genome.fa.s8693.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860115--860585	179	2.6	181	88	3	662	41	12	17	27	1.86
860506--860553	20	2.4	19	80	10	60	52	10	16	20	1.73
862838--862901	33	1.9	33	90	0	101	28	0	48	23	1.51
864693--864741	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
864997--866118	401	2.8	400	95	0	1985	36	13	18	31	1.90
864997--866118	200	5.6	200	95	0	1985	36	13	18	31	1.90
867620--867683	6	10.7	6	86	0	65	39	6	32	21	1.79
867637--867684	3	16.0	3	82	0	60	37	4	33	25	1.75
867620--867683	12	5.3	12	90	0	83	39	6	32	21	1.79
868889--869290	183	2.2	182	93	3	673	34	14	16	34	1.89
869164--869530	120	3.1	120	97	0	680	32	13	16	38	1.87
869284--869998	303	2.4	303	97	0	1349	33	14	16	35	1.89
868985--869833	423	2.0	423	97	0	1617	33	13	16	36	1.89
869587--869833	120	2.1	120	96	0	449	32	13	16	38	1.87
872887--872957	21	3.3	21	80	7	79	35	5	21	38	1.77
872882--872952	23	3.2	23	84	6	83	35	5	21	38	1.77
873358--873430	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
872429--874823	493	4.9	493	93	3	4057	40	7	10	40	1.69
873859--873923	23	2.8	23	90	0	103	35	6	20	38	1.77
874286--874330	22	2.0	22	86	0	63	40	11	11	37	1.76
874349--874421	23	3.2	23	98	0	137	34	8	21	35	1.84
872429--874823	991	2.4	969	94	2	4079	40	7	10	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876034--876099	19	3.4	20	81	6	64	50	6	7	36	1.56
876028--876099	20	3.5	20	79	7	74	50	5	6	37	1.53
876169--876240	21	3.4	21	75	11	67	55	22	0	22	1.44
876607--876643	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
876724--876774	14	3.7	14	73	5	50	47	25	0	27	1.53
876722--876780	27	2.2	27	90	3	93	45	23	0	30	1.53
877141--877177	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
877251--877321	14	5.1	14	77	3	63	49	28	0	22	1.50
875690--877944	534	4.1	548	93	3	3698	42	11	9	36	1.73
877662--877733	20	3.5	20	77	7	65	47	4	6	41	1.50
877829--877861	14	2.4	14	94	0	57	54	21	0	24	1.45
878327--878441	16	7.2	16	79	0	122	43	10	23	22	1.84
878323--878441	32	3.7	32	85	2	159	44	10	22	21	1.83
878327--878441	48	2.4	48	85	0	158	43	10	23	22	1.84
883011--883036	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
886316--886341	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
886417--886553	38	3.6	38	77	5	134	24	18	13	43	1.86
886376--886517	75	1.9	75	84	7	189	24	20	12	42	1.87
888422--888467	3	15.0	3	90	4	74	34	0	2	63	1.07
889879--889942	30	2.1	31	85	8	87	42	0	0	57	0.98
890007--890042	19	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
895080--895109	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895434--895458	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
900815--901137	113	2.9	112	86	4	409	38	16	18	27	1.92
901079--901136	19	3.0	20	68	14	57	44	12	22	20	1.84
901112--901171	17	3.6	16	72	18	59	50	8	20	21	1.74
901081--901169	34	2.4	38	89	9	132	47	11	20	21	1.81
900965--901282	146	2.1	153	86	7	449	39	13	20	26	1.89
900847--901389	259	2.1	256	89	5	808	38	13	19	28	1.90
901118--901577	220	2.1	220	99	0	911	35	13	20	31	1.91
901340--901389	17	2.9	17	70	18	50	50	10	18	22	1.76
901118--901577	113	4.2	113	85	5	638	35	13	20	31	1.91
901484--901648	73	2.3	73	81	2	188	32	15	18	34	1.92
901265--902122	293	2.9	293	89	4	1202	34	14	19	31	1.92
901627--901682	17	3.2	17	74	20	62	53	7	19	19	1.68
901558--901811	107	2.3	113	85	6	342	37	13	18	30	1.89
901374--901757	186	2.1	186	85	2	510	34	14	18	32	1.91
901778--901942	73	2.3	72	84	3	197	30	16	18	33	1.93
901905--902163	123	2.1	124	88	0	385	40	15	18	26	1.90
901905--902192	123	2.3	124	84	5	325	42	14	17	26	1.87
902295--902340	3	15.0	3	90	4	74	34	0	2	63	1.07
904773--904825	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
904901--905037	38	3.6	38	77	5	134	24	18	13	43	1.86
904860--905001	75	1.9	75	84	7	189	24	20	12	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908193--908233	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
915307--915349	14	2.7	17	75	20	56	53	0	0	46	1.00
916020--916073	24	2.2	24	93	0	90	37	12	20	29	1.90
916485--916575	20	4.4	20	72	20	64	54	7	3	34	1.45
923382--923414	13	2.5	13	100	0	66	9	6	12	72	1.26
934463--934529	21	3.2	21	93	0	107	17	26	17	37	1.93
934526--934571	20	2.3	20	92	7	76	36	21	19	21	1.95
934541--934581	20	2.0	20	85	0	55	34	19	21	24	1.97
935433--935486	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
935677--935712	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
937891--937984	20	4.7	20	88	2	127	37	25	20	17	1.93
937986--938076	19	5.0	19	75	15	93	46	16	23	14	1.83
937960--938076	52	2.2	53	86	3	164	44	18	23	13	1.85
938005--938070	34	2.0	34	93	3	116	46	18	22	12	1.81
938085--938157	33	2.2	34	90	2	112	15	21	16	46	1.83
938100--938169	33	2.1	33	86	0	95	17	21	15	45	1.85
938282--938318	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
939668--939779	42	2.7	42	76	5	111	22	19	37	20	1.94
940259--940305	20	2.3	20	96	0	85	40	23	19	17	1.91
940346--940414	20	3.5	20	81	0	75	39	24	15	20	1.92
940438--940559	34	3.4	34	77	12	136	17	19	21	41	1.90
940459--940582	20	6.5	20	80	10	143	19	17	21	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940438--940582	74	2.0	74	90	0	227	17	18	21	42	1.90
942455--942543	20	4.5	20	81	1	81	46	22	15	15	1.84
943101--943252	20	7.6	20	82	4	198	21	19	19	39	1.93
943101--943267	60	2.7	61	86	1	219	23	18	19	37	1.94
943249--943289	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
947169--947235	22	3.0	22	86	2	89	8	20	49	20	1.76
947204--947246	18	2.4	18	80	0	50	9	20	46	23	1.79
947243--947312	9	7.3	9	80	12	68	28	27	28	15	1.96
947249--947292	10	4.7	9	83	10	52	27	31	27	13	1.94
947256--947313	20	2.9	19	84	5	71	31	25	25	17	1.97
954413--954474	18	3.5	18	86	2	72	8	20	53	17	1.69
954471--954530	9	6.3	9	79	9	57	28	30	26	15	1.96
954477--954541	19	3.3	19	75	12	60	30	29	24	15	1.96
956029--956085	17	3.2	18	90	7	82	10	22	47	19	1.80
970122--970188	16	4.2	16	78	0	80	47	31	14	5	1.69
970121--970189	32	2.2	32	86	0	93	46	30	14	8	1.75
971257--971283	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
979949--980022	23	3.3	22	74	12	62	31	21	22	24	1.99
984924--985887	320	3.0	320	89	3	1445	46	12	5	35	1.64
989429--989486	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
1007841--1007900	26	2.3	26	88	2	93	28	11	8	51	1.67
1009654--1009752	46	2.2	44	82	10	128	31	11	17	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1009669--1009757	46	1.9	46	93	0	151	29	13	15	41	1.85
1009971--1010765	398	2.0	401	97	2	1525	28	17	17	36	1.93
1014989--1015021	16	2.0	17	88	5	50	39	3	18	39	1.66
1019811--1019842	16	2.0	17	88	11	50	37	3	18	40	1.67
1040322--1040523	97	2.1	95	83	3	244	41	10	22	25	1.86
1040939--1041297	45	8.0	45	82	3	400	39	12	22	25	1.89
1040969--1041297	179	1.8	181	83	1	437	39	13	23	24	1.90
1043114--1043158	23	2.0	23	95	0	81	33	17	20	28	1.95
1043112--1043197	24	3.6	24	82	4	104	34	17	22	25	1.95
1049793--1049828	18	2.0	18	100	0	72	16	11	38	33	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10