genome.fa.s8523.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111392_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4657139

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54804--72225	7	2578.0	6	88	8	11713	40	43	3	13	1.60
1--67885	7	9789.7	7	96	2	112269	42	43	11	2	1.54
72667--72721	22	2.5	23	91	8	89	32	23	10	32	1.90
89139--89186	23	2.1	23	100	0	96	29	8	10	52	1.65
98630--98672	16	2.7	16	82	7	52	46	0	0	53	1.00
99411--99460	15	3.3	15	100	0	100	20	38	34	8	1.82
99411--99466	15	3.8	14	95	2	76	19	37	35	7	1.79
99402--99460	30	2.0	30	93	0	100	20	38	33	6	1.79
102261--102304	16	2.8	16	82	0	52	34	2	4	59	1.30
105749--105785	14	2.6	14	86	0	56	0	64	2	32	1.07
106391--106431	20	2.1	20	86	4	57	17	4	4	73	1.19
109900--109963	32	1.9	33	84	6	85	50	6	3	40	1.43
111746--111814	23	3.0	24	85	6	88	27	24	26	21	1.99
111822--112047	103	2.2	102	90	3	353	37	23	12	26	1.91
113411--113470	20	2.9	21	87	7	95	18	25	25	31	1.97
114343--114385	17	2.6	16	78	7	50	39	25	0	34	1.56
116754--116788	16	2.3	16	90	9	56	37	20	5	37	1.76
117139--117202	23	2.8	23	85	0	83	29	26	25	18	1.98
117218--117435	103	2.1	103	93	0	373	36	23	12	26	1.91
120040--120080	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
120845--120886	13	3.3	13	90	3	68	16	57	14	11	1.66
120938--120989	25	2.1	25	92	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120990--121041	24	2.2	24	82	0	59	28	42	15	13	1.85
125382--125413	15	2.1	15	100	0	64	40	18	12	28	1.87
129801--129903	30	3.4	29	74	16	84	60	26	10	2	1.44
129827--129903	31	2.5	30	74	6	82	61	24	10	3	1.45
132065--132201	60	2.3	60	87	2	186	31	15	18	35	1.92
133568--133729	53	3.0	53	76	8	166	37	14	9	38	1.79
133637--133713	27	2.9	26	81	12	102	38	16	11	32	1.85
133686--133832	65	2.2	66	85	6	190	41	14	7	36	1.75
133890--134044	26	5.8	26	72	16	120	35	10	16	36	1.84
133901--134125	107	2.1	107	92	0	369	35	10	16	37	1.83
133996--134163	81	2.1	79	91	3	266	38	8	15	36	1.79
133901--134152	107	2.4	105	86	4	281	36	9	16	36	1.82
137721--137746	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
143065--143212	62	2.4	61	82	6	165	31	5	10	52	1.59
144401--144475	15	5.0	15	91	0	114	52	0	1	46	1.09
144464--144516	22	2.4	22	96	0	97	39	0	11	49	1.39
144495--145116	32	20.7	31	67	25	190	36	0	10	51	1.41
144474--145267	54	14.7	54	74	14	495	35	0	11	51	1.43
144549--145084	80	6.7	78	73	11	392	36	0	11	51	1.41
144500--144752	134	1.9	133	95	0	452	36	0	10	52	1.35
144662--144704	22	2.0	22	90	0	68	39	0	9	51	1.34
144474--145084	241	2.5	241	94	1	1064	36	0	11	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144634--144860	107	2.1	108	96	0	420	35	0	11	52	1.41
144769--144811	22	2.0	22	95	0	77	32	2	13	51	1.54
144474--145084	295	2.1	294	89	4	919	36	0	11	51	1.41
144736--145290	134	4.1	134	84	7	737	34	0	12	51	1.46
144901--144999	22	4.0	22	68	22	72	38	1	12	48	1.47
145041--145093	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
145055--145111	18	3.4	18	72	18	68	35	0	10	54	1.35
144474--145164	241	2.9	235	84	10	896	36	0	11	51	1.42
144979--145250	80	3.3	81	86	8	352	34	0	12	52	1.44
145143--145250	32	3.7	31	74	23	117	34	1	12	50	1.51
145176--145220	22	2.1	21	91	4	72	37	0	8	53	1.32
145283--145341	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
147749--147793	4	11.5	4	95	4	83	24	0	0	75	0.80
152036--152077	21	1.9	21	85	9	57	19	14	2	64	1.39
162518--162569	19	2.7	19	96	0	95	30	19	30	19	1.96
170710--170734	13	1.9	13	100	0	50	28	8	24	40	1.83
171230--171282	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
171272--171317	20	2.3	20	100	0	92	39	21	19	19	1.93
171272--171324	20	2.7	20	93	0	79	37	20	20	20	1.94
171291--171422	40	3.3	40	79	5	115	31	24	20	24	1.98
171291--171422	60	2.2	62	81	10	166	31	24	20	24	1.98
171311--171437	20	6.3	20	91	0	191	29	25	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172279--172332	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
174746--174819	20	3.7	19	87	7	103	37	25	18	17	1.93
174816--174886	33	2.1	33	89	2	115	47	15	23	12	1.80
174923--174976	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
174901--174996	33	2.8	33	90	3	138	12	22	20	43	1.86
175094--175130	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
176055--176138	34	2.5	33	92	5	141	21	33	27	17	1.96
176081--176137	15	3.5	15	72	25	53	19	35	26	19	1.95
176251--176292	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
176321--176360	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
179453--179501	22	2.3	21	83	10	64	22	30	30	16	1.96
179641--179682	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
179965--180034	34	2.1	32	84	5	86	34	15	27	22	1.95
181178--181218	19	2.2	19	100	0	82	19	31	31	17	1.95
181625--181693	20	3.5	20	91	0	102	33	23	20	23	1.97
181736--181782	20	2.3	20	85	0	67	19	21	25	34	1.96
181706--181869	87	1.9	87	89	0	256	14	20	21	43	1.87
181823--181874	20	2.6	20	96	0	95	17	19	25	38	1.93
183763--183860	20	4.9	20	82	2	108	45	22	17	14	1.84
183841--183871	14	2.2	14	94	0	53	48	25	19	6	1.72
183804--183886	20	4.5	19	75	17	77	37	26	18	18	1.93
183766--183888	53	2.2	56	87	10	180	41	25	17	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183826--183931	33	3.2	33	84	7	144	43	25	18	12	1.85
184256--184321	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
184520--184572	20	2.7	20	96	0	97	20	18	20	39	1.92
184828--184852	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
188163--188205	21	2.0	22	86	4	61	55	4	11	27	1.55
201122--201177	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
213910--213981	20	3.6	20	92	3	110	36	18	20	25	1.95
213905--213996	20	4.6	20	89	5	107	33	18	19	28	1.95
214818--214871	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
216985--217019	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
217079--217348	140	1.9	140	98	0	522	28	13	15	42	1.84
217319--217529	20	10.6	20	74	13	177	32	21	19	26	1.97
217329--217399	25	3.0	25	84	9	89	30	25	19	23	1.98
217319--217441	65	1.9	65	86	3	176	32	23	17	26	1.97
217519--217576	20	2.9	20	84	0	80	12	17	25	44	1.83
219137--219244	42	2.6	42	76	5	103	24	17	37	21	1.94
219823--219870	20	2.4	20	92	0	78	18	20	27	33	1.96
221766--221853	20	4.4	20	85	1	88	45	23	15	14	1.84
222239--222280	22	1.9	22	90	0	66	21	11	40	26	1.88
222455--222548	20	4.7	20	90	0	134	25	22	25	26	2.00
227953--228043	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
227952--228098	52	2.8	52	94	4	262	33	5	13	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228059--228096	20	1.9	20	94	0	67	36	5	13	44	1.66
232654--232744	20	4.9	20	69	20	72	36	5	13	45	1.66
232653--232802	53	2.9	51	93	3	255	34	6	12	48	1.65
232759--232798	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
236928--236969	18	2.4	18	88	7	61	47	4	16	30	1.67
237548--237655	33	3.2	32	78	12	110	43	34	7	14	1.74
242188--242335	74	2.0	74	97	0	278	33	24	16	25	1.95
244430--244789	179	2.0	180	99	0	713	28	25	20	26	1.99
246079--246134	16	3.5	16	85	0	85	10	14	21	53	1.70
248764--249245	242	2.0	242	96	1	887	48	10	5	35	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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