genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625298--2626025	121	6.2	120	79	10	676	27	20	14	38	1.91
2625567--2625631	17	3.3	20	67	26	57	27	20	12	40	1.88
2625738--2625943	106	1.9	107	89	3	317	28	19	14	37	1.91
2627163--2627205	7	6.0	7	89	5	68	0	13	0	86	0.58
2627163--2627203	16	2.6	15	85	11	55	0	12	0	87	0.53
2630685--2630725	9	4.6	9	84	0	55	56	0	21	21	1.43
2634416--2634449	15	2.2	16	89	5	52	41	14	20	23	1.89
2636303--2636381	24	3.3	24	82	3	88	22	24	21	31	1.98
2643192--2643265	25	3.0	25	78	4	78	24	24	21	29	1.99
2643192--2643265	24	3.0	24	80	2	85	24	24	21	29	1.99
2650855--2651287	138	3.1	138	79	8	450	43	12	12	30	1.81
2651641--2651694	15	3.6	14	78	9	54	64	5	3	25	1.32
2657944--2657984	23	1.9	20	85	14	55	21	19	0	58	1.39
2659045--2659241	3	69.0	3	78	11	193	67	0	5	27	1.16
2659044--2659241	17	11.8	16	74	20	174	67	0	5	27	1.15
2662257--2662297	19	2.3	18	84	12	57	78	2	2	17	0.98
2668411--2668472	28	2.2	28	82	0	70	40	11	20	27	1.87
2671139--2671507	109	3.4	109	90	3	582	37	10	15	36	1.82
2671139--2671507	55	6.7	55	90	3	584	37	10	15	36	1.82
2671139--2671553	109	3.8	108	85	6	516	37	10	16	35	1.84
2671139--2671582	163	2.7	163	84	3	437	37	11	16	34	1.85
2673582--2673608	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678177--2678574	139	2.9	134	85	4	494	25	21	16	36	1.94
2680548--2680677	17	7.3	18	70	17	69	3	18	0	77	0.94
2680572--2680684	22	5.2	21	74	14	79	4	16	0	77	0.97
2680571--2680639	33	2.1	33	84	10	88	2	14	1	81	0.88
2680598--2680651	11	4.9	11	77	8	56	0	20	1	77	0.86
2686353--2686883	138	3.8	139	83	6	584	26	19	17	37	1.93
2689262--2689433	7	24.7	7	98	0	328	12	28	0	58	1.35
2689468--2689516	8	6.5	8	88	11	68	6	12	0	81	0.86
2689467--2689578	15	7.4	14	74	19	66	5	14	1	78	1.00
2689429--2689502	32	2.3	33	83	6	89	6	16	0	77	0.98
2689458--2689545	37	2.4	37	83	11	101	4	14	1	79	0.95
2689500--2689569	26	2.5	28	81	15	90	2	15	2	78	0.99
2689429--2689577	11	14.2	10	68	22	51	5	16	1	77	1.02
2689478--2689562	26	3.3	25	77	21	86	4	14	2	78	1.00
2689444--2689578	7	18.1	7	77	17	105	5	14	1	77	1.02
2689541--2689609	34	2.0	34	81	10	79	8	14	4	72	1.24
2690824--2690872	23	2.1	23	100	0	98	22	20	18	38	1.93
2692845--2692935	14	6.5	14	74	5	76	45	29	0	25	1.54
2692837--2692878	21	2.0	21	90	0	66	47	23	2	26	1.64
2692895--2692934	21	1.9	21	89	0	62	47	30	0	22	1.52
2695850--2695887	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2696565--2697096	139	3.9	137	84	5	619	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697281--2697335	20	2.8	20	94	0	92	30	23	21	23	1.99
2699597--2699707	8	14.0	8	70	9	75	5	12	0	81	0.91
2699594--2699740	9	15.8	9	71	14	59	6	12	2	78	1.05
2699587--2699684	16	6.1	16	76	9	74	7	9	2	81	0.94
2699599--2699661	22	3.0	21	79	20	71	6	6	0	87	0.68
2699594--2699661	25	2.7	24	86	4	82	5	8	0	85	0.75
2699599--2699661	1	63.0	1	74	0	54	6	6	0	87	0.68
2699611--2699706	38	2.5	39	78	13	108	6	12	1	80	0.95
2699587--2699708	21	5.9	21	69	19	53	5	13	1	79	0.98
2704787--2704850	20	3.2	20	95	0	110	14	25	25	35	1.93
2705907--2705980	34	2.2	34	90	4	114	16	16	41	25	1.88
2706767--2706826	21	2.9	21	97	0	111	23	23	23	30	1.99
2707630--2707654	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2709176--2709201	12	2.2	12	100	0	52	11	0	42	46	1.40
2709364--2709396	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
2709948--2709974	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
2714281--2714314	18	1.9	17	88	5	50	8	32	5	52	1.56
2716211--2716290	42	1.9	42	84	0	106	36	17	18	27	1.94
2724731--2724796	28	2.4	28	86	0	96	37	15	19	27	1.92
2735689--2735746	18	3.3	18	78	7	57	53	12	0	34	1.38
2735720--2735769	25	2.1	23	81	7	55	60	12	0	28	1.32
2735742--2735783	20	2.4	17	84	15	50	69	7	0	23	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735747--2735810	31	2.1	32	85	11	89	65	10	0	23	1.24
2742292--2742357	21	3.1	21	84	0	87	19	19	24	36	1.95
2743636--2743688	22	2.4	24	81	15	69	66	0	16	16	1.26
2747625--2747670	19	2.3	21	75	17	53	30	10	0	58	1.32
2748270--2749114	183	4.6	183	89	1	1297	42	13	14	29	1.84
2756026--2756490	200	2.3	201	87	3	690	43	14	12	30	1.81
2756311--2756670	179	2.0	180	89	2	546	40	14	13	31	1.85
2756368--2757080	179	4.1	178	80	8	739	40	13	15	30	1.86
2757071--2757114	21	2.0	22	91	4	72	29	6	13	50	1.68
2757407--2757475	18	3.9	18	76	16	81	26	34	2	36	1.71
2760474--2760518	24	1.9	23	90	4	72	31	2	15	51	1.56
2760486--2760522	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2760478--2760530	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2762852--2762891	21	1.9	21	94	0	71	22	2	15	60	1.47
2762618--2763031	202	2.0	202	90	1	652	38	12	12	36	1.81
2762674--2763090	202	2.1	201	82	3	507	40	13	12	33	1.82
2764751--2764794	21	2.2	20	84	8	54	29	13	6	50	1.68
2764833--2764870	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2765018--2765060	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2767273--2767297	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2768607--2768764	21	7.8	20	72	7	86	38	25	16	19	1.92
2768731--2768960	20	11.5	20	81	5	232	36	24	18	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769643--2769689	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2769864--2769888	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2772171--2772401	33	6.7	34	81	14	237	46	18	22	13	1.83
2772185--2772401	19	12.4	19	77	19	249	46	17	21	13	1.83
2772271--2772423	33	4.5	33	74	16	159	45	17	22	13	1.84
2772213--2772423	52	4.0	52	99	0	413	45	17	23	13	1.83
2772430--2772545	53	2.2	53	98	1	225	13	24	18	43	1.86
2772448--2772545	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
2772651--2772687	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2774646--2774738	33	2.8	33	95	0	168	48	21	19	10	1.79
2774665--2774721	14	3.7	14	79	20	69	47	21	21	10	1.80
2774609--2774743	19	7.6	19	76	16	128	46	23	18	11	1.81
2774625--2774743	52	2.3	52	79	16	131	47	22	19	10	1.79
2774739--2774867	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2774739--2774830	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2774915--2775290	93	4.1	93	98	0	727	45	19	13	22	1.84
2776996--2777085	14	5.7	14	70	23	63	42	23	25	8	1.83
2776988--2777102	33	3.5	33	96	0	212	45	20	24	9	1.81
2777010--2777107	19	5.7	19	71	22	90	42	22	24	10	1.84
2777119--2777175	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2777103--2777183	33	2.5	33	95	0	144	8	22	22	46	1.78
2777160--2777235	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777159--2777236	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
2777315--2777385	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2777564--2777618	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2777765--2777958	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
2777765--2777958	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
2777945--2778027	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2777925--2778023	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2781423--2781447	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
2783571--2783698	69	1.9	66	83	4	166	20	25	25	28	1.99
2789579--2789630	21	2.5	21	100	0	104	13	17	38	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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