genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416448--2416494	16	3.0	16	82	14	62	34	0	0	65	0.93
2416441--2416513	25	2.9	24	80	13	76	36	0	1	61	1.05
2418543--2418575	16	2.1	16	94	0	57	42	6	30	21	1.77
2421201--2421262	24	2.6	24	82	5	72	38	27	11	22	1.88
2424916--2424972	18	3.2	18	79	0	69	26	17	31	24	1.97
2430267--2430311	22	2.0	22	86	0	63	42	4	13	40	1.64
2432582--2432606	11	2.3	11	100	0	50	52	8	16	24	1.70
2432787--2432812	12	2.2	12	100	0	52	53	7	15	23	1.67
2434825--2434903	42	1.9	41	94	2	140	34	17	20	27	1.95
2434732--2434996	134	2.0	135	92	2	444	28	21	19	30	1.97
2435008--2436028	208	4.9	212	82	9	1216	31	21	14	32	1.94
2443912--2444359	107	4.1	109	89	5	651	45	14	14	25	1.82
2443912--2444359	217	2.1	217	89	3	690	45	14	14	25	1.82
2444419--2444604	103	1.8	102	91	1	309	46	15	13	25	1.82
2446728--2446778	18	2.8	18	84	0	75	21	21	31	25	1.98
2449800--2449843	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
2450774--2450898	31	4.0	31	89	6	182	21	19	23	36	1.95
2454034--2454077	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
2455011--2455121	31	3.6	31	93	0	186	20	19	21	37	1.94
2455011--2455135	62	2.0	62	87	3	180	22	19	21	36	1.95
2457207--2457251	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2457837--2457871	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458756--2458823	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
2461897--2461941	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2462527--2462561	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2463442--2463509	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
2467958--2467985	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
2467885--2468098	37	6.0	36	77	15	198	45	4	9	41	1.56
2467879--2468098	74	3.0	73	85	9	292	45	4	9	41	1.56
2468025--2468058	13	2.5	13	90	4	50	47	2	8	41	1.50
2468026--2468137	33	3.6	29	77	12	91	43	3	8	44	1.51
2468095--2468146	22	2.4	22	87	3	70	44	1	5	48	1.38
2468119--2468171	29	1.9	26	88	11	79	43	0	7	49	1.31
2468181--2468252	31	2.3	33	90	9	123	36	0	2	61	1.11
2468180--2468249	21	3.5	20	78	16	67	37	0	2	60	1.12
2477236--2477307	17	4.2	17	78	5	65	38	11	8	41	1.71
2478794--2478837	20	2.2	20	87	0	61	84	2	6	6	0.86
2479165--2479207	21	2.0	21	86	0	59	11	0	27	60	1.31
2481291--2481344	24	2.2	24	83	0	63	33	22	18	25	1.97
2481336--2481416	23	3.4	23	85	8	101	30	24	22	22	1.99
2484218--2484271	21	2.6	21	100	0	108	18	42	24	14	1.88
2491745--2491801	25	2.2	26	90	3	89	31	5	29	33	1.80
2491784--2491818	17	2.1	17	94	0	61	40	0	25	34	1.56
2491789--2491827	17	2.3	17	86	0	51	43	0	25	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493391--2493418	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
2499785--2499817	17	1.9	17	93	0	57	39	0	27	33	1.57
2507422--2507483	25	2.5	25	100	0	124	30	3	32	33	1.74
2508976--2509194	104	2.1	103	88	0	330	25	13	22	37	1.91
2509210--2509270	23	2.7	23	92	0	95	18	26	27	27	1.98
2525565--2525760	98	2.0	97	95	4	351	17	22	15	43	1.87
2526043--2526100	25	2.3	25	96	0	107	10	48	22	18	1.78
2526049--2526106	25	2.5	22	82	17	66	12	46	22	18	1.82
2527313--2527337	6	4.2	6	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2530033--2530152	59	2.0	59	83	3	152	55	1	7	35	1.38
2530033--2530158	29	4.3	29	81	7	137	53	2	7	36	1.41
2530035--2530185	29	5.2	29	79	10	114	55	2	7	34	1.41
2534687--2534811	31	4.0	31	87	4	171	22	19	21	36	1.95
2535084--2535131	19	2.8	17	76	14	53	50	0	14	35	1.44
2535084--2535148	35	1.9	33	84	12	87	50	0	15	33	1.44
2535123--2535161	18	2.2	17	86	4	51	51	0	23	25	1.49
2535631--2535672	21	2.0	21	95	0	75	26	23	26	23	2.00
2541029--2541077	20	2.5	20	100	0	98	28	18	10	42	1.83
2541680--2541715	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2544892--2544984	23	4.1	22	80	6	105	37	27	19	15	1.91
2544903--2544992	46	2.0	46	86	4	128	36	26	22	14	1.92
2544927--2544992	23	2.9	23	88	0	96	34	27	25	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549643--2549683	16	2.5	16	88	4	64	14	12	34	39	1.84
2550277--2550330	25	2.2	25	89	0	81	37	0	33	29	1.58
2550482--2550854	82	4.6	82	86	1	518	35	17	11	35	1.86
2557788--2557950	35	4.7	35	78	6	159	28	20	17	33	1.95
2557793--2557950	70	2.3	70	85	2	201	27	20	17	34	1.95
2564726--2564771	20	2.3	20	88	7	67	39	0	4	56	1.19
2564872--2564960	20	4.6	19	85	12	94	38	0	3	58	1.15
2564873--2564960	18	5.1	17	77	18	83	38	0	3	57	1.15
2564872--2564948	30	2.6	30	82	13	88	40	0	2	57	1.13
2564873--2564928	2	30.0	2	79	13	66	44	0	0	55	0.99
2564872--2564956	10	8.4	9	76	20	55	38	0	3	57	1.16
2578322--2578352	16	1.9	16	93	0	53	29	0	9	61	1.28
2578365--2578440	5	15.2	5	100	0	152	0	0	39	60	0.97
2578440--2578526	5	16.0	5	78	17	70	34	2	5	57	1.35
2578440--2578487	16	3.1	16	91	8	73	35	0	2	62	1.07
2578440--2578630	23	8.8	21	69	20	85	36	4	5	53	1.46
2578440--2578623	13	13.7	13	69	21	64	36	4	5	53	1.46
2578590--2578651	23	2.8	23	85	9	76	37	1	6	54	1.36
2585469--2585570	29	3.5	29	81	6	100	61	10	12	14	1.56
2585485--2585570	29	2.9	30	82	6	104	63	11	11	12	1.51
2586783--2586853	3	23.7	3	77	5	63	43	0	0	56	0.99
2586777--2586843	24	2.8	25	86	8	86	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586783--2586848	27	2.6	26	88	7	91	45	0	0	54	0.99
2586861--2586913	25	2.1	26	85	3	72	37	33	18	9	1.83
2595054--2595260	114	1.8	114	89	0	324	33	14	20	31	1.92
2597281--2597437	54	2.9	54	87	0	215	38	15	22	23	1.92
2597805--2597859	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
2598537--2599255	76	9.5	76	96	1	1307	22	20	21	35	1.96
2598537--2599255	151	4.7	152	96	0	1307	22	20	21	35	1.96
2598537--2599255	227	3.2	227	96	0	1312	22	20	21	35	1.96
2599382--2599449	3	22.7	3	82	5	84	39	0	0	60	0.97
2599382--2599444	24	2.6	25	92	5	103	41	0	0	58	0.98
2599456--2599508	26	2.0	26	88	0	79	39	33	16	9	1.81
2600732--2600790	18	3.3	18	75	13	59	35	0	1	62	1.05
2600743--2600805	24	2.6	24	75	12	58	34	0	3	61	1.12
2601855--2601923	12	5.8	12	88	8	63	56	0	7	36	1.27
2601865--2601927	3	21.0	3	83	0	81	58	0	6	34	1.23
2601865--2601927	18	3.5	18	88	0	90	58	0	6	34	1.23
2604661--2604717	28	2.0	28	86	6	80	31	12	22	33	1.91
2606210--2606497	42	6.8	42	80	4	308	31	17	23	27	1.97
2606190--2606490	85	3.5	85	83	4	331	32	17	22	27	1.97
2606210--2606497	127	2.3	128	81	6	343	31	17	23	27	1.97
2615492--2615534	11	3.8	11	81	6	50	9	9	13	67	1.42
2619068--2619425	82	4.3	81	79	5	306	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620338--2620386	22	2.2	22	100	0	98	46	14	16	22	1.82
2620365--2621114	139	5.4	139	79	7	567	43	14	13	29	1.83
2620571--2621114	277	2.0	275	82	4	675	42	13	14	29	1.84
2620532--2621114	139	4.2	139	84	4	689	42	14	13	30	1.84
2623131--2623183	15	3.6	15	87	2	81	69	3	1	24	1.15
2624971--2625050	3	27.0	3	86	7	110	67	1	1	30	1.06
2624971--2625050	17	4.8	17	86	7	112	67	1	1	30	1.06
2624969--2625049	20	4.2	19	87	9	119	67	1	1	29	1.06
2625168--2625231	18	3.6	18	91	2	103	20	21	14	43	1.87
2625225--2625276	27	1.9	27	96	0	95	21	21	19	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31