genome.fa.s8523.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008523.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111392_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4657139

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471730--2471808	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
2476662--2476741	32	2.5	32	76	11	83	32	13	15	38	1.86
2485998--2486347	43	8.2	42	81	8	343	33	21	22	22	1.98
2485998--2486347	85	4.1	85	81	7	374	33	21	22	22	1.98
2488855--2489210	41	8.6	41	81	2	363	33	18	19	28	1.95
2488850--2489211	166	2.2	166	85	2	496	33	18	19	28	1.95
2488896--2489254	82	4.4	81	76	10	248	33	18	19	28	1.96
2489574--2489650	31	2.5	31	100	0	154	32	18	16	32	1.93
2494844--2494909	29	2.3	29	80	15	75	51	4	1	42	1.31
2494861--2494916	29	2.0	29	82	10	71	51	3	1	42	1.29
2496333--2496431	49	2.0	50	92	2	164	22	11	18	48	1.79
2497350--2497406	14	4.4	14	76	17	59	8	12	24	54	1.65
2497351--2497425	24	3.1	24	88	3	98	12	10	21	56	1.66
2497981--2498055	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
2497987--2498051	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
2498121--2498153	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2514372--2514426	22	2.5	21	82	14	58	54	0	1	43	1.10
2516260--2516298	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2525870--2525894	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2530542--2530589	24	2.0	24	95	0	87	31	4	20	43	1.71
2536477--2536511	18	1.9	18	88	0	52	42	5	5	45	1.51
2537006--2537040	17	2.1	17	94	0	61	40	2	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541067--2541096	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2542364--2542408	22	2.0	22	82	0	54	33	17	8	40	1.81
2551284--2551325	12	3.5	12	86	0	57	35	0	2	61	1.09
2551667--2551737	31	2.4	30	77	15	83	28	9	16	45	1.80
2551674--2551736	31	2.1	31	87	3	92	26	9	19	44	1.81
2551651--2551737	30	2.9	30	77	8	95	26	10	14	48	1.76
2552081--2552118	17	2.2	18	85	4	51	36	10	18	34	1.85
2554071--2554102	16	1.9	17	93	6	57	25	0	0	75	0.81
2561662--2561732	30	2.4	30	97	0	133	19	18	32	29	1.96
2568867--2568914	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2569641--2569677	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2569881--2569945	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
2570303--2570354	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2570313--2570375	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2570732--2570783	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2570742--2570804	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2569883--2571333	430	3.4	431	99	0	2865	38	13	8	40	1.74
2571162--2571213	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2571172--2571234	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
2573461--2574132	184	3.7	184	96	0	1236	34	15	14	35	1.88
2575602--2575688	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
2575602--2575703	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575610--2575700	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
2577161--2578783	200	8.1	200	97	0	3042	32	15	15	37	1.88
2577161--2578783	399	4.1	399	97	0	3038	32	15	15	37	1.88
2578865--2578909	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
2580699--2580764	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
2582865--2582917	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2583230--2583275	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
2589499--2589562	23	2.7	23	87	2	92	48	6	3	42	1.44
2590512--2590554	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
2592990--2593037	22	2.2	21	78	10	51	52	6	16	25	1.67
2593048--2593091	18	2.5	17	85	10	61	75	4	6	13	1.17
2605972--2606092	63	1.9	64	81	5	147	23	23	11	41	1.87
2606721--2606795	2	40.5	2	79	15	81	52	0	0	48	1.00
2606713--2606787	26	2.9	26	90	4	107	54	0	0	45	0.99
2611318--2611371	11	4.7	11	78	14	56	35	0	0	64	0.94
2627935--2628017	41	2.0	41	100	0	166	44	14	16	24	1.85
2628212--2628278	19	3.3	19	67	28	57	52	1	5	40	1.35
2628201--2628291	42	2.1	42	97	2	173	49	2	6	41	1.41
2628622--2628779	60	2.7	60	80	4	151	41	5	20	33	1.74
2628830--2628899	31	2.3	31	80	4	81	34	14	1	50	1.52
2636828--2636864	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2637115--2637141	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637119--2637168	8	6.2	8	90	0	55	48	12	2	38	1.52
2637119--2637168	12	4.2	12	86	0	55	48	12	2	38	1.52
2637816--2637939	41	3.0	41	96	2	232	24	33	16	25	1.96
2638728--2638779	20	2.6	20	100	0	104	28	19	28	23	1.98
2643458--2643510	27	1.9	28	85	11	74	47	9	0	43	1.36
2644431--2644468	14	2.7	14	84	11	51	52	0	0	47	1.00
2651896--2652007	40	2.8	40	98	0	215	23	8	16	50	1.73
2654418--2655751	228	5.9	228	81	4	1217	29	21	25	22	1.99
2654418--2655772	456	3.0	453	82	2	1520	29	22	25	22	1.99
2660191--2660217	13	2.1	13	100	0	54	11	29	22	37	1.89
2661556--2661598	21	2.1	21	91	4	70	30	27	2	39	1.69
2665309--2665363	23	2.3	26	81	12	73	54	0	3	41	1.18
2665413--2665457	22	2.0	22	86	8	63	55	0	0	44	0.99
2667024--2667092	3	23.0	3	85	5	95	60	0	0	39	0.97
2667024--2667092	18	3.8	18	90	5	113	60	0	0	39	0.97
2667236--2667528	124	2.4	121	84	7	346	23	16	15	44	1.86
2667449--2668232	113	7.0	113	86	3	913	29	17	14	38	1.90
2668937--2669166	115	2.0	114	90	2	363	30	21	14	33	1.93
2668974--2669192	115	1.9	113	86	5	300	31	21	15	31	1.94
2677801--2677832	15	2.1	15	94	0	55	46	6	18	28	1.73
2681653--2681702	23	2.0	26	85	11	70	52	0	2	46	1.12
2683352--2683417	3	22.0	3	90	0	105	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688216--2688249	16	2.1	16	88	0	50	29	0	2	67	1.05
2708728--2709057	144	2.3	143	96	3	617	28	27	14	29	1.95
2710905--2710956	24	2.2	24	82	6	61	48	3	0	48	1.20
2710961--2711025	33	1.9	33	84	3	85	56	7	1	33	1.37
2712561--2712758	29	7.0	28	85	8	242	35	4	20	39	1.73
2712562--2712758	56	3.5	54	86	6	259	35	4	20	39	1.73
2712562--2712798	85	2.8	84	87	3	316	36	3	18	41	1.68
2712562--2712798	29	8.3	29	78	10	139	36	3	18	41	1.68
2724258--2724283	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2724639--2724737	13	8.0	13	65	21	52	66	3	3	27	1.21
2724607--2724733	62	2.0	62	100	0	254	65	4	4	25	1.32
2727469--2727508	20	2.0	20	95	0	71	42	20	17	20	1.89
2727473--2727518	20	2.3	20	84	0	65	41	19	19	19	1.91
2727505--2727571	20	3.3	20	87	0	98	31	26	17	23	1.97
2727761--2727908	74	2.0	74	97	0	278	30	20	13	35	1.91
2728487--2728540	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
2730909--2731017	20	5.4	20	88	2	166	35	24	22	17	1.95
2731067--2731162	33	2.8	33	88	3	129	14	22	19	42	1.88
2731268--2731304	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2733278--2733343	20	3.3	20	91	0	105	36	24	21	18	1.95
2733366--2733521	34	4.4	34	70	12	118	17	18	21	42	1.89
2733388--2733544	20	8.5	20	71	20	101	18	17	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735419--2735508	20	4.6	20	84	1	83	47	23	14	14	1.81
2735837--2735898	22	2.8	22	82	4	63	27	11	37	24	1.89
2736115--2736160	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
2749352--2749393	15	2.8	15	96	0	75	47	0	50	2	1.14
2749969--2749998	9	3.3	9	90	0	51	33	3	0	63	1.11
2755082--2755299	30	7.3	30	76	11	171	37	9	0	52	1.37
2755082--2755302	59	3.7	58	76	8	214	37	9	0	52	1.37
2762462--2762506	23	2.0	23	86	8	65	35	24	8	31	1.86
2764189--2764259	35	2.0	36	81	10	83	47	1	4	46	1.30
2764236--2764283	18	2.7	18	74	9	53	50	4	2	43	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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