genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758738--758784	25	2.0	24	83	8	60	19	17	4	59	1.53
760897--760958	28	2.2	29	80	13	76	75	8	1	14	1.10
762373--762486	42	2.7	42	78	4	115	28	21	21	27	1.99
762518--762685	39	4.3	39	93	0	264	36	16	17	29	1.92
764575--764791	65	3.4	63	78	9	206	26	20	18	34	1.96
770564--770660	43	2.3	43	87	0	131	28	25	18	26	1.98
770585--770663	23	3.6	23	67	16	67	25	27	20	26	1.99
772869--772901	13	2.5	14	85	14	52	42	9	3	45	1.51
773243--773461	64	3.4	62	81	6	233	28	21	19	31	1.97
775438--775602	65	2.6	65	83	8	212	30	22	18	28	1.97
778396--778492	43	2.3	43	83	3	115	31	22	18	26	1.97
778728--778836	54	2.0	54	98	0	209	32	14	14	38	1.87
781302--781699	197	2.0	199	98	1	773	30	23	14	31	1.94
789203--789268	34	1.9	34	93	0	114	24	15	16	43	1.86
790827--790875	13	3.8	13	91	2	82	18	46	22	12	1.82
790805--790885	17	5.2	17	82	11	79	19	44	22	13	1.86
790875--790921	7	6.7	7	100	0	94	14	29	29	25	1.95
798103--798151	13	3.8	13	91	2	82	18	46	22	12	1.82
798081--798161	17	5.2	17	82	11	79	19	44	22	13	1.86
798151--798197	7	6.7	7	100	0	94	14	29	29	25	1.95
806776--806846	16	4.8	15	72	16	67	30	1	2	64	1.16
814471--814694	27	8.3	27	73	5	132	36	16	23	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814779--814827	17	2.9	17	84	3	64	42	14	6	36	1.70
818432--818505	24	3.1	24	82	0	94	18	12	18	50	1.78
819819--819889	29	2.4	30	73	4	72	46	7	16	29	1.74
823504--823698	104	1.9	105	93	1	338	23	17	31	26	1.97
827473--828481	261	3.8	261	82	6	1184	28	22	16	32	1.96
827953--831226	282	11.8	279	82	5	3345	27	21	17	33	1.96
827939--831211	564	5.9	561	83	4	3689	27	21	17	33	1.96
828276--831211	825	3.6	823	83	5	3659	27	21	17	33	1.96
834972--835004	9	3.7	9	100	0	66	24	0	0	75	0.80
835910--835981	2	36.5	2	97	2	137	50	0	0	50	1.00
836941--837004	2	32.0	2	96	0	119	48	1	0	50	1.10
837735--837846	59	1.9	59	88	3	172	33	18	12	34	1.89
837735--837863	59	2.2	59	84	5	154	32	20	12	34	1.90
837837--838099	58	4.5	58	79	6	262	30	22	9	37	1.87
837790--838039	118	2.1	117	82	4	290	30	22	10	36	1.87
837790--838099	117	2.6	117	79	5	297	30	22	10	36	1.87
838503--838544	19	2.3	18	84	8	50	26	30	19	23	1.98
844516--844549	17	1.9	18	88	5	52	35	17	8	38	1.81
844754--845076	117	2.7	116	83	5	382	30	21	11	36	1.89
844706--845084	59	6.5	57	74	9	259	30	22	11	35	1.90
848779--848825	18	2.7	18	80	3	51	25	25	0	48	1.51
848795--848831	18	2.1	18	94	0	65	27	21	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851373--851439	30	2.3	29	82	10	84	28	0	4	67	1.10
851393--851447	22	2.5	21	83	13	67	25	0	3	70	1.03
851449--851500	18	2.8	19	80	8	54	51	0	0	48	1.00
856280--856325	23	2.0	23	100	0	92	13	26	17	43	1.85
856281--856332	23	2.3	23	93	0	86	11	26	21	40	1.87
857881--857950	28	2.5	28	90	0	104	41	31	2	24	1.69
859297--859720	209	2.0	208	97	2	776	27	16	12	43	1.84
859871--859963	14	6.5	14	70	4	51	20	16	5	58	1.57
860856--861439	291	2.0	291	99	0	1159	31	16	16	35	1.91
862530--862779	54	4.6	54	82	3	324	30	9	20	40	1.84
863022--863527	118	4.3	118	86	3	689	36	15	23	25	1.93
863424--863606	79	2.3	80	84	5	230	35	16	20	27	1.94
863305--863731	197	2.2	198	90	2	680	35	16	21	26	1.95
866532--866772	121	2.0	121	99	0	473	28	22	19	29	1.98
867518--867542	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
868441--868503	30	2.1	29	88	2	90	33	15	3	47	1.62
872928--873026	42	2.4	42	89	0	153	36	16	15	32	1.89
875081--875206	62	2.0	62	90	0	198	33	15	24	26	1.95
875685--875909	111	2.0	112	98	1	434	27	25	10	36	1.89
876411--876508	40	2.4	40	86	5	144	27	22	10	39	1.86
881915--882273	179	2.0	179	100	0	718	34	18	15	31	1.92
883224--883258	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884616--884706	14	6.4	14	75	20	82	19	37	27	15	1.92
884592--884684	19	4.6	19	87	12	141	18	37	27	16	1.92
888317--888356	3	13.3	3	89	0	62	2	0	27	70	1.01
889143--889190	24	2.1	22	88	7	69	43	0	0	56	0.99
897716--897783	27	2.5	28	80	2	84	44	19	13	23	1.85
901279--901318	13	3.2	13	85	3	55	25	27	32	15	1.95
901282--901320	12	3.2	12	85	3	51	23	33	28	15	1.95
905719--905747	12	2.4	12	100	0	58	17	10	17	55	1.69
907029--907430	200	2.0	202	98	1	774	31	12	19	35	1.90
909150--909200	12	4.4	11	80	11	57	58	1	11	27	1.44
909155--909200	24	1.9	24	86	8	67	63	0	13	23	1.30
909163--909200	12	3.2	12	89	10	60	60	0	10	28	1.30
911737--911841	33	3.2	33	81	0	120	27	16	14	41	1.86
913315--913345	16	1.9	16	93	0	53	74	3	12	9	1.19
915383--915438	11	5.0	11	91	2	85	19	37	23	19	1.94
920528--920570	22	1.9	23	90	4	70	55	4	0	39	1.20
923032--923089	3	19.7	3	73	16	50	65	1	3	29	1.19
923029--923089	22	2.6	23	82	15	72	65	1	3	29	1.18
924455--924574	16	7.6	16	78	0	98	50	20	11	18	1.77
924550--924606	16	3.6	16	70	0	51	47	28	15	8	1.75
924561--924638	32	2.5	32	85	6	97	51	28	12	7	1.67
924732--924770	20	2.0	20	89	0	60	56	0	7	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927251--927427	29	6.0	29	73	7	124	42	23	7	25	1.81
927269--927431	29	5.6	29	75	4	139	44	22	7	25	1.80
927454--927521	18	3.8	17	88	3	82	16	20	44	19	1.87
934616--934788	29	5.9	29	77	5	152	41	22	7	28	1.81
934625--934788	88	1.9	88	93	0	283	42	23	7	26	1.80
934806--934853	18	2.7	18	90	0	78	12	22	47	16	1.80
934811--934835	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
935698--935722	13	1.9	13	100	0	50	20	24	16	40	1.91
935701--935739	20	2.0	20	89	0	60	17	23	20	38	1.93
936624--936674	26	2.0	26	88	0	75	45	17	17	19	1.86
939092--939133	17	2.5	17	92	0	66	28	38	16	16	1.91
940795--940843	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
942976--943111	60	2.3	59	79	3	164	36	17	16	29	1.92
943143--943801	328	2.0	329	98	1	1277	35	21	15	28	1.93
944427--944452	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
946181--946251	28	2.5	28	88	4	99	30	11	21	36	1.88
946225--946285	20	2.9	21	85	7	72	34	16	14	34	1.89
946476--946522	19	2.3	20	82	7	60	44	0	6	48	1.28
949507--949604	35	2.8	35	80	1	106	39	27	4	28	1.75
950095--950395	152	2.0	150	92	3	500	47	8	5	37	1.59
950529--950624	35	2.7	34	84	6	120	31	2	28	38	1.69
951728--951798	30	2.4	30	92	4	117	29	36	16	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952085--952122	15	2.5	15	86	0	58	28	18	31	21	1.97
956918--956951	17	2.0	17	100	0	68	47	11	17	23	1.81
958261--958294	18	1.9	17	88	5	50	47	29	0	23	1.52
958734--958815	22	4.0	22	70	20	79	28	24	20	26	1.99
958841--958903	32	1.9	33	90	6	101	25	30	19	25	1.98
960441--960598	64	2.5	63	81	5	174	29	17	24	28	1.97
968867--968913	19	2.5	19	86	10	62	34	19	21	25	1.96
968886--969043	64	2.5	63	82	5	183	29	17	24	28	1.97
969054--969092	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
971554--971590	18	2.1	18	94	0	65	29	10	8	51	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16