genome.fa.s8523.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111392_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4657139

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1967568--1967612	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
1969754--1969802	19	2.6	19	76	0	53	69	0	2	28	1.00
1969790--1969829	19	2.2	18	86	4	53	60	2	2	35	1.24
1969811--1970190	38	10.5	35	73	16	217	45	7	4	42	1.53
1969811--1970201	74	5.4	73	75	15	273	45	7	4	41	1.53
1970023--1970076	26	2.1	26	92	0	90	48	5	3	42	1.44
1969987--1970113	64	2.0	64	96	0	236	44	7	4	42	1.54
1970028--1970088	26	2.3	26	80	5	70	47	9	3	39	1.53
1969911--1970190	138	2.0	140	82	9	340	45	7	4	42	1.52
1970880--1971154	82	3.3	82	73	7	304	27	21	18	32	1.97
1970815--1971664	84	10.2	82	77	6	771	25	21	24	29	1.99
1970815--1971623	166	4.9	166	91	2	1017	25	20	23	30	1.99
1975028--1975072	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
1978377--1978425	19	2.6	19	76	0	53	69	0	2	28	1.00
1978413--1978452	19	2.2	18	86	4	53	60	2	2	35	1.24
1978434--1978789	38	9.8	35	74	15	246	46	7	4	41	1.52
1978434--1978815	74	5.2	74	77	14	280	45	7	4	42	1.52
1978434--1978677	112	2.2	112	86	6	325	45	7	4	42	1.53
1978649--1978702	26	2.1	26	92	0	90	48	5	3	42	1.44
1978613--1978739	64	2.0	64	96	0	236	44	7	4	42	1.54
1978654--1978714	26	2.3	26	80	5	70	47	9	3	39	1.53
1991624--1991665	20	2.0	21	90	4	68	45	40	2	11	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2001266--2001729	231	2.0	231	92	0	775	37	13	13	35	1.83
2002624--2002677	27	2.1	24	83	10	63	74	0	5	20	1.02
2002639--2002699	22	2.6	24	84	7	81	75	0	1	22	0.89
2002624--2002699	25	3.0	24	82	7	71	72	0	5	22	1.04
2002639--2002699	15	3.9	15	77	12	52	75	0	1	22	0.89
2002666--2002776	46	2.4	46	95	4	197	68	1	7	22	1.24
2004070--2004098	9	3.3	9	95	4	51	89	0	0	10	0.48
2004074--2004102	10	3.0	10	95	5	51	89	0	0	10	0.48
2004049--2004099	21	2.5	20	81	9	57	82	1	0	15	0.76
2004125--2004206	28	3.0	27	80	12	87	51	6	2	40	1.40
2004135--2004180	25	1.9	23	86	8	65	56	6	0	36	1.25
2004185--2004459	37	7.6	37	86	8	347	43	5	3	47	1.42
2005399--2005430	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
2007301--2007351	16	3.2	17	86	10	56	37	3	0	58	1.16
2007301--2007345	16	3.0	15	90	6	65	37	4	0	57	1.19
2009581--2009631	22	2.3	23	82	3	68	47	5	1	45	1.38
2009668--2009704	14	2.6	14	86	4	56	48	8	5	37	1.56
2009680--2009802	37	3.3	37	88	4	185	39	9	5	44	1.61
2010469--2010511	19	2.3	19	84	8	52	46	0	4	48	1.22
2013807--2013849	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
2014043--2014085	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2014091--2014142	2	25.5	2	81	11	61	46	3	48	1	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015442--2015468	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
2016643--2016685	17	2.5	17	82	17	54	62	0	0	37	0.95
2024600--2024624	10	2.5	10	100	0	50	44	24	24	8	1.80
2024775--2025491	359	2.0	358	99	0	1425	40	15	10	33	1.82
2030858--2030913	22	2.5	22	79	0	76	33	3	17	44	1.66
2031394--2031442	22	2.3	21	90	10	82	36	4	4	55	1.38
2031752--2031792	16	2.5	17	88	4	57	36	21	2	39	1.67
2035028--2035095	31	2.2	31	89	0	109	23	20	11	44	1.84
2038173--2038252	35	2.2	35	82	8	90	47	18	5	28	1.70
2041122--2041193	28	2.6	28	88	0	117	44	30	9	15	1.78
2062857--2062919	28	2.2	30	85	5	85	25	3	9	61	1.41
2065377--2065429	2	27.0	2	90	3	81	52	1	0	45	1.11
2066965--2067029	20	3.2	20	70	20	53	27	15	21	35	1.94
2066944--2067050	41	2.6	41	87	0	169	22	14	22	40	1.91
2066941--2067052	21	5.4	21	65	16	63	21	14	22	41	1.89
2066932--2067073	41	3.5	41	81	1	160	23	15	20	40	1.91
2067126--2067259	40	3.3	40	71	12	130	26	17	25	29	1.98
2067115--2067263	80	1.9	80	95	0	271	26	17	24	30	1.97
2070716--2070822	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
2070716--2070824	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
2071951--2071986	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
2073276--2073325	10	5.6	9	78	21	52	22	22	36	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2073287--2073322	17	2.1	17	100	0	72	22	22	38	16	1.93
2073277--2073335	27	2.1	29	84	15	79	22	22	38	16	1.93
2073313--2073388	13	5.5	13	76	14	71	17	21	46	15	1.84
2073313--2073373	31	2.0	31	90	0	95	14	21	47	16	1.82
2073320--2073360	18	2.3	18	91	0	64	9	24	48	17	1.76
2075112--2075176	19	3.5	19	69	26	59	23	26	35	15	1.94
2075114--2075181	36	1.9	36	94	5	122	20	26	33	19	1.96
2083940--2083982	17	2.5	17	80	0	50	53	2	0	44	1.13
2090581--2090609	12	2.4	12	100	0	58	27	24	0	48	1.51
2103392--2103441	14	3.4	14	78	15	57	56	4	0	40	1.18
2109490--2109546	30	1.9	30	92	0	96	40	10	17	31	1.84
2111314--2111346	7	4.9	7	85	7	50	0	3	12	84	0.72
2112310--2112378	34	2.0	34	94	0	120	31	5	20	42	1.76
2129954--2130066	42	2.7	42	80	8	126	49	1	1	46	1.22
2131091--2131139	19	2.9	16	77	16	53	38	0	4	57	1.18
2136543--2136567	13	1.9	13	100	0	50	16	48	24	12	1.79
2136539--2136580	18	2.3	18	95	0	75	16	50	21	11	1.77
2140943--2141073	60	2.2	60	84	2	174	38	10	14	35	1.81
2143539--2143631	31	3.0	31	96	0	177	22	15	38	23	1.92
2143662--2143724	22	2.9	22	95	0	108	30	20	42	6	1.77
2143736--2143819	29	2.9	29	89	0	123	19	32	34	14	1.91
2145735--2145792	27	2.1	27	81	6	64	58	1	6	32	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146076--2146110	2	18.5	2	88	11	56	54	0	45	0	0.99
2151259--2151283	13	1.9	13	100	0	50	24	28	16	32	1.96
2157711--2157735	11	2.3	11	100	0	50	16	64	0	20	1.30
2159664--2159692	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2160961--2160992	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
2161072--2161184	35	3.2	34	86	5	154	42	21	0	35	1.59
2162208--2162319	35	3.2	35	80	2	118	38	0	18	41	1.57
2165062--2165139	41	1.9	41	91	0	129	17	14	16	51	1.77
2165367--2165432	8	8.6	8	71	15	50	56	1	0	42	1.08
2165456--2165519	28	2.4	27	87	12	96	45	0	0	54	0.99
2165471--2165520	7	7.1	7	76	15	50	42	0	0	58	0.98
2165539--2165583	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2165481--2165609	13	10.2	13	68	22	64	53	0	0	44	1.11
2165794--2165827	14	2.4	14	90	0	50	32	17	14	35	1.91
2165835--2165877	14	3.0	14	75	3	50	34	11	2	51	1.51
2169549--2169575	14	1.9	14	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2170216--2170245	15	2.0	15	93	0	51	0	23	46	30	1.52
2177892--2177928	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2179122--2179279	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
2179246--2179495	20	12.5	20	85	1	241	38	24	16	20	1.93
2179285--2179495	40	5.3	40	90	4	266	36	24	16	21	1.94
2180178--2180224	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180399--2180423	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2182758--2182874	19	6.4	19	87	10	181	14	22	17	46	1.84
2182777--2182874	33	2.8	35	86	11	146	15	21	17	45	1.84
2182739--2182856	53	2.2	53	98	1	229	13	23	17	44	1.85
2182933--2183094	33	4.7	33	75	16	159	45	17	22	14	1.85
2182933--2183100	19	9.6	19	76	18	177	44	17	23	14	1.86
2182933--2183100	52	3.2	52	97	0	309	44	17	23	14	1.86
2183107--2183206	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
2183090--2183206	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
2182776--2183598	332	2.5	332	97	1	1528	32	20	17	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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