genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7701--7748	22	2.2	22	92	0	78	27	16	4	52	1.62
9745--9802	29	2.0	29	96	0	107	31	8	10	50	1.67
12736--12792	23	2.5	23	85	0	87	26	15	17	40	1.90
14296--14365	21	3.5	20	69	23	65	27	27	20	25	1.99
14288--14372	40	2.1	40	100	0	170	27	31	16	24	1.96
14309--14374	21	3.2	21	67	16	66	28	33	15	22	1.94
21770--21805	18	2.0	18	88	0	54	44	19	16	19	1.87
38202--38245	18	2.4	18	85	7	54	34	11	0	54	1.36
39653--39698	15	3.2	15	78	12	60	43	10	4	41	1.59
50281--50445	36	4.6	36	89	0	222	36	25	18	19	1.95
50380--50458	36	2.2	36	88	0	113	40	20	17	21	1.91
50861--51332	54	8.7	53	80	10	483	33	19	24	22	1.97
50850--51372	165	3.2	160	83	10	607	33	18	23	24	1.97
51301--51423	55	2.3	55	82	1	149	32	15	22	29	1.95
57356--57395	15	2.7	15	80	11	55	0	2	15	82	0.77
58711--58786	36	2.1	36	85	7	100	47	1	2	48	1.24
58924--58963	20	2.1	19	90	4	62	20	20	10	50	1.76
63842--63924	42	2.0	43	87	2	123	57	15	2	24	1.50
69915--69966	26	2.0	26	92	0	86	38	19	9	32	1.84
80427--80585	81	2.0	81	92	0	264	32	6	16	44	1.73
85978--86026	24	2.2	22	76	16	55	30	8	4	57	1.47
90143--90212	34	2.1	34	97	0	131	41	15	2	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90153--90223	34	2.2	32	82	9	83	42	14	4	39	1.65
98603--98649	19	2.5	19	82	6	60	46	12	2	38	1.54
100370--100421	22	2.4	22	75	12	52	44	5	5	44	1.52
109869--109920	21	2.5	21	75	6	52	55	5	1	36	1.35
110742--110775	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
135156--135210	21	2.6	21	70	2	56	23	7	3	65	1.34
150666--150690	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
155158--155360	102	2.0	104	89	3	311	24	16	22	36	1.94
156811--156855	22	2.0	22	86	0	63	24	17	17	40	1.91
157767--157888	59	2.0	60	83	7	151	35	19	2	42	1.65
161653--161689	19	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
169410--169459	20	2.5	20	96	0	91	26	18	34	22	1.96
172579--172775	41	4.8	41	92	0	313	15	20	24	39	1.92
172603--172669	20	3.3	20	67	19	57	11	23	22	41	1.87
172685--172752	20	3.3	20	69	18	59	11	22	25	41	1.87
172865--172889	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
173324--173392	21	3.3	21	64	18	54	15	18	26	39	1.91
173319--173555	41	5.8	41	85	4	327	16	20	25	37	1.93
173486--173565	21	3.9	21	70	18	78	17	21	27	33	1.96
173645--173671	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
174275--174351	21	3.7	21	77	3	93	33	25	18	22	1.96
174278--174355	41	1.9	41	97	0	147	34	24	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174725--174761	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
174848--174965	21	5.7	21	66	4	87	33	25	19	22	1.97
174851--174969	41	2.9	41	88	0	193	33	24	20	21	1.97
182544--182586	17	2.5	17	96	0	77	30	27	4	37	1.77
186326--186398	35	2.1	36	86	2	103	17	17	16	47	1.82
188725--188776	25	2.1	25	100	0	104	38	19	15	26	1.91
192599--192663	24	2.9	22	84	11	87	50	12	23	13	1.75
193933--193974	22	1.9	22	95	0	75	38	16	11	33	1.86
195607--195672	12	5.7	11	77	12	53	36	7	0	56	1.28
195607--195672	18	3.8	18	76	11	66	36	7	0	56	1.28
196180--196204	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
198072--198208	59	2.3	60	87	7	199	35	13	14	36	1.86
200274--200395	40	3.1	39	85	4	154	47	18	2	31	1.61
207076--207161	35	2.5	35	84	0	100	40	20	1	37	1.61
207130--207172	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
207290--207323	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
207793--208034	125	1.9	128	88	3	373	36	13	14	35	1.86
209806--209830	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
212499--212575	24	3.6	22	75	20	67	29	19	25	24	1.98
214112--214164	23	2.3	23	90	6	81	20	28	22	28	1.99
216503--216562	23	2.6	23	97	0	111	38	20	18	23	1.93
216566--216607	20	2.1	20	90	0	66	21	19	26	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221272--221323	2	26.0	2	96	0	95	50	1	0	48	1.12
222670--222710	19	2.2	19	86	8	57	46	0	12	41	1.41
222451--222820	186	2.0	186	91	1	607	38	6	17	37	1.75
223125--223150	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
228383--228753	200	1.9	200	85	3	514	41	19	14	24	1.89
230499--230545	23	2.0	25	88	12	73	59	0	0	40	0.97
234047--234414	183	2.0	183	89	0	556	40	19	15	24	1.90
236572--236612	17	2.7	16	82	17	52	36	0	0	63	0.95
237716--237799	2	44.5	2	74	19	56	40	2	0	57	1.12
237718--237799	33	2.4	34	88	11	132	40	2	0	57	1.12
237744--237803	25	2.4	25	82	17	79	36	1	0	61	1.06
237718--237800	43	1.9	43	83	9	107	39	2	0	57	1.12
238221--238247	14	1.9	14	100	0	54	22	37	0	40	1.54
241046--241196	77	2.0	77	90	0	239	30	9	21	39	1.84
241318--241375	26	2.3	25	88	11	91	36	6	6	50	1.56
248576--248808	116	2.0	118	91	1	380	33	12	13	40	1.82
253534--253588	22	2.5	22	93	0	92	50	16	12	20	1.77
253911--253961	23	2.2	23	82	6	68	19	21	23	35	1.96
255583--255655	21	3.5	21	84	1	103	24	0	27	47	1.52
255585--255656	14	5.1	15	73	11	71	25	0	27	47	1.52
262424--262495	31	2.5	30	84	8	96	47	8	12	31	1.71
263571--263637	27	2.5	27	95	0	125	29	17	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265402--265448	13	3.7	13	77	2	51	29	0	0	70	0.88
265386--265455	30	2.5	26	82	15	79	34	0	0	65	0.93
265406--265455	26	2.0	26	88	11	77	34	0	0	66	0.92
274959--275037	42	1.9	39	82	12	97	30	3	3	62	1.31
275130--275172	15	2.8	15	85	3	59	55	0	2	41	1.12
275149--275212	23	2.8	22	81	6	65	57	0	1	40	1.08
275792--275826	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
276740--276787	22	2.1	23	85	11	64	35	4	4	56	1.38
277983--278032	23	2.0	23	85	11	64	58	22	10	10	1.60
280664--280707	22	2.0	22	81	0	52	31	22	13	31	1.93
280906--280941	17	2.1	18	89	5	56	72	11	8	8	1.29
284941--284979	20	2.0	20	94	0	69	12	25	20	41	1.88
288368--288625	51	5.1	50	81	6	284	27	22	16	33	1.95
288604--288777	54	3.2	53	86	8	251	28	24	15	32	1.95
288617--288786	55	3.1	54	92	1	286	26	25	14	33	1.94
289780--289820	8	5.4	8	83	16	52	12	7	0	80	0.90
289780--289820	15	2.7	15	82	14	57	12	7	0	80	0.90
305150--305178	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
312412--312447	19	1.9	18	94	5	63	25	0	19	55	1.43
313157--313190	12	2.7	13	90	4	52	38	0	2	58	1.13
315147--315186	19	2.0	20	85	4	55	42	0	2	55	1.13
315147--315186	20	2.0	20	85	4	55	42	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319796--319842	20	2.4	19	82	10	60	42	2	10	44	1.51
324554--325147	54	11.1	54	82	5	654	22	25	18	33	1.97
324562--325147	105	5.5	107	86	5	679	23	24	18	33	1.97
325154--325313	53	3.0	53	89	5	241	27	27	15	30	1.96
326310--326373	8	8.4	8	80	16	73	14	9	0	76	1.01
326313--326404	15	6.6	14	76	13	75	10	13	0	76	1.03
326312--326371	30	2.0	30	87	6	86	13	6	0	80	0.91
341018--341061	20	2.3	19	84	7	54	45	6	25	22	1.77
341213--341284	35	2.0	36	81	7	85	50	4	0	45	1.21
341956--341993	16	2.4	16	95	0	67	0	42	2	55	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16