genome.fa.s8460.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2854393

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273819--1274002	38	5.1	38	75	18	135	46	3	7	42	1.49
1274078--1274115	5	7.8	5	94	2	51	21	10	0	68	1.19
1274077--1274154	15	5.3	15	75	7	63	25	7	1	65	1.27
1274078--1274145	10	7.0	10	81	5	50	27	8	0	63	1.24
1275536--1275585	25	2.0	26	84	4	66	30	0	4	66	1.10
1275637--1275667	11	2.8	11	95	0	53	29	0	0	70	0.87
1275675--1275715	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
1275638--1275774	6	26.4	5	73	11	57	24	5	1	68	1.18
1275730--1275780	14	3.5	15	78	7	52	17	7	1	72	1.18
1277063--1277100	17	2.2	18	86	13	62	34	0	0	65	0.93
1281774--1281814	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1282112--1282159	16	3.1	15	76	8	51	39	2	4	54	1.32
1283953--1284299	174	2.0	175	94	0	615	31	26	13	28	1.94
1293853--1293915	29	2.3	28	81	13	69	23	12	3	60	1.47
1295820--1295859	20	2.0	21	90	5	64	25	17	22	35	1.95
1296368--1296400	16	2.1	16	100	0	66	42	6	6	45	1.53
1297213--1297245	13	2.5	13	100	0	66	42	18	0	39	1.50
1297279--1297326	19	2.5	20	89	3	71	31	12	6	50	1.65
1298578--1298622	18	2.5	18	92	0	72	15	31	24	28	1.96
1303772--1303848	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
1303725--1303848	63	2.0	63	84	6	162	25	28	28	17	1.98
1304718--1304765	7	7.4	7	75	17	50	25	31	27	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1304723--1304758	12	3.0	12	91	0	63	22	33	27	16	1.95
1304789--1304841	19	2.8	19	94	0	88	24	30	26	18	1.98
1304805--1304858	9	5.7	9	75	12	54	31	29	22	16	1.96
1304791--1304843	10	5.5	10	75	8	56	28	30	22	18	1.98
1304790--1304859	19	3.6	19	88	1	68	28	28	22	20	1.98
1305605--1305647	19	2.5	17	79	17	52	41	9	6	41	1.64
1305919--1305951	17	1.9	17	88	11	50	63	0	3	33	1.10
1306023--1306063	17	2.6	16	78	21	50	39	2	0	58	1.11
1307605--1307637	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
1307699--1307787	16	5.7	16	90	2	137	59	19	10	11	1.59
1310186--1310254	23	3.0	23	80	0	93	31	24	24	18	1.98
1315434--1315497	23	2.8	23	78	0	74	39	25	18	17	1.92
1317572--1317602	4	7.8	4	100	0	62	74	0	25	0	0.82
1318850--1318941	41	2.2	41	90	0	139	33	7	20	38	1.81
1322013--1322065	27	1.9	27	84	3	70	56	1	3	37	1.28
1323696--1323720	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
1323967--1324656	229	3.0	230	95	1	1260	44	7	7	39	1.62
1324710--1324770	23	2.7	23	92	0	95	36	4	21	37	1.75
1325191--1325254	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
1324475--1325657	481	2.5	481	97	0	2204	42	7	10	39	1.68
1332966--1333045	3	26.7	3	94	0	142	33	1	1	63	1.10
1333502--1333566	18	3.5	18	78	12	69	72	9	16	1	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1333812--1333837	13	2.0	13	100	0	52	0	30	61	7	1.24
1334367--1334415	19	2.7	18	87	9	73	16	4	6	73	1.19
1334453--1334515	12	5.1	12	72	14	56	42	0	1	55	1.09
1334456--1334527	12	5.8	12	72	8	54	41	0	1	56	1.07
1345861--1345913	27	1.9	28	88	3	81	84	0	9	5	0.76
1345875--1345923	26	1.9	25	87	4	71	83	0	12	4	0.77
1345862--1345907	12	3.9	12	80	13	60	89	0	6	4	0.60
1346249--1346295	19	2.7	17	81	15	60	29	6	8	55	1.55
1347031--1347528	83	6.0	84	96	0	876	28	13	20	37	1.91
1347031--1347528	167	3.0	168	93	1	876	28	13	20	37	1.91
1347031--1347528	250	2.0	251	95	1	892	28	13	20	37	1.91
1348162--1348823	113	5.9	113	95	1	1158	37	12	20	29	1.89
1349138--1349205	3	22.7	3	90	0	109	33	1	2	61	1.20
1349660--1349724	18	3.5	18	78	12	69	72	9	16	1	1.18
1349968--1349993	13	2.0	13	100	0	52	0	30	61	7	1.24
1350523--1350571	19	2.7	18	87	9	73	16	4	6	73	1.19
1350611--1350673	12	5.1	12	72	14	56	42	0	1	55	1.09
1350614--1350685	12	5.8	12	72	8	54	41	0	1	56	1.07
1356699--1357614	457	2.0	455	98	0	1769	32	15	15	36	1.89
1361068--1361133	32	2.1	32	85	5	89	28	15	19	36	1.92
1361900--1361999	16	6.2	16	66	14	53	16	14	26	44	1.85
1367342--1367376	17	2.1	17	89	5	54	34	5	17	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367719--1368209	182	2.7	181	87	3	657	30	12	11	44	1.79
1368206--1368744	74	7.3	74	87	1	731	35	14	12	38	1.84
1368206--1368744	147	3.6	146	86	2	679	35	14	12	38	1.84
1368206--1368744	221	2.4	221	88	1	765	35	14	12	38	1.84
1373726--1373841	45	2.6	45	87	5	171	25	31	21	20	1.98
1375689--1375776	24	3.7	24	89	0	122	23	20	20	35	1.96
1375689--1375818	24	5.5	24	78	9	106	24	20	21	33	1.97
1376666--1376714	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
1377181--1377234	22	2.5	22	90	0	81	29	29	14	25	1.95
1377198--1377269	35	2.1	35	89	2	110	29	30	12	27	1.93
1377235--1377293	22	2.7	22	81	5	66	32	27	15	25	1.95
1378769--1378797	14	2.1	14	100	0	58	20	0	44	34	1.52
1382403--1382439	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
1382465--1382536	20	3.6	20	74	7	74	30	25	19	25	1.98
1382702--1382751	22	2.3	22	96	0	91	20	44	16	20	1.87
1383126--1383248	20	6.2	20	85	1	158	17	17	22	41	1.90
1383137--1383251	39	2.9	40	88	1	169	14	17	22	45	1.85
1385168--1385216	20	2.5	20	93	0	80	34	26	20	18	1.95
1385346--1385432	20	4.4	20	84	7	106	18	18	25	37	1.93
1385929--1386040	42	2.7	42	84	2	127	22	37	18	21	1.94
1385918--1386025	21	5.1	21	75	4	101	19	37	19	24	1.94
1385926--1386040	21	5.5	21	69	10	74	21	37	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1387426--1387488	29	2.2	30	82	8	85	38	0	14	47	1.44
1387427--1387488	14	4.3	14	83	6	79	38	0	14	46	1.45
1387462--1387575	36	3.4	36	66	22	102	28	3	15	52	1.59
1387506--1387546	13	3.1	13	82	6	55	36	0	19	43	1.51
1387500--1387544	13	3.4	13	81	6	54	28	0	20	51	1.48
1387441--1387576	63	2.1	65	93	2	231	30	2	15	51	1.58
1387666--1387703	20	1.9	20	88	0	58	47	21	21	10	1.80
1387746--1387990	20	12.9	20	81	10	280	26	18	22	33	1.97
1387697--1387990	94	3.1	92	77	15	298	25	18	22	33	1.97
1387791--1387990	74	2.7	74	97	0	373	25	18	23	33	1.96
1387766--1387982	54	3.9	54	76	10	215	24	18	23	33	1.97
1388161--1388195	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
1390230--1390260	14	2.3	14	94	5	55	6	16	25	51	1.68
1390456--1390509	24	2.2	24	90	0	81	42	16	16	24	1.88
1391329--1391600	41	6.7	41	91	1	422	21	17	26	34	1.96
1391626--1391662	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
1395992--1396128	60	2.3	61	80	8	140	36	11	16	35	1.85
1399099--1399124	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1399694--1399753	31	1.9	31	89	0	93	41	11	11	35	1.78
1400344--1400441	31	3.2	30	79	5	115	33	5	17	43	1.71
1407065--1407110	20	2.3	20	89	10	69	52	4	0	43	1.21
1407842--1408059	3	71.7	3	83	12	259	33	2	1	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1413159--1413206	20	2.3	20	89	3	69	31	25	10	33	1.89
1413308--1413349	20	2.1	21	86	8	61	38	19	14	28	1.90
1413416--1413610	105	1.9	105	92	0	327	24	13	20	41	1.89
1416860--1417009	71	2.1	69	77	9	160	46	10	10	34	1.71
1417268--1417821	99	5.6	98	79	6	507	39	8	14	37	1.78
1417268--1417895	99	6.3	98	78	8	463	38	9	15	37	1.80
1417268--1417889	296	2.1	297	82	6	753	38	9	14	37	1.79
1418258--1418758	186	2.7	185	77	5	497	34	15	9	39	1.81
1419548--1419864	42	7.5	43	75	10	235	49	5	18	25	1.69
1419861--1419910	22	2.3	22	100	0	100	40	4	22	34	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15