genome.fa.s8693.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321--356	15	2.4	15	95	0	63	8	13	0	77	0.98
13711--13766	3	19.0	3	82	10	71	69	0	1	28	0.98
21613--21675	29	2.3	27	82	12	76	15	9	3	71	1.25
27474--27514	18	2.3	18	91	0	73	36	12	31	19	1.89
31563--31964	201	2.0	201	99	0	786	31	12	21	34	1.90
41869--41905	13	2.7	14	91	8	67	83	0	16	0	0.64
41869--41905	5	8.0	5	82	17	53	83	0	16	0	0.64
42983--43028	12	3.8	13	82	8	53	19	6	4	69	1.28
42968--43029	24	2.6	25	85	10	76	19	9	4	66	1.39
45319--45369	22	2.3	22	80	6	59	76	0	19	3	0.94
45319--45364	17	2.8	16	80	9	56	78	0	17	4	0.91
47238--47403	74	2.2	74	100	0	332	27	20	22	28	1.99
47388--47543	65	2.4	65	84	9	187	29	16	23	31	1.96
47910--47937	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
49672--49709	13	3.0	13	80	7	51	44	7	13	34	1.72
50202--50305	44	2.4	44	86	3	147	28	21	20	29	1.98
53943--53982	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
55839--55993	65	2.4	65	79	7	165	34	16	20	29	1.94
59794--59842	11	4.2	11	80	12	53	69	0	30	0	0.89
59791--59885	23	4.3	22	74	11	70	71	2	23	3	1.11
61280--61345	23	2.9	23	95	0	114	40	6	16	36	1.73
61330--61361	15	2.1	15	94	0	55	37	6	18	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62895--62937	22	2.0	22	81	9	52	25	16	9	48	1.75
65517--65546	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
66418--66584	84	2.0	84	92	0	280	37	16	9	36	1.81
69220--69260	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
69397--69450	2	26.0	2	92	7	90	48	3	0	48	1.19
69828--69923	35	2.7	35	82	6	115	36	19	18	25	1.95
76645--76705	24	2.5	26	77	17	69	55	0	0	44	0.99
76663--76702	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
76723--76766	12	3.8	11	88	8	61	34	45	6	13	1.70
77635--77763	26	5.4	26	70	20	120	20	20	10	47	1.80
77645--77763	46	2.6	46	87	0	184	21	21	10	46	1.82
77671--77749	20	3.7	20	67	18	59	21	24	10	44	1.83
78195--78286	42	2.2	41	88	1	130	28	27	9	34	1.88
89198--89297	42	2.4	41	80	5	103	28	23	22	27	1.99
89845--89950	42	2.5	42	76	1	115	32	21	20	25	1.98
90049--90149	42	2.4	41	78	3	112	30	21	23	23	1.99
90295--90364	20	3.5	20	67	16	54	34	22	21	21	1.97
89015--91198	215	10.3	215	90	2	3335	31	19	15	32	1.93
89015--91198	634	3.4	634	91	1	3505	31	19	15	32	1.93
92271--92310	17	2.3	18	87	8	57	22	27	2	47	1.64
92746--92973	123	1.8	125	84	5	311	23	24	16	35	1.94
93792--93828	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95971--95996	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
101562--101608	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
101351--101822	181	2.6	181	89	0	694	42	14	16	26	1.87
101743--101789	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
101754--101794	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
104021--104061	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
104098--104163	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
105954--106002	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
106115--106549	200	2.2	200	96	0	798	36	15	19	29	1.92
108151--108256	6	17.7	6	82	0	104	38	8	33	19	1.82
108164--108256	6	15.5	6	82	0	105	37	8	33	20	1.83
108151--108256	12	8.8	12	90	0	158	38	8	33	19	1.82
109470--110408	183	5.1	183	96	0	1709	35	14	16	33	1.90
113217--113289	23	3.2	23	88	7	112	34	5	23	36	1.78
113691--113755	22	2.9	23	88	4	105	35	6	21	36	1.79
112875--114130	473	2.6	472	91	5	2041	42	7	10	39	1.68
115774--115813	10	4.3	9	84	15	55	52	5	0	42	1.23
118214--118256	22	2.0	22	90	4	70	23	18	11	46	1.82
120771--120829	21	2.8	21	89	0	91	52	22	6	18	1.68
124836--124949	59	1.9	59	87	5	169	34	11	18	35	1.87
125216--125372	69	2.3	68	86	1	215	29	15	22	31	1.95
128382--128556	68	2.6	68	94	0	296	29	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128507--128910	81	5.0	81	91	1	639	37	10	22	28	1.88
128507--128990	243	2.0	243	85	2	650	38	10	22	28	1.87
128507--128990	162	3.0	161	86	3	632	38	10	22	28	1.87
133990--134042	13	3.9	14	75	20	51	77	5	15	1	1.04
134009--134043	14	2.6	14	90	4	54	77	2	14	5	1.07
134652--134725	39	2.1	37	85	14	102	24	24	13	37	1.91
134643--135677	136	7.5	134	81	5	785	26	19	17	36	1.94
134636--135688	139	7.6	139	80	6	997	26	19	17	36	1.94
139068--139186	17	6.6	17	75	15	91	3	17	0	78	0.94
139066--139151	9	9.7	9	77	19	92	1	17	0	81	0.76
139034--139149	8	14.4	8	78	12	80	1	21	0	76	0.87
139077--139152	26	3.0	25	88	5	107	1	17	0	81	0.76
139064--139165	9	11.2	9	74	13	75	1	16	0	80	0.86
139065--139186	30	4.3	27	78	13	113	3	17	0	78	0.93
143811--143861	25	2.1	25	85	7	70	70	5	19	3	1.24
149102--149222	59	2.1	59	91	0	197	36	23	14	25	1.93
149282--149308	10	2.7	10	100	0	54	51	11	18	18	1.74
151826--152070	35	7.1	35	68	20	124	41	5	4	48	1.48
151828--152070	71	3.5	67	81	11	262	41	5	4	48	1.49
151824--152070	68	3.6	65	80	13	246	41	5	4	47	1.48
151935--152079	32	4.4	32	74	17	120	42	4	4	48	1.43
152004--152094	32	2.9	33	76	16	86	41	5	7	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159529--159589	30	2.0	30	93	0	104	24	22	16	36	1.94
161521--161585	31	2.1	31	88	5	96	33	13	27	24	1.93
178424--178461	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
180463--180496	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
182815--182888	34	2.1	35	87	2	105	32	8	27	32	1.86
198583--198607	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
221197--221241	18	2.4	18	82	10	56	15	13	0	71	1.15
229483--229514	15	2.1	16	94	5	57	37	12	6	43	1.68
232857--232900	23	1.9	23	100	0	88	27	9	2	61	1.38
234495--234972	54	8.8	53	86	4	618	28	16	21	32	1.96
234503--234972	162	2.9	162	87	2	694	28	16	22	32	1.96
239705--239785	20	3.7	21	70	17	58	38	11	27	23	1.88
239696--239918	46	4.9	46	81	3	252	41	11	22	23	1.87
239695--239943	91	2.7	92	83	2	277	42	12	22	23	1.87
246258--246330	20	3.3	20	69	20	56	39	15	26	19	1.90
246236--246409	26	7.4	26	64	23	98	41	14	22	20	1.89
246153--246469	46	6.9	46	86	0	391	41	13	22	22	1.88
257639--257677	21	1.9	21	84	5	53	28	15	17	38	1.91
257783--257824	20	2.0	20	82	13	50	14	11	23	50	1.76
260850--260910	20	2.9	20	81	13	70	19	32	18	29	1.95
261545--261633	3	30.0	3	79	2	81	58	3	1	37	1.22
262229--262269	22	1.9	22	85	5	57	24	4	14	56	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262880--262915	14	2.6	14	87	12	56	72	2	16	8	1.21
263002--263088	27	3.4	26	77	17	85	71	5	8	14	1.29
263162--263206	18	2.7	16	77	12	54	66	2	0	31	1.04
263258--263282	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
267678--268198	262	2.0	258	93	2	900	18	22	14	44	1.86
268942--269450	129	4.0	129	78	4	465	28	18	27	25	1.98
270727--270784	28	2.1	28	90	0	89	25	27	20	25	1.99
272231--272319	1	89.0	1	75	0	79	0	12	0	87	0.54
272238--272319	14	5.6	14	85	8	101	0	12	0	87	0.53
272231--272317	23	3.9	23	92	3	142	0	12	0	87	0.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10