97	0	135	41	0	15	43	1.46
2068780--2068811	15	2.1	15	100	0	64	62	0	6	31	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077797--2077839	20	2.2	20	83	8	52	27	0	6	65	1.18
2079281--2079366	37	2.6	31	73	21	84	47	4	0	47	1.22
2083173--2083228	20	2.8	20	91	2	96	25	21	23	30	1.99
2083219--2083264	9	5.6	9	80	19	64	17	26	21	34	1.95
2083190--2083270	16	4.8	16	84	11	99	20	24	20	33	1.97
2084748--2084772	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2087393--2087455	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
2087676--2087726	25	2.0	25	82	14	61	37	15	17	29	1.91
2087741--2087799	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
2087823--2088112	22	13.2	22	81	5	336	47	10	0	42	1.40
2089708--2089760	23	2.2	24	90	3	81	33	18	18	28	1.95
2092037--2092076	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2092071--2092169	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
2092155--2092209	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2092591--2092645	15	3.6	15	78	4	65	32	12	12	41	1.81
2092593--2092642	16	3.2	16	77	2	57	36	10	12	42	1.76
2093891--2094053	85	1.9	84	80	9	190	29	21	18	30	1.97
2098482--2098522	15	2.7	15	92	0	64	19	21	24	34	1.97
2106052--2106116	30	2.2	30	100	0	130	32	18	12	36	1.88
2108864--2108912	19	2.6	19	100	0	98	32	4	26	36	1.75
2109216--2109240	6	4.2	6	100	0	50	0	16	48	36	1.46
2111729--2111943	58	3.7	57	81	5	245	38	6	10	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111732--2111943	116	1.8	115	83	8	277	38	6	9	45	1.62
2112232--2112383	82	1.8	83	87	1	225	42	5	11	40	1.63
2112199--2112373	39	4.4	39	71	7	136	42	5	10	41	1.64
2112331--2112426	49	2.0	49	89	0	147	38	4	10	46	1.57
2119410--2119444	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2124712--2124749	20	1.9	20	94	0	67	73	10	2	13	1.19
2125974--2126028	28	2.0	28	96	0	101	61	14	5	18	1.51
2128139--2128188	13	4.0	13	92	2	77	12	22	48	18	1.80
2128139--2128188	25	2.0	25	88	7	75	12	22	48	18	1.80
2132387--2132463	3	24.7	3	79	10	75	59	0	1	38	1.06
2132402--2132460	23	2.4	24	88	8	84	59	0	1	38	1.08
2132689--2133973	109	11.7	113	87	6	1562	28	18	14	37	1.91
2133476--2133520	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
2134395--2134511	21	5.7	20	83	10	137	35	15	15	34	1.89
2134395--2134509	41	2.7	43	93	5	200	34	15	14	34	1.89
2139260--2139302	16	2.8	16	78	3	52	4	6	2	86	0.79
2139252--2139304	23	2.3	23	90	3	81	3	9	1	84	0.81
2139636--2139705	2	35.5	2	97	2	133	51	0	0	48	1.00
2142548--2142603	13	4.2	13	76	13	51	53	8	14	23	1.68
2144252--2144291	21	1.9	21	85	10	55	75	2	0	22	0.93
2146382--2146455	3	24.7	3	81	10	71	58	0	1	40	1.07
2146382--2146462	21	4.1	21	75	18	84	59	0	1	39	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151656--2151695	20	2.0	21	90	5	64	37	10	2	50	1.50
2159121--2159145	13	1.9	13	100	0	50	20	8	32	40	1.81
2160143--2160275	66	2.0	66	100	0	266	27	21	15	36	1.93
2167047--2167075	15	1.9	15	100	0	58	20	20	37	20	1.94
2169940--2170035	42	2.3	42	87	3	131	30	26	27	16	1.97
2170046--2170077	13	2.5	13	100	0	64	15	31	31	21	1.95
2175951--2176009	30	2.0	30	93	6	102	44	15	16	23	1.86
2176385--2176522	64	2.1	65	91	6	224	42	13	17	27	1.86
2182046--2182074	6	4.8	6	100	0	58	0	17	31	51	1.45
2193727--2193763	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2194456--2194480	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2199817--2199885	9	7.3	9	79	9	75	15	28	28	26	1.96
2199796--2199885	19	4.7	18	86	5	72	18	27	25	27	1.98
2199796--2199879	10	8.8	9	75	12	69	19	26	26	28	1.98
2199816--2199885	29	2.4	29	88	2	97	17	28	28	25	1.97
2199881--2199919	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2203119--2203178	23	2.6	23	94	0	102	20	28	28	23	1.99
2209585--2209617	16	2.1	16	94	0	57	33	0	30	36	1.58
2210049--2210082	14	2.4	14	85	0	50	44	0	35	20	1.52
2213002--2213048	25	2.0	24	83	8	60	21	25	10	42	1.85
2230735--2230844	55	2.0	55	96	3	204	24	28	18	29	1.98
2232758--2232863	51	2.1	50	96	3	196	37	3	16	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233589--2233670	22	3.7	22	83	6	103	20	21	29	28	1.98
2241341--2241403	22	2.9	22	75	0	63	26	20	25	26	1.99
2248989--2249032	22	2.0	22	83	12	56	29	22	4	43	1.73
2254404--2254437	16	2.2	16	89	5	52	47	0	0	52	1.00
2255295--2255326	15	2.1	15	94	0	55	0	21	0	78	0.76
2255834--2255908	3	25.0	3	94	0	132	64	0	2	33	1.08
2256233--2256658	112	3.8	113	87	4	660	27	20	14	37	1.92
2257471--2258060	82	7.2	82	95	2	1066	36	23	13	26	1.92
2258710--2258753	16	2.6	17	80	16	56	52	9	6	31	1.59
2259081--2259117	10	3.6	10	88	3	56	0	10	0	89	0.49
2259082--2259116	14	2.4	14	95	4	61	0	8	0	91	0.42
2259083--2259120	15	2.5	16	91	8	62	0	10	0	89	0.49
2269699--2269765	19	3.4	19	73	20	57	62	4	2	29	1.29
2269737--2269794	24	2.7	22	77	20	61	62	1	1	34	1.16
2271867--2271950	3	28.0	3	95	0	141	65	0	2	32	1.05
2272700--2272763	16	3.9	17	70	17	55	45	0	0	54	0.99
2272671--2272819	50	3.0	49	77	13	135	44	2	0	53	1.12
2272706--2272788	18	4.9	18	69	19	63	44	2	0	53	1.13
2272811--2272880	23	3.2	23	74	8	74	44	0	0	55	0.99
2272814--2272859	16	2.9	16	72	21	51	36	0	0	63	0.95
2272823--2272894	21	3.3	22	73	11	58	50	0	0	50	1.00
2280535--2280640	46	2.3	46	85	3	151	29	16	11	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280130--2280653	272	1.9	271	79	6	587	33	16	12	36	1.87
2280535--2280652	46	2.6	46	84	2	139	28	16	12	41	1.86
2284136--2284188	19	2.7	20	88	5	81	49	18	20	11	1.78
2284220--2284380	20	7.8	20	83	12	184	18	18	28	34	1.94
2284220--2284380	42	3.9	41	80	14	177	18	18	28	34	1.94
2284220--2284439	62	3.6	61	85	4	275	17	19	26	36	1.93
2284221--2284442	20	10.9	20	78	8	153	17	18	26	37	1.93
2287592--2287636	18	2.5	18	92	0	72	40	15	42	2	1.59
2288214--2288283	32	2.2	32	87	5	97	32	15	18	32	1.93
2288568--2288628	16	3.7	16	76	10	52	8	11	29	50	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15