genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2804315--2804349	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2804359--2804420	13	4.6	13	73	13	54	72	0	3	24	0.99
2804359--2804418	28	2.2	26	85	5	75	73	0	3	23	0.98
2804359--2804402	14	3.1	14	76	0	52	77	0	4	18	0.94
2804401--2804438	18	2.2	18	86	9	53	60	0	2	36	1.11
2805613--2805646	17	2.0	17	88	11	52	41	0	2	55	1.15
2812158--2812298	4	34.5	4	69	23	73	72	0	6	21	1.07
2812161--2812318	15	10.8	14	70	19	67	72	0	6	20	1.10
2812195--2812313	28	4.2	28	77	12	91	73	0	7	18	1.12
2812207--2812316	20	5.6	19	71	14	62	73	0	6	19	1.10
2812314--2812339	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2812375--2812472	2	51.0	2	81	11	116	52	0	2	45	1.12
2812311--2812459	60	2.5	59	80	15	164	55	0	4	40	1.19
2813741--2813766	9	2.9	9	100	0	52	46	23	7	23	1.78
2813870--2813908	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2818687--2818733	20	2.3	20	100	0	94	44	21	10	23	1.83
2823161--2823462	117	2.6	117	89	2	457	31	33	16	18	1.93
2824392--2824518	29	4.4	31	78	9	90	41	25	5	27	1.77
2824413--2824518	29	3.7	29	83	7	126	41	25	5	27	1.78
2824520--2824556	19	1.9	19	100	0	74	24	27	32	16	1.96
2824539--2824568	13	2.4	12	94	5	51	20	23	40	16	1.91
2830209--2830510	117	2.6	117	88	3	432	32	33	15	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831093--2831118	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2831445--2831514	29	2.4	30	85	4	99	40	24	7	28	1.81
2837621--2837768	77	1.9	78	80	5	174	34	14	10	41	1.79
2843476--2843772	147	2.0	148	98	0	578	24	25	13	36	1.92
2845837--2845974	67	2.1	67	95	0	249	35	22	14	27	1.93
2848718--2848776	25	2.3	25	82	5	73	32	23	3	40	1.71
2849250--2849327	3	26.0	3	84	5	95	62	1	34	1	1.11
2849250--2849338	12	7.4	12	83	0	97	60	1	37	1	1.11
2849409--2850995	211	7.8	206	82	5	1570	35	15	18	30	1.92
2849409--2850995	401	3.9	416	81	7	1741	35	15	18	30	1.92
2856964--2856997	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2857472--2857521	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2867225--2867258	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
2867733--2867782	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
2871408--2871447	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
2873410--2873514	48	2.2	48	85	9	137	24	16	25	33	1.96
2874700--2874740	17	2.4	17	95	0	73	46	0	7	46	1.30
2874710--2874807	51	1.9	52	93	2	171	41	3	5	50	1.40
2875626--2875679	20	2.7	20	82	0	63	61	14	11	12	1.58
2875836--2875861	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
2878257--2878314	23	2.5	23	83	5	73	22	29	20	27	1.99
2885219--2885276	23	2.5	23	83	5	73	22	29	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890983--2891143	64	2.5	65	80	10	163	35	18	19	26	1.95
2891786--2891846	23	2.7	23	73	0	68	22	26	22	27	1.99
2893792--2894380	31	19.3	31	87	3	766	47	23	4	24	1.69
2893973--2894056	16	5.4	16	64	16	50	47	26	4	21	1.70
2894053--2894098	22	2.0	23	87	4	67	50	21	0	28	1.49
2894612--2894669	7	8.4	7	80	3	73	17	0	34	48	1.47
2894619--2894669	21	2.5	20	90	3	84	17	0	33	49	1.47
2894686--2894719	18	1.9	18	88	5	52	11	5	41	41	1.66
2898987--2899069	23	3.6	23	79	12	98	28	27	25	18	1.98
2899313--2899374	30	2.1	30	93	0	106	33	22	3	40	1.70
2906545--2906575	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
2907252--2907306	20	2.8	20	77	0	56	41	16	12	29	1.85
2907557--2907606	24	2.1	24	88	0	73	32	22	14	32	1.93
2909951--2910282	161	2.1	162	88	0	486	33	20	18	27	1.96
2909951--2910290	54	6.3	54	84	2	405	33	20	18	28	1.96
2916521--2916706	54	3.5	54	81	2	232	33	21	19	25	1.97
2916521--2916750	107	2.2	106	84	5	277	33	20	18	26	1.96
2925100--2925136	18	2.1	18	100	0	74	29	10	16	43	1.82
2927704--2927749	3	15.7	3	86	13	69	65	0	0	34	0.93
2932468--2932501	14	2.4	14	95	5	59	50	11	8	29	1.69
2937271--2937297	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2940095--2940276	83	2.2	85	84	2	233	25	18	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948552--2948594	13	3.3	13	75	12	52	11	16	0	72	1.13
2948546--2948606	26	2.3	26	85	2	86	13	21	0	65	1.26
2948899--2948928	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
2952109--2952152	22	2.0	22	100	0	88	31	40	9	18	1.81
2957877--2957961	32	2.6	31	80	7	89	35	23	12	28	1.92
2959026--2959091	14	4.8	13	77	18	64	1	13	6	78	1.00
2959039--2959102	26	2.6	23	75	20	67	1	14	4	79	0.96
2959037--2959094	14	4.4	13	81	12	73	1	12	5	81	0.94
2959012--2959109	24	4.0	23	70	18	63	2	17	4	76	1.04
2959075--2959115	17	2.5	17	84	4	57	0	17	4	78	0.93
2961254--2961341	44	2.0	44	97	0	167	27	28	14	29	1.95
2973010--2973155	60	2.4	60	80	6	170	35	21	2	39	1.68
2973317--2973490	60	2.9	59	80	6	190	38	5	22	33	1.77
2975249--2975326	38	2.1	38	87	4	113	32	8	16	42	1.79
2980608--2980753	60	2.4	60	77	4	161	34	23	4	36	1.74
2980647--2980751	29	3.5	28	71	14	86	37	22	3	36	1.73
2981377--2981501	60	2.1	60	86	3	171	35	20	16	28	1.93
2982213--2982343	60	2.2	60	79	5	140	36	17	5	40	1.73
2982561--2982695	61	2.2	60	86	1	180	49	2	16	31	1.58
2983290--2983418	60	2.2	60	81	5	145	34	17	8	40	1.80
2983774--2983798	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2987251--2987364	59	1.9	60	83	5	151	35	13	13	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2991974--2992011	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2993614--2993703	3	30.0	3	80	8	94	60	1	0	38	1.04
2993817--2994441	123	5.1	123	89	1	842	25	17	16	40	1.91
2996138--2996192	7	7.9	7	76	15	60	0	18	0	81	0.68
2996138--2996192	15	3.9	14	79	11	60	0	18	0	81	0.68
2996276--2996392	61	1.9	61	84	3	155	35	16	17	29	1.92
2998638--2998683	23	2.0	23	100	0	92	47	13	21	17	1.81
2999315--2999365	26	2.0	25	84	3	66	66	5	7	19	1.38
2999833--3000151	172	1.8	172	82	9	414	48	6	6	37	1.56
3000157--3000196	20	2.0	20	90	0	62	55	7	0	37	1.29
3001518--3001551	13	2.7	13	86	4	52	38	0	5	55	1.24
3001545--3001594	3	17.0	3	91	8	77	70	0	0	30	0.88
3001545--3001594	25	2.1	25	89	10	79	70	0	0	30	0.88
3013735--3014244	139	3.7	136	79	6	463	30	13	14	42	1.83
3015531--3015617	24	3.7	23	83	11	72	28	26	26	18	1.98
3015535--3015672	47	2.9	47	80	9	145	32	24	23	18	1.97
3015560--3015673	25	4.7	25	90	2	153	33	24	23	18	1.97
3016501--3016549	21	2.4	20	90	10	73	30	24	12	32	1.92
3016642--3016686	23	1.9	24	86	4	65	26	31	2	40	1.68
3021706--3021779	24	3.0	24	86	3	112	28	22	25	22	1.99
3021706--3021779	25	3.0	25	88	2	114	28	22	25	22	1.99
3022749--3022793	23	1.9	24	86	4	65	28	26	0	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3025112--3025178	34	2.0	34	82	2	82	20	13	14	50	1.77
3026477--3026553	29	2.6	29	87	2	118	29	12	5	51	1.62
3030250--3030303	27	2.0	27	85	7	74	40	1	3	53	1.29
3030364--3030443	39	2.1	39	100	0	160	37	10	18	33	1.84
3030667--3030953	38	7.7	37	74	16	218	45	5	9	39	1.59
3030669--3030906	36	6.4	36	75	16	159	44	5	10	39	1.61
3030669--3030908	72	3.2	72	80	13	217	44	5	10	40	1.61
3030795--3030988	36	5.1	36	74	15	144	50	4	5	39	1.45
3030922--3030985	28	2.3	28	75	5	67	56	4	1	37	1.30
3030868--3031002	41	3.3	40	77	20	147	50	3	3	42	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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