genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041290--2041353	21	3.0	21	90	0	101	18	37	28	15	1.92
2041693--2041762	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
2044653--2044774	20	6.0	20	84	3	154	21	37	27	13	1.90
2044656--2044774	41	2.9	41	90	3	186	21	37	27	13	1.91
2046949--2047109	68	2.4	64	80	13	175	43	11	3	41	1.58
2046949--2047099	34	4.5	34	74	18	120	43	11	3	41	1.60
2046949--2047095	35	4.4	31	76	10	114	42	12	4	40	1.61
2052258--2052294	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
2057367--2057431	25	2.6	25	85	4	78	41	3	16	38	1.64
2065430--2065468	16	2.4	16	86	0	51	23	20	20	35	1.96
2070770--2070910	37	3.8	38	83	2	169	46	8	1	43	1.43
2071643--2071698	20	2.8	19	78	7	67	55	8	16	19	1.67
2071261--2071729	181	2.6	182	90	1	723	41	13	17	26	1.87
2073936--2073979	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
2074013--2074078	33	2.0	33	90	0	105	31	0	45	22	1.53
2075107--2075443	185	1.8	185	96	0	629	36	13	16	34	1.87
2078632--2078710	23	3.9	22	76	23	100	36	7	17	37	1.79
2078669--2078700	15	2.1	15	100	0	64	46	0	12	40	1.42
2079560--2079616	23	2.4	23	73	2	60	38	17	8	35	1.81
2079644--2079687	23	1.9	23	90	0	70	36	13	9	40	1.76
2085295--2085344	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
2085258--2085420	87	1.9	87	97	0	308	40	12	14	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085438--2086143	200	3.5	198	79	8	702	31	15	13	40	1.85
2088666--2089221	198	2.8	198	86	2	776	32	16	14	37	1.88
2088968--2089419	249	1.8	250	85	4	653	32	14	15	38	1.87
2092029--2092086	20	2.9	19	78	9	62	22	15	8	53	1.69
2091995--2092470	182	2.6	182	87	3	690	28	16	13	41	1.87
2096933--2096986	26	2.1	26	82	6	65	50	1	12	35	1.52
2096997--2097038	17	2.4	17	84	4	57	69	2	0	28	1.01
2097949--2098007	27	2.2	26	84	3	73	35	1	1	61	1.16
2098098--2098134	19	2.0	19	89	5	58	54	0	0	45	1.00
2098111--2098174	28	2.4	26	85	10	92	59	0	1	39	1.07
2098813--2098874	28	2.2	28	91	5	99	48	4	8	38	1.54
2102719--2102759	19	2.2	19	100	0	82	29	24	4	41	1.75
2103757--2103796	17	2.4	17	100	0	80	22	12	30	35	1.91
2107593--2107621	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
2113137--2113217	37	2.2	37	91	4	130	44	18	4	32	1.71
2117194--2117227	16	2.1	17	88	5	52	44	20	0	35	1.52
2117638--2117713	37	2.1	37	90	2	118	44	18	2	34	1.64
2120718--2120761	16	2.8	16	82	10	54	31	2	2	63	1.19
2122171--2122208	18	2.2	16	90	9	58	31	0	0	68	0.90
2122270--2122332	33	1.9	33	87	6	92	39	1	1	57	1.18
2122265--2122346	33	2.5	33	75	13	89	43	1	1	53	1.16
2122439--2122477	19	2.1	18	85	4	51	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123013--2123063	21	2.5	20	75	12	50	31	5	1	60	1.31
2126326--2126362	15	2.5	15	90	0	56	29	21	5	43	1.75
2129026--2129070	24	1.9	23	86	13	65	51	4	26	17	1.65
2130852--2130914	33	1.9	33	83	6	83	39	3	1	55	1.25
2130852--2130925	37	2.1	33	80	9	76	41	2	1	54	1.23
2137056--2137088	14	2.4	14	94	0	57	3	6	63	27	1.32
2137456--2137505	14	3.6	14	86	2	75	60	2	4	34	1.27
2137628--2137887	65	3.9	65	79	5	259	23	18	18	39	1.92
2137621--2137883	35	7.8	35	77	8	231	22	19	18	39	1.92
2138076--2138591	61	8.4	61	81	5	508	34	14	23	27	1.94
2138594--2139264	62	10.8	62	80	3	729	36	13	20	28	1.91
2138418--2138738	163	2.0	162	84	3	421	35	14	21	28	1.93
2138605--2139259	187	3.5	186	82	2	780	36	13	20	28	1.91
2142238--2142276	17	2.3	17	100	0	78	61	17	5	15	1.51
2144212--2144274	24	2.5	25	79	10	65	55	11	15	17	1.68
2146908--2146952	18	2.5	18	88	0	63	8	17	40	33	1.81
2147064--2147098	17	2.1	17	88	0	52	57	0	5	37	1.23
2149909--2150057	75	2.0	75	86	2	210	38	4	15	41	1.68
2156026--2156065	21	1.9	20	89	5	53	40	12	7	40	1.71
2160127--2160273	66	2.2	66	79	6	154	33	20	21	24	1.97
2163300--2163354	29	1.9	28	92	3	92	49	0	0	50	1.00
2163793--2163822	12	2.5	12	88	0	51	73	23	3	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164737--2164772	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
2164803--2165036	117	2.0	116	83	5	294	37	8	8	45	1.66
2167080--2167121	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
2167080--2167121	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
2167178--2167223	14	3.4	14	76	11	60	23	10	8	56	1.61
2172196--2172418	114	2.0	113	90	0	347	34	15	20	30	1.93
2175416--2175470	22	2.5	22	90	0	92	36	9	14	40	1.78
2176316--2177040	76	9.6	76	94	0	1229	24	19	20	35	1.96
2176976--2177079	46	2.3	46	93	1	174	21	19	20	39	1.93
2177185--2177249	3	20.7	3	81	9	67	40	0	0	60	0.97
2177211--2177249	19	2.1	19	100	0	78	38	0	0	61	0.96
2177694--2177723	12	2.5	12	88	0	51	73	23	3	0	0.98
2178634--2178676	18	2.4	18	88	7	61	46	2	0	51	1.13
2178642--2179004	179	2.0	182	97	2	696	37	7	5	50	1.53
2178790--2178855	16	4.0	17	77	15	50	48	3	0	48	1.17
2178890--2179120	116	2.0	115	84	5	306	38	8	7	45	1.63
2182708--2182754	21	2.3	20	85	7	67	34	23	21	21	1.97
2182884--2182909	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2187497--2187530	3	11.3	3	87	12	52	35	0	0	64	0.94
2188200--2188226	14	1.9	14	100	0	54	0	29	59	11	1.32
2189705--2189756	20	2.6	21	76	11	56	28	5	0	65	1.16
2189735--2189782	16	3.1	15	79	11	53	31	0	2	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199348--2199408	19	3.1	19	68	15	52	37	11	13	37	1.80
2200056--2201203	75	15.5	76	94	4	2030	21	19	22	36	1.95
2200056--2201203	149	7.7	151	94	5	2031	21	19	22	36	1.95
2201146--2201291	45	3.3	45	92	1	240	22	19	20	36	1.95
2201433--2201460	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2201433--2201476	9	4.5	10	86	8	56	31	0	0	68	0.90
2202153--2202179	14	1.9	14	100	0	54	0	29	59	11	1.32
2202969--2203167	109	1.8	110	85	2	285	39	9	10	40	1.71
2206226--2206442	107	2.0	106	98	1	418	38	15	17	28	1.90
2211796--2211933	41	3.4	40	76	11	136	28	16	23	31	1.96
2218087--2218200	44	2.6	44	83	2	140	28	25	20	25	1.99
2218124--2218227	44	2.4	44	81	0	118	25	28	17	27	1.97
2218279--2218418	43	3.2	43	85	4	156	27	23	19	29	1.98
2219382--2219432	20	2.5	20	87	0	75	23	19	19	37	1.94
2219871--2219934	23	2.8	23	82	0	83	7	17	28	46	1.75
2221289--2221465	31	5.3	31	67	19	115	49	12	13	24	1.77
2221184--2221548	68	5.4	68	90	2	526	47	11	13	27	1.78
2222059--2222118	22	2.7	22	84	0	84	15	18	16	50	1.79
2223289--2223333	21	2.2	21	96	4	83	24	31	15	28	1.96
2224140--2224261	22	5.5	22	95	0	217	27	7	9	55	1.59
2224787--2224842	25	2.2	25	100	0	112	44	14	3	37	1.62
2224936--2224984	24	2.0	24	88	11	73	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228817--2228856	21	1.9	21	89	0	62	30	10	7	52	1.62
2240789--2240842	23	2.4	22	93	6	90	40	18	11	29	1.85
2245746--2245795	22	2.3	22	89	3	75	46	10	6	38	1.62
2248822--2248875	24	2.2	25	86	6	83	37	1	1	59	1.19
2248829--2248874	24	1.9	24	100	0	92	41	0	2	56	1.11
2257486--2257534	23	2.1	23	100	0	98	16	18	30	34	1.93
2259884--2259909	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2260016--2260111	48	2.0	48	97	0	183	46	14	13	25	1.81
2261221--2261810	39	15.1	39	90	1	749	35	16	18	28	1.93
2261900--2262046	77	1.9	76	87	4	215	39	13	14	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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