genome.fa.s8693.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604333--604856	109	4.8	108	82	2	548	27	21	21	29	1.98
604352--604856	164	3.1	164	83	3	624	27	20	21	30	1.98
604330--604856	55	9.6	55	82	3	517	26	21	21	30	1.98
606113--606144	14	2.2	15	94	5	57	3	18	0	78	0.89
609339--609366	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
612715--612747	16	2.1	16	100	0	66	30	18	18	33	1.94
614031--614059	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
617204--617239	16	2.2	17	90	5	56	47	0	2	50	1.15
617515--617559	20	2.3	20	80	3	56	46	6	2	44	1.42
621157--621351	75	2.6	75	83	1	221	50	15	5	28	1.66
624278--624314	19	1.9	19	100	0	74	16	16	29	37	1.90
625183--625240	25	2.3	26	85	8	75	65	3	3	27	1.25
642586--642684	23	4.4	22	81	10	112	26	23	19	31	1.98
642586--642688	44	2.3	44	81	9	120	27	24	18	30	1.98
642585--642707	23	5.6	22	80	8	101	26	23	19	30	1.98
644615--644673	30	2.0	30	90	6	93	25	0	23	50	1.49
645295--645499	65	3.2	64	82	7	211	30	24	19	26	1.98
647087--647232	60	2.4	59	85	3	202	40	21	15	23	1.90
647817--647846	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
648462--648713	38	6.8	37	82	11	245	41	5	7	45	1.56
648458--648713	74	3.4	76	80	10	253	41	5	7	45	1.56
648564--648588	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648755--648824	35	2.0	34	88	5	104	40	1	11	47	1.49
648673--648828	84	1.9	84	83	12	205	40	3	9	46	1.52
648871--648904	18	1.9	17	88	5	50	17	8	5	67	1.37
649437--649487	25	1.9	28	84	11	72	56	29	3	9	1.49
649418--649489	26	2.6	27	76	12	76	55	31	4	8	1.49
650230--650259	13	2.2	14	94	5	53	20	0	3	76	0.92
652206--652251	19	2.4	19	96	0	83	10	13	10	65	1.48
655627--656279	164	3.9	164	88	3	882	30	23	20	24	1.99
655608--656196	80	7.2	81	79	4	576	29	24	21	24	1.99
656860--657111	38	6.8	37	82	11	245	41	5	7	45	1.56
656856--657111	74	3.4	76	80	10	253	41	5	7	45	1.56
656962--656986	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
657154--657223	35	2.0	34	88	5	104	40	1	11	47	1.49
657071--657231	84	1.9	85	85	11	224	41	3	9	45	1.54
657273--657306	18	1.9	17	88	5	50	17	8	5	67	1.37
657839--657889	25	1.9	28	84	11	72	56	29	3	9	1.49
657820--657891	26	2.6	27	76	12	76	55	31	4	8	1.49
658628--658660	13	2.3	15	85	15	52	21	0	3	75	0.93
660922--660975	28	1.9	28	85	7	74	42	3	5	48	1.44
661673--661745	7	11.0	6	78	12	56	47	31	0	20	1.50
661671--661745	14	5.6	13	78	7	71	48	32	0	20	1.50
661749--661820	14	5.2	14	73	9	58	47	29	1	22	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663015--663055	19	2.2	19	100	0	82	41	9	29	19	1.83
663325--663421	23	4.2	23	89	0	149	32	13	22	30	1.93
663327--663413	11	7.6	11	68	7	57	32	14	22	29	1.94
672061--672171	45	2.4	45	83	4	134	29	24	11	34	1.91
672061--672310	46	5.5	45	84	3	218	28	21	12	38	1.90
672097--672310	91	2.4	91	87	1	277	26	21	13	38	1.90
672135--672317	46	4.0	46	88	1	269	25	20	14	39	1.90
672137--672317	91	2.0	91	92	0	299	25	20	13	40	1.89
672718--672768	20	2.5	20	80	6	57	27	21	15	35	1.94
675245--675329	32	2.8	30	78	7	91	37	9	22	30	1.86
675622--675749	31	4.1	30	71	11	105	28	17	21	32	1.96
676506--676546	21	2.0	21	90	0	64	17	17	31	34	1.93
676577--676611	12	2.9	12	91	0	52	20	22	20	37	1.95
681834--682081	46	5.4	46	84	5	154	26	21	13	38	1.91
681907--682090	46	4.0	45	92	2	305	24	21	14	40	1.90
681864--682083	91	2.4	89	86	4	289	25	21	14	38	1.92
681915--682090	91	1.9	91	95	2	318	24	21	13	40	1.89
684174--684291	32	3.8	31	85	6	150	34	18	15	31	1.92
684170--684309	64	2.2	61	80	9	165	35	17	16	30	1.92
687803--687902	31	3.4	30	78	10	116	31	17	17	35	1.92
687791--687920	31	4.3	31	75	14	112	33	16	17	32	1.93
688280--688592	156	2.0	156	98	1	601	32	20	7	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
690918--690954	18	2.0	19	89	5	58	40	10	2	45	1.53
704485--704522	17	2.2	17	86	9	51	60	0	2	36	1.11
704577--704609	17	1.9	17	88	11	50	72	12	3	12	1.23
706613--707573	479	2.0	480	97	2	1810	29	23	17	29	1.97
714380--714432	21	2.5	21	87	0	70	28	15	16	39	1.89
716763--716796	14	2.5	13	86	9	50	76	0	17	5	0.98
740044--740170	67	1.9	67	96	0	236	22	5	28	44	1.75
742439--742569	31	4.2	33	73	15	127	35	1	14	48	1.53
742470--742563	4	23.8	4	75	10	50	36	2	14	46	1.57
742440--742570	37	3.6	37	77	9	99	36	1	14	47	1.54
742433--742570	8	16.9	8	72	13	86	36	1	14	47	1.53
742489--742570	12	6.6	12	73	13	67	37	0	14	47	1.45
742433--742569	59	2.2	63	83	11	169	35	1	14	48	1.53
742490--742599	51	2.0	57	78	18	117	37	1	12	48	1.52
751965--752042	23	3.3	23	80	1	84	24	19	21	34	1.96
757547--757624	23	3.3	23	77	8	86	24	19	23	33	1.97
760787--760850	30	2.1	30	82	11	76	39	0	1	59	1.07
760812--760865	19	2.8	19	82	15	67	35	0	0	64	0.94
763636--763677	18	2.3	19	79	4	50	52	11	0	35	1.38
763707--763794	30	2.9	30	83	8	106	39	9	0	51	1.34
763652--763793	61	2.3	62	79	3	153	39	9	1	49	1.45
763796--763897	30	3.4	30	78	10	84	41	8	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770847--770904	18	3.1	19	78	9	73	22	22	27	27	1.99
770847--770905	20	3.1	19	79	16	68	23	22	27	27	1.99
777045--777148	45	2.3	45	83	3	120	37	17	15	29	1.90
777130--777167	19	2.0	20	89	5	60	28	13	26	31	1.93
781689--781779	40	2.4	37	81	9	103	21	27	24	26	1.99
787309--787355	24	2.0	22	88	8	67	23	8	8	59	1.54
788516--788554	20	2.0	20	94	0	69	23	15	15	46	1.83
793611--793682	23	3.0	23	85	4	90	56	1	1	40	1.16
793657--793690	15	2.1	17	89	10	54	58	0	2	38	1.13
800194--800231	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
800194--800231	14	2.7	14	100	0	76	44	0	5	50	1.24
808210--808376	90	1.9	90	93	0	289	46	7	11	34	1.68
814983--815160	90	2.0	90	92	0	293	44	6	11	37	1.67
816624--816679	21	2.8	21	89	7	82	26	26	21	25	1.99
827184--827229	23	2.0	23	86	0	65	43	6	15	34	1.72
827300--828021	199	3.6	197	84	4	857	30	14	14	40	1.86
831955--832913	199	4.8	197	84	4	1176	31	16	13	38	1.87
831955--832913	399	2.4	395	86	3	1273	31	16	13	38	1.87
835605--835644	6	6.7	6	91	0	62	20	32	2	45	1.64
835595--835644	12	4.2	12	89	0	64	26	30	2	42	1.66
837118--838279	200	5.8	199	83	4	1336	32	16	14	37	1.89
838302--838334	15	2.2	15	100	0	66	24	15	24	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839925--839959	18	1.9	18	94	0	61	5	34	0	60	1.21
840246--840285	21	1.9	21	94	0	71	17	30	10	42	1.82
840370--840402	15	2.2	15	100	0	66	12	63	6	18	1.48
840690--840740	24	2.2	24	86	6	70	45	7	0	47	1.32
842701--843556	182	4.7	182	89	2	1251	27	16	15	40	1.88
844414--844461	19	2.5	20	75	3	53	58	4	22	14	1.54
847426--847466	21	2.0	21	95	0	73	12	24	39	24	1.89
849891--849929	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
850082--850162	20	3.9	20	75	9	72	16	24	32	27	1.96
860327--860373	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10