genome.fa.s8717.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008717.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111772_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3453450

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1627671--1627712	19	2.2	19	87	8	59	35	2	23	38	1.68
1630012--1630305	157	1.9	157	97	0	534	35	6	11	46	1.66
1641732--1641774	18	2.2	18	88	12	59	62	0	0	37	0.95
1643988--1644057	29	2.3	29	83	9	88	44	5	18	31	1.73
1648605--1648780	60	3.0	58	81	8	194	44	5	19	30	1.73
1648684--1648777	29	3.2	28	68	21	75	45	3	17	34	1.64
1651416--1651485	31	2.3	31	92	0	113	20	28	22	28	1.98
1652953--1652997	24	1.9	24	82	13	58	68	8	0	22	1.16
1653037--1653080	18	2.4	18	96	0	79	31	4	54	9	1.52
1653372--1653440	16	4.3	15	80	8	75	18	26	15	39	1.91
1657943--1658019	5	15.2	5	93	5	120	36	0	0	63	0.95
1658071--1658153	33	2.5	33	88	5	123	37	20	13	28	1.90
1658509--1658552	14	3.2	15	81	12	51	43	0	0	56	0.99
1662253--1662795	110	5.0	110	91	0	842	33	23	18	24	1.97
1662900--1663343	85	5.3	84	85	3	522	29	25	19	24	1.98
1662903--1663296	169	2.4	168	86	3	535	30	26	19	24	1.98
1662993--1663355	84	4.4	81	82	6	198	29	26	19	24	1.98
1663691--1663728	5	8.2	5	94	5	55	34	0	0	65	0.93
1663691--1663735	10	4.9	9	89	8	56	31	0	0	68	0.89
1663689--1663735	13	3.4	14	83	13	62	29	0	0	70	0.88
1663688--1663751	17	4.3	15	75	14	53	25	0	0	75	0.81
1663711--1663751	13	3.1	13	86	13	57	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1663711--1663751	7	6.0	7	85	8	50	19	0	0	80	0.71
1663802--1663901	33	3.0	32	92	2	155	40	21	11	28	1.87
1668789--1668859	19	3.7	19	100	0	142	16	21	26	35	1.95
1669569--1669792	113	2.0	112	90	2	351	50	20	11	16	1.76
1670074--1670120	24	2.0	24	82	0	58	19	2	31	46	1.61
1670093--1670151	31	1.9	31	86	6	84	22	8	23	45	1.79
1670159--1670185	11	2.5	11	100	0	54	14	0	40	44	1.46
1670201--1670276	6	12.5	6	74	13	57	15	3	35	44	1.65
1670200--1670276	30	2.6	29	80	15	93	16	3	35	44	1.67
1670943--1671071	14	9.2	13	71	21	75	46	1	0	51	1.16
1670950--1671107	6	26.3	6	69	21	68	48	2	1	47	1.23
1670964--1671078	34	3.3	33	77	17	117	49	0	0	48	1.13
1671062--1671127	31	2.2	30	86	10	98	51	4	3	40	1.38
1670964--1671123	65	2.4	66	77	17	163	49	2	1	46	1.26
1671069--1671115	24	1.9	25	82	4	60	53	6	2	38	1.39
1671191--1671241	15	3.3	15	71	15	50	50	3	3	41	1.39
1671223--1671326	22	4.8	22	78	11	99	50	8	4	36	1.55
1671252--1671304	21	2.5	20	82	8	70	49	5	5	39	1.50
1671227--1671339	22	5.3	21	74	19	85	48	7	6	37	1.58
1671337--1671394	22	2.6	22	80	15	66	44	5	8	41	1.57
1671343--1671396	24	2.2	25	80	9	67	46	5	7	40	1.55
1671374--1671413	15	2.6	16	88	8	64	40	5	7	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1671416--1671489	37	2.1	36	84	5	96	39	10	9	40	1.73
1671321--1671472	57	2.6	58	80	11	177	40	8	9	41	1.67
1671511--1671562	7	7.6	7	78	4	61	15	1	36	46	1.57
1671646--1671689	20	2.2	20	92	4	72	40	6	4	47	1.50
1671673--1671748	37	2.1	36	85	4	100	40	11	7	39	1.71
1671790--1671820	16	1.9	16	93	0	53	41	6	3	48	1.45
1671839--1671899	14	4.3	14	78	2	59	21	0	27	50	1.49
1671953--1672314	2	184.0	2	66	20	122	44	5	2	47	1.39
1672134--1672180	15	3.3	14	79	11	51	40	6	4	48	1.48
1672150--1672174	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
1671992--1672165	87	2.0	87	93	1	296	44	8	1	45	1.43
1674041--1674090	16	3.2	16	72	11	50	62	2	10	26	1.38
1674200--1674347	20	7.4	19	72	11	93	45	1	6	47	1.36
1674247--1674346	2	51.5	2	74	16	86	46	1	5	48	1.31
1674419--1674451	9	3.8	9	88	8	50	54	3	6	36	1.41
1674437--1674491	21	2.7	19	79	20	58	49	1	3	45	1.30
1674445--1674548	32	3.3	31	75	18	88	48	4	1	45	1.35
1674418--1674627	28	7.1	28	70	20	83	47	4	4	42	1.45
1674475--1674609	15	9.0	15	75	13	102	45	6	3	43	1.47
1674787--1674829	9	4.8	9	82	8	52	60	2	0	37	1.10
1675089--1675126	2	18.5	2	89	5	58	52	2	0	44	1.14
1674784--1675453	345	2.0	330	87	6	958	45	9	8	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1675119--1675212	48	2.0	48	91	0	152	51	6	9	32	1.60
1675412--1675451	20	2.0	20	90	0	62	45	5	10	40	1.60
1675433--1675466	13	2.5	13	90	4	50	47	8	2	41	1.50
1675464--1675642	59	2.9	59	89	4	259	40	9	7	43	1.65
1675672--1675712	21	2.0	21	90	0	64	46	7	2	43	1.44
1675730--1675780	15	3.3	15	71	15	50	41	3	3	50	1.39
1675731--1676041	31	9.8	31	74	13	176	44	3	4	47	1.40
1675857--1676036	88	2.1	84	81	7	200	47	3	2	46	1.33
1675975--1676037	6	11.3	6	73	23	50	47	0	1	50	1.10
1675898--1676019	41	2.9	42	70	23	103	47	2	2	47	1.28
1675939--1676022	16	4.4	18	68	19	55	52	2	1	44	1.21
1675977--1676067	24	3.3	27	80	14	98	48	0	2	49	1.13
1676801--1676918	6	19.7	6	76	2	85	46	40	3	9	1.53
1676780--1676870	24	3.8	24	78	5	96	43	38	2	15	1.59
1677353--1677562	111	1.9	113	89	4	334	15	11	22	50	1.76
1679944--1680020	24	3.2	24	88	3	93	3	32	24	38	1.74
1679944--1680009	17	4.1	17	73	15	59	4	33	24	37	1.76
1680575--1680625	23	2.2	24	92	3	86	50	5	0	43	1.26
1681063--1681105	11	3.9	11	79	11	52	9	18	39	32	1.83
1684717--1684808	48	1.9	48	82	8	116	19	11	16	52	1.74
1684738--1684808	24	3.0	24	77	8	81	18	11	16	53	1.72
1689763--1689865	45	2.3	45	84	0	116	45	19	17	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689792--1690029	90	2.6	90	80	2	273	41	17	18	21	1.90
1689793--1690037	45	5.4	45	73	8	194	42	17	18	21	1.89
1689978--1690718	122	6.0	122	83	4	796	37	17	19	25	1.93
1690001--1690813	80	10.1	80	77	8	640	37	17	19	25	1.93
1689966--1690804	42	20.6	43	75	12	600	37	17	19	25	1.93
1691515--1691603	42	2.1	41	84	10	110	34	20	20	24	1.96
1691697--1691754	30	1.9	30	96	0	107	25	17	15	41	1.89
1693504--1693546	21	2.0	22	82	13	54	34	2	20	41	1.65
1693812--1693847	16	2.2	16	95	0	63	25	16	11	47	1.79
1694855--1694954	46	2.2	46	85	10	150	33	21	13	33	1.91
1699847--1699991	59	2.4	59	81	1	155	35	17	22	25	1.95
1700023--1700123	42	2.4	41	75	3	112	33	20	19	25	1.97
1700127--1700280	58	2.8	54	78	7	132	42	14	9	33	1.78
1700188--1700290	53	1.9	53	88	7	156	43	13	10	32	1.78
1700182--1700392	64	3.6	58	82	12	220	38	16	11	33	1.84
1702473--1702564	16	6.0	15	72	7	69	3	11	6	78	1.06
1702472--1702539	26	2.5	26	81	13	68	1	8	7	82	0.91
1702472--1702540	31	2.2	30	82	12	86	1	8	7	82	0.90
1706325--1706372	19	2.3	22	80	20	59	75	4	2	18	1.07
1707860--1707911	24	2.2	24	93	3	88	0	17	48	34	1.48
1711789--1711813	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1714112--1714758	225	2.9	222	83	3	798	30	19	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1716290--1716693	200	2.0	203	98	1	778	27	22	10	40	1.86
1719501--1719702	40	5.1	40	96	0	359	34	26	15	23	1.95
1724766--1724814	15	3.3	15	79	0	53	30	18	38	12	1.87
1725051--1725081	16	1.9	16	93	0	53	12	19	19	48	1.81
1729430--1729464	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
1734038--1734066	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
1734249--1734559	135	2.3	133	83	1	361	27	17	22	32	1.96
1735814--1735953	7	19.3	7	84	10	111	5	18	0	76	0.96
1735830--1735931	14	7.3	14	93	0	150	4	21	0	73	1.02
1735830--1735931	21	4.9	21	90	0	150	4	21	0	73	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16