genome.fa.s8523.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111392_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4657139

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183265--2183426	33	4.8	32	74	17	148	45	17	22	14	1.85
2183265--2183432	19	9.6	19	76	18	177	44	17	22	15	1.87
2183265--2183432	52	3.2	52	96	0	300	44	17	22	15	1.87
2183439--2183538	19	5.5	19	82	12	138	16	23	16	45	1.85
2183425--2183538	52	2.2	52	93	1	192	15	24	15	43	1.86
2183422--2183538	53	2.2	53	92	1	200	15	24	16	43	1.86
2183645--2183681	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2185057--2185155	19	5.4	19	78	12	109	9	17	28	45	1.78
2185028--2185118	33	2.8	34	90	5	134	7	17	27	47	1.75
2185199--2185519	93	3.5	93	98	0	619	47	19	11	22	1.81
2187248--2187304	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2187240--2187321	33	2.5	33	100	0	164	47	19	23	9	1.79
2187262--2187326	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
2187338--2187394	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2187322--2187402	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2187379--2187454	21	3.7	21	80	3	100	11	23	17	47	1.80
2187378--2187455	41	1.9	41	94	0	138	12	24	16	46	1.82
2187345--2187454	21	5.8	20	71	17	99	11	23	18	46	1.82
2187534--2187604	33	2.2	33	86	0	97	49	16	22	11	1.78
2187786--2187840	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2187986--2188179	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	35	1.95
2187986--2188179	60	3.2	60	82	0	244	19	19	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188127--2188221	20	4.7	20	79	5	102	16	17	24	41	1.90
2188172--2188268	21	4.7	21	72	2	97	26	15	22	35	1.94
2188152--2188268	41	2.8	41	92	6	184	24	16	22	36	1.94
2196669--2196734	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2197618--2197655	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2200039--2200068	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2203845--2203891	20	2.3	20	96	0	85	27	12	21	38	1.90
2204589--2204629	20	2.0	20	100	0	82	31	24	4	39	1.76
2204691--2204721	15	2.1	15	100	0	62	25	6	41	25	1.79
2218578--2218604	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2221443--2221475	17	2.0	17	88	5	50	66	3	27	3	1.21
2222103--2222159	28	2.1	27	80	9	62	47	1	1	49	1.22
2226509--2226586	37	2.1	37	100	0	156	32	25	19	23	1.98
2232837--2232985	67	2.2	67	95	0	262	36	28	6	29	1.81
2232963--2233004	20	2.2	19	88	12	68	23	28	9	38	1.86
2237281--2237477	98	2.0	98	100	0	394	26	13	25	34	1.93
2241182--2241290	24	4.5	24	71	8	78	22	13	15	48	1.80
2241451--2241477	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2246003--2246111	48	2.3	48	78	0	128	22	14	15	47	1.81
2246003--2246111	24	4.5	24	72	4	85	22	14	15	47	1.81
2258673--2258705	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
2259454--2259487	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263421--2263455	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2265748--2265796	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2266055--2266140	21	4.1	21	83	0	109	19	19	27	32	1.97
2266056--2266138	42	2.0	42	95	0	148	19	20	28	31	1.97
2266056--2266161	42	2.5	42	87	3	142	19	17	31	31	1.96
2266885--2267066	60	3.1	59	77	8	190	39	5	24	31	1.78
2270802--2270858	28	2.0	28	100	0	114	45	0	0	54	0.99
2275211--2275269	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2278791--2278962	31	5.5	31	96	0	308	19	19	22	38	1.93
2279331--2279375	19	2.5	17	79	10	54	31	0	11	57	1.33
2283151--2283293	31	4.6	31	98	0	268	18	19	23	38	1.93
2286534--2286592	29	2.0	29	96	0	109	23	15	13	47	1.81
2303341--2303406	29	2.3	29	85	12	84	31	0	6	62	1.20
2305172--2305264	21	4.5	21	90	6	120	18	34	26	20	1.96
2306232--2306967	246	3.0	252	94	5	1293	32	19	25	22	1.97
2306232--2306967	126	5.9	127	94	4	1315	32	19	25	22	1.97
2315766--2315816	20	2.5	20	76	17	52	52	0	0	47	1.00
2316583--2316635	18	2.9	18	94	0	88	37	0	9	52	1.34
2324905--2324970	33	2.0	33	100	0	132	42	9	21	27	1.83
2325579--2325646	34	2.0	34	94	0	118	41	23	17	17	1.90
2330128--2330284	83	1.9	83	90	2	253	44	6	8	40	1.60
2346237--2346305	5	12.0	5	75	24	57	17	52	20	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346237--2346311	18	4.2	18	96	0	141	17	50	20	12	1.77
2346303--2346349	7	6.4	7	90	9	76	12	34	27	25	1.92
2346300--2346348	15	3.3	15	100	0	98	14	34	26	24	1.94
2346304--2346349	22	2.1	22	92	8	76	13	32	28	26	1.93
2348784--2348915	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
2348801--2348915	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
2348852--2348924	24	3.0	24	86	4	76	21	16	17	43	1.87
2351091--2351165	18	4.2	18	94	0	132	18	50	18	12	1.77
2351157--2351203	7	6.4	7	90	9	76	12	34	27	25	1.92
2351154--2351202	15	3.3	15	100	0	98	14	34	26	24	1.94
2351158--2351203	22	2.1	22	92	8	76	13	32	28	26	1.93
2353640--2353771	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
2353657--2353771	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
2353708--2353780	24	3.0	24	86	4	76	21	16	17	43	1.87
2358164--2358194	16	1.9	16	93	0	53	0	38	0	61	0.96
2359535--2359598	33	1.9	33	96	0	119	40	12	10	35	1.78
2361606--2361730	60	2.1	60	92	0	205	32	26	12	28	1.93
2378044--2378087	7	6.3	7	78	0	52	47	34	0	18	1.49
2377787--2378346	283	2.0	284	89	1	874	37	22	8	31	1.84
2380014--2380072	28	2.1	29	84	9	77	45	22	3	28	1.68
2382457--2382531	31	2.4	31	90	0	114	56	8	5	30	1.51
2388130--2388170	3	13.7	3	90	10	66	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2390442--2390479	18	2.2	18	85	4	51	71	7	5	15	1.28
2393257--2393302	24	1.9	24	100	0	92	50	6	4	39	1.48
2393481--2393599	53	2.2	54	93	3	204	55	9	5	30	1.53
2393665--2393882	49	4.4	49	88	6	325	51	11	7	29	1.65
2393423--2393783	184	1.9	191	85	5	513	50	12	7	29	1.67
2393652--2393886	98	2.4	102	88	6	360	50	11	7	29	1.67
2394436--2394468	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
2395809--2395851	3	14.7	3	85	4	61	60	2	0	37	1.10
2396022--2396256	105	2.2	105	97	0	445	24	19	16	40	1.91
2396203--2396287	35	2.4	35	100	0	170	21	22	12	43	1.86
2396236--2396572	136	2.5	136	92	2	540	24	22	17	35	1.95
2397445--2397539	16	6.5	14	75	17	61	9	11	1	77	1.03
2397447--2397518	16	4.1	19	82	17	77	9	13	0	76	1.02
2397445--2397542	33	3.0	34	82	15	134	9	12	1	77	1.04
2397445--2397540	32	2.9	32	84	9	124	9	11	1	78	1.03
2409278--2409323	24	1.9	24	100	0	92	50	6	4	39	1.48
2409506--2409617	48	2.3	50	92	4	183	56	9	4	29	1.52
2409446--2409801	184	1.9	183	85	6	468	50	12	7	29	1.67
2409683--2409901	49	4.4	49	88	7	327	51	10	7	30	1.65
2409457--2409842	187	2.1	185	81	7	458	50	12	7	29	1.66
2409890--2409918	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2410463--2410495	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411838--2411880	3	14.7	3	85	4	61	60	2	0	37	1.10
2414642--2414678	14	2.5	15	83	16	51	40	8	0	51	1.32
2427199--2427241	22	1.9	23	85	4	61	23	2	2	72	1.08
2434840--2434873	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
2448005--2448029	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2449913--2449950	12	3.2	12	85	3	51	63	0	0	36	0.95
2449913--2449958	21	2.1	21	88	8	65	63	0	0	36	0.95
2460780--2460814	3	11.3	3	87	6	52	65	0	0	34	0.93
2470948--2470991	17	2.7	16	78	3	52	38	0	2	59	1.10
2471577--2471617	18	2.3	18	91	0	64	39	17	24	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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