genome.fa.s8460.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008460.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2854393

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704906--704950	20	2.2	20	84	7	56	40	20	17	22	1.92
704955--705009	19	2.9	19	88	0	83	41	20	5	32	1.75
705914--705967	24	2.2	24	90	0	81	20	14	24	40	1.90
708541--708582	19	2.2	20	91	4	68	42	26	16	14	1.86
709052--709104	24	2.2	24	82	0	61	33	3	13	49	1.60
709805--709858	28	1.9	28	84	0	72	48	20	0	31	1.50
709822--709858	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
711230--711282	21	2.5	22	82	14	67	24	26	30	18	1.98
711250--711348	21	4.7	21	75	8	94	22	20	34	23	1.97
711250--711348	42	2.4	42	79	6	119	22	20	34	23	1.97
711599--711645	20	2.3	20	88	0	67	44	23	8	23	1.80
714016--714144	20	6.4	20	75	10	129	19	14	22	43	1.87
714016--714176	40	4.0	40	82	9	195	19	15	22	42	1.89
714016--714176	80	2.0	80	92	0	268	19	15	22	42	1.89
714035--714220	80	2.3	80	84	5	216	22	14	24	39	1.91
714882--714912	15	2.1	15	94	5	55	25	3	0	70	1.02
726076--726117	20	2.2	20	86	4	59	30	4	2	61	1.29
732275--732313	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
734895--735023	46	2.8	48	81	6	140	29	20	6	42	1.78
741695--741822	48	2.8	47	83	5	154	29	21	7	41	1.80
749590--749749	65	2.4	65	82	8	173	28	18	15	37	1.91
755797--755884	31	2.9	29	81	8	86	27	14	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755797--755887	30	3.0	30	80	9	94	27	14	19	38	1.91
760801--760889	31	2.9	30	83	9	117	26	19	19	34	1.95
762438--762527	30	3.0	29	73	7	74	44	7	14	33	1.74
774087--774122	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
774172--774202	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
774172--774202	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
775604--775652	3	16.7	3	87	12	75	65	0	0	34	0.93
779304--779338	11	2.8	13	83	16	56	42	8	0	48	1.33
779444--779485	12	3.0	15	73	20	54	38	2	0	59	1.10
788260--788314	22	2.5	22	96	0	101	21	27	18	32	1.96
789467--789552	37	2.3	37	82	7	104	43	18	15	23	1.88
791809--791862	27	2.1	24	90	10	81	70	3	9	16	1.28
793621--793650	14	2.1	15	93	6	53	33	13	20	33	1.91
808182--808227	24	1.9	24	86	0	65	65	17	8	8	1.45
808330--808390	16	3.7	16	75	16	70	44	1	13	40	1.53
814996--815065	33	2.1	33	97	0	131	52	14	11	21	1.72
816328--816369	19	2.2	20	83	12	52	28	4	0	66	1.12
818579--818611	16	2.1	16	100	0	66	45	24	12	18	1.83
822647--822686	21	1.9	21	84	0	53	50	10	15	25	1.74
823111--823154	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
823683--823744	6	10.7	6	93	6	110	35	0	64	0	0.94
825806--825870	19	3.4	18	72	19	60	21	15	3	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825710--826247	155	3.5	154	86	4	699	30	17	4	46	1.69
830087--830146	31	1.9	31	93	0	102	43	3	6	46	1.46
830610--830650	19	2.1	20	82	13	50	65	0	0	34	0.93
830672--830828	64	2.5	64	94	4	275	57	1	0	41	1.07
830693--830777	40	2.2	37	85	12	109	55	1	0	43	1.07
830728--830816	24	3.5	26	80	13	105	57	1	0	41	1.06
830731--830838	28	4.1	27	79	14	95	58	0	0	40	1.04
830790--830840	12	4.3	12	76	18	54	66	0	0	33	0.92
846016--846077	20	2.9	21	78	7	63	27	30	24	17	1.97
862994--863187	51	3.8	51	91	4	311	24	13	15	45	1.83
862994--863189	101	1.9	101	91	3	322	24	13	16	45	1.84
872420--872462	16	2.7	16	96	0	77	25	13	37	23	1.92
872602--872635	16	2.1	16	94	0	59	20	29	20	29	1.98
874975--875022	18	2.7	18	81	12	55	75	6	2	16	1.11
874973--875015	19	2.3	18	80	4	50	74	6	2	16	1.14
876326--876410	3	29.7	3	86	9	124	64	0	1	34	1.01
876546--877083	114	4.7	113	89	6	782	28	19	14	37	1.91
877056--877110	27	2.0	27	96	0	101	32	14	16	36	1.89
877670--877865	83	2.4	83	98	0	374	37	17	12	32	1.88
877822--878279	52	8.9	52	91	5	756	36	23	16	24	1.94
890091--890133	18	2.4	18	80	7	52	69	2	0	27	1.00
892140--892237	3	33.0	3	86	2	126	66	0	1	32	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894476--894803	159	2.1	156	87	4	471	28	15	7	48	1.71
897669--897699	15	2.1	15	100	0	62	54	12	6	25	1.62
897795--897850	24	2.3	24	96	0	103	28	16	16	39	1.89
898075--898140	30	2.2	30	86	0	87	12	30	22	34	1.91
898504--898530	13	2.1	13	100	0	54	62	0	14	22	1.31
899165--899189	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
899843--900002	53	3.0	53	81	0	187	36	7	16	40	1.77
905614--905663	3	16.3	3	84	12	66	38	2	0	60	1.09
906043--906077	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
909023--909055	12	2.6	13	85	9	50	30	24	15	30	1.95
916815--917599	394	2.0	388	93	1	1336	31	15	17	35	1.91
918986--919080	49	1.9	49	80	4	111	24	21	4	50	1.66
919169--919376	35	5.9	35	82	0	227	38	23	15	22	1.92
919172--919367	105	1.9	106	85	1	277	37	23	16	22	1.93
920716--920760	20	2.3	19	84	3	54	40	24	0	35	1.56
924701--924833	60	2.2	60	76	10	137	36	9	14	39	1.79
929713--929775	25	2.5	26	97	2	119	34	22	0	42	1.54
949187--949238	27	1.9	27	84	0	68	46	3	1	48	1.31
950960--951631	96	7.1	94	79	11	663	40	12	15	31	1.84
951327--951360	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
951233--951441	106	2.0	106	85	3	291	39	8	13	38	1.75
951404--951631	99	2.5	88	77	13	251	40	17	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
954498--954559	16	3.9	16	76	12	58	46	0	0	53	1.00
962241--962333	46	2.0	46	89	4	143	41	11	12	33	1.80
976347--976417	32	2.2	32	85	10	90	66	1	8	23	1.28
976498--977162	326	2.0	334	90	4	1053	43	7	4	43	1.54
977831--977877	18	2.6	18	82	3	58	44	8	0	46	1.33
977864--977911	25	2.0	24	84	12	62	41	6	0	52	1.27
977902--978002	29	3.4	30	80	10	102	37	5	0	55	1.31
978009--978307	30	10.2	30	71	13	169	48	1	9	41	1.42
978295--978344	23	2.1	24	85	10	68	64	0	2	34	1.05
978340--978379	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
978901--978930	10	3.0	10	90	0	51	0	6	40	53	1.27
980016--980057	20	2.2	19	86	4	57	54	9	0	35	1.33
982408--982452	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
983280--983433	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
986387--986431	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
987294--987447	31	5.0	31	93	1	256	22	20	20	37	1.95
994275--994318	21	2.0	22	91	4	72	22	31	25	20	1.98
995216--995261	21	2.2	21	92	0	74	26	28	21	23	1.99
995328--995361	18	1.9	17	88	5	50	17	20	5	55	1.62
996322--996355	15	2.3	15	89	0	50	32	35	17	14	1.91
996440--996522	29	2.9	28	92	3	130	16	20	13	49	1.79
1000417--1000860	221	2.0	223	99	0	874	36	22	10	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000980--1001135	63	2.4	63	83	6	181	26	21	17	33	1.96
1004002--1004153	79	1.9	78	95	4	268	38	19	6	34	1.78
1004376--1004421	23	2.0	23	91	0	74	23	26	28	21	1.99
1004411--1004444	8	4.2	8	84	0	50	11	32	32	23	1.91
1005657--1005781	64	1.9	66	87	9	186	27	20	16	36	1.94
1009819--1009862	21	2.0	22	91	4	72	22	31	25	20	1.98
1010748--1010804	20	2.8	20	84	10	71	26	24	17	31	1.97
1015454--1015490	17	2.2	17	90	0	56	29	29	16	24	1.96
1015528--1015594	14	4.6	14	78	10	62	47	1	4	46	1.31
1016770--1016797	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15