genome.fa.s8693.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008693.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111721_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2243253

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761449--1761499	19	2.7	18	72	16	50	66	3	3	25	1.26
1763561--1763642	3	28.0	3	86	4	105	59	0	0	40	0.97
1765911--1766011	37	2.7	39	73	7	127	32	9	22	34	1.87
1767400--1767436	14	2.5	15	83	16	51	51	0	0	48	1.00
1770269--1770672	193	2.1	193	81	4	458	37	11	11	38	1.79
1777564--1777613	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
1781236--1781279	22	2.0	22	81	4	52	75	2	2	20	1.03
1787293--1787326	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
1787801--1787850	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
1803490--1803571	39	2.1	39	93	0	137	29	23	13	34	1.93
1809210--1809236	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1809531--1809579	23	2.3	21	77	16	55	2	22	0	75	0.90
1817566--1817590	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
1824144--1824200	20	2.9	19	74	10	53	43	7	8	40	1.63
1826079--1826140	28	2.2	28	82	5	72	38	30	6	24	1.80
1828427--1828521	47	2.0	47	100	0	190	16	6	20	56	1.61
1837417--1837468	20	2.6	20	84	6	70	36	17	26	19	1.94
1837510--1837562	22	2.5	22	81	6	65	33	15	20	30	1.93
1837891--1838459	58	9.8	58	87	1	811	33	10	19	36	1.86
1844557--1844612	20	2.8	20	97	0	103	30	17	32	19	1.95
1844557--1844627	20	3.5	20	90	0	97	32	16	29	21	1.95
1845049--1845555	58	8.8	58	91	0	809	34	11	18	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1845055--1845555	173	2.9	174	92	0	824	34	11	18	35	1.86
1846505--1846538	15	2.3	15	100	0	68	20	20	5	52	1.67
1872412--1872461	4	12.2	4	84	16	59	76	0	0	24	0.80
1872419--1872477	25	2.4	23	78	10	64	74	0	5	20	1.00
1875301--1875342	16	2.6	16	85	7	50	28	19	19	33	1.96
1880678--1880733	23	2.4	23	96	0	103	16	26	3	53	1.59
1880719--1880756	14	2.6	15	84	15	53	7	13	0	78	0.94
1884612--1884658	24	1.9	25	83	12	62	27	19	0	53	1.45
1900372--1900458	45	1.9	45	90	4	140	27	20	24	27	1.99
1900481--1900518	20	1.9	20	88	0	58	18	13	34	34	1.89
1902666--1902717	20	2.6	20	96	0	95	21	19	32	26	1.97
1904777--1904852	38	2.0	37	94	2	134	47	10	21	21	1.80
1916578--1916606	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
1918350--1918761	213	1.9	216	88	2	632	32	15	17	34	1.92
1918733--1918811	41	1.9	42	84	7	108	21	21	22	34	1.97
1918591--1919099	259	2.0	260	88	1	761	31	16	18	33	1.93
1919446--1919922	45	10.6	45	81	3	471	23	15	19	42	1.89
1932569--1932616	6	8.0	6	79	9	53	75	2	2	20	1.02
1950668--1950713	17	2.7	17	79	0	56	43	13	15	28	1.83
1953211--1953372	48	3.4	49	72	10	136	26	17	14	41	1.88
1953419--1953573	47	3.3	46	69	10	125	34	13	13	38	1.84
1961775--1961799	11	2.3	11	100	0	50	40	8	36	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1961816--1961868	24	2.3	23	81	12	63	56	13	15	15	1.67
1969377--1969406	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
1970925--1970979	28	2.0	28	100	0	110	36	18	18	27	1.94
1984321--1984434	60	1.9	59	83	7	149	37	1	23	36	1.66
1984321--1984470	61	2.5	59	79	7	151	38	3	21	37	1.70
1985846--1985891	23	2.1	21	84	8	56	21	6	6	65	1.39
1989398--1989443	24	2.0	24	86	4	67	39	4	4	52	1.41
1989811--1989851	21	2.0	21	85	0	55	12	21	36	29	1.90
1993636--1993678	21	2.0	22	86	13	63	34	11	4	48	1.60
1997488--1997543	17	3.2	17	89	2	76	41	10	10	37	1.75
2005911--2005940	11	2.6	12	94	5	53	16	3	0	80	0.85
2007919--2007971	22	2.6	21	78	21	67	35	13	18	32	1.90
2008444--2008498	16	3.5	17	80	14	64	29	7	20	43	1.78
2008689--2008737	24	2.0	24	84	7	64	22	24	20	32	1.98
2013087--2013154	24	2.9	24	88	2	93	20	25	23	30	1.98
2013187--2013246	24	2.5	24	97	0	111	16	28	21	33	1.95
2015106--2015186	21	3.9	21	86	0	117	33	28	8	29	1.87
2016081--2016105	13	1.9	13	100	0	50	60	8	16	16	1.58
2019754--2019796	18	2.5	17	85	7	52	53	0	0	46	1.00
2019887--2019933	18	2.7	17	83	3	58	38	6	27	27	1.81
2019887--2019928	18	2.4	18	88	4	59	38	4	28	28	1.77
2027053--2027153	21	4.7	21	69	9	69	34	10	12	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2027033--2027123	21	4.2	21	72	13	60	38	8	14	38	1.77
2027029--2027158	65	2.0	65	89	3	199	36	10	13	39	1.79
2027234--2027278	15	3.0	15	81	12	56	20	26	2	51	1.59
2034712--2034766	2	28.5	2	90	7	87	49	1	0	49	1.11
2054561--2054929	187	2.0	187	90	0	585	31	12	18	37	1.88
2058335--2058431	43	2.3	43	81	3	106	34	21	15	28	1.94
2058568--2058716	43	3.4	43	71	8	111	40	18	13	27	1.88
2069127--2069249	52	2.4	52	94	0	210	29	32	13	24	1.94
2083211--2084073	433	2.0	433	97	0	1631	40	10	16	32	1.83
2085034--2085111	17	4.4	18	82	9	90	42	7	12	37	1.72
2085034--2085111	35	2.2	35	86	4	104	42	7	12	37	1.72
2085152--2085194	17	2.5	17	100	0	86	34	20	6	37	1.80
2093433--2093831	54	7.4	54	89	2	604	37	19	11	31	1.87
2094167--2094353	94	2.0	95	80	3	216	26	19	13	40	1.88
2095948--2095982	18	1.9	18	88	0	52	20	17	34	28	1.95
2098433--2098605	83	2.1	84	84	1	222	25	23	23	28	1.99
2102091--2102238	26	5.5	27	67	15	83	39	16	6	37	1.73
2102100--2102232	26	5.0	26	71	13	108	39	18	6	36	1.77
2101943--2102163	90	2.4	92	87	3	320	42	16	6	35	1.73
2102095--2102249	81	1.9	80	97	1	292	40	16	5	36	1.73
2102279--2102509	94	2.5	94	96	0	417	38	17	9	33	1.82
2102501--2102620	38	3.2	38	64	19	97	40	15	8	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102467--2102661	75	2.6	75	95	0	345	40	13	9	36	1.77
2102614--2102698	27	3.1	27	65	18	68	37	15	9	37	1.80
2105589--2105639	20	2.7	18	80	17	50	78	0	5	15	0.93
2108644--2108996	175	2.0	178	98	1	685	48	13	17	20	1.80
2113174--2113273	14	7.3	14	85	12	127	42	33	0	25	1.55
2113182--2113277	7	14.0	7	81	4	97	41	34	0	23	1.55
2121694--2121733	12	3.2	12	85	3	53	45	0	7	47	1.31
2129113--2129142	13	2.3	13	100	0	60	63	0	23	13	1.29
2142216--2142255	18	2.4	16	87	8	53	10	22	2	65	1.35
2155873--2155902	7	4.3	7	91	0	51	20	13	0	66	1.24
2158681--2158760	20	3.7	20	77	18	88	18	27	11	42	1.84
2158669--2158774	46	2.3	46	98	0	203	19	23	11	45	1.83
2159468--2159498	11	2.8	11	95	0	53	25	25	0	48	1.52
2165421--2165591	20	7.7	20	68	21	90	19	26	11	42	1.86
2165408--2165617	46	4.6	46	90	0	330	20	24	11	43	1.85
2166495--2166592	5	18.6	5	83	12	101	77	0	22	0	0.77
2166495--2166592	11	8.7	11	84	7	117	77	0	22	0	0.77
2167494--2168297	135	6.1	134	77	7	682	36	15	18	29	1.92
2167710--2168190	256	1.9	252	81	4	572	35	16	17	29	1.92
2172008--2172045	19	2.0	19	100	0	76	52	0	15	31	1.43
2173753--2173803	17	2.9	17	88	11	68	49	0	1	49	1.12
2173756--2173803	18	2.6	18	87	12	71	50	0	2	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178547--2178587	19	2.2	19	86	8	57	60	4	2	31	1.30
2181573--2181651	27	3.0	27	85	12	110	46	5	5	43	1.47
2181446--2181611	2	86.0	2	74	19	140	48	1	1	47	1.22
2181592--2181648	26	2.3	26	91	8	66	43	5	7	43	1.54
2181578--2181660	27	3.1	27	77	14	84	46	7	4	40	1.52
2182326--2182377	26	2.0	26	100	0	104	46	3	3	46	1.39
2182813--2182867	20	2.7	20	80	2	56	49	3	0	47	1.19
2186844--2186884	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
2186843--2186884	22	1.9	22	100	0	84	30	0	0	69	0.89
2186847--2186884	19	2.0	19	100	0	76	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10