genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

This is table  13  of  31  ( 3630 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265299--2265852	39	14.3	39	88	0	745	35	16	18	28	1.93
2271180--2271735	39	14.3	39	91	1	769	35	16	19	28	1.93
2278158--2278183	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2279409--2279923	39	13.3	39	91	1	757	36	16	18	28	1.93
2279407--2279998	117	5.1	116	87	2	755	37	16	17	29	1.92
2279409--2279998	78	7.6	77	87	4	676	37	16	17	28	1.92
2291504--2291591	23	3.7	23	83	6	70	62	1	3	32	1.19
2291513--2291591	23	3.3	24	84	7	90	59	1	3	35	1.24
2291534--2291591	24	2.5	24	91	2	91	58	1	1	37	1.18
2291801--2291862	24	2.5	24	97	2	115	17	9	4	67	1.36
2292777--2292802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2294983--2295094	35	3.2	35	87	0	161	41	21	0	35	1.59
2295776--2295961	57	3.3	57	93	0	318	29	16	19	34	1.94
2295933--2295981	20	2.5	20	89	0	80	28	16	24	30	1.96
2296006--2296078	20	3.7	20	87	3	94	21	17	19	41	1.91
2295871--2296059	77	2.5	77	86	5	258	28	16	19	35	1.93
2296070--2296192	56	2.2	58	89	2	187	26	15	23	34	1.94
2296050--2296327	134	2.1	135	89	3	427	25	15	23	35	1.94
2296204--2296384	57	3.2	57	89	0	272	27	14	23	34	1.94
2296070--2296417	192	1.8	192	91	1	581	27	14	22	35	1.94
2297041--2297153	35	3.2	35	86	5	156	34	0	22	42	1.60
2298467--2298521	14	4.3	14	71	21	57	10	12	23	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298468--2298528	23	2.6	24	86	2	88	11	11	22	54	1.68
2298468--2298541	24	3.1	24	84	5	89	13	10	20	55	1.68
2299264--2299324	29	2.1	29	90	6	97	8	13	22	55	1.64
2299264--2299323	16	4.0	16	83	14	83	8	13	23	55	1.65
2299269--2299331	30	2.1	29	88	2	90	11	11	19	58	1.61
2299392--2299424	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2301367--2301554	35	5.2	36	84	9	172	45	4	9	40	1.57
2301406--2301554	35	4.2	35	88	4	237	44	4	10	40	1.59
2301406--2301554	72	2.1	69	91	3	235	44	4	10	40	1.59
2301605--2301677	36	2.0	36	89	5	112	41	5	10	42	1.63
2301641--2301694	23	2.4	23	90	3	83	37	5	12	44	1.66
2301745--2301798	9	6.1	9	77	16	51	33	0	0	66	0.92
2301739--2301801	13	5.0	13	84	5	69	33	0	0	66	0.92
2313075--2313175	42	2.4	41	79	6	123	30	22	22	23	1.99
2313045--2314875	233	8.0	232	87	3	2487	34	17	16	31	1.92
2313773--2313873	42	2.4	41	81	3	130	30	21	23	23	1.99
2314239--2314337	41	2.4	41	77	3	101	33	21	21	24	1.97
2318850--2318883	11	3.1	11	86	0	50	44	8	20	26	1.81
2321499--2321528	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
2322092--2322143	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
2322132--2322239	20	5.3	20	81	6	101	32	24	17	25	1.97
2322129--2322243	61	1.9	61	83	3	151	33	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2322757--2322823	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
2322819--2322860	19	2.2	19	95	0	75	11	23	19	45	1.83
2322845--2322878	14	2.4	14	100	0	68	14	20	17	47	1.83
2322873--2322948	33	2.3	34	95	2	136	11	27	23	36	1.90
2322916--2322965	20	2.5	20	83	6	57	14	24	22	40	1.90
2325109--2325175	21	3.2	21	65	4	55	26	35	17	19	1.94
2326515--2326550	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2326665--2326723	19	3.4	19	75	20	74	45	20	23	10	1.81
2326728--2326850	19	7.3	19	61	25	69	13	23	19	43	1.86
2326732--2326853	33	3.7	32	87	8	183	13	22	18	44	1.86
2326725--2326853	66	2.0	66	96	0	240	15	22	18	43	1.88
2329926--2329957	12	2.8	12	95	4	57	40	6	37	15	1.73
2330118--2330165	20	2.4	20	92	0	78	27	20	29	22	1.99
2330237--2330277	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2331634--2331682	3	15.7	3	91	8	80	65	0	2	32	1.04
2331639--2331682	23	1.9	23	100	0	88	63	0	2	34	1.07
2331782--2331838	14	4.1	14	76	13	55	21	1	40	36	1.63
2332922--2332985	18	3.9	17	78	12	71	35	10	15	37	1.83
2333021--2333093	18	4.2	17	81	8	85	36	15	5	42	1.70
2333021--2333093	35	2.1	35	87	5	103	36	15	5	42	1.70
2333525--2333583	29	2.0	29	100	0	118	20	27	20	32	1.97
2334456--2334708	71	3.6	71	81	11	292	46	3	9	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334589--2334753	32	5.1	30	78	13	136	44	5	10	40	1.62
2334589--2334774	63	2.9	63	83	10	234	44	5	10	40	1.61
2334844--2334904	4	15.5	4	79	19	51	26	0	3	70	1.02
2334844--2334896	15	3.4	15	82	15	63	26	0	3	69	1.05
2334845--2334905	20	3.2	19	88	11	97	27	0	3	68	1.05
2334844--2334905	15	4.5	14	74	25	53	27	0	3	69	1.04
2337105--2337238	60	2.2	60	88	5	191	34	23	2	38	1.70
2338975--2339028	24	2.3	23	81	9	65	61	12	16	9	1.56
2340330--2340384	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
2349198--2349249	13	4.0	13	92	0	86	25	23	19	32	1.97
2349221--2349383	85	1.9	85	89	2	256	28	22	18	30	1.97
2349467--2349499	2	16.5	2	87	12	50	48	3	0	48	1.17
2349886--2349931	23	2.0	23	100	0	92	39	17	21	21	1.93
2357704--2357743	14	2.8	15	88	7	57	25	7	27	40	1.82
2360771--2360795	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
2362480--2362560	23	3.5	23	80	6	101	29	9	16	44	1.79
2362705--2362756	24	2.2	23	80	12	61	9	19	3	67	1.35
2366336--2366406	5	13.8	5	76	16	58	18	0	1	80	0.79
2366337--2366399	4	15.8	4	78	20	53	19	0	1	79	0.82
2366337--2366405	14	5.2	14	74	22	69	18	0	1	79	0.80
2366346--2366408	32	1.9	33	90	6	101	19	0	1	79	0.82
2367725--2367800	23	3.3	23	78	8	75	30	6	17	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369778--2369991	107	2.0	107	90	1	340	32	22	25	19	1.98
2369778--2369993	36	6.0	36	90	3	328	32	22	25	19	1.97
2372320--2372646	105	3.0	109	80	12	402	19	24	12	43	1.86
2373003--2373042	16	2.5	16	95	0	71	70	5	2	22	1.19
2376167--2376209	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2377967--2377995	3	9.7	3	100	0	58	34	31	34	0	1.58
2383453--2383801	184	1.9	184	92	1	583	37	13	15	33	1.87
2386502--2388249	182	9.6	182	93	1	2917	42	12	16	28	1.85
2386502--2388249	724	2.4	727	93	1	3035	42	12	16	28	1.85
2388385--2388547	87	1.9	87	96	0	299	33	13	10	42	1.78
2388469--2388513	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
2389260--2389380	39	3.1	39	84	1	163	23	11	20	43	1.85
2389851--2389884	16	2.1	17	94	5	61	41	5	17	35	1.74
2394502--2394635	64	2.1	64	87	0	196	35	10	21	32	1.88
2394938--2394971	12	2.7	13	86	9	52	38	5	11	44	1.65
2397195--2397297	44	2.3	44	88	0	143	33	19	19	28	1.96
2403037--2403206	64	2.6	64	87	2	216	34	11	22	31	1.90
2403061--2403206	64	2.3	64	91	0	238	34	10	23	31	1.88
2403525--2403558	12	2.7	13	90	9	61	38	5	8	47	1.59
2405764--2405881	44	2.7	44	81	1	139	31	19	20	28	1.97
2411645--2411825	64	2.8	64	88	4	222	32	13	21	32	1.92
2411687--2411825	64	2.2	64	94	0	242	31	12	23	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412227--2412343	39	3.0	39	87	6	166	23	14	19	42	1.88
2413079--2413118	19	2.1	19	86	9	55	37	0	17	45	1.49
2414180--2414299	39	3.1	39	84	8	154	30	5	20	45	1.72
2416121--2416159	12	3.1	13	88	3	53	46	2	7	43	1.46
2416123--2416160	13	3.0	13	88	3	51	50	2	7	39	1.46
2416148--2416293	37	4.2	35	71	18	90	45	4	13	36	1.64
2416293--2416335	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2416385--2416432	26	1.9	26	91	8	82	41	0	8	50	1.33
2416443--2416493	17	2.8	18	82	17	70	35	0	0	64	0.94
2416441--2416491	16	3.4	15	82	15	61	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31