genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360467--2360651	83	2.2	85	85	3	250	48	12	7	31	1.67
2360945--2360996	3	17.7	3	92	4	88	36	0	0	63	0.95
2366925--2367274	172	2.0	172	97	2	661	31	12	16	39	1.85
2374496--2374576	27	3.0	26	84	12	101	74	0	16	9	1.07
2374474--2374575	34	3.0	34	81	13	104	74	0	15	8	1.11
2374496--2374560	12	4.9	13	85	12	80	75	0	15	9	1.04
2374491--2374553	7	9.1	7	89	6	85	76	0	14	9	1.02
2374491--2374573	20	4.2	20	79	13	66	74	0	14	10	1.07
2374481--2374575	14	6.9	14	79	12	74	73	1	15	9	1.14
2375446--2375789	135	2.6	136	90	3	540	35	17	21	25	1.95
2375711--2375881	92	1.9	87	86	5	243	39	15	22	23	1.92
2375946--2376001	16	3.4	16	68	18	51	46	10	23	19	1.81
2376275--2376328	18	3.0	18	70	20	58	50	9	20	20	1.75
2375709--2376342	323	1.9	326	88	4	965	37	15	20	26	1.93
2375713--2376389	325	2.1	325	86	5	954	36	16	20	26	1.93
2376561--2376603	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
2379749--2379872	55	2.2	57	91	5	200	47	5	16	30	1.69
2382913--2383036	61	2.0	62	98	1	241	29	22	20	28	1.98
2384457--2384494	20	1.9	20	94	0	67	44	7	15	31	1.75
2384514--2384607	20	4.7	20	95	0	170	26	28	19	25	1.98
2385167--2385256	20	4.6	20	87	1	110	14	15	23	46	1.82
2386562--2386754	95	2.0	98	95	3	356	27	39	13	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387253--2387351	34	2.9	34	78	3	92	48	20	18	13	1.80
2387351--2387392	19	2.2	19	91	0	66	11	16	30	40	1.85
2387360--2387396	19	1.9	19	100	0	74	5	16	29	48	1.68
2387361--2387439	32	2.4	33	82	4	97	10	17	22	49	1.77
2387432--2387479	20	2.4	20	92	0	78	18	18	27	35	1.95
2387432--2387490	20	3.0	20	80	5	57	18	16	25	38	1.92
2388864--2388922	29	2.0	29	100	0	118	30	20	20	28	1.97
2389413--2389499	20	4.4	20	85	1	95	44	22	17	14	1.85
2390062--2390111	20	2.5	20	90	0	82	28	16	26	30	1.96
2390103--2390159	21	2.7	21	94	0	105	15	15	24	43	1.86
2390151--2390199	20	2.5	20	89	0	80	26	18	12	42	1.85
2390284--2390320	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
2394887--2395011	57	2.2	56	88	7	182	31	15	5	48	1.68
2395985--2396040	28	2.0	29	82	10	71	23	1	19	55	1.53
2397585--2397651	31	2.2	30	84	7	82	22	2	11	62	1.42
2401608--2401686	21	3.8	21	89	0	113	27	18	16	36	1.93
2401728--2401775	21	2.5	18	75	18	51	22	16	20	39	1.92
2401733--2401783	21	2.4	21	90	0	84	23	15	17	43	1.88
2401780--2401843	19	3.3	19	88	2	83	32	15	10	40	1.82
2408942--2409168	76	3.1	73	80	10	246	28	2	11	57	1.45
2409757--2409799	18	2.4	18	96	0	77	18	4	0	76	0.95
2409839--2409895	15	3.5	16	73	19	55	24	5	0	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409831--2409931	37	2.8	35	80	16	109	24	4	0	70	1.07
2410241--2410271	14	2.3	14	94	5	55	77	0	22	0	0.77
2414902--2415024	5	23.8	5	74	12	88	22	6	0	69	1.16
2417082--2417115	18	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
2417168--2417220	25	2.2	24	89	3	79	16	7	0	75	1.02
2421319--2421368	20	2.5	20	77	9	57	24	16	10	50	1.75
2421320--2421371	19	2.6	20	81	6	61	25	17	9	48	1.77
2421683--2421732	13	4.0	12	77	10	55	28	28	16	28	1.97
2421704--2421737	17	2.0	17	88	0	50	29	20	23	26	1.99
2428894--2429037	42	3.4	43	80	6	177	24	22	6	47	1.74
2431451--2431537	28	3.1	28	73	6	86	41	4	0	54	1.21
2431462--2431503	20	2.0	21	90	4	68	42	0	0	57	0.99
2431631--2431721	37	2.5	37	80	8	114	46	3	2	48	1.31
2431630--2431683	18	2.9	18	75	5	54	48	3	1	46	1.30
2433868--2433928	23	2.7	23	89	0	95	27	22	27	21	1.99
2437235--2437304	5	12.4	5	72	21	50	8	22	50	18	1.74
2437230--2437303	13	5.2	13	73	17	67	10	22	47	18	1.80
2437235--2437280	17	2.6	18	96	3	85	8	23	50	17	1.74
2437230--2437304	28	2.6	28	91	4	114	10	22	48	18	1.79
2437270--2437315	23	2.0	23	83	8	58	10	23	45	19	1.82
2444431--2444499	13	5.2	13	74	22	72	11	23	46	18	1.82
2444436--2444478	17	2.4	18	96	3	79	9	23	51	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444450--2444500	23	2.2	23	96	0	93	7	21	50	19	1.72
2444460--2444511	23	2.3	23	86	6	70	13	23	44	19	1.86
2444503--2444555	9	5.4	10	84	10	74	35	30	20	13	1.91
2450595--2450644	23	2.3	23	86	6	68	20	40	22	18	1.92
2461093--2461140	23	2.0	25	84	8	64	43	0	0	56	0.99
2461606--2461758	42	3.6	43	78	3	157	24	23	7	45	1.78
2466593--2466653	23	2.7	23	89	0	95	26	24	27	21	1.99
2474987--2475034	23	2.0	25	84	8	64	43	0	0	56	0.99
2475371--2475465	43	2.2	44	79	9	104	21	12	8	57	1.61
2475513--2475656	42	3.4	42	77	4	146	23	21	6	47	1.74
2478073--2478131	23	2.7	23	86	5	77	44	0	0	55	0.99
2478265--2478354	37	2.5	36	78	14	105	46	3	2	47	1.31
2478264--2478317	18	2.9	18	75	5	54	48	3	1	46	1.30
2480165--2480199	2	17.5	2	93	0	61	45	2	0	51	1.16
2480315--2480373	23	2.5	24	89	8	95	27	25	28	18	1.98
2480365--2480475	56	2.0	55	94	5	197	36	19	18	25	1.94
2481927--2481988	23	2.7	23	95	2	108	9	22	40	27	1.85
2491977--2492008	6	5.3	6	96	0	55	0	43	0	56	0.99
2493912--2493951	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2500630--2500710	35	2.3	35	100	0	162	29	19	20	29	1.97
2504225--2504268	18	2.4	19	76	3	54	2	13	6	77	1.07
2511244--2511291	15	2.9	17	81	12	64	35	12	0	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511348--2511463	8	15.6	7	91	6	103	46	0	0	51	1.12
2511354--2511457	2	52.5	2	96	1	192	48	0	0	50	1.07
2512662--2512721	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2513696--2513727	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
2515775--2515875	7	14.6	7	83	4	116	46	34	0	18	1.50
2516585--2516625	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
2516916--2517009	30	3.1	30	85	11	104	38	3	0	58	1.14
2522244--2522296	20	2.7	20	74	11	63	28	33	15	22	1.94
2522284--2522375	20	4.6	20	78	6	98	36	25	18	19	1.94
2522279--2522377	40	2.5	41	80	8	114	38	25	17	19	1.93
2522490--2522537	22	2.2	22	92	0	78	18	43	16	20	1.88
2522883--2522928	20	2.3	20	96	0	83	50	21	17	10	1.77
2522891--2522933	20	2.2	20	95	0	77	51	18	20	9	1.74
2522930--2522976	20	2.4	20	85	3	60	10	17	23	48	1.77
2522940--2523007	20	3.7	20	67	18	65	8	19	20	51	1.73
2522940--2523018	20	4.2	20	67	15	60	11	17	17	53	1.73
2524572--2524596	6	4.2	6	100	0	50	16	68	0	16	1.22
2524718--2524767	21	2.4	21	82	0	64	20	16	30	34	1.94
2524845--2524899	21	2.6	21	97	0	101	21	12	29	36	1.91
2526432--2526501	19	3.7	19	84	0	86	24	27	27	21	1.99
2534350--2534398	20	2.5	20	96	0	89	36	20	10	32	1.86
2539354--2539396	21	2.0	21	86	8	61	34	9	4	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542185--2542387	2	110.5	2	68	25	103	54	3	1	40	1.26
2542187--2542390	30	6.6	30	73	21	156	54	3	1	40	1.26
2542148--2542390	47	5.6	44	73	23	155	55	3	1	39	1.24
2542185--2542387	5	36.8	6	70	22	103	54	3	1	40	1.26
2543899--2544030	54	2.5	53	93	1	219	15	22	17	44	1.86
2549104--2549161	30	2.0	29	82	3	71	70	3	1	24	1.12
2550604--2550710	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
2550604--2550712	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
2553174--2553205	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
2553175--2553221	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16