genome.fa.s8460.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2854393

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288777--2288820	21	2.1	21	100	0	88	27	13	20	38	1.90
2295525--2295566	21	2.0	20	86	4	57	33	4	2	59	1.31
2295566--2295632	30	2.3	30	89	7	102	26	11	10	50	1.71
2302630--2302669	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2302652--2302711	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
2311508--2311564	2	29.0	2	85	3	80	49	3	1	45	1.29
2311560--2311686	35	3.6	35	82	6	141	46	2	5	45	1.39
2311586--2311687	36	2.9	36	86	5	145	47	1	4	46	1.35
2311784--2311824	12	3.4	13	80	16	52	17	0	4	78	0.93
2311782--2311827	18	2.5	19	79	10	60	19	0	4	76	0.96
2312859--2312921	22	2.9	21	76	6	63	25	3	3	68	1.19
2312980--2313025	5	9.4	5	77	13	51	21	0	2	76	0.90
2314273--2314758	40	11.8	39	72	16	313	42	12	6	38	1.70
2314324--2314500	87	2.0	88	83	4	223	39	13	7	38	1.74
2314285--2314758	125	3.8	124	84	6	548	41	12	6	38	1.70
2314575--2314750	85	2.0	88	84	7	234	42	13	5	39	1.67
2314702--2314963	97	2.7	96	85	3	321	38	12	6	42	1.69
2315129--2315265	56	2.4	58	82	4	181	45	11	7	35	1.68
2317321--2317367	24	2.0	24	95	0	85	29	25	25	19	1.98
2317326--2317377	24	2.2	24	89	0	77	36	21	23	19	1.95
2317371--2317444	23	3.2	23	88	0	112	35	22	25	16	1.95
2317826--2317854	14	2.1	14	100	0	58	27	13	20	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320586--2320723	60	2.3	61	84	10	178	39	24	16	18	1.91
2320547--2320736	20	9.6	20	73	14	128	37	26	15	20	1.92
2321482--2321515	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2323917--2323952	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2324273--2324356	40	2.1	40	90	0	132	15	16	23	44	1.86
2324273--2324356	20	4.2	20	89	3	116	15	16	23	44	1.86
2324778--2324814	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2324770--2324822	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2325119--2325205	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
2325394--2325432	20	2.0	20	85	10	53	53	20	10	15	1.70
2325594--2325627	14	2.4	14	100	0	68	47	20	0	32	1.51
2327050--2327148	21	4.7	21	74	13	87	23	18	33	25	1.97
2327050--2327148	42	2.4	42	77	13	105	23	18	33	25	1.97
2327100--2327155	21	2.7	21	83	10	78	25	12	35	26	1.91
2327555--2327604	21	2.4	21	89	0	82	34	32	16	18	1.92
2329292--2329338	20	2.5	19	83	10	60	44	23	17	14	1.85
2329841--2330044	20	10.2	20	80	9	211	19	14	24	42	1.88
2329841--2330056	40	5.4	40	81	7	251	18	13	24	42	1.87
2329841--2330059	119	1.8	120	85	4	309	19	13	24	42	1.87
2331794--2331827	15	2.1	17	89	10	54	38	2	0	58	1.13
2335495--2335556	23	2.7	24	71	21	60	50	0	4	45	1.23
2335491--2335543	21	2.4	21	81	12	63	49	0	7	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2336282--2336355	31	2.4	31	90	2	114	47	14	8	29	1.73
2343705--2343754	21	2.4	21	93	0	82	30	30	22	18	1.97
2343763--2343998	21	11.6	21	74	8	177	20	19	24	34	1.96
2343809--2344019	19	10.5	19	69	11	134	21	18	22	36	1.95
2343769--2344023	40	6.3	40	88	3	325	21	19	23	35	1.96
2343948--2344019	21	3.4	21	74	14	76	22	18	22	37	1.94
2344741--2344931	42	4.5	42	93	1	328	35	24	20	20	1.96
2344738--2344946	21	10.0	21	75	14	191	34	23	20	21	1.97
2345988--2346058	33	2.2	33	94	0	124	25	11	22	40	1.87
2346108--2346164	3	18.7	3	77	22	57	68	0	0	31	0.90
2346108--2346165	15	3.9	15	79	18	68	68	0	0	31	0.89
2346510--2347273	247	3.1	247	87	4	1049	24	20	24	30	1.98
2346526--2347278	84	9.1	84	78	6	712	24	20	24	30	1.98
2347392--2348025	109	5.8	110	90	2	980	25	17	23	34	1.96
2351721--2351767	3	16.3	3	79	16	55	65	2	2	29	1.15
2352246--2352298	26	2.0	26	100	0	106	35	26	15	22	1.93
2352823--2352886	12	5.0	12	73	19	58	67	0	1	31	1.00
2355494--2355997	260	2.0	255	97	2	963	23	11	21	44	1.84
2356847--2356891	20	2.3	19	85	7	63	48	2	0	48	1.13
2367640--2367801	81	2.0	81	97	2	308	34	14	8	41	1.77
2373494--2373658	82	2.0	82	100	0	330	40	15	4	39	1.69
2374639--2374705	32	2.1	32	94	0	116	10	23	17	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374743--2374800	19	3.1	19	74	0	71	43	18	25	12	1.85
2374741--2374825	33	2.4	35	86	9	111	44	22	22	10	1.83
2374844--2374932	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
2374826--2374938	33	3.4	32	91	4	181	9	23	21	46	1.80
2376623--2377078	90	5.1	91	91	7	717	22	12	19	45	1.83
2376623--2377078	183	2.6	181	92	6	749	22	12	19	45	1.83
2377122--2377249	19	7.3	19	72	19	98	44	28	17	9	1.79
2377157--2377249	33	2.8	32	88	4	141	45	27	18	8	1.78
2377122--2377249	52	2.5	51	72	15	127	44	28	17	9	1.79
2377245--2377366	19	6.6	19	79	11	128	12	18	23	45	1.83
2379256--2379290	14	2.6	14	95	4	63	34	0	22	42	1.54
2379396--2379476	19	4.5	19	80	16	109	44	17	23	14	1.86
2381492--2381516	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2381687--2381733	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2382409--2382657	20	12.5	20	86	2	259	19	18	24	36	1.94
2382644--2382726	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2382624--2382722	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2385182--2385227	23	2.0	23	82	0	56	19	21	23	34	1.96
2386727--2386753	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2388356--2388411	21	2.7	21	82	0	58	28	19	16	35	1.93
2394730--2394971	129	1.9	129	82	1	306	43	9	16	31	1.79
2395824--2395849	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402880--2402919	19	2.2	19	86	4	55	15	32	32	20	1.93
2408645--2408705	19	3.2	19	95	2	104	19	26	27	26	1.99
2409815--2409891	29	2.6	29	71	19	68	20	9	11	58	1.60
2411295--2411353	27	2.2	27	87	0	82	16	20	8	54	1.68
2413621--2413937	117	2.8	116	88	5	425	34	22	18	24	1.97
2414203--2414322	43	2.8	42	85	2	150	28	31	18	21	1.97
2414418--2414507	37	2.5	37	92	1	146	24	24	15	35	1.94
2414367--2414560	105	1.9	102	84	9	259	27	20	13	37	1.91
2414897--2414983	3	28.3	3	81	4	93	37	1	2	58	1.18
2415279--2415690	145	2.8	145	81	1	468	32	21	25	20	1.97
2428494--2428590	51	1.9	49	87	4	140	38	11	13	37	1.81
2429531--2429586	18	3.1	18	78	2	67	32	12	16	39	1.85
2431064--2431101	20	1.9	20	89	10	60	47	7	7	36	1.62
2433948--2434114	85	2.0	85	83	7	214	31	20	16	31	1.95
2437844--2437888	22	2.0	22	95	0	81	28	26	20	24	1.99
2450034--2450122	30	3.0	29	75	8	81	43	4	14	37	1.66
2454596--2454626	16	1.9	16	100	0	62	29	25	0	45	1.54
2463343--2463385	20	2.2	20	100	0	86	27	9	13	48	1.73
2464618--2464662	22	2.0	22	100	0	90	22	28	22	26	1.99
2466542--2466633	46	2.0	46	100	0	184	47	28	4	19	1.68
2467398--2467444	18	2.4	19	86	10	60	25	27	17	29	1.97
2470860--2470895	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474080--2474144	3	22.0	3	87	9	98	35	0	0	64	0.94
2475974--2476037	29	2.2	28	81	10	76	51	1	0	46	1.10
2475988--2476026	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2487570--2487620	10	4.7	11	79	11	61	0	9	9	80	0.91
2487570--2487610	12	3.5	12	90	3	66	0	12	9	78	0.98
2493275--2493348	22	3.4	22	77	3	78	35	16	14	33	1.89
2494022--2494765	46	15.9	46	94	2	1238	25	21	18	33	1.96
2494022--2494765	140	5.3	139	94	2	1251	25	21	18	33	1.96
2494022--2494877	186	4.7	186	92	4	1331	25	21	18	33	1.96
2494784--2494877	45	2.1	45	100	0	188	23	24	19	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15