genome.fa.s8539.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008539.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111427_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6067759

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138024--138551	84	6.3	83	79	5	499	30	24	21	24	1.99
140250--140295	22	2.1	21	84	4	56	17	6	2	73	1.14
142182--142224	20	2.3	19	88	11	70	20	30	9	39	1.84
142187--142224	20	1.9	20	100	0	76	21	28	10	39	1.86
143811--143847	3	12.7	3	94	5	67	29	0	0	70	0.88
143935--144030	43	2.2	43	88	0	147	34	11	13	40	1.81
143947--144045	43	2.4	41	84	5	119	40	12	13	34	1.81
144102--144141	14	2.9	14	92	0	62	12	12	15	60	1.60
151195--151254	17	3.6	17	79	2	59	36	16	3	43	1.65
152727--152762	8	4.6	8	96	3	65	80	8	0	11	0.90
154443--154473	15	2.1	15	93	0	53	16	6	3	74	1.16
154735--154802	33	2.1	33	97	0	127	32	7	8	51	1.61
155612--155642	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
155695--155722	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
156802--157137	137	2.4	138	88	3	491	28	13	13	44	1.81
159925--159978	17	3.2	17	91	0	90	38	7	31	22	1.82
168740--168766	14	1.9	14	100	0	54	44	0	29	25	1.54
170623--170685	31	2.0	31	100	0	126	61	9	12	15	1.55
172658--173163	84	6.0	82	81	7	527	29	24	21	23	1.99
174050--174116	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
174327--174385	30	1.9	31	86	3	84	33	22	6	37	1.80
174400--174478	29	2.8	29	86	3	108	39	12	10	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174774--174938	65	2.6	64	84	5	199	18	29	25	26	1.98
174788--174938	64	2.4	63	84	3	187	18	31	23	27	1.97
180873--180939	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
181587--181736	67	2.3	66	83	4	185	18	28	27	25	1.98
181716--181756	21	2.0	21	85	0	55	17	24	29	29	1.97
183857--183904	8	6.5	8	81	13	50	20	0	2	77	0.88
185679--185721	20	2.3	19	88	11	70	20	30	9	39	1.84
185684--185721	20	1.9	20	100	0	76	21	28	10	39	1.86
187296--187327	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
187422--187503	41	2.0	42	90	2	130	37	12	12	37	1.80
187423--187523	41	2.5	41	85	4	116	39	11	12	35	1.81
187580--187619	14	2.9	14	92	0	62	12	12	15	60	1.60
196175--196218	15	2.9	15	80	6	52	84	6	2	6	0.86
196175--196219	16	2.9	16	83	3	56	84	6	2	6	0.85
198686--198757	17	4.2	17	82	5	74	36	13	9	40	1.78
210309--210358	24	2.1	24	92	0	82	24	10	18	48	1.78
210315--210359	12	3.8	12	77	11	56	20	8	20	51	1.73
211257--211315	31	1.9	31	83	10	77	52	13	6	27	1.65
212333--212376	22	2.0	23	86	4	63	43	6	0	50	1.29
214533--214588	22	2.5	22	97	0	103	55	12	14	17	1.69
214774--214817	15	2.8	16	82	3	63	13	9	0	77	0.99
214774--214816	8	5.5	8	83	10	54	13	9	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219197--219273	41	1.9	40	97	0	136	64	11	0	23	1.26
236489--236532	18	2.4	18	85	7	54	36	0	2	61	1.09
236499--236551	18	3.0	18	86	8	65	28	1	1	67	1.11
236570--236695	26	4.5	28	68	24	70	30	5	2	61	1.31
236656--236709	2	29.5	2	78	17	55	40	0	1	57	1.09
236808--236846	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
237011--237121	9	12.9	9	69	18	51	27	2	2	67	1.17
237010--237065	29	1.9	29	88	0	85	30	1	5	62	1.28
237072--237119	19	2.5	20	80	13	55	22	2	0	75	0.91
237085--237124	13	2.9	14	88	7	64	20	5	0	75	0.99
239518--240488	83	11.8	83	85	3	1221	23	18	23	33	1.97
239518--240456	247	3.8	246	88	2	1303	23	18	24	33	1.97
241614--241876	95	2.7	95	85	3	330	31	16	17	33	1.93
242358--242424	35	1.9	35	90	6	109	59	8	13	17	1.59
243836--243888	19	2.5	21	85	11	65	35	3	3	56	1.35
244234--244311	29	2.6	29	80	8	95	16	7	1	74	1.11
252197--252304	42	2.6	41	85	4	155	23	9	22	45	1.81
254149--254396	106	2.4	105	81	4	286	39	12	14	33	1.84
257333--257480	20	7.3	20	82	6	190	14	22	22	40	1.90
257304--257526	41	5.5	40	83	8	258	17	21	22	39	1.93
257304--257480	61	2.9	61	78	8	227	15	22	22	38	1.92
257304--257525	82	2.7	82	87	6	294	16	21	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257601--257653	6	8.8	6	95	0	97	35	50	13	0	1.41
261490--261514	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
261520--261923	41	9.9	41	72	7	259	30	19	17	33	1.94
261578--261965	123	3.2	122	82	7	480	29	18	17	34	1.94
262222--262255	13	2.6	13	100	0	68	5	32	11	50	1.63
262591--262624	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
270136--270194	21	2.8	21	84	5	66	23	6	18	50	1.70
270411--270509	44	2.3	43	89	3	153	35	19	18	27	1.95
274910--274990	40	2.0	40	100	0	162	53	2	9	34	1.48
280152--280183	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
280498--280546	21	2.3	21	79	6	64	22	24	18	34	1.96
280577--280649	20	3.7	20	86	0	110	30	27	17	24	1.97
280836--280879	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
281158--281200	20	2.2	20	86	0	59	11	18	18	51	1.76
281337--281391	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
282519--282566	18	2.7	18	90	0	78	27	43	12	16	1.84
283101--283156	20	2.8	20	83	2	69	37	23	23	16	1.93
283140--283216	19	4.3	19	73	15	74	48	19	18	14	1.82
283299--283358	21	2.9	21	77	5	68	25	41	13	20	1.88
283295--283387	43	2.2	42	84	1	123	22	41	15	20	1.89
284796--284834	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
284932--284974	20	2.2	20	86	0	59	46	25	16	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284961--285014	14	3.5	14	73	22	54	48	18	20	12	1.81
285038--285075	20	1.9	20	94	0	67	15	18	26	39	1.91
287124--287254	19	7.7	19	67	23	94	45	18	22	12	1.83
287124--287250	33	3.8	33	93	0	209	45	18	22	13	1.84
287260--287372	33	3.4	33	86	4	156	12	19	19	48	1.80
287285--287372	16	5.2	19	64	25	70	14	20	17	47	1.82
287479--287515	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
288891--288970	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
289192--289376	91	2.0	90	90	6	291	47	18	11	21	1.81
291069--291256	19	10.8	19	64	26	87	44	19	22	12	1.85
291118--291239	14	7.6	14	68	24	64	41	22	23	12	1.87
291069--291256	66	2.7	66	85	8	243	44	19	22	12	1.85
291098--291214	14	6.9	18	67	25	69	41	22	23	12	1.88
291097--291256	33	4.8	33	89	3	232	43	21	23	12	1.86
291257--291327	19	3.7	19	83	9	90	9	18	25	46	1.79
291845--292079	20	11.6	20	73	10	118	26	19	19	34	1.95
291845--292079	41	5.8	41	72	9	158	26	19	19	34	1.95
291952--292018	21	3.2	21	78	4	73	38	16	22	22	1.92
292069--292121	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
293387--293528	61	2.3	60	79	13	166	42	3	19	35	1.68
293387--293548	61	2.7	60	75	15	163	41	4	18	35	1.70
303374--303462	44	2.0	45	84	2	117	25	20	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304351--304388	20	1.9	20	94	0	67	50	21	15	13	1.78
304345--304398	20	2.7	20	80	13	65	48	22	12	16	1.80
305909--306008	42	2.4	42	87	0	137	32	32	18	18	1.94
306591--306713	21	5.9	21	81	3	106	19	37	17	26	1.93
308224--308270	20	2.3	20	81	0	67	38	23	14	23	1.92
308295--308368	20	3.7	20	85	0	76	18	14	21	44	1.86
308274--308369	40	2.4	40	80	3	104	18	14	20	45	1.85
309095--309158	20	3.2	20	70	16	51	35	14	18	31	1.91
309309--309371	21	3.0	21	75	9	65	28	11	30	30	1.91
309186--309367	82	2.2	81	75	8	181	32	11	24	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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